南洋公学成立后几经更名，1905年叫商部上海高等实业学堂，1906年叫邮传部上海高等实业学堂，1910年代后期唐文治长校后改为南洋大学堂，之后又改为上海工业专门学堂。唐文治长校期间（1907～1920年），南洋公学开始走向鼎盛，成为一所学科齐备、具有较高学术水平的现代工科大学。
交通大学的另一支，起源于同年(1896年)创办于河北山海关的山海关北洋铁路学堂，是我国近代最早创办的工科大学之一。
民国九年（1920年）十二月，北洋政府交通总长叶恭绰以交通部所属上海工业专门学校、唐山工业专门学校、北平铁路管理学校（原北京交通传习所）、北平邮电学校4校散居各地，不便管理，于1921年统一学制，统称交通大学；1922年称交通部南洋大学；1927年称交通部第一交通大学；1928年又改称交通大学（本部），蔡元培、凌鸿勋、王伯群、孙科、黎照寰先后任校长。而分称各校为交通大学上海学校（沪校）、唐山学校（唐校，即原山海关北洋铁路官学堂）、北京学校（平校）。校庆4月8日，也是取自交通要“四通八达”之意。
当时，交通大学的老师大部分是留美博士，水平很高。而交通大学对学生的管理也很严格，因此毕业生大都较为优秀。当时交通大学在世界上也享有较高的知名度。
钱学森去美国麻省理工学院求学时，发现许多课程与在交通大学学习的完全一样，要求免修，得到批准。茅以升从交通大学唐山工学院毕业去美国卡内基梅隆大学时，该校起初不承认交通大学唐校之学历，故出题考核茅之水平，因为茅回答极为出色，故该校后来决定，从此对交通大学的留学生免试入学。王安去美国哈佛大学时，由于抗战没有带交大毕业证书和成绩单，哈佛大学知道他是交大毕业的，决定破格录取。中华人民共和国原国家主席江泽民也毕业于交通大学。
抗日战争时期，交通大学上海分部内迁到重庆，即国立交通大学(重庆总校)；唐山分部和北平分部也内迁到贵州遵义。
抗战期间，交大广大师生历尽艰难，内迁入渝，坚持办学。不少学生投笔从戎，浴血沙场。解放前夕，广大师生积极投身民主革命，学校被誉为“民主堡垒”。建国后，吴有训任校长。
国共内战之后，交通大学部分教职员随国民政府迁至台湾，但国民政府直至数年后才允许在台校友于新竹复校，仍称国立交通大学。
1955年，鉴于当时的国际形势，同时也为支援西北教育建设，国务院决定交通大学在1955年至1957年两个学年中，分批迁往西安。1956年暑假，西安新校舍落成，学校第一批西迁开始。最后，实验设备、图书（约92%）和档案的大部分、约60%的师生迁至西安，而其余则留在上海。交通大学分为交通大学西安部分和交通大学上海部分。
1959年7月31日，经国务院批准，交通大学两部分独立建校，分别成立上海交通大学和西安交通大学。此时，上海交通大学有19个专业，西安交通大学有23个专业。
新中国成立初期，为配合国家经济建设的需要，交大调整出一批优势院系、学科，支持国内兄弟院校的发展；20世纪50年代中期，学校响应国家“建设大西北”的号召，历经西迁、两地办学、独立办学等变迁，为构建新中国的高等教育体系，促进社会主义建设做出了重要贡献。六、七十年代，学校先后归属国防科工委和原六机部领导，积极投身国防科研和国防人才培养，为“两弹一星”和国防现代化做出了巨大贡献。
岁月进入21世纪，上海交通大学又合并了历史悠久、办学优异的著名的上海第二医科大学，其前身是上海第二医学院，1952年全国高校院系调整时由圣约翰大学医学院（1896～1952年）、震旦大学医学院（1911～1952年）、同德医学院（1918～1952年）合并而成。
而西安交通大学则合并了西安医科大学与陕西财经学院。
交通大学始终把人才培养作为办学的根本任务。一百余年来，学校为国家和社会培养了20余万各类优秀人才，包括一批杰出的政治家、科学家、社会活动家、实业家、工程技术专家和医学专家，如江泽民、陆定一、丁关根、汪道涵、钱学森、吴文俊、张光斗、邹韬奋、黄炎培、邵力子、蔡锷、王安、陈敏章、陈竺、李叔同等。在中国科学院、中国工程院院士中，有200余位交大校友；在国家23位“两弹一星”功臣中，有6位交大校友。
交大毕业生创造了中国近现代发展史上诸多“第一”：中国最早的内燃机、最早的电机、最早的中文打字机等。新中国第一艘万吨轮、第一艘核潜艇、第一艘气垫船、第一艘水翼艇、自主设计的第一代战斗机、第一枚运载火箭、第一颗人造卫星、第一例心脏二尖瓣分离术、第一例成功移植同种原位肝手术、第一例成功抢救大面积烧伤病人手术等，都凝聚着交大师生和校友的心血智慧。
交通大学深厚的办学传统，奋发图强的发展历程，特别是改革开放以来取得的巨大成就，为国内外所瞩目。经过一百余年的不懈努力，交大已经成为一所“综合性、研究型、国际化”的国内一流、国际知名大学，并正乘风扬帆，向着世界一流大学稳步迈进。
[附文]唐文治长校
秉承“修齐治平”的儒家理想，唐文治认为对大学生应“以道德端其模范，以规律束其身心”，使其“蔚为通材”。大学的功能，“其大要在造就专门人才，尤以学成致用，振兴全国实业为主，并极意注重中文，以保国粹”。他在办学中强调道德育人，德才统一，知行合一；主张文理兼通，两文并重，既重数学、物理、外语，又重中文学习，使学生由“文理兼通”而达“体用兼备”。
南洋公学因为地处上海租界，较少受战火侵扰。当时教学所用全为美国麻省理工学院（MIT）的原版教材，时称“东方MIT”。南洋公学学生灿若星辰，出名的有黄炎培（后为共和国第一任政务院副总理）、王安、李叔同等。其中李叔同（弘一法师）是中国近代历史上独树一帜的人物，文词歌赋样样精通。
凌鸿勋评价：
“上海交通大学在初期60年的历史当中，任职校长最久、贡献最多，而对于学术风气、人格教育、人才造就最有深长影响的，当首推唐文治先生。唐先生之于交大，有如北京大学之有蔡元培先生，和南开大学之有张伯苓先生，都是一个大学建立过程中的中心人物，和学校的荣誉是离不开的关系。
“唐先生在交大由前清任监督以至民国以后任校长连续13年多。在这时期内，国家由专制转入共和，在学校则由普通科转入专门科，在学风则渐由恬静而入于动荡。五四运动之第二年，先生因目疾日甚，乃辞职家居。在他长校的10余年，不但对于学校的学科及设备打了不少的基础，即对于学生人品的造就、体格的锻炼和国学的修养，更有深远的启示。至今一般同学在社会上务实求是躬行实践的风气，实孕育于唐先生长校的时期。”
凌鸿勋（1894～1981年），广东番禺人。1924年12月被任命为交通部南洋大学校长。在他任校长期间（1924～1927年），举办了工业展览会，修订了规章制度，恢复了每年一次的国文大会，创办了工业研究所，确定了校徽，规模宏大的体育馆也竣工落成。
6、1898年：“巨人”横空出世
上
这是一块神圣的土地。一百余年来，在这里成长着中国几代最优秀的学者。丰博的学识、闪光的才智、庄严无畏的独立思想，这一切又与先天下的严峻思想、耿正不阿的人格操守以及勇锐的抗争精神相结合，构成了一种特殊的精神魅力。
这是一片自由的阵地。从19世纪末叶到如今，一百多年间，中国社会的痛苦和追求都在这里得到集聚和呈现。一代又一代的中国学者，从这里眺望世界，以坚毅、顽强、几乎是前仆后继的精神，在这片辽阔的国土上传播文明的种子。民主与科学已成为这块阵地不朽的灵魂。
北京大学是中国第一所中央大学、中国最具偶像价值的大学、中国最著名的大学、中国大学的代表，是中国专家、学者、名人、院士、教授的摇篮，中国文理科综合类院校的排头兵，被誉为“中国的哈佛”；与清华大学并称为中国大学第一“双子星座”。曾经担任过北京大学、南洋公学及交通大学等校校长的蔡元培，被称为“中国最杰出的10个大学校长”之首，是中国现代最杰出的教育家。他对北大的影响，乃至对整个中国现代高等教育的巨大影响，无人可以代替。
北京大学也是“中国20世纪影响最大的10所大学”之首。作为中国现代第一学府，她经历了从京师大学堂、国立北京大学、国立北平大学到北京大学漫长的旅程。她是中国现代文明思想的发源地，是中国现代文化的大本营，同时还是中国现代各种思潮的摇篮。“自由、民主、科学”的作风深深影响了整个20世纪的中国知识分子。马克思主义首先在这里传播、研究，中国共产党从这里起源，深深地影响了20世纪中国的历史航程。
北京大学是“中国校园最漂亮的10所大学”之一。北大之美，在夫燕园一景；燕园之美，存诸未名一湖；畅春园等，则多不复存焉；理科楼群，更是风光难再。
北京大学与清华大学一道，被我评为“中国十大高校风景名盘”之一。北大被称为中国第一学府，不惟它的师资强、规模大、实力一流，硬件、软件都在国内无可匹敌，而且北大校园（又称燕园）中的湖塔光影、古典楼宇，庭院深深、草木幽幽，曲塘潋滟、花香流溢，亦曾一度令千千万万学子心仪不已。当年我在附近一名校念书，有亲友来找我、或我自己有空，甚至后来偶尔进京办事、如今进城（我住京郊），都要钻进北大去走走、看看，感受一下什么才是真正的大学，它的博大、厚实、宁静、典雅；体会一下那个其实只是一丘小水塘的未名湖，何以被北大骚客们视为海洋；那些古旧、矮小、简朴、安详的楼房里，何以会一载又一载地走出那么多才俊名士；全国各地那么多普通院校的小小中文系都改文学院了，何以水平最高的北大中文系仍然叫中文系。我还曾写过一篇《永远看不够的未名湖》，发出感慨：“将来若有一天能老死于此，这一生也无憾矣！”
北京大学学风：“勤奋、严谨、求实、创新。”
北大一直没有确定的校训。盛传的校训有两个，第一是为人所熟知的“兼容并包，思想自由”，第二个便是“爱国、进步、民主、科学”。没有校训仿佛是一个遗憾，但是，作为北大，没有校训，仿佛便是最好的校训——充分的个人发展空间。或许你可以选择“格物致知”，也可以选择“修身齐家”，更可以选择“治国平天下”，这正是北大的精神所在。
一百余年来，北大校园中人文渊薮，英才辈出。作为新文化运动的中心和五四运动的策源地，作为中国最早传播马克思主义和民主科学思想的发祥地，作为中国共产党最早的活动基地，北京大学为民族的振兴和解放、国家的建设和发展、社会的文明和进步做出了不可代替的贡献，在中国走向现代化的进程中起到了重要的先锋作用。“爱国、进步、民主、科学”的传统精神和“勤奋、严谨、求实、创新”的学风在这里生生不息、代代相传。
下
京师大学堂（北京大学）是改革旧体制、由封建时代向民主时代强行过渡的收获。
京师大学堂是北京大学在1898年到1912年间所使用的名称。京师大学堂是中国近代史上第一所国立综合性大学、第一所中央大学，她既是全国最高学府，又是国家最高教育行政机关，统辖各省学堂。辛亥革命后，京师大学堂改名为北京大学。
近代以来，为挽救民族国家危亡，中国先进的知识分子大声疾呼变法自强，掀起维新变法运动，京师大学堂就是在戊戌维新运动中诞生的。
1898年6月11日，光绪帝颁布《定国是诏》，正式宣布变法，并提出要兴办京师大学堂。诏书强调：“京师大学堂为各行省之倡，尤应首先举办……以期人才辈出，共济时艰。”7月3日，光绪批准了由梁启超代为起草的《奏拟京师大学堂章程》，这是中国近代高等教育最早的学制纲要。吏部尚书孙家鼐被任命为管理大学堂事务大臣，曾出任多国公使的许景澄和长期担任京师同文馆总教习的美国传教士丁韪良分别出任中学和西学总教习。最初校址是在北京景山东街（原马神庙）和沙滩红楼（故宫东北，现五四大街29号）等处。
9月21日爆发戊戌政变，百日维新失败，而大学堂以“萌芽早，得不废”，但举步维艰。1900年八国联军侵华，义和团运动爆发，大学堂难以维持，于8月3日被下令停办。
1902年，京师大学堂恢复，吏部尚书张百熙任管学大臣。张百熙不拘成例，延揽人才，请出吴汝纶和辜鸿铭任正副总教习，聘请两大翻译家严复和林纾分任大学堂译书局总办和副总办。创办于1862年洋务运动期间的京师同文馆并入大学堂，藏书楼也于同年重设。此年12月17日，京师大学堂举行开学典礼，各个方面开始步入正轨。大学堂首先举办速成科和预备科，速成科分仕学馆和师范馆，后者即是今天北京师范大学的前身。1904年京师大学堂选派首批47名学生出国留学，这是中国高校派遣留学生的开始。l910年京师大学堂开办分科大学。
自国子监和科举制度取消、京师大学堂成立以后，京师大学堂即成为中国唯一官方最高学府和官方教育行政机构；加上各方最优秀士子大部分均投身京师大学堂，从职能、学统等方面均显示出京师大学堂与国子监之间的传承。因此，不少学者皆认为京师大学堂（北京大学）是中国太学的唯一正统继承者。1948年，胡适在《北京大学五十周年》一文中说：“我曾说过，北京大学是历代的‘太学’的正式继承者”。除胡适外，冯友兰、任继愈、周培源、季羡林、萧超然等学者、教授也曾表示同意北大“太学渊源”之说，甚至有人提出北大的校史应当提前一、两千年。而北大中文系陈平原教授则反对这个说法，认为京师大学堂并非由国子监改组而成，并不是直接承继自国子监。
京师大学堂是清末最高学府，但由于受封建主义影响，入学的大多是纨绔子弟，教师也不少前清遗老。直到蔡元培主校时，校风才为之一振，四海人才会聚，五四运动更使之闻名中外、留名青史。
1912年，京师大学堂改名为国立北京大学，是中国历史上第一所冠名“国立”的大学，近代著名学者、翻译家严复为首任校长。严复是中国自由主义思想的第一代布道人，首先发出“以自由为体，以民主为用”的呼喊，应视为开中国自由主义先河的人物。此后是章士钊、马相伯、何燮侯与胡仁源等。