夏、蜀既平，藩镇惕息，多求入朝。镇海节度使李锜亦不自安，求入朝，上许之。遣中使至京口慰抚，且劳其将士。锜虽署判官王澹为留后，实无行意，屡迁行期，澹与敕使数劝谕之。锜不悦，上表称疾，请至岁暮入朝。上以问宰相，武元衡曰：“陛下初即政，锜求朝得朝，求止得止，可否在锜，将何以令四海！”上以为然，下诏征之。锜诈穷，遂谋反。王澹既掌留务，于军府颇有制置，锜益不平，密谕亲兵使杀之。会颁冬服，锜严兵坐幄中，澹与敕使入谒，有军士数百噪于庭曰：“王澹何人，擅主军务！”曳下，脔食之；大将赵琦出慰止，又脔食之；注刃于敕使之颈，诟詈，将杀之。锜阳惊，起救之。
冬，十月，己未，诏征锜为左仆射，以御史大夫李元素为镇海节度使。庚申，锜表言军变，杀留后、大将。先是，锜选腹心五人为所部五州镇将，姚志安处苏州，李深处常州，赵惟忠处湖州，丘自昌处杭州，高肃处睦州，各有兵数千，伺察刺史动静。至是，锜各使杀其刺史，遣牙将庚伯良将兵三千治石头城。常州刺史颜防用客李云计，矫制称招讨副使，斩李深，传檄苏、杭、湖、睦。请同进讨。湖州刺史辛秘潜募乡闾子弟数百，夜袭赵惟忠营，斩之。苏州刺史李素为姚志安所败，生致于锜，具桎梏钉于船舷，未及京口，会锜败，得免。乙丑，制削李锜官爵及属籍。以淮南节度使王锷统诸道兵为招讨处置使，征宣武、义宁、武昌兵并淮南、宣歙兵俱出宣州，江西兵出信州，浙东兵出杭州，以讨之。
高崇文在蜀期年，一旦谓监军曰：“崇文，河朔一卒，幸有功。致位至此。西川乃宰相回翔之地，崇文叨居日久，岂敢自安！”屡上表称“蜀中安逸，无所陈力，愿效死边陲。”上择可以代崇文者而难其人。丁卯，以门下侍郎、同平章事武元衡同平章事，充西川节度使。
李锜以宣州富饶，欲先取之，遣兵马使张子良、李奉仙、田少卿将兵三千袭之。三人知锜必败，与牙将裴行立同谋讨之。行立，锜之甥也，故悉知锜之密谋。三将营于城外，将发，召士卒谕之曰：“仆射反逆，官军四集，常、湖二将继死，其势已蹙。今乃欲使吾辈远取宣城，吾辈何为随之族灭！岂若去逆效顺，转祸为福乎！”众悦，许诺，即夜，还趋城。行立举火鼓噪，应之于内，引兵趋牙门。锜闻子良等举兵，怒，闻行立应之，抚膺曰：“吾何望矣！”跣走，匿楼下。亲将李钧引挽强三百趋山亭，欲战，行立伏兵邀斩之。锜举家皆哭，左右执锜，裹之以幕，缒于城下，械送京师。挽强、蕃落争自杀，尸相枕藉。癸酉，本军以闻。乙亥，群臣贺于紫宸殿。上愀然曰：“朕之不德，致宇内数有干纪者，朕之愧也，何贺之为！”
宰相议诛锜大功以上亲，兵部郎中蒋乿曰：锜大功亲，皆淮安靖王之后也。淮安有佐命之功，陪陵、享庙，岂可以末孙为恶而累之乎！“又欲诛其兄弟，乿曰：锜兄弟，故都统国贞之子也，国贞死王事，岂可使之不祀乎！宰相以为然。辛巳，锜从父弟宋州刺史銛等皆贬官流放。”
十一月，甲申朔，锜至长安，上御兴安门，面诘之。对曰：“臣初不反，张子良等教臣耳。”上曰：“卿为元帅，子良等谋反，何不斩之，然后入朝！”锜无以对。乃并其子师回腰斩之。
有司请毁锜祖考冢庙，中丞卢坦上言：“李锜父子受诛，罪已塞矣。昔汉诛霍禹，不罪霍光；先朝诛房遗爱不及房玄龄。《康诰》曰：‘父子兄弟，罪不相及。’以锜为不善而罪及五代祖乎？”乃不毁。
有司籍锜家财输京师。翰林学士裴垍、李绛上言，以为：“李锜僣侈，割剥六州之人以富其家，或枉杀其身而取其财。陛下闵百姓无告，故讨而诛之，今辇金帛以输上京，恐远近失望。愿以逆人资财赐浙西百姓，代今年租赋。”上嘉叹久之，即从其言。
昭义节度使卢从史，内与王士真、刘济潜通，而外献策请图山东，擅引兵东出。上召令还上党，从史托言就食邢、洺，不时奉诏。久之，乃还。
他日，上召李绛对于浴堂，语之曰：“事有极异者，朕比不欲言之。朕与郑纟因议敕从史归上党，续征入朝。纟因乃泄之于从史，使称上党乏粮，就食山东。为人臣负朕乃尔，将何以处之？”对曰：“审如此，灭族有馀矣！然纟因、从史必不自言，陛下谁从得之？”上曰：“吉甫密奏。”绛曰：“臣窃闻搢绅之论，称纟因为佳士，恐必不然。或者同列欲专朝政，疾宠忌前，愿陛下更熟察之，勿使人谓陛下信谗也！”上良久曰：“诚然，纟因必不至此。非卿言，朕几误处分。”上又尝从容问绛曰：“谏官多谤讪朝政，皆无事实，朕欲谪其尤者一二人以儆其馀，何如？”对曰：“此殆非陛下之意，必有邪臣欲壅蔽陛下之聪明者。人臣死生，系人主喜怒，敢发口谏者有几！就有谏者皆昼度夜思，朝删暮减，比得上达，什无二三。故人主孜孜求谏，犹惧不至，况罪之乎！如此，杜天下之口，非社稷之福也。”上善其言而止。
群臣请上尊号曰睿圣文武皇帝，丙申，许之。
眛厔尉、集贤校理白居易作乐府及诗百馀篇，规讽时事，流闻禁中。上风而悦之，召入翰林为学士。
十二月，丙辰，上谓宰相曰：太宗以神圣之资，群臣进谏者犹往复数四，况朕寡昧，自今事有违，卿当十论，无但一二而已。
丙寅，以高崇文同平章事，充邠宁节度、京西诸军都统。
山南东道节度使于頴惮上英威，为子季友求尚主。上以皇女普宁公主妻之。翰林学士李谏曰：“頴，虏族，季友，庶孽，不足以辱帝女，宜更择高门美才。”上曰：“此非卿所知。”己卯，公主适季友，恩礼甚盛。頴出望外，大喜。顷之，上使人讽之入朝谢恩，頴遂奉诏。
是岁，李吉甫撰《元和国计簿》上之，总计天下方镇四十八，州府二百九十五，县千四百五十三。其凤翔、鄜坊、邠宁、振武、泾原、银夏、灵盐、河东、易定、魏博、镇冀、范阳、沧景、淮西、淄青等十五道七十一州不申户口外，每岁赋税倚办止于浙江东、西、宣歙、淮南、江西、鄂岳、福建、湖南八道四十九州，一百四十四万户，比天宝税户四分减三。天下兵仰给县官者八十三万馀人，比天宝三分增一，大率二户资一兵。其水旱所伤，非时调发，不在此数。
元和三年戊子，公元八零八年春，正月，癸巳，群臣上尊号曰睿圣文武皇帝；赦天下。“自今长吏诣阙，无得进奉。”知枢密刘光琦奏分遣中使赍赦诣诸道，意欲分其馈遗，翰林学士裴垍、李绛奏“敕使所至烦扰，不若但附急递。”上从之。光琦称旧例，上曰：“例是则从之，苟为非是，奈何不改！”
临泾镇将郝泚以临泾地险要，水草美，吐蕃将入寇，必屯其地，言于泾原节度使段祐，奏而城之，自是泾原获安。
二月，戊寅，咸安大长公主薨于回鹘。三月，回鹘腾里可汗卒。
癸巳，郇王总薨。
辛亥，御史中丞卢坦奏弹前山南西道节度使柳晟，前浙东观察使阎济美违赦进奉。上召坦褒慰之，曰：“朕已释其罪，不可失信。”坦曰：“赦令宣布海内，陛下之大信也。晟等不畏陛下法，奈何存小信弃大信乎！”上乃命归所进于有司。
夏，四月，上策试贤良方正直言极谏举人，伊阙尉牛僧孺、陆浑尉皇甫湜、前进士李宗闵皆指陈时政之失，无所避；户部侍郎杨於陵、吏部员外郎韦贯之为考策官，贯之署为上第。上亦嘉之。乙丑，诏中书优与处分。李吉甫恶其言直，泣诉于上，且言“翰林学士裴垍、王涯覆策。湜，涯之甥也，涯不先言；垍无所异同。”上不得已，罢垍、涯学士，垍为户部侍郎，涯为都官员外郎，贯之为果州刺史。后数日，费之再贬巴州刺史，涯贬虢州司马。乙亥，以杨於陵为岭南节度使，亦坐考策无异同也。僧孺等久之不调，各从辟于藩府。僧孺，弘之七世孙；宗闵，元懿之玄孙；贯之，福嗣之六世孙；湜，睦州新安人也。
丁丑，罢五月朔宣政殿朝贺。
以荆南节度使裴均为右仆射。均素附宦官得贵显，为仆射，自矜大。尝入朝，逾位而立；中丞卢坦揖而退之，均不从。坦曰：“昔姚南仲为仆射，位在此。”均曰：“南仲何人？”坦曰：“是守正不交权幸者。”坦寻改右庶子。