八月丙午，诏命皇太子总天下兵马，其略曰：“元良重任，职在抚军，稽古征今，卓有成宪。曩者障塞决河，本以拯民昏垫，岂期妖盗横造讹言，簧鼓愚顽，涂炭郡邑，殆遍海内，兹逾一纪。故察罕帖木儿仗义兴师，献功敌忾，汛扫汴洛，克平青齐，为国捐躯，深可哀悼。其子扩廓帖木儿克继先志，用成骏功。爱猷识理达腊计安宗社，累请出师。朕以国本至重，讵宜轻出，遂授扩廓帖木儿总戎重寄，畀以王爵，俾代其行。李思齐、张良弼等，各怀异见，构兵不已，以致盗贼愈炽，深遗朕忧。况全齐密迩辇毂，傥失早计，恐生异图，询诸众谋，佥谓皇太子聪明仁孝，文武兼资，聿遵旧典，爰命以中书令、枢密使，悉总天下兵马，诸王、驸马、各道总兵、将吏，一应军机政务，生杀予夺，事无轻重，如出朕裁。其扩廓帖木儿，总领本部军马，自潼关以东，肃清江淮；李思齐总统本部军马，自凤翔以西，与侯伯颜达世进取川蜀；以少保秃鲁为陕西行中书省左丞相，本省驻札，总本部及张良弼、孔兴、脱列伯各枝军马，进取襄樊；王信本部军马，固守信地，别听调遣。诏书到日，汝等悉宜洗心涤虑，同济时艰。”庚戌，貊高杀卫辉守御官余仁辅、彰德守御官范国英，引军至清化，闻怀庆有备，遂还彰德，上疏言：“人臣以尊君为本，以尽忠为心，以爱民为务。今总兵官扩廓帖木儿，岁与官军仇杀，臣等乃朝廷培养之人，素知忠义，焉能俯首听命。乞降明诏，别选重臣，以总大兵。”诏以扩廓帖木儿不遵君命，宜黜其兵权，就命貊高讨之。辛亥，帖木儿不花进封淮王，赐金印，设王傅等官。壬子，为皇太子立大抚军院，秩从一品，知院四员，同知二员，副使、同佥各一员，经历、都事各二员，管勾一员。癸丑，封太师伯撒里永平王。甲寅，以右丞相完者帖木儿、翰林承旨答尔麻、平章政事完者帖木儿并知大抚军院事。丙辰，完者帖木儿言：“大抚军院专掌军机，今后迤北军务，仍旧制枢密院管，其余内外诸王、驸马、各处总兵、统兵、行省、行院、宣慰司一应军情，不许隔越，径行移大抚军院。”詹事院同知李国凤同知大抚军院事，参政完者帖木儿为副使，左司员外郎咬住、枢密参议王弘远为经历。庚申，完者帖木儿言：“诸军将士有能用命效力建立奇功者，请所赏宣敕依常制外，加以忠义功臣之号。”从之。辛酉，以完者帖木儿仍前少师、知枢密院事，也速仍前太保、中书右丞相，帖里帖木儿以太尉、添设中书左丞相。丙寅，立行枢密院于阿难答察罕脑儿，命陕西行省左丞相秃鲁仍前少保兼知行枢密院事。壬申，命帖里帖木儿仍前太尉、左丞相，为知大抚军院事；中书右丞陈敬伯为中书平章政事。九月甲戌朔，义士戴晋生上皇太子书，言治乱之由。命右丞相也速以兵往山东，命参知政事法都忽剌分户部官，一同供给。丁亥，以兵兴，迤南百姓供给繁重，其真定、河南、陕西、山东、冀宁等处，除军人自耕自食外，与免民间今年田租之半，其余杂泛一切住罢。辛巳，大明兵取平江路，执张士诚。乙酉，大明兵取通州。丁亥，大明兵取无锡州。己丑，诏也速以中书右丞相分省山东，沙蓝答里以中书左丞相分省大同。丙申，太师汪家奴追封兖王，谥忠靖。己亥，命帖里帖木儿提调端本堂及领经筵事。辛丑，大明兵取台州路。时台州、温州、庆元三路皆方国珍所据。
冬十月甲辰朔，貊高以兵入山西，定孟州、忻州，下漷州，遂攻真定。诏也速自河间以兵会貊高取真定，已而不克，命也速还河间，貊高还彰德。乙巳，皇太子奏以淮南行省平章政事王信为山东行省平章政事兼知行枢密院事。立中书分省于真定路。丙午，加司徒、淮南行省平章政事王宣为沂国公。丁未，享于太庙。壬子，诏扩廓帖木儿落太傅、中书左丞相并诸兼领职事，仍前河南王，锡以汝州为其食邑；其弟脱因帖木儿以集贤学士同扩廓帖木儿于河南府居。其帐前诸军，命琐住、虎林赤一同统之。其河南诸军，命中书平章政事、内史李克彝统之。关保本部诸军仍旧统之。山东诸军，命太保、中书右丞相也速统之。山西诸军，命少保、中书左丞相沙蓝答里统之。河北诸军，命知枢密院事貊高统之。赦天下。甲寅，以火里赤为中书平章政事。乙丑，命集贤大学士丁好礼为中书添设平章政事。丙寅，平章、内史关保封许国公。己巳，大明兵取温州。
十一月壬午，大明兵取沂州，守臣王信遁，其父宣被执。癸未，大明兵取庆元路。丙戌，以平章政事月鲁帖木儿，知枢密院事完者帖木儿，平章政事伯颜帖木儿、帖林沙并知抚军院事。戊子，大明兵取峄州。乙未，以知枢密院事貊高为中书平章政事。命太尉、中书左丞相帖里帖木儿为抚军院使。丁酉，命帖里帖木儿同监修国史。命关保分省于晋宁。辛丑，大明兵取益都路，平章政事保保降，宣慰使普颜不花、总管胡濬、知院张俊皆死之。
十二月癸卯朔，日有食之。丁未，大明兵取般阳路。戊申，大明兵取济宁路，陈秉直遁。己酉，大明兵取莱州，遂取济南及东平路。丁巳，大明兵入杉关，取邵武路。时邵武、建宁、延平、福州、兴化、泉、漳、汀、潮诸路，皆陈友定所据。庚申，以杨诚、陈秉直并为国公、中书平章政事。甲子，命右丞相也速，太尉知院脱火赤，中书平章政事忽林台，平章政事貊高，知枢密院事小章、典坚帖木儿、江文清、驴儿等会杨诚、陈秉直、伯颜不花、俞胜各部诸军同守御山东，又命关保往援山东。丙寅，以庄家为中书参知政事。庚午，大明兵由海道取福州，守臣平章政事曲出遁，行宣政院使朵耳死之。是月，方国珍归于大明。诏命陕西行省左丞相秃鲁总统张良弼、脱列伯、孔兴各枝军马，以李思齐为副总统，御关中，抚安军民。脱列伯、孔兴等出潼关，及取顺便山路，渡黄河合势东行，共勤王事。思齐等皆不奉命。是岁，诏分潼关以西属李思齐，以东属扩廓帖木儿，各罢兵还镇。于是关保退屯潞州，商暠留屯潼关。
二十八年春正月壬申朔，皇太子命关保固守晋宁，总统诸军，如扩廓帖木儿拒命，当以大义相裁，就便擒击。以中书平章政事不颜帖木儿为御史大夫。辛巳，诏谕扩廓帖木儿曰：“比者也速上奏，卿以书陈情，深自悔悟，及省来意，良用恻然。朕视卿犹子，卿何惑于憸言，不体朕心，隳其先业！卿今能自悔，固朕所望。卿其思昔委任肃清江淮之意，即将冀宁、真定诸军，就行统制渡河，直捣徐沂，以康靖齐鲁，则职任之隆，当悉还汝。卫辉、彰德、顺德，皆为王城，卿无以貊高为名，纵军侵暴。其晋宁诸军，已命关保总制策应，戡定山东，将帅各宜悉心。”庚寅，彗星见于昴、毕之间。是月，大明兵取建宁、延平二路，陈有定被执。
二月壬寅朔，诏削扩廓帖木儿爵邑，命秃鲁、李思齐等讨之，诏曰：“扩廓帖木儿本非察罕帖木儿之宗，俾嗣职任，冀承遗烈，畀以相位，陟以师垣，崇以王爵，授以兵柄，顾乃凭藉宠灵，遂肆跋扈，构兵关陕，专事吞并。貊高倡明大义，首发奸谋，关保弗信邪言，乃心王室，陈其罪恶，请正邦典。今秃鲁、李思齐，其率兵东下，共行天讨。”癸卯，武库灾。癸丑，大明兵取东昌路，守将申荣、王辅元死之。丙辰，扩廓帖木儿自泽州退守晋宁，关保守泽、潞二州，与貊高军合。己未，大明兵取宝庆路。甲子，汀州路总管陈谷珍以城降于大明。丙寅，大明兵取棣州。是月，大明兵至河南，李思齐、张良弼等解兵西还。诏命知枢密院事脱火赤、平章政事魏赛因不花进兵攻晋宁。李思齐次渭南，张良弼次栎阳。兴化、泉州、漳州、潮州四路皆降于大明。
三月庚寅，彗星见于西北。壬辰，翰林学士承旨王时、太常院使陈祖仁上章，乞抚谕扩廓帖木儿，以兵勤王赴难。是月，有星流于东北，众小星随之，其声大震。大明兵取河南。李思齐、张良弼会兵驻潼关，火焚良弼营，思齐移军葫芦滩，调其所部张德敛、穆薛飞守潼关。大明兵入潼关，攻李思齐营，思齐弃辎重，奔于凤翔。是月，大明兵取永州路，又取惠州路。
夏四月辛丑朔，大明兵取英德州。丙午，陨霜杀菽。戊申，大明兵取广州路，又取嵩、陕、汝等州。五月庚午朔，大明兵取道州。李克彝弃河南城，奔陕西，推李思齐为总兵，驻兵岐山。是月，李思齐部将忽林赤、脱脱、张意据盩啡，高暠据武功，李克彝据岐山，任从政据陇州。六月庚子朔，徐沟县地震。癸丑，大明兵取全州、郴州、梧州、藤州、浔州、贵、象、郁林等郡。甲寅，雷雨中有火自天坠，焚大圣寿万安寺。壬戌，临州、保德州地震，五日不止。大明兵取静江路。是月，广西诸郡县皆附于大明。
秋七月癸酉，京城红气满空，如火照人，自旦至辰方息。乙亥，京城黑气起，百步内不见人，从寅至巳方消。貊高、关保以兵攻晋宁。是月，李思齐会李克彝、商暠、张意、脱列伯等于凤翔。海南、海北诸郡县皆降于大明。闰月己亥朔，扩廓帖木儿与貊高、关保战，败之，擒关保、貊高，遣其断事官以闻。诏：“关保、貊高，间谍构兵，可依军法处治。”关保、貊高皆被杀。辛丑，大明兵取卫辉路。癸卯，大明兵取彰德路。乙巳，左江、右江诸路皆降于大明。丁未，大明兵取广平路。丁巳，诏罢大抚军院，诛知大抚军院事伯颜帖木儿等。诏复命扩廓帖木儿仍前河南王、太傅、中书左丞相，统领见部军马，由中道直抵彰德、卫辉；太保、中书右丞相也速统率大军，经由东道，水陆并进；少保、陕西行省左丞相秃鲁统率关陕诸军，东出潼关，攻取河洛；太尉、平章政事李思齐统率军马，南出七盘、金、商，克复汴洛。四道进兵，掎角剿捕，毋分彼此。秦国公、平章、知院俺普，平章琐住等军，东西布列，乘机扫殄。太尉、辽阳左丞相也先不花，郡王、知院厚孙等军，捍御海口，藩屏畿辅。皇太子爱猷识理达腊悉总天下兵马，裁决庶务，具如前诏。壬戌，白虹贯日。癸亥，罢内府河役。甲子，扩廓帖木儿自晋宁退守冀宁。大明兵至通州。知枢密院事卜颜帖木儿力战，被擒死之。左丞相失列门传旨，令太常礼仪院使阿鲁浑等，奉太庙列室神主与皇太子同北行。阿鲁浑等即至太庙，与署令王嗣宗、太祝哈剌不华袭护神主毕，仍留室内。乙丑，白虹贯日。罢内府兴造。诏淮王帖木儿不花监国，庆童为中书左丞相，同守京城。丙寅，帝御清宁殿，集三宫后妃、皇太子、皇太子妃，同议避兵北行。失列门及知枢密院事黑厮、宦者赵伯颜不花等谏，以为不可行，不听。伯颜不花恸哭谏曰：“天下者，世祖之天下，陛下当以死守，奈何弃之！臣等愿率军民及诸怯薛歹出城拒战，愿陛下固守京城。”卒不听。至夜半，开健德门北奔。八月庚午，大明兵入京城，国亡。
后一年，帝驻于应昌府，又一年，四月丙戌，帝因痢疾殂于应昌，寿五十一，在位三十六年。太尉完者、院使观音奴奉梓宫北葬。五月癸卯，大明兵袭应昌府，皇孙买的里八剌及后妃并宝玉皆被获，皇太子爱猷识礼达腊从十数骑遁。大明皇帝以帝知顺天命，退避而去，特加其号曰顺帝，而封买的里八剌为崇礼侯。