左营水师游击一员，领兵二百名，防驻龙溪石码寨。守备一员，驻防厦门城外洪本部渡头。千总二员、把总四员、外委六名、额外四员，实兵八百四十六名（战兵四百三十三名、守兵四百十三名），战船八只、桨船四只。防守城北门，轮派千把总一员、兵十名。分防木屐街汛，千总一员、兵一百三十六名，战船一只；兼辖南台等四汛，共领兵一百八十六名（南台汛兵二十名、港口汛兵十名、龙海桥汛兵十名、乌礁汛兵十名）。分防福浒汛，把总一员、兵五十名；辖北溪头等四汛：北溪头汛兵十名，福河汛兵十名（以上各汛，隔水龙溪县属），五通汛轮派外委额外一员、兵十四名，蛟塘汛兵六名（隶五通汛，俱在厦门）。分防小担门汛，外委一员、兵四十名，战船一只（隔水同安县属）。巡防大担门，轮派外委一员、兵四十名，战船一只。厦门草仔埯堆兵十名（系山后堆、火仔埯堆移此）；程厝口堆、外清箭道堆，各兵五名。
右营水师游击一员，驻防城外双连池，分巡内外洋。守备一员，驻防城外打锡箔巷。千总二员、把总四员、外委六员、额外四员，实兵八百四十六名（战兵四百三十三名、守兵四百十三名，战船九只、桨船二只：防守城南门，轮派千把总以下各一员、兵十名。分防玉洲汛，千把总一员、兵五十名，战船一只；辖三叉〔河〕等六汛，共领兵一百八十五名（澳头汛兵二十名、石美汛兵二十名、三叉河汛兵五十名、许茂汛兵十名、东尾汛兵三十名、乌屿汛，兵五名。以上各汛，隔水龙溪县属）。分防大担后炮台汛，外委一员、兵四十名（隔水同安县属）；东澳汛，兵十名（隶大担后炮台汛）。巡防大担门，轮派外委一员、兵四十名，战船一只。厦门石泉堆、石烛堆、宝月殿堆、王公宫堆、黄厝宫堆、养真宫堆，各兵八名；靖山头堆，兵二十名（原配兵八名，后添兵十二名）。
前营水师游击一员，驻防城外万寿宫，分巡内外洋。守备一员，驻防城外厦门港。千总二员、把总四员、外委六员、额外四员，实兵八百四十六名（战兵四百三十三名、守兵四百十三名），战船十只、桨船四只。防守镇南关，轮派千把总以下一员、兵二十名。分防海沧汛，千总一员、兵六十名，战船一只；兼辖桥梁尾等七汛，共领兵一百一十名（桥梁尾汛兵五名、三都汛兵五名、新埯汛兵五名、排头门汛兵五名、嵩屿汛轮派外委一员、兵二十名，鼎尾汛兵五名、白礁汛兵五名。以上各汛，隔水海澄县属）。分防鼓浪屿汛，轮派外委额外一员、兵四十名（与厦门隔水）。分防安海汛，轮派外委额外一员、兵三十名；协防乌坑园、曾厝埯等汛、黄厝社炮台（配兵一名。安海汛、黄厝社俱在厦门）。巡防大担门，轮派外委一员、兵四十名，战船一只。厦门打石字堆，兵十名；后堀桥堆，兵五名；尫下桥堆，兵六名；后崎尾堆，兵十名。
后营水师游击一员，驻防城外关仔内，分巡内外洋。守备一员，驻防城外局口街。千总二员、把总四员、外委六员、额外四员，实兵八百四十六名（战兵四百三十三名、守兵四百十三名），战船十一只、桨船四只。防守城西门，专派千总以下一员、兵十名。分防刘五店汛，千把总一员、兵五十名，战船一只；兼辖澳头等七汛，共领兵一百八十三名（澳头汛轮派外委一员、兵二十名，石浔汛兵二十名，〈氵丙〉洲汛兵十名；浔尾汛轮派外委额外一员、兵四十名，高浦汛兵十名，马銮汛兵十名，坂头汛轮派外委一员、兵二十名）。分防大担前炮台汛，把总一员、兵四十名（以上各汛，隔水同安县属）。巡防大担门，轮派外委一员、兵四十名，战船一只。厦门金鸡亭汛，兵三名；圣林塘汛，兵五名；深田内堆、桂州堆，配兵十名；溪岸尾堆，兵二十名（系尾头堆移此）；内水仙堆，兵十名（系新设）；斗涵堆，兵五名。
以上汛地在漳州府属者，康熙二十一年进剿台、澎，暂交陆路管辖。二十三年，仍归水师（「漳州府志」）。
五营公汛
大担门水汛五营既各派营弁一员、船一只、兵四十名防守巡缉；大担为厦口要冲，又专派将备按月轮值：单月轮右、前、后三营游击一员，双月轮五营守备一员，巡防汛口，稽查船只，兼查大担水汛哨船。
白石头汛五营输派千把总一员，匀配兵五十名。
水操台五营轮派外委额外一员，匀配兵共二十五名。
厦门港炮台五营轮派千把总一员，匀配兵二十五名。
演武亭五营轮派外委额外一员，匀配兵共二十名，共相防守。
会哨
提标各官每年出洋巡哨，分中、南、北三路。中哨轮值右、前、后三营游击一员，领千把总、外委四员，带五营战、守兵驾坐哨船四只，巡缉金、厦洋面，订期会哨，听金门镇调度。北哨轮派五营千把总、外委四员，领五营战、守兵驾坐哨船四只，巡缉北洋，订期会哨，听海坛镇调度。南哨轮派五营千把总、外委二员，领五营战、守兵驾坐哨船二只，巡缉南洋，订期会哨，听南澳镇调度。每哨四个月，以二、六、十等月为始，哨满更代，迭相轮转。右、前、后三营期满，轮值驾船带兵巡哨汛地内洋，五营守备按期巡哨汛地港面。
操演
提标五营军士，有轮换出洋随缉者、有戍守汛地者、有在营差操者。平时挑选，由千、把教习技艺。按期提督选将备一员为督操官，教演熟习，中军参将阅之。每年之冬，提督阅之，水、陆操各一次：陆操，五营会合大小二十四队及杂色兵共一千八百八十五名；水操，用船十只，合兵五百七十六名。五年，总督巡阅一次：陆操，提标五营，合金门左右二营、南澳左营、铜山营兵一千四百五十六名；水操，提标五营，合金门、南澳、铜山各营共兵五百七十六名。
班兵
班兵，海外台、澎之戍兵也。三年一更，分四起作两年春、秋二仲配换。头起，提标五营拨换安平营〔兵〕二百三十七名、艋舺营兵十九名、澎湖左营兵八十九名、外委一员；二起，拨换澎湖左营兵一百三十名、额外一员；三起，拨换澎湖左营兵一百三十名、外委一员；四起，拨换沪尾水师兵一百一十五名、外委一员、澎湖左营兵八十一名、额外二员。
凡换班兵丁，上府各营换艋舺、淡水等营者，由五虎门对渡；换彰化各营者，由蚶江对渡；其督抚将军三标、陆提标换班台郡凤山各营者，均由厦门配渡。总督方维甸奏定：营船、商船并用。后因水师各营弁多封商船，总督庆保通饬禁止。适遇饷银、班兵、公务紧急（凡台饷皆厦门提标大号战船配载），兵船不敷，方准添雇；亦须预期详请批准，檄行由厦防同知备办协济。道光十三年，总督程祖洛专定水师各标兵船，不准雇用商船（以上档册）。
官俸
水师提督：全年俸银八十一两六钱九分三厘有奇、薪银一百四十四两、心红纸张银二百两、蔬菜烛炭银一百八十两、马匹草干银二百四十两、养廉银二千两。
中营参将：全年俸银三十九两三钱三分九厘有奇、薪银一百二十两、心红纸张银三十六两、蔬菜烛炭银四十八两、马匹草干银九十六两、养廉银五百两。
四营游击：全年俸银各三十九两三钱三分九厘有奇、薪银一百二十两、心红纸张银三十六两、蔬菜烛炭银三十六两、马匹草干银七十二两、养廉银四百两。
五营守备：全年俸银各十八两七钱零五厘有奇、薪银四十八两、心红纸张银十二两、蔬菜烛炭银十二两、马匹草干银四十八两、养廉银二百两。
五营千总：全年俸银各十四两九钱六分四厘有奇、薪银三十三两三分五厘有奇、马匹草干银二十四两、养廉银一百二十两。
五营把总：全年俸银各十二两四钱七分一厘、薪银二十三两五钱二分九厘、马匹草干银二十四两、养廉银九十两。
五营外委：名粮每月战饷银一两五钱、米折银一钱五分、本色米一斗五升；经制外委养廉全年十八两，额外外委无。
五营额外：粮饷与战饷同。
康熙四十二年，原准亲丁随粮。乾隆八年，改随粮为养廉，名粮删去亲丁名目。四十六年，以名粮挑补实额；各官准照文员之例，添给养廉。
附原设五营各官随粮旧额：提督军门随粮八十名，中军参将随粮二十名，左、右、前、后四营游击随粮各十五名，五营守备随粮各八名，五营千总随粮各五名，五营把总随粮各四名，五营外委随粮各一名。