十六年冬十月，成功自金陵败绩入岛（「郑成功传」：『七月，成功陷瓜州、破镇江，属邑皆下。部将甘辉曰：「断瓜州，则山东之师可扼；据北固，则两浙之路不通。坐镇于此，南都可不劳而定』。弗纳。围金陵，值贵州凯旋，大军浮江而下，败其前锋；副将梁化凤夜穴城出，直捣中坚，复以别骑数万绕山夹攻之。成功败绩，甘辉及骁将万礼等皆死，精锐徒卒十存二、三。遁归厦岛，哭甘辉而后入；令立庙祀之』。今庙在竹仔街民廛中）。
十七年夏五月，将军达素、总督李率泰率师剿厦岛，败于高崎（「三藩纪事」：『江南既定，素与率泰会剿两岛。大船出漳州、小船出同安，檄广东投诚将许隆、苏利等来会。成功自扼海门，当漳港；令郑泰出金门，遏广东；陈鹏守高崎，遏同安。鹏约降，官军近岸，涉水争先；其部将陈蟒不与谋，与伪殿兵镇陈璋挥众奋击，我兵退陷于淖而溃，首领哈唎土星止焉。成功杀鹏，以蟒代之。是日，自漳出者战于海门，亦败绩。许隆等后二日至，知两路兵已败，引去。达素回福州，自杀』）。
十八年夏四月，成功取台湾；留子经守厦岛（「县志」。「三藩纪事」：『成功以两岛难获幸存，终苦势孤。适通事何斌飞帆至厦，献地图；乃兴师东攻荷兰走之，号曰东都，居焉』）。
康熙元年夏五月，成功卒；子经自厦入台伪袭（「县志」。「三藩纪事」：『靖南王耿继茂、总督李率泰闻成功殂，遣人持书招之。经请如朝鲜例；不报』）。
二年春正月，经复回厦门。冬十月，官军大搜两岛，墟其地而还（「三藩纪事」。「县志」「陈冑传」：『时会兵剿岛，耿继茂、李率泰及投诚兵、红夷出泉州，马得功出同安，黄梧、施琅出漳州；经令周全斌御之。得功先至，战于乌沙头被围，死之。经败铜山，遁回台湾。官军入岛，迁沿海遗众于界内，隳其城而还。先是，有「嘉禾断人种」之谶；至是果验』）。
八年，伪镇江胜往来两岛；踞〈阝阜〉头，与奸民互市（「府志」）。
十三年五月，郑经复踞厦门（「三藩纪事」：『耿精忠据闽反，先令黄镛入台结援。三月，经遣刘国轩、何佑、冯锡范先行；五月，经至。舟不满百、兵不满千，精忠易之。经使人借泉、漳二府以治兵，精忠不许；邓、耿交讧。时吴三桂亦反于云南，遥为二寇解；旋画枫亭为界，通好。于是经复踞厦岛，先后尽有泉、潮、漳、韶、惠、汀、兴、邵八府。大兵入闽，精忠反正，各府以次恢复』）。
十七年夏六月，白巾贼蔡寅归经（「府、县志」：『寅，漳浦巫者，左道惑众。于郑经丁巳之败，收集海上残兵，尝夜袭泉州，斩关而出，无一伤者，人益以为神；归附日众。屡战皆捷，蔓延于泉、漳属邑。聚万人，头裹白巾，时人谓之「白头贼」；海上亦藉壮其声势。至是，率众入岛』）。冬，总督姚启圣遣漳州进士张雄至厦门招抚，不成（「漳州府志」「人物传」）。
十九年二月，总督姚启圣、巡抚吴兴祚、水师提督万正色、陆路提督杨捷平两岛；经遁台湾（「三藩纪事」、「平闽纪」：『时启圣筑修来馆于漳州，不爱官爵、银币，降者皆恣其所欲；于是豪猾望风争款。是年正月，正色及总兵林贤、陈贤、黄镐、杨嘉瑞以舟师伐经，逼海坛，与伪左武卫林升等数战，连夺崇武诸澳；兴祚又督陆师沿海施放火炮，升等船无所取水，退入金门，正色进扼料罗。经闻升退，驰召国轩弃海澄回厦；启圣、杨捷乘虚破其十九寨，兴祚转田同安进剿至浔尾，岛中大震。国轩犹欲据守，然众心既摇，溃散不可收拾。守鼓浪屿伪将陈昌已密款于启圣，军士乘间掳掠，国轩禁不止。二十六日，焚演武亭辎重、宝玩，踉跄遁回台湾，海兵乘帆劫掠。二十八日，启圣大军入岛安抚，兴祚、正色师毕会，两岛悉平』）。
二十二年，总督姚启圣驻镇厦门。六月，水师提督施琅率师东征台湾，克之（施靖海「奏疏」：『二十年，经死于台，次子克塽嗣。是年，启圣驻厦督师；六月，琅进剿澎湖，伪帅刘国轩败遁台湾。克塽降，送入京师，释弗诛；封汉军公。台湾始入版图』）。
康熙六十年夏，台湾奸民朱一贵作乱；浙闽总督觉罗满保驰赴厦门督师（『一贵，长泰人；入台湾，居母顶草地，饲鸭为生。能编鸭为队，愚民惑焉。以四月十九日倡乱，不数日全台俱陷，避难民船纷纷到厦。总督觉罗满保闻信，以厦门为台湾咽喉，亲赴镇压；调南澳镇总兵官蓝廷珍星赴厦门，面商机宜。五月十五日至厦门，提督施世骠已出港两日矣。乃召募丁壮，籍游手隶军中。所征各路兵，多从海舟赴厦；陆行至者，亦处之舟中。船只许一人登岸买所需，悉依民价。未几，诸路运载米石数万俱至，米价顿平。所用商船，俱雇募向义，不受直者；量给营弁衔札鼓励之，民皆欣庆忘乱』。六月，南澳总兵官蓝廷珍总统征台大军出厦门港（『延珍闻台警，条陈进兵机宜，与总督意合。五月二十七日至厦，商定方略，总统水陆大军；六月初一日出厦口，会世骠于澎湖。初十日到澎，先后从征将士一百二十余员、兵一万二千余、大小船六百余艘。军需总督自厦整备，靡有缺』）。闰六月初一日，捷至；初七日槛致一贵等至厦，解京伏诛（『师之未出厦港也，传令分路进攻，密授诸将锦囊；至澎湖启视，则齐攻鹿耳门。六月十六日，抵台湾港口，潮水加涨，大军骈渡。七日间，廷珍连战收复府治，世骠亦以军会，遣外委陈章飞航入厦门报捷。旋俘一贵等至厦，事平』。以上皆「平台纪略」）。
乾隆五十一年冬、十一月，台湾南北路贼林爽文、庄大田作乱。提督黄仕简、任承恩引兵剿之，弗克（『爽文，漳人；徙居彰化。倡乱大里〈木戈〉，南路贼庄大田应之；连陷彰化、淡水、诸罗、凤山，惟府城鹿港未失。内地以十二月六日闻警，水师提督黄仕简率兵由厦门渡海入府城、陆路提督任承恩率兵由蚶江渡海入鹿港剿之，弗克。乃以总督常青为将军；往督师；以李侍尧为总督，驻厦门。侍尧调粤兵四千往，又奏调浙兵三千，益以驻防兵一千，令将军恒瑞、提督蓝元枚统兵往剿。元枚卒于军』）。
五十二年冬十月，大学士陕甘总督嘉勇侯福康安、内大臣超勇侯海兰察率师出大担门渡海抵鹿港，平之（『八月，调福康安为大将军，同领队大臣普尔普舒亮、四川将军鄂辉为参赞，统领巴图鲁侍卫百二十员，楚、蜀、粤、黔兵九千，十一月十一日由厦岛大担门开舟，遇飓守风于崇武澳。二十八日得顺风，一昼夜抵鹿港，连战皆捷。明年正月，获爽文并其孥，槛解京师；北路悉定。二月，获大田于郎娇，磔之；余党悉获，咸斩于市』。以上皆「武功纭盛」）。
嘉庆四年八月，安南夷艇匪窜南澳，厦门戒严（安南国夷入海为盗，时呼艇匪。五月，被粤兵击败，窜逃外洋；恐其入闽，两广总督移知沿海诸口堵剿。是时艇匪窜南澳及大担洋面，厦门戒严。据案牍）。
七年夏五月初一日，洋匪蔡牵夜入大担门，举巨炮去；外委陈凤高死之（蔡牵，同安人；以弹棉花为业，后入海为盗。嘉庆初，有船百余艘。其妻尤骁诈，同时盗匪朱濆、张保仔、凤尾、矮牛、红头、白底诸帮及零星土盗皆附之；呼为「大出海」。闽、粤、浙三省沿海受其害，漂驶无定。是时泊厦门之南、铜山之北虎头洋面，暮夜遣贼数百人乘潮入大担，劫去大小铁炮六。外委陈凤高拒之，受伤死；汛兵死者五人。奏入，奉旨切责，提督以下降革有差。牵垂涎台湾，五年四月入鹿耳门，大掠。九年冬，犯凤山；知府庆保御于东港，炮毙其妇。十年四月，再入鹿耳门。十一月，入沪尾港，陷新庄、艋舺；分舟入东港，陷凤山，戕知县。转入鹿耳门，据洲仔尾，攻台湾府城；沈大船塞鹿耳门，以绝外援。自称「威武王」，山贼内应，封伪职、给旗印。遍张伪示，词狂谬，而仍用嘉庆纪年。正月，总统闽、浙水师提督李长庚击败之，走北汕，几获牵；潮涨，逸去，与朱濆合。五月，复犯鹿耳门；将军赛冲阿击走之。长庚屡挫牵，仅余三舟；十二年冬，及之于广东青水洋，为贼炮所中，卒。十四年，提督王得禄、邱良功薄之于浙江之鱼山，沉其舟；蔡牵溺海死。参「李忠毅传」、张中丞「奏疏」、「台湾县志」「艺文志」、「槟榔闲话」及案牍）。