一、《伤寒论》一书，自叔和编次后，仲景原篇不可复见。虽章次混淆，犹得寻仲景面目。方、喻辈各为更定。《条辨》既中邪魔。《尚论》浸循陋习矣，大背仲景之旨。琴有志重编，因无所据，窃思仲景有太阳证、桂枝证、柴胡证等辞，乃宗此义，以症名篇，而以论次第之。虽非仲景编次，或不失仲景心法耳。
一、起手先立总纲一篇，令人开卷便知伤寒家脉症得失之大局矣。每经各立总纲一篇，读此便知本经之脉症大略矣。每篇各标一症为题，看题便知此方之脉证治法矣。
一、是编以症为主，故汇集六经诸论，各以类从。其症是某经所重者，分列某经，如桂枝、麻黄等症列太阳，栀子、承气等症列阳明之类。其有变证化方，如从桂枝症更变加减者，即附桂枝症后，从麻黄症更变加减者，附麻黄证后。
一、叔和序例，固与仲景本论不合，所集脉法，其中有关于伤寒者，合于某证，即采附其间，片长可取，即得攀龙附骥耳。
一、六经中有症治疏略，全条删去者，如少阴病下利白通汤主之、少阴病下利便脓血桃花汤主之等类，为既有下利脉微者与白通汤、腹痛小便不利与桃花汤主之之详，则彼之疏略者可去矣。又有脉症各别，不相统摄者。如太阳病发汗太多因致 ，与脉沉而细，病身热足寒等症，三条合一，论理甚明，故合之。
一、本论每多倒句，此古文笔法耳。如太阳病血症麻黄汤主之句，语意在当发其汗下。前辈但据章句次序，不审前后文理，罔顾衄家禁忌，竟谓衄后仍当用麻黄解表。夫既云衄乃解，又云自衄者愈，何得阵后兴兵？衄家不可发汗，更有明禁，何得再为妄汗？今人胶柱者多，即明理者，亦多为陶氏所惑，故将麻黄、桂枝、小青龙等条，悉为称正。
一、条中有冗句者删之，如桂枝症云。“先发汗不解，而复下之，脉浮者不愈。浮为在外，须解外则愈。”何等直捷！在外下更加“而反下之，故令不愈，今脉浮，故知在外”等句，要知此等繁音，不是汉人之笔。凡此等口角，如“病常自汗出”条，亦从删例。
一、条中有衍文者删之，有讹字者改之，有阙字者补之。然必详本条与上下条有据，确乎当增删改正者，直书之。如无所据，不敢妄动，发明注中，以俟高明之定夺。
一、加减方分两、制度、煎法，与本方同者，于本方下书本方加某味、减某味。或一篇数方，而后方煎法与前方同者，于方末书煎法同前。方中药味修治同前者，如麻黄去节、杏仁去皮之类，但不再注；附子必炮，若有生用者注之。
一、可汗不可汗等篇，鄙俚固不足取，而六经篇中多有叔和附入，合于仲景者取之。如太阳脉浮动数三、阳明论脾约脉症等条，与本论不合，无以发明，反以滋惑，剔出附后，候识者辨焉。
一、正文逐句圈断，俱有深意。如本论中一字句最多，如太阳病。“脉、浮、头、项、强、痛”六字，当作六句读，言脉气来尺寸俱浮，头与项强而痛。若脉浮两字连读，头项强痛而恶寒，作一句读，疏略无味。则字字读断，大义先明矣。如心下温温欲吐，郁郁微烦之类，温温、郁郁，俱不得连读，连读则失其义矣。