四年六月，分乌真超哈二固山官属兵丁为四固山，每固山设牛录十八员，固山额真一员，梅勒章京二员，甲喇章京四员。正黄、镶黄两旗，以马光远为固山额真，马光辉、张大猷为梅勒章京，戴都、崔应泰、杨名远、张承德为甲喇章京。正白、镶白两旗，以石廷柱为固山额真，达尔汉、金维城为梅勒章京，金玉和、佟国荫、佟代为甲喇章京。正红、镶红两旗，以王世选为固山额真，吴守进、孟乔芳为梅勒章京，金砺、郎绍贞、王国光、臧国祚为甲喇章京。正蓝、镶蓝两旗，以巴颜为固山额真，李国翰、土赖为梅勒章京，张良弼、曹光弼、刘仲锦、李明时为甲喇章京。初两固山纛色皆用玄青，至是改马光远纛以玄青镶黄，石廷柱纛以玄青镶白，王世选纛以玄青镶红，巴颜纛纯用玄青（两白旗缺一甲喇章京，原文各书同）。
七年六月，初，乌真超哈止设四旗，至是编为八旗，以祖泽润、刘之源、吴守进、金砺、佟图赖、石廷柱、巴颜、墨尔根辖李国翰八人为固山额真；祖可法、张大猷、马光辉、祖泽洪、王国光、郭朝忠、孟乔芳、郎绍贞、裴国珍、佟代、何济吉尔、金维城、祖泽远、刘仲锦、张存仁、曹光弼为梅勒章京。
是年七月，以锦州、松山、杏山新降官属兵丁，分给八旗之缺额者，其余男子妇女幼稚共二千有奇，编发盖州为民。又蒙古男女幼稚共四百二十有奇，又汉人八名，分赐恭顺王孔有德，男子十名，妇女幼稚十六口；怀顺王耿仲明，男子十名，妇女幼稚十二口；智顺王尚可喜，男子十名，汉人一名，妇女幼稚十二口；续顺公沈智祥，男子五名，妇女十六口；察罕喇嘛，男子三名，妇女幼稚三口；其余分赐公以下梅勒章京以上养之。
顺治二年十一月，以和硕德豫亲王多铎等招降公、侯、伯、总兵、副将、参、游等官三百七十四员，拨入八旗。三年四月，分隶投诚官于八旗，编为牛录。
十八年十月，户部请将新投诚官员，分旗安置，现到伪汉阳王马进忠之子都督佥事马自德，准入正黄旗；伪国公沐天波之子沐忠显，准入正白旗。未到伪延安王艾能奇之子、原镇国将军、今左都督艾承业，准入镶黄旗。
康熙元年三月，允义王孙征淳所请，令属下投诚各官，均拨三旗。
二十年九月，兵部题准耿昭忠等呈称：家口甚多，难以养赡，照汉军例披甲食粮，既可当差效力，又可均赡老幼家口。编为五佐领，令在京佐领管辖，每佐领下设骁骑校一员，小拨什库（汉文称领催）备四名，马甲各五十四名，步军拨什库兵各十三名。此五佐领，俱系耿昭忠、耿聚忠等属下，不便分晰[析]，应将伊等本身，一并俱归入正黄旗汉军旗下。
二十一年十二月，户部议准建义将军林兴珠，既归并镶黄旗汉军，令该都统归与缺少壮丁，其佐领下应给地亩籽粒口粮，照例支给，俟支俸后裁去。所居房屋，工都给发。
二十二年十二月，命尚之孝、尚之隆等家下所有壮丁，分为五佐领，隶镶黄旗汉军旗下。
乾隆五十五年五月，安南黎雏祁及属下人等，奉恩旨令其来京，归入汉军旗，分编一佐领。
摘录尚、孔、耿军收编，以明其非在称天佑、天助军时，沈志祥附。
镶黄旗汉军：第一参领第四佐领，原系定南王孔有德所属佐领，康熙二十二年进京，拨隶本旗（孔有德早亡，而其所属亦至三藩平后乃进京。原有佐领名色而不隶八旗）。
第二参领第二佐领，原系随续顺公沈志祥驻防广东之佐领，初以蒋有功管理，康熙二十二年进京，拨隶本旗。
《贰臣·孔有德传》：“八年（天聪），三月，诏定有德军营纛旗之制，以白镶皂，别于满洲及旧汉军，号天佑兵。”
又《尚可喜传》：“四月（天聪八年），诏至盛京，赐敕印，授总兵。军营纛旗，以皂镶白，号天助兵。”
又《耿仲明传》：“是年（天聪八年）秋，从征明，由大同入边，至代州，屡败敌兵。仲明每奉命出征，辄与有德偕，其军营纛旗，亦以白镶皂，号天佑兵。”
第二参领第七佐领，原系驻防福建人丁，康熙二十二年进京，始编佐领，分隶本旗。
第三参领第三佐领，原系定南王孔有德所属人丁，康熙二十二年进京，始编佐领，分隶本旗。孔军亦不尽有佐领名色。
第三参领第八佐领，原随续顺公沈志祥驻防广东人丁，康熙二十四年进京，始编佐领，分隶本旗。
《贰臣·沈志祥传》：“崇德六年，率所部随大军围锦县。七年，凯旋，赐貂裘及降户。志祥请全部众隶八旗汉军，于是隶正白旗。”案：虽有此文，殊未能符事实，见下各文。
第四参领第八佐领，原系随平南王尚可喜驻防广东人丁，康熙二十二年进京，编为佐领，分隶本旗。
第五参领第七佐领，原系定南王孔有德所属佐领，初以刘进孝管理，康熙二十二年进京，始隶本旗。
正黄旗汉军：第一参领第一佐领，系康熙十八年，将定南王孔有德所属官兵，编为佐领。孔部亦有先于平三藩而编佐领者（第二参领第一佐领同）。
又第五佐领，系康熙二十年编设。《通志》案：此佐领系耿昭忠、耿聚忠因所属家口人众，分编为五佐领。雍正十一年，作为世管佐领。乾隆三年，奏定为勋旧佐领。又乾隆三年七月二十九日，正黄旗汉军都统奏：臣旗耿姓三个公中佐领，奉旨改为世管佐领，其佐领下人等，应作为属下，或作为另户，恭请钦定。奉旨：此佐领照前所降谕旨，仍作为世管，其佐领下人等，俱实系另户。着晓谕伊等知之。
第三参领第八佐领，系康熙二十二年编设，初隶镶红旗。三十七年，此佐领拨隶本旗。《通志》案：此佐领原系耿精忠属下，随将军马九玉征云南兵丁一千，于康熙二十一年进京，编为五佐领之一，属苏彦卓克托公。
第四参领第一佐领，系康熙二十四年，将随续顺公沈熊昭驻防广东之壮丁一百四十八名，编为佐领。沈氏家兵，至易世后犹待编旗。
又第七佐领，系康熙二十年编设。《通志》案：此佐领原系和硕额驸耿昭忠等，因随伊祖投诚人多，不能养赡，部议编为五佐领之一。陈都策（第五任）革退后，因卢世英呈控，经王大臣议，请将五佐领内航海旧人、关东旧人、公主媵人七百余名编为公中佐领三。其福建等省随来壮丁，及耿姓各户下家人三百余名，编为耿姓世管佐领二。此即三公中佐领之一也。乾隆三年，又因耿化祚呈控，复奏请将三公中二世管，俱照镶蓝旗尚维邦佐领例，一体作为福珠里佐领。奉旨：两世营佐领作为福珠里佐领，三公中佐领作为世管佐领。乾隆十五年，奉旨仍为公中佐领。“福珠里”华言勋旧。
第五参领第二佐领，康熙二十年编设。《通志》案：此佐领亦系以耿昭忠等随来壮丁编立。雍正十一年，另编为公中佐领，以金通保管理（金通保本参领，承耿化祚缘事革退后）。乾隆三年，作为世管佐领。乾隆十五年，奉旨仍为公中佐领。
又第五佐领，系康熙十八年，将随定南王孔有德驻防广西之官兵编为牛录。
正白旗汉军：第二参领第三佐领，原系定南王孔有德所属佐领，初以王守仁管理，康熙二十一年进京。
第四参领第四佐领，系康熙十八年，将定南王孔有德所属官兵编为佐领。
又第八佐领，系康熙二十二年，将平南王尚可喜所属官兵编为佐领。
第五参领第二佐领，系康熙二十四年，将续顺公沈熊昭进京之兵丁编为佐领。其第一佐领内，亦有续顺公沈铎、续顺公沈广文两次管理。
又第八佐领，系康熙二十六年，将广东进京之兵丁编为佐领。
正红旗：第一参领第一佐领，系顺治元年，将定南王孔有德所属人丁，编为牛录。初隶正黄旗，雍正四年始拨隶本旗。
第三参领第三佐领，系驻防福建佐领，康熙二十二年进京，分隶镶蓝旗。四十六年，拨隶正黄旗，雍正四年始拨隶本旗。
又第五佐领，系康熙二十二年，将驻防广东兵丁，编为佐领。初隶正黄旗，雍正四年，始拨隶本旗。
第四参领第四佐领，系康熙二十二年，将驻防广东兵丁，编为佐领。初隶正黄旗，雍正六年始拨隶本旗。
第五参领第五佐领，原系定南王孔有德所属佐领，初以陈述林管理。康熙二十二年进京，分隶正黄旗，雍正四年，始拨隶本旗。
镶白旗：第三参领第五佐领，系康熙二十二年，将广西驻防兵丁，编为佐领。初隶正白旗，雍正四年拨隶本旗。
又第六佐领，系康熙二十二年，将广东驻防兵丁，编为佐领。初隶正白旗，雍正四年拨隶本旗。
第四参领第五佐领，系康熙二十二年编设。初隶正白旗，以三品官线囗管理。线囗故，以其弟线绪管理。线绪故，以阿恩哈尼哈番石显爵管理。石显爵故，雍正四年，此佐领拨隶本旗（以后乃均不由线姓）。按线国安于康熙十三年，从吴三桂叛，十五年病死，子成仁复归顺，原系孔部。
又第六佐领，系康熙二十二年，将广东驻防兵丁，编为佐领。初隶镶黄旗，雍正九年，拨隶本旗。
正蓝旗：第四参领第六佐领，系康熙十八年，将定南王孔有德所属官兵编设佐领。
第五参领第六佐领，原系定南王孔有德所属佐领，康熙二十二年进京，分隶正白旗，雍正九年拨隶本旗。
镶蓝旗：第二参领第三佐领，系康熙二十二年，将福建驻防兵丁，编为佐领。
第五参领第五佐领，系康熙二十三年编设。《通志》案：此系康熙年间，赏给尚之隆五佐领之一，于乾隆三十九年，因佐领出缺，奏请调取拟正人员。奉旨；此佐领虽系尚之隆亲子孙，分定三佐领内之一，但既经管理两个，若仍令伊支派管理，未免过优。着将此一佐领作为伊合族内公中佐领。按尚之隆五佐领，皆在本旗内，其孰为之隆亲子孙管理之两个佐领，志未明载，其佐领数如下：
第一参领第六佐领，系康熙二十三年编设。初以王国瑞管理，王国瑞因病辞退，以尚崇垣管理（以下皆归尚氏世管）。
第二参领第五佐领，系康熙二十三年编立。初以田毓英管理，田毓英故，以骁骑校刘思义管理，刘思义故，以尚崇廙管理（以下归尚氏世管）。
第三参领第五佐领，系康熙二十二年编设。初以尚崇志管理。（以下皆尚氏世管。）
第四参领第六佐领，系康熙二十三年编设。初以李芳臣管理，李芳臣缘事革退，以拜唐阿尚之缙管理（以下归尚氏世管）。
《兵制志》二：
雍正八年上谕：“前汉军恳请出兵効力，朕谕该都统等，汉军骑射生疏，平时不肯演习，而务出征効力之虚名，于事无益，可于每旗操演兵丁千名备用。昨据都统等奏：镶黄、正黄、正白三旗，除常行当差兵外，现在轮流操演，可得千人。正红、镶白、镶红、正蓝、镶蓝五旗，除当差外，不敷千人之数。我朝定鼎，汉军从龙入关，技勇皆可用。今承平日久，耽于安逸，是以武艺远不如前。目今官至提镇副参者，寥寥无几，而在内简用都统副都统时，亦难其人。朕思汉军生齿日繁，当筹所以教养之道，而额设之兵，为数又少，似应酌量加增，于国家营伍，旗人生计，均有裨益。且如在外驻防汉军，子弟日渐繁衍，即本身钱粮，各有定数，难以养赡，应令余丁回京当差。又如外任官子弟，往往以随任为名，游荡荒废，前曾有旨严禁，悉令回京当差，学习弓马。又如候缺微员，一时难以铨选者，若情愿入伍当差，到选班时，仍许轮流补用。又如内府人丁亦众，于充役当差外，其闲散人丁拨入八旗充骁骑亦可。再五旗诸王之汉军佐领，仍属本王外，其贝勒贝子公等之汉军佐领，实无所用，应撤归旗下公中当差，且可免掣肘之虞。其如何增设汉军佐领，永远可行，着详议具奏。”嗣议定：汉军镶黄旗，四十三佐领有半；正黄、正白二旗皆四十二佐领；正红旗二十七佐领有半；镶白旗二十八佐领；镶红旗二十七佐领；正蓝、镶蓝各二十八佐领。通计领催、枪手、炮手、棉甲兵、教养兵、铜铁匠、弓匠、听差、护城、守门、守炮、守火药局、守教场以及步军、门军。共万七千五百二十八人。今应于原有之二百六十五佐领及两半分佐领外，增设三佐领，并增两半分为两整分。上三旗每旗定为四十佐领，下五旗每旗补足三十佐领，共二百七十佐领。其新设佐领下，应增领催十五名，步军领催三名，步军四十八名。每佐领增足枪手四十名，棉甲兵八十名。上三旗每旗补足教养兵一百八十八名，下五旗补足教养兵一百四十九名。共增兵二千四百七十二名，以足二万之数。至所增各项兵丁，应于在京闲散壮丁及外省驻防汉军余丁、外官随任子弟愿充骁骑者并候选未得之微员内选补。再下五旗汉军佐领，除王等仍旧分设外，贝勒、贝子等佐领，悉归各旗，作为公中佐领。
按汉军佐领，皆天下初定时招纳之叛降骁悍。清既为之编制，始终未尝歧视。历世既久，尚悉心理其传袭之纠纷，使之得所，倚恃朝廷，为世世豢养之计，此亦清之取信于降人，不使生心。观《封爵表》，贰臣所封之爵，多传至辛亥失国乃止。
其所谓诸王贝勒下之汉军，则包衣内之佐领，非汉军八旗之佐领。包衣内汉人投入愿为奴隶者，尚不得与汉军旗比。汉军旗尚以残余武力受编，在国家为息事宁人之计；包衣乃自愿受役而投旗者。又清初汉官过犯免死者，往往令入汉军旗。乾隆时则以汉军生齿繁多，又准其自愿呈请出旗矣。