摄政王既定燕京，即派员率师先定山东、山西，盖由近渐及远省。明福王以五月戊子朔，由马士英以兵拥戴入南京，初三日即监国位，十五日进称帝，建号弘光。当拥立福王时，向时持清议者，皆以北都党案反复，王为郑贵妃孙，郑氏乃造成各案之主体，又以王失教无善行，意不欲赞定策议。为士英所胁，而诸不快意于清流者群和之，自始即挟有意见。以诸正人于拥立有异议，激王疏远正人，出史可法于外，以士英当国，起用阉党阮大铖，尽翻逆案。国事皆在马、阮，王又童昏，南都事不可为。而摄政王于六月十一日丁卯，与诸王大臣定议，建都燕京，遣使奉迎车驾。世祖以九月十九日甲辰，自正阳门入宫。十月乙卯朔，亲诣南郊告祭天地，即皇帝位，颁大清《时宪历》。翌日丙辰，以孔子六十五代孙允植袭封衍圣公，其五经博士等官袭封如故。十日甲子，上御皇极门颁诏天下，大赦。乃议佐命开国亲郡王及满洲诸臣封爵，所司损益前典以闻，并察归降文武官绅，其先后轻重之序如是。诏中除宣赦外，悉数蠲除明季苛杂加派赋税，地亩钱粮悉照前明会计录，自顺治元年五月朔起，如额征解，盐法亦然。凡加派各饷，俱行蠲免，仍免本年额引三分之一。又自五月朔以前，所有本色折色各数十种款目钱粮，逋欠在民者，一律豁免。另一款亦系豁除逋征，当是指虽无民欠实据，亦概予豁除。至五月朔以后之蠲免，则大军经过地方，仍免征粮一半，归顺州县，非经过者，免本年三分之一。关津商税普免一年。明末所增之商税则永豁免。曾经前明因兵灾全免钱粮之地方，仍予全免，不在免半及三分免一之例。近畿六十八卫军人，明时派供内廷柴炭，永免且禁私派，招商办买充用。京城行商车户佥派徭役，及北直、河南、山东、山西等省截银，明末所已免派免解者，均照现行事例蠲除。京师东、中、西三城，因屯扎禁卫军人，不得已令官民之家迁让，其迁居之户，所有田地不拘坐落何处，概免租赋三年。南北城居家虽不迁徙，而房屋被人分居者，亦于所有田地不拘坐落何处，概免租赋一年。丁银不照原有定额，查核老幼废疾，并与豁免。军民年七十以上，许一丁侍养，免其徭役。明季直省屯田司助工银两，准予豁免。直省漂流挂欠及明系侵没之钱粮，已经追比在官者，自五月朔以前事件，一律免追释放。经寇劫失之钱粮亦同。凡此皆从明末人民生计之苦，曲折体贴，又于明时已有之惠恤，不因现在加惠之通令，转有废阁。此诏适合人民苦于征纳、思解倒悬之心理，与未入关前对待关内方法截然不同。出以世祖登极诏书，实即摄政王听纳群言、熟察民瘼所得之结果，其余培风化、收人望、敬礼先代帝王贤圣、守护明代陵寝诸端，皆合中国旧来崇尚，无复夷风。摄政王乐引汉人，为满洲旧人所嫉，此亦其所收之效也。诏榜今尚有存者，《东华录》亦载全文，不能备录。《清史稿·世祖纪》已有所删节矣。
方世祖将即位时，明使左懋第、马绍愉、陈洪范奉金币求和，为割地偏安计。不报。既继位后，逾两旬，以十月二十五日己卯，命豫亲王多铎为定国大将军，进取江南。先清河南北未服军民屯堡，所过悉平。阅数日，以英亲王阿济格为靖远大将军，西讨李自成。两王皆摄政王同母兄弟。英王直由绥德取延安、鄜州，断自成军西窜之路。豫王自河南破自成军于潼关，连败之，至西安，自成被迫东走出陕。乃命豫王移师向江南，英王专事自成，时在顺治二年四月。以是月十八日庚午，豫王师至扬州，谕明督师阁部史可法等降，不从。二十五日丁丑，克扬州，可法不屈见杀。五月初五日丙戌，清师渡江，明守将郑鸿逵等舟师溃，遂陷镇江，由丹阳、句容抵南京。初十日辛卯，明弘光帝先遁。翌日，马士英亦遁。南都士民拥狱中所囚崇祯太子出监国。十五日丙申，豫王至南京，勋臣赵之龙、阁臣王铎、部臣钱谦益等以城降。南都既下，明所以系人心者略尽。以后隆武之在闽，鲁监国之在海上，永历之在两粤、滇、黔，奔迸流离，保存名号而已。
崇祯太子之狱，始于是年三月。弘光及马、阮，以北来之太子为伪，下之狱，而朝士多信为真。士民不慊于时政，亦诽议君相。其先于上年十二月，北都先见崇祯太子，清廷以为伪，杀之，并杀认太子为真者。至南中复见太子，史可法得北使左懋第等讯，知太子已被害于北，不附和继至之太子，朝士则谓可法受马、阮胁制而然。然余考之，北都太子实不伪，即南都太子非真也。余别有专论，于此不复赘。六月，明总兵田雄、马得功等执弘光献于豫王。闰六月，英王追李自成至湖广。势穷入通城之九宫山，自缢死。是时，明唐王聿键即帝位于闽，建元隆武，鲁王以海称监国于浙。豫王多铎既克南京，并下杭州，旋召还，以贝勒勒克德浑代将。三年正月，又以太宗长子肃亲王豪格为靖远大将军，征四川。至冬十一月，清军平闽，隆武帝殉。豪格入川，张献忠战死于西充。会明遗臣复立桂王由榔于肇庆，改元永历。自成、献忠余部巨万数，先后归之。南明之兵多为归附之众，自隆武倚郑芝龙立国，郑氏即前时受抚之海寇，至永历又尽收张、李余部，不收则无兵可作声势，收之亦无弹压之力，非唯不足图功，亦且备受屈辱。清对南明，亦用汉人为前驱。使相屠杀，是为吴、尚、耿、孔四王之兵。吴三桂原为明将，所统为明之官军，尚可喜、耿仲明、孔有德皆毛文龙旧部，实盗类也。清用此诸军，自有八旗为中坚，以监督之，其势自不敌。然犹亘十余年，终世祖之世，未能悉平南方。圣祖即位后，永历帝乃为缅甸所缚献，鲁王亦卒于台湾。自是无与清对立之明。以国统言，自康熙元年以后，始为真统一中国。在述清史者可认为主体，不复以清与明为分别之词矣。
世祖开国之制度，除兵制自有八旗为根本外，余皆沿袭明制，几乎无所更改。明之积重难返，失其祖宗本意者，清能去其泰甚，颇修明明代承平故事。顺治三年三月，翻译明《洪武宝训》成，世祖制序颁行天下，直自认继明统治，与天下共遵明之祖训。此古来易代时所未有。清以为明复仇号召天下，不以因袭前代为嫌，反有收拾人心之用。明祖立法，亦实有可以修明之价值，若闭关之世不改，虽至今遵行可也。故明之代元，史家极应研究其制作。清之代明，纲纪仍旧，唯有节目之迁流，自非详考不足标其大异之点。八旗制已有详考，余从略。其驭宫廷阉宦之法，清实大胜于明。但在世祖开创时，亦已模仿明制，十年六月，设内十三衙门，严为限制，令宦官不得过四品。十三年六月，又仿明祖立铁牌，禁内官干政。此皆有复蹈明阉祸覆辙之渐。十五年三月，有大学士陈之遴、前恭顺侯吴惟华贿结内监吴良辅之狱。之遴、惟华流徙籍没，之遴遂死贬所。吴监被旨严饬，而世祖卒爱昵之，崩前五日，《实录》已书不豫，而是日尚幸悯忠寺观吴监祝发，其为自知不起，令吴监避祸耶？抑自恐命促，令所爱代为出家以媚佛求佑耶？二者必居一于此。要之世祖御世时，无改革阉寺之计，其处斩吴良辅及废十三衙门，乃世祖崩后太后及辅政诸臣之意。此《清史》之所不详，见余《三大疑案考实》。
清入关创业，为多尔衮一手所为。世祖冲龄，政由摄政王出。当顺治七年以前，事皆摄政专断，其不为帝者，摄政自守臣节耳。屡饬廷臣致敬于帝，且自云：“太宗深信诸子弟之成立，唯予能成立之。”以翼戴冲人自任，其功高而不干帝位，为自古史册所仅见。薨于顺治七年十二月初九日戊子，当时犹用帝礼，祔庙上谥，称成宗义皇帝，以称其实。乃未几以属下首告，王曾制八卦黄袍，令与大东珠朝珠、黑貂褂潜置棺内等事，坐以悖逆之罪。夫既以帝号加之，凡形式上之帝制，何者为不可犯？此与追尊之诏岂非矛盾？唯王与肃王不合，囚王致死，而又取其福晋，肃王为世祖长兄，于此事不无怀愤。又于顺治五年冬至，初次郊天恩诏，尊称王为皇父，世乃传太后有下嫁摄政王之事。今见之笔墨者，唯明遗臣张煌言之《苍水诗集》，有“春官昨进新仪注，大礼恭逢太后婚”之句，确为当时人语。然苍水以邻敌在远，仇恨所敌，因传闻而作揶揄之词，难为信史。世所传则谓春官指礼部尚书，而其人则坐以钱谦益，以附会谦益之所以为高宗深恶，且传有谦益撰太后大婚诏文，清亡后顿见传播，而故老亦多信之。余考谦益未为礼部尚书，多尔衮称皇父时，谦益去国已久。且考《朝鲜实录》，当时有“拟议摄政称皇父”之语，并不涉及太后之下嫁，即其未奉大婚诏之明证。唯旧《东华录》议多尔衮罪时，有“身到皇宫内院”一语，或可为事有暧昧之据，但不必为太后有私，且有私亦与下诏大婚公然称庆有别。以其坦然尊为皇父，转信其非有暧昧之惭，直如古者尚父、仲父之君尊其臣而已。此事详见余《三大疑案考实》，不具录。摄政王之身后获咎，因缘世祖之心有不平，亦因郑亲王济尔哈郎始本同为摄政，后以多尔衮功高，己为所掩，后于四年七月又停其辅政之职，而代以多尔衮之同母弟多铎。多铎于定天下实亦功高，先摄政而死，至摄政死后，郑王再起辅政，有报怨之心，益构摄政之罪。观高宗之为摄政昭雪，极道世祖冲年受惑，诬此贤王，则其子孙自有公论，要为开创时之一大反复，不可不记者也。
当世祖时，南方尚未悉定，然朝廷已见开明之象。前七年为摄政代行，亲政以后，虽有攻异端，宠侧妃，不无太过之失，然资禀英明，不至妨政。世传世祖之崩御非实，乃缘爱宠董鄂妃，妃死而帝为僧以殉之，盖以媚佛、宠妾并为一谈。余别有《世祖出家考实》，为三疑案之一，有以深明其不然。要其媚佛而不以布施土木病民，宠妾而不以女谒苞苴干政，唯见其理解之超，情感之笃，萧然忘其万乘之尊，真美质也。自摄政王好延揽汉人，用陈名夏，而南方名士多所荐起。亲政以后，政策仍前，由八旗掌握实力，天子则乐就汉人文学之士，书恩对命，绰有士大夫之风，居然明中叶以前气象。正、嘉以后，童昏操切之习略无存者，天下忘其为夷狄之君焉。顺治朝，通摄政、亲政两时期观之，其有君人之度，略无更改。摘数事为例：
二年五月壬午朔，河道总督杨方兴进济宁州瑞麦，有三四歧者，有八歧、十歧者。得旨：“时和年丰，人民乐业，即是祯祥，不在瑞麦。当惠养元元，益加抚辑。”
是月丁酉，故明中书张朝聘输木千章，助建宫殿，自请议叙。
谕以“用官惟[唯]贤，无因输纳授官之理”，令所司给直。
三年七月壬戌，江西巡抚李翔凤进正一真人张应景符四十幅。得旨：“凡致福之道，惟[唯]在敬天勤民，安所事此？朝廷一用，天下必致效尤，其置之。”
四年正月丙午，河南巡抚吴景道以芝草产于嵩山，表贺。得旨：“政教修明，时和年稔，方为祥瑞。芝草何必称奇？”
八年正月己未，世祖将亲政之前一日，户部尚书觉罗巴哈纳等入奏事毕，上问曰：“外间钱粮，有无益之费否？”巴哈纳等奏曰：“有。京师营建，用临清砖，土质坚细，遣官一员烧造，分派漕船装载抵通，又由五闸拨运至京，给与脚价。”上曰：“营造宫殿，京师烧砖，尽可应用，又费钱粮拨运，甚属无益。漕船远涉波涛，已称极苦，用令装载带运，益增苦累。临清烧造城砖，着永行停止，原差官撤回。”越三日壬戌，江西进额造龙碗。得旨：“朕方思节用，与民休息。烧造龙碗，自江西解京，动用人夫，苦累驿递，造此何益？以后永行停止。”
此可知入关以后，摄政与亲政时代无殊，皆能用中国贤明之君为法，定天下固自有气度也。明季习于苛敛。摄政时用范文程言，一切厘革。然乱世宵人，伎俩百出，尝试不已，非有明决之识，真实之意，辄为群小所眩惑。“与其有聚敛之臣，宁有盗臣”，真知此意者少矣。顺治朝不肖疆臣，时时有规复加派之请，辄废黜不行。举例如下：