十月，阿睦尔撒纳复乱。时大军已撤，班第、鄂容安留伊犁筹善后，仅余兵五百。初，四部厄鲁特本各有汗，准部强盛，伊犁始为四部长，抗中国者数世。帝既命分建四部，阿睦尔撒纳意不慊，阴使哈萨克、布鲁特诸部纵流言，非己总四部，边不得安。擅诛杀掳掠，擅调兵，不服赐衣翎顶，不用副将军印，自用浑台吉菊形篆印。帝令九月至热河行饮至礼，中道北逸，日出煽乱，伊犁诸喇嘛、宰桑蠭[蜂]起相应，班第、鄂容安力战走二百余里，被围死之。北路军将既陷，西路永常有兵不相援，仓皇退回巴里坤。帝逮治永常，以策楞代，永常道死。又命玉保、富德、达尔党阿为参赞。赐轻信纵逃之喀尔喀亲王额林沁多尔济自尽。二十一年二月，策楞等复伊犁，阿睦尔撒纳遁入哈萨克。时追之将及，彼遣人诳报有台吉诺尔布已擒阿来献，玉保驻军待之，先以红旗报捷于策楞，策楞据以入奏。既知为敌所误，将军、参赞互相咎，谓马力竭，顿师伊犁不进。帝命达尔党阿、哈达哈代之，命兆惠自巴里坤赴援。二十二年二月，达尔党阿由西路击败哈萨克二千人，阿睦尔撒纳易服潜遁。又使哈萨克人来言：“需汗至即擒献，乞暂缓师待。”达尔党阿果下令驻军。阿睦尔撒纳扬去。哈达哈出北路，又遇哈萨克不击。从征降人宰桑见两将军皆见卖无能，皆轻之，诸部并叛，都统和起被诱歼焉。策楞、玉保逮问，途次为厄鲁特所杀。兆惠以兵千五百入伊犁，阿睦尔撒纳闻诸部构乱，自哈萨克归，会诸部于博罗塔拉河，欲自立为汗。准部大扰，兆惠闻变，自济尔噶朗河转战而南，沿途杀敌数千，于二十二年正月至乌鲁木齐，敌众皆会，连日数十百战，至特讷格，不复能冲击，乃结营自固。会帝先命侍卫图伦楚率巴里坤兵往迎，围乃解，复往剿巴雅尔部落（属杜尔伯特），始回巴里坤。四月，议大剿准部，定边左副将军成衮札布出北路，右副将军兆惠出西路。会诸部落自相攻伐，且大疫，兆惠兵至，诸部落皆溃，阿睦尔撒纳则投哈萨克。哈萨克汗阿布赉已与阿睦尔撒纳积衅，且惧清军，遣使入贡，阿睦尔撒纳来投只率二十人，遂先收其马，阿睦尔撒纳携八人夜走俄罗斯界，旋患痘死。成衮札布以定边左副将军归镇乌里雅苏台，兆惠率兵四千弹压厄鲁特，未几，而回疆兵事又起。
第六节 武功之继续四——取回疆
回疆已服属于准噶尔，准部既平，似已一并收功，不用再举，高宗初志本然。乾隆二十年正月，甫动讨准之兵，二月即传谕西路参赞鄂容安：“汉时西陲，塞地极广，乌鲁木齐及回子诸部落皆曾屯戍，有为内属者，唐初都护开府，扩地及西北边。今遗地久湮，此次进兵，凡准噶尔所属之地，回子部落内，伊所知有与汉唐史传相合可援据者，并汉唐所未至处，一一询之土人，细为记载，遇便奏闻，以资采辑。”此谕见《东华录》，可见成功者自有意识，而事实正不如是之易也。数月内果平伊犁。而回部和卓木甫脱准部之羁绊，而准部则又有阿睦尔撒纳之变，回部因有大、小和卓木之生心，鄂容安亦死于变中，回疆乃终用武力取之矣。
回疆在汉唐时，早为西域城郭之国，唐以前佛教流行，其变为伊斯兰教，世系有不能详。而《圣武记》特凿凿言之，虽未知其所根据，然与他官书多未尽合，则亦不敢尽信也。
《圣武记》：“隋、唐之际，其国王天方国。谟罕蓦德者，生而神灵，尽臣服西域诸国，始扫佛教，自立教，造经三十篇，敬天礼拜，持斋戒，葱岭以西，皆尊曰天使（回回语称天使为别诸拔尔，亦曰派罕巴尔）。传二十有六世，曰玛墨特者，当明之末年，与其兄弟分适各国，始自墨德逾葱岭，东迁喀什噶尔，是为新疆有回酋之始，即霍集占兄弟等之高祖也。其回部旧汗，本元太祖次子哈萨岱之裔，世封回部。及玛墨特自西方至，各回城靡然从之。旋值厄鲁特强盛，尽执元裔诸汗，迁居天山以北。回部及哈萨克皆为其属。哈萨克行国仅纳马，而回部各城则分隶诸昂吉（准部昂吉二十一。昂吉者，分支也，乃台吉所有之户下），征租税，应徭役，并质回教酋于伊犁。康熙三十五年，噶尔丹败后，其质伊犁之回酋阿布都实特自拔来投，圣祖优恤之，遣人护至哈密，归诸叶尔羌，是为霍集占兄弟之祖。至其子玛罕木特，噶尔丹策零复袭执而幽之，并羁其二子，使率回民数千，垦地输赋，长曰布那敦（亦曰博罗尼都），次曰霍集占，即所谓大、小和卓木也。”篇末又著论，略曰：“考霍集占高祖玛墨特之初迁喀城也，当明之末季，距其始祖派罕巴尔已千余年。徒以来自天方，回人神明奉之，生即所居为寺，没即所墓为祠。其时回疆各城，尚皆有汗，皆元太祖之裔，非回国裔也。顺治初，哈密有巴拜汗，叶尔羌有阿布都汗，吐鲁番有苏勒檀汗，皆以叶尔羌酋为大宗。每表贡皆叶尔羌汗署名。康熙二十五年，贡表称臣成吉思汗裔，承苏赉满汗业，其时尚未为回酋所有。逮准噶尔强盛，攻破回子千余城，自后无复表贡。而乾隆二十年，大军荡平准部时，惟[唯]有吐鲁番旧头目莽苏来降，此外无蒙古遗种（吐鲁番旧头目亦已迁居喀喇沙，失其故土久矣）。然则回城各蒙古酋汗，盖康熙中准夷灭之，非回教逐之。准夷既灭，元裔各汗，并执回教之长归伊犁。是则霍集占祖宗，并未占有回疆，享一日之威福，且派罕巴尔子孙，分适各国，喀城和卓，特其一支，非其嫡裔大宗也。彼大、小和卓兄弟，又非有功德于回民也。王师出之拘幽，反之旧部，饥附饱扬，报德以怨。”
据魏氏言，蒙与回之递代，亦由理想推之，事实固不可以理想为定断，但当存为一说耳，文已稍嫌武断，证以史实，殊有非是。并因其推断之不确，而其确举之名字世系，亦大有疑问。
《明史·西域四卫传》略言：“哈密，汉伊吾卢地，唐为伊州，宋入于回纥，元末以威武王纳忽里镇之，寻改为肃王，卒，弟安克帖木儿嗣。洪武中，太祖既定畏兀儿地，置安定等卫，渐逼哈密，安克帖木儿惧，将纳款。成祖初，遣使来朝贡马。永乐元年十一月至京。明年六月，封忠顺王。八年，封兔力帖木儿为忠义王（嗣王脱脱从弟）。宣德三年，以所命脱脱子卜答失理嗣忠顺王、兔力帖木儿弟脱欢帖木儿嗣忠义王，二嗣王同理国政。自是二王并贡。成化三年，马文升言：‘番人重种类，且素服蒙古，哈密故有回回、畏兀儿、哈剌灰三种，北山又有小列秃乜克力相侵逼，非得蒙古后裔镇之不可。今安定王族人陕巴，乃故忠义脱脱近属从孙，可主哈密。’五年春，立陕巴为忠顺王。六年春，吐鲁番速檀阿黑麻袭哈密，执陕巴。廷臣议：陕巴即使复还，势难复立，令都督奄克孛剌总理哈密事，与回回都督写亦虎仙、哈剌灰都督拜迭力迷失等，分领三种番人以辅之。十年，阿黑麻送还陕巴，仍其旧封。十八年，陕巴卒，其子拜牙即自称速檀，命封为忠顺王。时吐鲁番阿黑麻已卒，其子满速儿嗣为速檀。正德六年，满速儿甘言诱拜牙即叛。八年，拜牙即弃城叛吐鲁番。嘉靖初，刑部尚书胡世宁言；‘拜牙即久归吐鲁番，回回一种，早已归之，哈剌灰、畏兀儿二族逃附肃州已久，不可驱之出关，然则哈密将安兴复哉？乞置哈密勿问。’后哈密服属吐鲁番，迄隆庆、万历朝，犹入贡不绝，然非忠顺王苗裔矣。”
综《哈密传》文，明初其地已属色目，而非蒙古。色目有三：曰畏兀儿，曰回回，曰哈剌灰。元以色目与蒙古为阶级，自与蒙古为标异。《辍耕录》载色目三十一种，畏兀儿作畏吾儿，回回同，哈剌灰当即阿儿浑。畏兀儿、哈剌灰所奉之教，未敢必为回教，回回则必系回教，非回纥或回鹘旧有之名。唐回纥亦佛教，后天方之摩诃末教渐风行各国。元初唯知回纥为西方大国，而奉摩诃末教，即名此教为回纥教，而奉此教者即名之为回纥，不暇深辨，音又讹为回回。盖回回之名，即从奉回教而来，说详屠氏寄《蒙兀儿史记》。哈密为回疆东界，元时已为回族所居，则谓明末始有谟罕蓦德二十六世裔孙玛墨特东迁喀什噶尔，为新疆有回族首领之始。其意殆谓以前只有回民，而其中并无布教长耶？且玛墨特与其兄弟分役各国，皆在同时，独玛墨特东逾葱岭，为新疆回族有首领之始，其他兄弟所适之国尚多，当葱岭以西回教之国，皆待此而始有耶？哈密忠顺王为元代威武王之裔，非元太祖次子哈萨岱之裔，哈萨岱《元史》作察合台，官书叙回部之祖，亦作察哈岱，《圣武记》作哈萨岱，字已误倒。威武王，《元诸王表》作威武西宁王出伯，大德八年封。十一年，进封豳王。又：豳王出伯，大德十一年由威武西宁王进封。喃忽里，延祐七年袭封。喃忽里即纳忽里，然在进封豳王之后始袭，所进王非肃王，《明史》微误。此王驻西宁或豳州，兼经哈密，或元亡后退驻边外而抵哈密。要为元在中国本部之藩王，非察合台藩国之分王。速檀系回部之长之称，《哈密传》中一见，下《土鲁番传》中，累易其长皆称嗣速檀位。盖即今回教国中所称苏丹，清官书作苏勒檀，顺治中之吐鲁番苏勒檀名阿布勒阿哈默特。魏氏以苏勒檀为吐鲁番汗之名，亦殊不审。
《明史·土鲁番传》略言：“去哈密千余里，汉车师前王地，隋高昌国。唐灭高昌，置西州及交河县，此则交河县安乐城也。宋复名高昌，为回鹘所据，尝入贡。元设万户府。永乐四年，其万户赛因帖木儿遣使贡玉璞。后其酋迭来朝贡，命为都督佥事，或指挥佥事，或都指挥佥事。正统间，其酋也密力火者。侵并火州、柳城，国日强，僭称王。景泰、天顺间一再来贡。成化五年，遣使来贡，其酋阿力，自称速檀，迭有奏请，不可尽从。九年春，袭破哈密，执王母，夺金印，分兵守之而去，而修贡如故。谕献还哈密王母及城印，屡不果。十四年，阿力死，其子阿黑麻嗣为速檀。而哈密都督罕慎于十八年潜师克哈密。弘治元年，罕慎后被诱杀，仍据哈密，后献还，又夺又还，求通贡如常。十七年，阿黑麻死，长子满速儿嗣为速檀，桀骜变诈逾于父，修贡如故。正德九年，诱哈密袭王拜牙即叛归己，复据哈密。朝廷大臣张璁、桂蕚等倾陷异己，阴庇满速儿，起封疆之狱，谴逐杨廷和、彭泽诸人，满速儿桀骜益甚。中朝许通贡，而哈密存亡置不复问，河西稍获休息。嘉靖二十四年，满速儿死，长子沙嗣为速檀，其弟马黑麻亦称速檀，分据哈密，而兄弟仇杀。嗣其弟琐非等三人，亦各称速檀，迄万历朝，奉贡不绝。”
吐鲁番在元设万户府，则非有驻守之汗王，其为元裔与否，《明史》不著。正统间，阿力自称王，成化间来贡亦称为速檀，自阿力以下传其嗣阿黑麻及满速儿，三世称雄。满速儿尤能使哈密自投，明廷不能复问，享国尤长，为吐鲁番之最强者，疑后世彼族自称先业，侈言苏赉满汗，即此满速儿译音之歧出也。
《旧国史·吐鲁番回部总传》：“顺治三年，吐鲁番苏勒檀阿布勒阿哈默特阿济汗遣都督玛萨朗琥伯峰等奉表贡，谕曰：‘吐鲁番乃元青吉思汗次子察哈岱受封之地，前明立国，隔绝二百八十余载，今得幸而复合，岂非天乎？’苏勒檀者，犹蒙古称汗，明成化时酋号如之。十年，贡表署苏勒檀赛伊特汗。十二年，回使克拜赍叶尔羌表至，表署阿布都喇汗，诘表异名违例故，克拜告曰：‘哈密、吐鲁番、叶尔羌长皆昆弟，其父曰阿都喇汗，居叶尔羌，卒已久，有子九：长即阿布都喇汗，居叶尔羌；次即阿布勒阿哈默特汗，居吐鲁番，先二年卒；次苏勒檀赛伊特汗嗣之；次巴拜汗，居哈密，以得罪天朝故，为叶尔羌长所禁，阿布勒阿哈默特汗子代之；次玛哈默特苏勒檀，居帖力；次沙汗，居库车；次早死；次伊思玛业勒，居阿克苏；次伊卜喇伊木，居和阗。前叶尔羌汗遣其弟自吐鲁番请贡，故表称吐鲁番罕名，今以叶尔羌汗为昆弟长，故表称叶尔羌汗名。’康熙十二年，吐鲁番使乌鲁和卓等至，贡表称祃木特赛伊特汗，署一千八十三年。二十年，吐鲁番使伊思喇木和等贡，表署阿布勒穆咱帕尔苏勒檀玛哈默特额敏巴图尔哈什汗。二十五年，复遣使乌鲁和卓至，表称：‘臣青吉思汗裔，承苏赉满汗业，谨守疆界，向风殊切，今特遣献方物。’三十四年，大军议征噶勒丹（即噶尔丹）。先是噶勒丹强胁吐鲁番为己属，兄僧格子策妄阿喇布坦与构怨，携父僧格旧臣七人走吐鲁番，寻徙和博克萨哩。吐鲁番为策妄阿喇布坦属。至是刑部尚书图纳请檄吐鲁番，令知罪只噶勒丹，勿惊惧，诏允之。三十五年，噶勒丹败遁，叶尔羌汗阿卜都斯伊特自军所降，告：‘叶尔羌有兵二万，吐鲁番有兵五千，请携孥赴吐鲁番，宣圣德，偕策妄阿喇布坦擒献噶勒丹。’上悯其情，遣归，噶尔丹寻走死。”