曾国藩守制不出既逾年，九江下后，闽、浙告警。胡林翼趣起国藩，朝廷亦急于援浙，遂以咸丰八年五月二十一日乙未，即家召国藩起。始命赴浙，又改命援闽。盖石达开自六年离金陵，横行皖、赣境，至是犯浙及闽。国藩候命江西，未定所向，而庐州复陷，李续宾趋救阵亡，国藩弟国华偕殉。续宾以罗泽南门人，从办团练。泽南死，代统所部，七年间克四十余城，经六百余战。至是，殁于庐州城南八十里之三河镇。庐州为安徽侨省，二年一失而江忠源殉。五年，江南军复之，复为省会。太平军以金陵敌军渐逼，急取远势解危局，以七月陷庐州。适林翼亦丁母忧去，续宾以安庆后路所在，而三河又为水陆冲途，急攻之。太平军陈玉成、李秀成、李世贤诸军皆会救，众至十余万。续宾军止五千人，被围血战竟日，力竭阵亡，国华等从死者数十员。会达开回窜江西，福建、浙江响应之太平军皆不振，官军进剿，屡有克捷，而江、皖军事转亟。朝命急起林翼，并诏国藩统筹全局，规进取形势。国藩遂于九年正月奏：“数省军务，安徽最重，江西次之，福建又次之。计唯大江两岸各置重兵，中流水师，三路鼓行东下，剿皖南以分金陵势，剿皖北以分庐州势。闽省则兵力足自了。皖、豫捻匪与太平军相结，能以马队冲锋，请调察哈尔战马三千匹，赴营调练应用。”诏允之。方部署间，达开自江西窥知湘军尽出，本省空虚，拥裹胁之众十余万。由南安趋崇义，入湖南，陷桂阳、兴宁、宜章各县。巡抚骆秉章与湘绅左宗棠急召湘中假归将士久习战阵者，所在募勇设守，飞咨楚中。林翼乃分军水陆援湘，自驻黄州固守，令图皖之军不受掣扰。达开方悉锐北图犯鄂，鄂中援湘军以李续宜统之。达开方围攻宝庆，援军屡挫敌。敌势大，号众数十万，屹不为动。续宜后至，与刘长佑、刘岳昭诸将领决策大战，解宝庆围。达开南退，湘军蹑追，遂由东安、永明回桂。是时达开与金陵久隔绝，军制官名皆有不同。俘获中旗号名色，有统戎、佐旗、提审、通传等名，皆太平军向所未有。以九月犯桂林，湘军刘长佑、蒋益澧、萧启江等踵至，击走之。达开军遂盘旋于湘、粤、桂之间。时江南军屡克金陵城外要隘，太平军出袭各郡邑以图牵制。十年二月，由广德趋安吉、武康，扑杭州，陷其城，旋退。巡抚罗遵殿等皆殉，满城未陷。盖太平军图解金陵围，非力能取江、浙也。顾钦差大臣和春颇自谓克金陵在近，有骄意，援浙值敌退有功，兵分在外，饷又不继，以四十五日发一月饷，太平军骤乘之，自闰三月初七起，扑大营，张国梁拒战数日，渐不支，再退丹阳，并陷溧阳、宜兴，进围丹阳大营。国梁受伤投水死，和春走常州，再败退浒墅关，亦以伤重死。常州为总督侨驻地，总督何桂清遽率司道退苏州，巡抚徐有壬不纳，乃退常熟。士民守常州，数日城陷，苏州继之，有壬殉焉。于是由苏而浙，东南糜烂。朝命逮桂清，加国藩尚书衔，署两江总督，督办江南军务。国藩又与林翼会保左宗棠募勇赴敌。宗棠在湘居抚幕，负才气，任天下事，巡抚骆秉章倚任专。会劾罢永州总兵樊爕，爕讦控于总督官文，以绅士把持官事为罪，官文檄宗棠赴鄂质审。樊爕者，湖北钟祥人，樊增祥之父也。宗棠故高视一切，不为人下，秉章奉以宾师，不受保奖。视湘中立功之将帅，指挥或加训迪，以诸葛孔明自居，尝称“老亮”。而郭嵩焘之弟崑焘，亦以佐理幕府，称“新亮”配之。以避督府威焰，出走至湘军诸帅军中。曾、胡乃奏请给京堂职名，独当一面，是为国藩以督师任地方，始有军饷兼理之权。宗棠出幕府，为朝官，遂为封拜之初步。而太平军事居勘定之功者，遂皆出湘军或其所提挈，无有与之同功者矣。
江南大营之陷也，在十年闰三月十五日。时宗棠已避仇入林翼军中，闻而叹曰：“江南营将蹇兵罢，不足资以讨贼。得此洗荡，而后来者司以措手，天意其有转机乎！”林翼亦曰：“朝廷能以江南事付曾公，天下不足平也。”四月十九日癸未，朝命国藩署江督；翌日，宗棠奉赏给四品京堂，襄办国藩军务之命，促救苏、常。时国荃已由林翼遣攻安庆，议者谓国藩当撤安庆围师，先所急。国藩谓安庆关系淮南全局，即为克复金陵张本，不可动。身自渡江趋祁门，扼江西、安徽军冲。以六月十一日至祁门，二十四日奉谕实授江督，并命为钦差大臣，督办江西军务。七月，英、法兵陷天津，八月，文宗幸热河，国藩、林翼疏请入卫。会和议成，敕止北上，得专力对太平军。国藩既驻祁门，太平军在江南者，李世贤、李秀成、黄文金等，迭出江、皖之间，断祁门饷道。宗棠率鲍超、张运兰诸将转战，敌屡却仍奋进，国藩大困。盖自靖港初出时一困，鄱湖隔绝时再困，至此凡三困。十一年四月，乃移驻东流，与水陆相依倚，全局始活。时宗棠已以功擢三品京堂，补太常卿。国藩请改宗棠为帮办军务，俾事权渐属，储为大用。而江、皖经宗棠收复郡县，太平军渐退入浙。其在江北者，陈玉成以安庆为必救，家属亦留居安庆，纠合太平诸将，从英山、霍山间道入鄂，扰安庆围师根本。林翼先遣李续宜回援，继自返赴急。国荃围安庆之师，迄不分解。国藩亦身至国荃军，商撤否便宜。国荃示以必可驻攻状，日夜与太平军之来援者血战，卒不退撤。
是年七月十七日癸卯，文宗崩于热河，穆宗立。八月初一日丁巳，国荃克安庆，是为肃清东南之基。时林翼久病咯血，力疾成此胜算。至二十六日，卒于武昌军次，盖犹及见安庆之捷也。至九月，国荃军连克安庆以下沿江诸隘，骎骎直指金陵。十月十八日，朝命国藩统辖江、皖、赣三省，并浙江全省军务。所有四省巡抚、提、镇以下，悉归节制。宗棠赴浙援剿，浙省提、镇以下归宗棠调遣。又谕江北军将军都兴阿、皖北军钦差漕督袁甲三，遇紧要军务，均会商国藩办理。国藩力辞。并请明降谕旨，令宗棠督办浙江军务，谓宗棠前在湖南，赞助军谋，兼顾数省，实应独当一面。奉谕不允辞，唯宗棠准自行奏事。
十一月，太平军陷杭州，将军瑞昌、巡抚王有龄皆殉。先是，浙江军务犹命瑞昌为帮办，至是，专待湘军入浙，亦宗棠所谓洗荡而后可以措手者也。十二月，诏授宗棠浙抚，李续宜皖抚。时江、浙沦陷，江苏则江北仅保扬州以东里下河，江南仅保镇江及上海。镇江依水师而存，上海依洋商开埠而太平军不愿扰。浙江则浙西仅有湖州，为籍绅赵景贤所固守，而四面皆太平军，孤悬隔绝。浙东则衢州一线为官军由赣进浙之路。宗棠先平江西，进趋衢州，为绰有后路之军。苏则大军尚在皖境。朝廷原意以国荃下援镇、沪，规复苏、常。国荃意金陵指日可达，攻彼都城，足致敌救，攻金陵正所以分苏、常敌势，使之易取。国藩壮之。其时上海为退守之官、避难之绅麇聚栖托之地，群推代表举人钱鼎铭等，携公函，筹雇洋商输船，乞师于安庆大营，即以轮船迎载。又有苏籍大学士翁心存奏言：“苏、常绅民，结团自保，盼曾国藩如慈父母，请饬该大臣派援。”奉旨询国藩，并询国荃“安庆克后，回湘募勇，曾否回营？着速东下。”国藩乃定留国荃攻金陵，而荐幕下延邵建道李鸿章堪膺封疆重寄，请明诏令署苏抚，赴沪图进取。鸿章以道光二十八年丁未进士，入翰林。父文安，以刑部郎中记名御史，其通籍与国藩同岁，故鸿章早以年家子师事国藩，国藩赏之。太平军既陷金陵，各省纷起办团练，安徽以旌德籍侍郎吕贤基为团练大臣，奉命择人自助。鸿章方在籍，贤基奏留之，鸿章始从戎。未几，陈玉成攻陷皖北各郡县，贤基在舒城殉，朝命江忠源抚皖，国藩以鸿章可任事告忠源，而忠源又殉于庐州，遂从新巡抚福济，建议欲复庐州先取含山、巢县，福济授以兵，遂复二县，时咸丰四年十二月。福济将以道员疏荐，而左右忌者争挤之，遂辗转无所就。八年，国藩以夺情起，督军江西，鸿章遂入军幕，多所赞助。十一年，安庆既下，议攻金陵、援浙、援苏三大任。国荃愿任金陵，宗棠已由赣渐向浙，苏为财赋重地，亦急于收复，遂委之鸿章。疏保鸿章才大心细，可独当一面，令招淮勇七千，以淮甸人健锐，且久为太平军出入地，习攻守击刺者多。遂选乡里带勇之刘铭传等数人，并编修刘秉璋、举人潘鼎新等为将领，并综营务。弟鹤章亦从军。又于湘军中选程学启、郭松林等，用曾军编制法成军，是为淮军与湘军代兴之始。自此以国藩一身，总戡乱之成，而大功告蒇之基，悉定于是。
同治元年正月一日，诏授国藩以江督、协办大学士。初四日，又授国荃浙江按察使。倚畀之殷，加于往日。旋以军中奏报较简，谕询其故，并列款问当时要务，敕国藩及浙抚左宗棠、皖抚李续宜速奏。国藩奏言：（一）国荃募勇，二月底可抵安庆，拟令进攻巢、和、含以达金陵。杨载福回湘，因辰、沅有警，留湘防守，已催令先于二月回营。（一）鸿章新募淮勇立营，另拨湘勇数营，二月可成军，拟由陆路赴镇江。（一）攻金陵必脚根先稳。（一）颍州被围，续宜派兵赴援。（一）谋浙从衢、严入，现左宗棠屡获大胜。（一）松、沪告急，拟借洋兵防守。并陈奏报甚少之故：凡谣传之言，未定之事，预计之说，皆不轻奏。嗣后拟十日奏事一次，急则加班。谕又以“各路军营，往往以游移无据之词驰奏，本属陋习，拟定十日一奏，有警加班，转觉拘滞，仍当毋失常度，力求实济”。二月，国荃抵安庆，诏授江苏布政使，并谕兄弟无庸回避。淮勇成军，本拟由巢、含绕越金陵，从扬州达镇江，而江苏绅民备银十八万两，雇输船八艘来迎，遂以三月初八日由安庆分起开行，径抵上海。旋奉命署江苏巡抚。是月，国荃与弟贞干，尽克皖境江北岸各隘，直破西梁山坚垒。四月，复南渡会彭玉麟水师，克太平府、金柱关、东梁山、芜湖县，于是金陵上游门户尽辟。会皖北军将军多隆阿克庐州，陈玉成走寿州投苗练沛霖，沛霖 献胜保军前斩之。玉成号“四眼狗”，久踞皖北，屡突上游，为安庆解围，卒不可得。至是，为苗练所卖。苗练者，苗沛霖以练起，既拥众，反侧于官军与太平军之间。本诸生，自称“老先生”，诸练目皆称“先生”。久与玉成往来。玉成事急往投，遂为囗献，因以为胜保功，而师事胜保，胜保囗之。为攻金陵之师去一后路患，未始非当时一功也。
五月初一日，国荃攻秣陵关，收降其守将，遂进逼大胜关。初三日，又夺大胜关，平三汉河垒。彭玉麟以水师助攻江心洲坚垒，又夺之，遂泊金陵之护城河口。国荃由陆路逼扎雨花台。是为规取金陵之始。与向荣、张国梁时故垒略同；而上游稳固，各军帅取远势相应合，则迥不侔矣。时廷旨尚盼鸿章至镇江，会江北都兴阿之军并攻金陵，命国藩量其缓急。鸿章方以太平军逼上海，军初至，装械皆远逊洋兵。洋兵守御租界者，称常胜军，颇笑淮军之陋。鸿章思以战状雪之。五月初，乘洋兵小挫之后，鸿章、学启以数千人战太平军听王陈炳文、纳王郜云官之众数万，斩馘一二千，解胁从数千，夺获器械无算。洋兵大服，翕然听命。鸿章因陈洋兵助防之难恃，舍沪赴镇之非便，乃不复移师镇江。国荃独攻金陵，以雨花台为最得形势。山高，可俯视城内，而中洼，且平坦，可藏兵。太平军竭全力守雨花台城，国荃累攻未克。皖南鲍超等军，累克宁国、广德等郡县，削金陵旁郡滋蔓之势。宗棠渐收衢、处、严各郡邑，将向杭州。会江南大疫，攻坚力战之兵皆病，国藩疏陈危惧，乞派在京亲信大臣来会办。奉旨温慰，且言“恐朝政多阙，上干天和，非该大臣一人之咎”。其简派大臣一节，则谕以“环顾中外，才力气量，无如国藩，非特在京无可简派而已。”盖倚任专之至矣。是时，士卒方多死亡，而太平军忠王李秀成率苏、常之众二十余万至，堵御历十五昼夜，不得休息。侍王李世贤率浙江数十万众继至。雨花台营被围四十六日，穴地轰发数次，国荃左颊中枪，将士狞目猱面，皮肉几尽。军兴以来，无此苦战。不得逞而退，遂分掠皖南、北新复之地。国荃又分兵守东、西梁山以御之。苏、浙两军迭有进取。十月，洋将美国人白齐文闭松江城索饷，遂至上海大哗，鸿章夺其兵，捕治之，裁常胜军为三千人，以戈登、李恒嵩同领，而白齐文遂投太平军。久之，被获于闽，解上海讯治，覆舟，毙于水。