尽管已经有了预感，但看过密函之后，段祺瑞的心头还是生起了一股凉意。
密函是袁世凯的家人送来的，为袁世凯亲笔所写，内容很简略，就是让段祺瑞尽快来京与之见面，并且要求掩人耳目，不可张扬。
这是一个多事之秋。就在两年前，身为北洋魁首的袁世凯突然调任军机大臣兼外务部尚书，看上去官职是升了，实际却是拿走了他手中最重要的兵权。随之而来，段祺瑞等北洋系将领也都不同程度地坐了冷板凳。
出手打压袁世凯及北洋系的，是以铁良、载沣、良弼为代表的一批满洲贵胄，所谓满人“中兴派”，这些人早就瞧北洋军人不顺眼了。
当年“辛丑条约”签成，两宫移驾回京，段祺瑞奉袁世凯之命，率部在道路两旁立正行礼。醇亲王载沣见了，当场就责问他：“这是你的部队吗？……见了两宫圣驾缘何不下跪？”
段祺瑞认为，不下跪很正常，因为北洋新军是按照德式操典训练的，根据操典规定，军仪就是最高礼节。
载沣闻言很是不悦：“难道大清的新军仅有你一家？”
载沣不但是亲王，还是当朝皇帝光绪的亲弟弟。可是段祺瑞仍然毫不客气地顶了回去：“别的新军如何，属下不清楚，但我这是按操典规则行事。”
“大胆！”载沣顿时被对方的倔强态度给激怒了。
就在众人都在替段祺瑞担心的时候，有人出来给他解了围——坐在轿子里的慈禧太后传下话来：“新练之洋队参用西法，训练有素，堪为栋梁。”
有了这道旨意，载沣才不好再说什么了。
不寒而栗
迎驾风波只是“中兴派”对北洋系发起反击的一个信号。说起来，彼时的北洋系也确实过于惹眼，他们所掌握的北洋新军已渐渐超越旧军，成为全国首屈一指的军事力量。特别是在1905年到1906年，国内曾两次组织秋操（指秋季的军事演习），在这两次规模宏阔的秋操中，新军都引起了国内外舆论的密切注意。
英国驻华公使朱尔典看完秋操后，在会见清廷大臣时直言不讳：“我看中国之军事，唯有新建陆军；而中国之军事统帅，也唯有袁总督大人（袁世凯）了。”
因秋操而声名鹊起的不仅有袁世凯，还包括段祺瑞。段祺瑞担任秋操中的北军总统官，他所指挥的北军在与南军的对抗中略占优势，之后其知名度和权力便犹如长了翅膀一样地扶摇直升。
面对北洋系势力的急速膨胀，“中兴派”深感威胁，其实掌控中枢的慈禧又何尝不是如此呢，但是觉得不安是一回事，怎么做又是另外一回事。
为什么要编练新军？当然是因为旧军太不足恃，而指挥训练新军又得依靠袁世凯、段祺瑞这些人。如果像“中兴派”所设想的那样，将北洋系扫地出门，效果可能适得其反。
慈禧不会干这种傻事。作为一个宫廷权力斗争的高手，这个老太婆向以狠鸷多智著称，其心机和魄力绝非一般妇女所能及——试想一下，连曾国藩、李鸿章等中兴名臣，都曾被她放在手掌中拨拉来拨拉去，又何况袁世凯这些后起之辈？
驾驭满汉大臣，慈禧的一贯策略是恩威并用，权不旁落。她一方面利用“中兴派”乃至一些反袁汉臣的意见，用明升暗降的办法，对袁世凯及其部属进行压制和防范；另一方面也对“中兴派”的过激举措进行适当限制，以免把袁世凯逼得太紧太急。
在袁世凯调任军机处之前，陆军部已经收回了北洋六镇中的四镇，但是四镇军官仍出自北洋系，于是铁良和良弼便酝酿对这四镇中的各级军官进行改组。由于触及自己的底线，招致了袁世凯及其北洋将领的剧烈反弹，双方闹得不亦乐乎。
慈禧看到后，立即出面调解，让与袁世凯私下关系不错的庆亲王奕劻掌管陆军部，“中兴派”的改组计划由此搁浅。
虽有慈禧在上面玩平衡木，可是袁世凯、段祺瑞等人仍处于战战兢兢、如履薄冰的境地。收到袁世凯从京城发来的密函，段祺瑞意识到朝廷可能又发生了什么大事，并且涉及了袁本人。
当下，他依照密函所嘱，仅带几名随从，化装成商人模样，从保定秘密潜往京城。到了京城之后，发现城内气氛果然反常，只见街道萧条、店门紧闭，往日车水马龙、人来人往的袁府门口也变得极为冷清。
袁世凯不在自己府上，接待段祺瑞的是袁世凯的大公子袁克定。据袁克定说，光绪皇帝前两天已经驾崩，而且光绪头天驾崩，隔了一天，慈禧居然也死了。
最让段祺瑞苦恼的恐怕还是后面这个：根据慈禧立下的遗旨，载沣之子溥仪将继承皇统，载沣本人则为监国摄政！
慈禧固然也打压袁世凯和北洋，可是她毕竟不会往死里整，到了北洋的对头掌握大权，就什么都难说了。袁克定告诉段祺瑞，光绪驾崩当天晚上，睡梦中的袁世凯便被召到宫中商议立嗣之事，此后一直留在宫中未归。
段祺瑞不寒而栗，他赶紧离开袁府，到租界找了家较为偏僻的饭店住了下来。
手下人被他派出去四处打探消息，但是打探出来的消息，几乎都是对袁世凯不利的。有的说光绪皇帝死得蹊跷，多半是让慈禧太后给毒死的，这也罢了，还有人甚至直接说整个毒杀事件都是由袁世凯一手策划的。理由是戊戌变法时期，袁世凯曾告密出卖皇帝，这老小子害怕光绪会死在慈禧之后并借机对他进行报复，所以才下此毒手。
普通老百姓只知道皇帝驾崩，又怎么会了解如此多的内幕？段祺瑞相信，这一定是袁世凯的政敌在出幺蛾子，为的就是要给诛杀袁世凯制造舆论。
袁世凯似乎已经在劫难逃，但段祺瑞需要想尽一切办法不让这一情况发生，无论从公还是从私——
从公，整个北洋系与袁世凯是一荣俱荣、一损俱损的关系，袁世凯若是倒台或者有个三长两短，作为其部属也就基本丧失了立足和进阶的希望，更何况段祺瑞本人与载沣他们还有过节儿。
从私，袁段关系非常密切，袁世凯不仅是段祺瑞的老上司，还是他的伯乐乃至恩公。
密谋
段祺瑞原本经历显赫，称得上是同时代人中的佼佼者。他读过七年私塾，熟知经史，有较好的国学根底，说起“之乎者也”毫不输人。成年后考入每期只招收百人的天津武备学堂，这所学校虽然规模不大，但却是近代中国第一所陆军学堂。后来的研究者发现，“中国二十世纪初期历史上的许多重要人物，都是该校培训出来的”。
武备学堂有一门从德国买来的德造火炮瞄准器坏了，没有人会修理。段祺瑞初生牛犊不怕虎，凭着刚从学校学到的一些物理、化学和高等数学知识，加上天赋，经过一番研究琢磨，居然把这个瞄准器给修好了。
段祺瑞的武备学堂毕业成绩是“最优等”。一年后，政府决定选派数名武备生赴德留学，他再次以第一名的成绩被录取。
在德国，段祺瑞先用一年半时间在柏林军校系统学习理论课程，接着又奉派单独进入当时世界上的第一流兵工厂——克虏伯炮厂——深造了半年。
学兼中西，掌握近代战阵之法，尤精于枪炮技术，有如此特长的精英人才，在晚清末年可谓凤毛麟角。可是学成回国后，段祺瑞却被整整闲置了六年之久，所任职务不是军械局委员，就是随营学堂教习，反正是有你不多，没你不少，英雄无用武之地。
受到冷落的不单是段祺瑞一个，绝大多数军校生包括留学归国人员干的也都是此类闲差。原因很简单，因为那时候还没有可供他们发挥才干的新式军队，而在以湘淮军为主的旧军里，将领们多行伍出身，这些人取得功名主要靠实战，对于从军事院校毕业的书斋军官，他们既看不起也不肯加以提拔任用。
直到袁世凯在小站编练新军，段祺瑞及其他武备生的命运才终于发生了转折。
新军全面使用西式武器，采用西法编制，进行西法操练。这些正是武备生的长处，武备生由此逐渐成为北洋系的核心。作为武备生中的拔尖人才，段祺瑞在被推荐给袁世凯之后，更是很快得到重用，成为袁氏带兵、练兵的主要助手。
袁世凯既能招揽人才，也能笼络人才，对亲信部属的关照可谓无微不至。比如，段祺瑞第一次赴小站，袁世凯即亲往迎接，礼仪之周到，令人有受宠若惊之感。又比如，段家但凡要办什么大事，只要让袁世凯知道了，他都会额外赠送银票，以壮声势。
某次，段祺瑞在天津一家酒楼宴请其他将领。宴会结束，正准备结账，酒楼老板却说你不必结了，袁大人已经吩咐过，所有花销都记在他一人账上……
袁世凯有一个在山东时义结金兰的故人，不幸早逝，其女张佩蘅由袁世凯接来府上照料。袁世凯的夫人于氏只生袁克定一子，无女，便将张佩蘅收为义女。另外一种说法是，张佩蘅其实是袁世凯的表侄女，从小在袁家长大。不管出身究竟如何，袁氏夫妇视她如同己出是没错的，张佩蘅见到袁氏夫妇也是一口一个爸妈，十分亲热。
后来袁世凯听说段祺瑞的原配夫人病故，就有心做主把张佩蘅许配给段祺瑞。当时武人的社会地位较低，张佩蘅的亲生母亲嫌段祺瑞是武人，女儿又是去当续弦，因此起初对这桩婚姻不太满意。袁世凯给老太太做工作，说段祺瑞是我看中的，你就放一百二十个心吧。
以张佩蘅在袁府如同大小姐一样的身份，段祺瑞迎娶张佩蘅，就等于是做了袁世凯的女婿。从此，袁段二人除了多年的袍泽关系外，无形中又成了亲戚。
伯乐、恩公、亲戚，看在哪一层关系上，段祺瑞都不能对袁世凯见死不救，但是搭救要讲究方法，鲁莽不得。这也是袁世凯专门以密函招他来京，又嘱其不可张扬的用意所在。
段祺瑞决定把冯国璋找来商量。北洋系有“北洋三杰”之说，段祺瑞被称为“虎”，冯国璋则是“豹”。
“冯豹”此时正在陆军部任职。段祺瑞把他叫来租界，二人在饭店里密谋了足足两个多小时，最后决定策划一起冬季军事操练。
新军操练不是小事，必须报经陆军部批准才能施行。段冯也不是真的要搞什么操练，他们就是要借此放出风去，给朝廷施加压力，同时彰显袁世凯及其北洋系的重要性。
这是一个一旦真相暴露，当事者可能要进大牢乃至掉脑袋的计划，然而事到如今，再也想不出什么万全之策了。当晚，段祺瑞即返回保定，实施这一计划。
天下大势
段祺瑞一回保定就“病”了，而且“病”得很重。他的亲信幕僚、北洋新军的中高级军官纷纷赶来探视，就在探视过程中，段祺瑞用含蓄的方式向他们传递了信息：假装搞操练，并且要给外界确有其事的印象。
很快，陆军部就得到报告，说北洋军及其陆军学堂即将举行大规模冬操。
不经陆军部批准就擅自举行冬操，无疑是犯上作乱。朝廷闻讯很是吃惊，可是往下追查，各部队又都推说并无此事，是有人故意制造谣言。
就在摄政王载沣等人惶恐不安的时候，陆军部又得到了一份更为惊人的报告：保定发生了大规模兵变。
与前面那份查无实据的报告不同，这次是来真格的，而且提供报告的人就是坐镇保定的段祺瑞！
原来就在段祺瑞放风要搞冬操的时候，几个月前刚调到保定的北洋第十六镇第十一协发生了火并事件。事件本身并不大，不过是几个聚赌的士兵发生争执，然后互相打了起来。
这种事情在新旧军中都不是什么了不得的新闻。段祺瑞开始处理时也没怎么太放在心上，随后一想，却发现居然是个天赐的好机会。
他立即从“病床”上爬起来，命令手下接通第十一协协统李纯的电话。
“是秀山（李纯的字）吗？我是段祺瑞，你那边发生兵变了！”
“兵变？”李纯一时还没反应过来，“段大人，不是兵变，是几个士兵因赌博而……”
“是兵变！”段祺瑞打断对方的话，用斩钉截铁、不容置疑的语调说道，“你听着，你那里发生了兵变！你当怎么处置？”
“率兵弹压？”李纯终于有所领悟。
“对，立即弹压，声势越大越好！我随后带兵增援。”
就这样，兵营中一件芝麻绿豆般的事件被越炒越大。真实发生的“兵变”自然比捕风捉影的“冬操”更吓人，也让朝廷大为震动。
据说，载沣在摄政当国后就已经草拟了严惩袁世凯的谕旨，最终没有下达，原因固然很多，但段祺瑞策划的这一系列行动不能不说起到了一定作用。
1909年1月，朝廷以袁世凯“现患足疾，步履维艰，难任职任”为由，将其开缺回籍。
袁世凯虽被罢官，但项上人头总算还是保住了。当他乘火车路过保定，见到段祺瑞时所说的第一句话就是：“芝泉（段祺瑞的字），这次全亏你了！”
随着袁世凯下野，朝廷中以载沣为中心的皇室亲贵一方面抢夺军事大权，另一方面加紧剪除北洋系中的袁氏一党。段祺瑞自然也受到了牵连，更糟糕的是，他制造假冬操，把火并扩大成兵变的事情也被朝廷发现了。载沣本拟严加追究，只是顾忌事态闹得太大会导致不可收拾才作罢。
死罪虽免，活罪难逃。段祺瑞的职务被频频调动，直至1910年年底奉命署理江北提督。
段祺瑞原任镇统制，职务相当于现代军制中的师长，为二品官，提督则是从一品。表面上载沣提升了他的官职，但实际上不过是一种明升暗降的手法——江北提督统辖清江浦的旧军巡防营，仅仅负责地方治安、剿匪等，显见得是朝廷虚与委蛇，要将段“置诸闲散之列”。
在得知自己即将到清江上任时，段祺瑞就已经闷闷不乐了。途中他不顾朝廷的监视和猜忌，专程绕道去看望了在彰德隐居的袁世凯。
袁世凯在彰德也日日夜夜受到监视，所以白天只能领着段祺瑞观鱼、赏花，不敢深谈。只有到了晚上，众人散去，二人才能借下棋的机会聊两句知心话。