治平元年（1064年）农历五月，赵曙病体恢复，曹太后撤帘还政。赵曙亲政仅半个月，宰相韩琦等人就向他提议请求有关部门讨论赵曙生父的名分问题。当时仁宗逝世已有十四个月，赵曙批示，等过了仁宗大祥（中国古代汉族丧礼仪式之一，父、母丧后两周年举行的祭礼）再议。司马光便上奏：“汉宣帝为孝昭帝的后代，最终不追尊卫太子、史皇孙；汉光武帝上继统元帝，也不追尊巨鹿、南顿君，这是万世永久的制度。”治平三年（1066年），中书大臣共同议事于垂拱殿，命两制集中讨论濮王应奉典礼之事，学士王珪等人互相观望不敢首先发言，唯独司马光一人奋笔上书说：“为人后嗣的就是他的儿子，不应当顾忌私亲。濮王应当按照封赠期亲尊属的成例，称为皇伯，高官大国，极其尊荣。”议崇既定，王珪立即命令吏员以司马光的手稿作为根据。当时韩琦正在家中祭祀，赵曙特意将其召来商议，当时即议定（赵曙生父）濮王称皇考，由欧阳修亲笔写了两份诏书，交给了赵曙一份。到中午时分，太后派了一名宦官，将一份封好的文书送至中书省，这份文书正是欧阳修起草的诏书，多了太后的签押。
赵曙便立刻下诏停止讨论。同时又将宰相与执政们召来，商量如何平息百官的情绪，以稳定时局。赵曙最后同意了欧阳修等人的意见，将吕诲等三名御史贬出京师，司马光据理力争无效，最后自请贬斥。皇帝没有答应。
积弱王朝
当时的宋朝在北面和西北有两个强敌，契丹和西夏。这是两个令大宋帝国君臣时常耿耿于怀、颜面扫地又备感羞辱的敌国。我们都清楚，大宋帝国素号“积弱”，正规军规模庞大、数量惊人，但战斗力几乎为零，一有战事，就连吃败仗。
仁宗皇帝去世时，西夏国主赵谅祚遣使致祭，并贺新皇帝登基，延州（治今陕西省延安市）差指使高宜押伴进京。到了顺天门，使者要佩鱼、带仪仗，高宜不许，使者不从，高宜就把他们在马棚子里关了一个晚上，不给饭吃，使者出言不逊，高宜就斥责，使者只得同意仍照旧例。过了很久，高宜才答应让他们进宫。等到殿门赐食，使者提出申诉，诏令回延州与高宜辩明。当时司马光与吕诲上奏，请将高宜治罪，但朝廷没当回事。此事后由延州通判处理，当时使者质问：高宜说发兵一百万，遂入贺兰穴，是什么话嘛！通判答：听说使者视国主为少帝，高宜才说那些话的；错在你们使者，不在高宜。治平元年（1064年）九月二十八日，赐赵谅祚诏书，告诫他今后要精选使者，无使生事。第二年，西夏人进犯边地，杀害官吏掠取土地。
赵滋治雄州，此前司马光已曾多次弹劾赵滋，说他刚愎狂妄，不可领兵，守边必将坏事。可是朝廷对赵滋喜欢得不得了，越加宠任，命再知雄州（治今河北省雄县；北接契丹）。到这时，契丹百姓在界河捕鱼，在白沟以南砍伐柳树，朝廷认为雄州知州李中祐没有才能，打算另外派人取代他。司马光认为，和西夏的关系肯定是坏了，战争肯定是在所难免了。以帝国的军力和国力，对付一个都吃力，何况两个？因此与契丹如果只是些小摩擦，就通过外交手段解决好了，不要把矛盾激化，引起战争，那样国家会吃不消。
宋与契丹与西夏，像极了三国时代的魏蜀吴：三方鼎立，此消彼长。唯一的不同，就是汉人的政权萎缩了，只剩下一个。司马光在上奏折子中把英宗皇帝比作周文王，又把契丹与西夏称作虏，可见他心气有多高！可偏偏国家那么孱弱。翻检史料，我们会惊奇地发现，当初设计者的初衷，完全不是这样的。
据载，太祖既定天下，曾召集赵普等二三大臣，要他们说说已施行的法令当中，哪一项可以利及子孙后世。赵普等历言大政数十，太祖让再说更重要些的。赵普等想了半天，终是不得要领，只好请太祖自己来说。太祖认为是养兵政策：万一遇到饥荒，就招募饥民当兵，可避免饥民作乱；平常年景，即便军队作乱，百姓也不会参加。这实际是把军队作为收留饥民的难民营，以求得社会的暂时安定。事实证明，这项法令不仅没有利及子孙后世，而且恰恰相反，简直就是贻害无穷。那样做的结果是，军队的数量越来越大，而质量却越来越差，遂形成宋代的痼疾之一：“冗兵”。
还不仅如此。有一次，太祖听到国子监集合诸生讲书，很高兴，遣使赐给大家酒和水果，说：“今之武臣，亦当使其读经书，欲其知为治之道也。”这当然是个不错的主意，但结果却由此演变出一项国策——以文制武。
“冗兵”加上以文制武的国策，就形成了帝国的另一痼疾：“积弱”。英明神武的太祖皇帝，大概做梦都不会想到，他缔造的这个国家，会是这么一副弱不禁风的文弱样。
面对西夏，既然正规军靠不住，那就得另想办法。英宗治平元年十一月十四日，命刺陕西诸州军的百姓为义勇。下诏招陕西义勇二十万，民情惊骇扰乱，而义勇纪律散漫不可任用。十一月二十二日至十二月初五日，半月不到，司马光接连六次上疏，请朝廷罢刺陕西义勇。司马光在上疏皇帝的同时，又去中书省和韩琦辩论。韩琦说：“用兵贵在先声夺人，谅祚正桀骜不驯，让他突然听到增兵二十万，怎么不害怕？”司马光说：“用兵之贵先声夺人，是空洞无实，只是可以欺骗一日之间而已。如今我们虽然增兵，实际上不可任用，不过十天，他将会知道这一详细情况，还有什么可恐惧的呢？”韩琦说：“您只是看到庆历年间乡兵招成为保捷军的情形，忧虑今天会重蹈覆辙，朝廷已经降下敕榜同百姓约定，永不充军戍守边地了。”司马光说：“朝廷曾经失信于民，百姓不敢轻信，即使是我也不能不怀疑。”韩琦说：“我在这里，您不要有什么忧虑。”司马光说：“如果您长期在这个地方，当然可以放心；他日别人当权，用您现在的军队，用他们运粮戍边，不过是易于反掌的事而已。”韩琦默然无声，但终于没有停止增兵。不到十年，事情果真如司马光所料。
治平四年（1067年）正月初八日，英宗驾崩于福宁殿。二十岁的太子赵顼即位，是为神宗。欧阳修极力推荐司马光，一是司马光德才兼备，任谏官时间既久，成绩也相当突出；二是司马光最后促使仁宗下定决心，把皇位传给了英宗，因此才会传到神宗的手里。神宗即皇帝位，提拔司马光为翰林学士，司马光数上折子辞谢。
神宗说：“古代的君子，有的有学问而没有文采，有的有文采而没有学问，只有董仲舒、扬雄二者兼而有之。你有学问有文采，为什么要推辞呢？”司马光回答说：“我不能作四六句。”神宗说：“四六句像两汉时的制书诏令那样就可以了；况且你能够取得进士高第，却说不能作四六句，为什么呢？”终没有获准辞谢。
御史中丞王陶因议论宰相不押班而罢职，司马光代理御史中丞，司马光说：“王陶由于议论宰相罢职，那么中丞之职不可再为。我愿意等待宰相押班后，然后就任该职。”朝廷准许了他的请求。司马光于是上疏论修心的要旨有三条：叫仁义，叫明智，叫武略；治国的要旨有三条：叫善于用人，叫有功必赏，叫有罪必罚。司马光的这一主张很完备。司马光又说：“我得以事奉三朝，都是以这六句话呈献，平生历学所得，全部都在这里头了。”御药院的内官近臣，宋朝常常用供奉官以下的人充当，升到内殿崇班职位就出任地方官。当时的内殿崇班高居简奸妄邪恶，司马光便弹劾他，请求加以远远流放。奏章五次呈上，神宗为了替高居简开脱，全部废除寄资官，不久再留任二人。司马光又据理力争。张方平任参知政事，司马光认为他不负众望协调，神宗没有同意司马光的意见。
司马光常常担心由于历代史籍浩繁，皇帝不能全部阅览，于是写了《通志》八卷呈献神宗。神宗很高兴，命令在秘阁设置机构，续修这部书。神宗给此书命名为《资治通鉴》，并亲自给此书写了《序》，让司马光每天进读。
西戎部将嵬名山打算以横山部众，捉住谅祚来降服，诏令边臣招纳横山部众。司马光上疏认为：“嵬名山部众，未必能够制服谅祚。即使侥幸取胜，灭掉了一个谅祚，又生出一个谅祚，有什么好处；如果不能取胜，嵬名山一定会带领部众归附于我，不知怎么对待他们。我恐朝廷不单失信于谅祚，又将会失信于嵬名山。如果嵬名山余部还很多，返归北地不能，而进入南方又不被接纳，穷途末路无处可归，必定将会突然占据边城来求活命。陛下难道没有听说侯景叛乱的事例吗？”神宗没有采纳他的意见，派遣将领种谔出兵迎接嵬名山，取得绥州，耗费钱财六十万，西边用兵，大概就从这里开始。
百官给神宗上尊号，司马光正当轮值答谢诏书，说：“先帝亲郊祭祀，不接受尊号。先帝晚年有人进献建议，认为国家与契丹往来通信，契丹有尊号而我独独没有，于是决定在非常之时奉册行事。过去匈奴冒顿自称‘天地所生日月所置匈奴大单于’，没有听说汉文帝也加以大名尊号。”神宗非常高兴，亲手起草诏书夸奖司马光，让他好好写答谢辞，以示中外。
变法之争
治平四年九月二十三日，神宗召江宁（治今江苏省南京市）知府王安石为翰林学士。
熙宁元年（1068年）四月初四日，诏翰林学士王安石越次入对。此前，因为好朋友韩绛、韩维、吕公著的极力推荐，神宗很想见见这个人，即位之初，即命知江宁府，几个月后召为翰林学士兼侍讲，至此才上朝入对。神宗问：治国应以什么为先？王安石答：选择方法。神宗又问：唐太宗怎么样？王安石答：陛下的榜样是尧舜才对，唐太宗算什么？尧舜之道极简极要极易，只是后世搞不明白，以为高不可及罢了！神宗说：你这是从严要求我。神宗的喜欢，可以想见。正是这次对话，让皇帝下定决心，重用王安石。
执政大臣以河朔地区遭受旱灾，国家财用不足，请求神宗南郊时不要赏赐黄金丝帛。诏命学士讨论，司马光与王皀、王安石同时进见，司马光说：“救灾节用，应当从贵人近臣开始，陛下可以听取这个意见。”王安石说：“常衮辞去官职俸禄，当时认为常自知无能，应当辞去职位但不应当辞去俸禄。况且国家财用不足，并非当世急务，国用之所以不足，是由于没有得到善于理财的人的缘故。”司马光说：“善于理财的人，不过是苛征于民而已。”王安石说：“不是这样，善于理财的人，不加重赋税而使国家财用充足。”司马光说：“天下哪有这样的道理？天地之间所生出来的财货百物，不是在老百姓手里，就在官府那里，要是想方设法掠夺民财，它的危害就比加重赋税有过之而无不及。这大概是桑羊欺骗汉武帝的话，太史公把它写入史书足以见其不明而已。”二人争议不休。神宗说：“我的意见与司马光相同，但暂且以不予允准回答他。”适逢王安石起草诏书，援引常衮事例责问两府，两府不敢争辩。
王安石执政，颁行新法，司马光上书陈述新法的好处和害处。司马光在迩英殿进读，读到曹参代替萧何的事时，神宗说：“汉代永远遵守萧何的成法不变，可以吗？”司马光回答说：“不仅汉代，假使三代之君永远遵守夏禹、商汤、周文王、周武王的制度，即使到今天存在仍然可以。汉武帝对汉高帝的约束之法多有改动，于是盗贼满天下；汉元帝改变孝宣帝的政治，汉朝于是衰落。这样说来，祖宗的制度是不能改变的。”