一份刊登着《瓜分中国图》的《知新报》，触目惊心地展现在鲁迅眼前。据说，当时西方列强准备麇集南京，商讨如何瓜分中国。日本报纸推波助澜，公然登出这张妄图宰割中国的草图，连同《讨清国檄》，将其译成英、俄、德、法几种文字，大肆鼓噪。维新派人士主编的《知新报》获悉这一动态，便在一八九八年三月十二日译载了这张“瓜分图”，以警醒国人。编者在按语中大声疾呼：“火及衽席，主者犹鼾睡未觉，其谓之何？爰亟译刊报内，以当当头之棒，凡我同类，其能无恫欤？”
当时，我们广袤美丽而又灾难深重的祖国，的确已经处于“火及衽席”的险境了。一八九四年，清朝在甲午战争中惨败。清王朝派李鸿章跟日本签订了前所未有的亡国条约——《马关条约》。洋务派经营了近三十年的“新政”彻底破产。此后，西方列强掀起了瓜分中国的狂潮。就连萧疏荒凉的古城绍兴，也耸立起洋教堂的尖顶。面对四境虎眈、神州破碎的危急形势，青年爱国者鲁迅忧心如焚。他不愿走读书应试的“正路”，也不愿像破落户子弟那样去做幕友或学经商，而决心“走异路，逃异地，去寻求别样的人们”。
一八九八年五月一日，鲁迅携带了一只网篮，一个铺盖卷，以及仅有的八元川资，告别了垂泪相送的母亲，到南京去投考无需学费的学校。此后，他为自己取了一个别名——“戎马书生”，意思是骑着战马的读书人。这个别名，形象而准确地反映了鲁迅把读书与战斗紧密结合的精神风貌。
鲁迅到南京，首先进入的是坐落在仪风门和挹江门之间的江南水师学堂。学堂除负担学生膳宿、衣靴、书籍、仪器一应费用之外，每月还津贴零用钱，被称作“赡银”。鲁迅的一位长辈周椒生在这里担任汉文教习，兼任轮机科的舍监。这位每天清晨都要跪诵《金刚经》《太上感应篇》的守旧派，觉得本家子弟进学堂“当兵”是一件极不光彩的事情，不宜使用家谱上的本名，便取“百年树人”的典故，将鲁迅的原名周樟寿改为周树人。鲁迅后来就一直沿用了这个名字。
鲁迅到南京一个月后，发生了昙花一现的“戊戌变法”。这场以康有为、梁启超为代表的改良运动只有一百零三天的寿命，被称为“百日维新”。“戊戌变法”的那些措施，在今天看来虽然是微不足道的，但当时变法诏书一道道传来的时候，却震撼过不少先进的中国人的心灵，使他们打开了眼界。在“戊戌变法”的高潮中，江南水师学堂的痼疾暴露得更加明显。这所号称洋务派兴办的学堂，由于淹死了一个学生，居然填平游泳池，盖起了关帝庙。夏历中元节，还特意请来红鼻子的胖大和尚诵经施食，超度怨鬼的亡灵。汉文课上作的是《咬得菜根则百事可做论》一类的烂古文。摆出学者势派的职员却将“钊”读成“钧”，以表白自己的不识字。更为森严可怖的是，大堂上陈列着“令箭”，学生触犯了“军令”，还有被惩处的可能。鲁迅和其他一些同学因为嘲笑那位白字职员，两天之内被接连记了两小过两大过，再记一小过，就要被开除。这个乌烟瘴气的学堂，鲁迅再也待不下去了，便于这年十月转学投考了南京江南陆师学堂附设的矿路学堂。
矿路学堂其实也是洋务运动的产物，办学的目的据说是开采南京城东南的青龙山煤矿。由于学校开设了格致、地学、金石学等课程，鲁迅第一次比较系统地接触到了西方的现代自然科学，这对于形成他前期的唯物主义自然观起了积极的作用。入学第二年，俞明震接任江南陆师学堂总办。这是一个坐在马车上阅读《时务报》的新党，考汉文时出的是《华盛顿论》一类的作文试题。学堂设立了阅报处，除陈列《时务报》外，还有留日学生创办的《译书汇编》，上面分期译载东西方各国政治法律著作，如卢梭的《民约论》，孟德斯鸠的《万法精理》等，这使鲁迅又接触了西方启蒙思潮。鲁迅在这所学堂求学期间，是全班二十四名同学中年龄最小的一个，也是唯一获得金质奖章的一个。不过，鲁迅并不仰慕虚荣。他得到奖章之后，就立即变卖，除买书籍之外，还买了些点心，请同学们大嚼一通。课余，他特别喜欢骑马，曾扬鞭策马凭吊位于南京城东隅的明朝皇城遗址，向当时驻守在那里的清朝八旗士兵示威，表现出藐视清王朝的民族主义思想。鲁迅在生活上十分俭朴，冬天仍穿夹裤，棉袍的两肩已经没有一点棉花。为了御寒，他只得多吃辣椒，以至成了嗜好。
在矿路学堂读书时，由于看新书的风气很盛，鲁迅还知道了有一部叫《天演论》的书。一个星期天，他特意跑到城南夫子庙一带旧书肆，花五百文买来了这部白纸石印的厚书。这本《天演论》原名《进化论与伦理学》，是十九世纪英国自然科学家赫胥黎的著作。但是，近代启蒙思想家严复将它介绍到中国时，却是从自己的理解和维新的要求出发，有所增删，有所发挥。书中特别强调了“物竞天择，适者生存”的论点：“物竞者，物争自存也。天择者，存其宜种也。”严复认为，生物界这种“物竞天择”的规律，对于人类社会同样适用。因此，中国要想自立于世界民族之林，就必须以“与天争胜”的精神变法维新。在义和团运动遭到八国联军野蛮镇压，《辛丑条约》的巨大吸血管又插进我们祖国母亲肌肤的日子里，鲁迅读到《天演论》，就更加惊怵于亡国灭种的危险，更加坚定了民族民主革命的政治立场。书中关于发展变化的观点，又使鲁迅感到了斗争的意义，增强了前进的信心，初步形成了他前期的“将来必胜于过去，青年必胜于老人”的社会发展观。毕业前夕，鲁迅还曾到青龙山煤矿实习，接触了中国第一代产业工人，看到他们在积水半尺深的矿洞里鬼一般工作着，他愈加感到人民生活的痛苦和洋务派的腐败无能。
紫金山上月圆月缺，石头城畔潮落潮生。鲁迅不觉在南京度过了近四年的时光。一九〇二年一月二十七日，鲁迅以一等第三名的成绩获得矿路学堂的毕业执照；同年三月二十四日，被两江总督派赴通过“明治维新”取得了成效的日本留学。同窗好友怀着依恋和钦慕之情为鲁迅送行。有一首赠别诗集中表达了他们对鲁迅的殷切期望：
英雄大志总难侔，夸向东瀛作远游。
极目中原深暮色，回天责任在君流。