海军，对于每个军队来说都是十分重要的组成部分，三国时东吴就利用水军多次战胜了比自己势力强大的曹操。在日本战国时代水战也一样重要。想要称霸全日本的织田信长军团，无论在陆地在海上都必须是所向无敌的。
1573年9月，信长回到了岐阜城并对在讨伐足利、浅井、朝仓等战斗中有功的武将进行了封赏。其中奖励“猴子”成为近江今滨城的城主，丹羽长秀成为近江佐和山城城主，两人平分了浅井长政的领地。朝仓家领地依旧由降将前波吉继、朝仓景镜等人管理。明智光秀成为南近江坂本城的城主，其他人也各有奖赏。然而很多人对于信长给予“猴子”的奖励心存不满，尤其是像柴田胜家和丹羽长秀等这样的织田家老臣。后来，木下藤吉郎听从军师竹中半兵卫的建议，向信长提出改名的请求。于是，在一次评定大会上，猴子说道：“信长大人，今日猴子终于有了自己的城堡，不过木下藤吉郎这个名字与我城主的身份不太合适。”“喔？这么说来也是，那你准备改成什么名字呢？”“在下想允许柴田胜家和丹羽长秀两位大人，将名字中的一个字赐给我，组成‘羽柴’这个姓。”在场的柴田胜家和丹羽长秀十分吃惊，并开始注视着这只“猴子”。“哈哈哈，那你为什么要叫羽柴这个姓呢？”“恩，在下认为虽然我是一城之主了，但是论武勇比不过柴田大人，论内政比不过丹羽大人，他们乃是我学习的榜样。”信长也明白了猴子的用意，希望他能和其他家臣搞好关系，所以转向丹羽和柴田“权六（柴田），五郎左（丹羽）现在猴子有这么个请求，不知道你俩意下如何？”两人异口同声：“既然木下大人有此美意，我等自当同意”。就这样木下藤吉郎改名为羽柴秀吉，到今滨城上任去了。
然而乱世没有给信长太多喘息的机会。身在石山本愿寺的本愿寺显如和尚并没有放弃，开始策划对付佛敌信长的又一轮攻势。不久，在信长领地内的伊势长岛城和朝仓家旧领的越前国就发生了由本愿寺和尚带头的农民暴乱“一向一揆”。显如和尚不仅为他们提供铁炮等新式武器，更是派遣自己有能力的部下去领导暴动。此外，曾经背叛信长的河内和泉国大名三好义继，收留了被信长流放的足利义昭，从饭盛城起兵准备攻入京都。
1573年9月24日，伊势长岛城守将泷川一益告急。信长迅速调集尾张、美浓、伊势三国的兵力前去救援，但为时已晚。在敌人水陆同时进攻下，长岛城再次被攻陷。泷川一益逃出与信长汇合，信长准备大举进攻夺回长岛城，可是情况却没信长想的那么简单。无数的暴民在宗教的精神控制下已经近乎疯狂，再加之他们拥有显如提供的大量铁炮，同时还有水军的支持。织田军陷入了打持久战的危机。信长果断撤军，开始苦想对策。
1573年10月，从长岛撤回的织田信长，开始对付另一个敌人三好义继。从河内国起兵的三好义继受到了明智光秀与松永久秀的牵制，一直没能攻克城池。11月信长命佐久间信盛为总大将，明智光秀与松永久秀为援军，一同攻打三好义继居城饭盛城。11月16日，三好义继的家臣们惧怕信长大军，随即背叛了义继献城投降。近畿内的名门三好家灭亡，其残余势力逃亡到四国岛。见义继失败的足利义昭也继续南逃，来到了纪伊国的畠山家。
1573年末，信长为了攻克长岛城与众将商议组建水军一事。可对于水战，没有一位有十足经验的武将。这时，泷川一益向信长保举了一名海贼头领——九鬼嘉隆。早在1570年信长第一次进攻伊势的时候，曾经也是苦战一场打下了北伊势由愿证寺证惠把守的长岛城。而在南伊势则有豪族神户具盛和大名北畠具教挡在了信长面前。最后两人不敌信长的大军，战败讲和。分别收了信长的三儿子织田信孝和二儿子织田信雄作为养子，等两子长大成人后直接接收神户和北畠的家业。其中在与北畠家的战斗中，信长军受到过被北畠家雇佣的熊野水军的攻击，这支水军的领袖就是九鬼嘉隆。正因为曾经做过对手，信长深知熊野九鬼海军的实力，立刻聘请九鬼嘉隆为侍大将，正式组建织田家的水军。
1574年1月，武田信玄之子武田胜赖兵发两路，一路攻打德川家康的高天神城。一路攻打织田家东美浓的岩村城。家康派到信长处请求援兵的使者遭到了拒绝。“告诉家康，我将带领我的儿子信忠一起去援助岩村城的远山景任。只能让他自己防守高天神城了。”然而岩村城守将远山景任业已病重，面对武田的大军更是心力不足，之后病死城中。景任的遗孀岩村殿带领城市守军继续作战。武田军大将秋山信友展开了感情攻势，最后在信长的援军来到前俘获了岩村殿的心，占领了岩村城。信长不想与武田军正面冲突，退回了岐阜。
1574年3月正亲町天皇接见织田信长，授予信长从三位参议的官位。并与信长游览东大寺正仓院，东大寺中藏有一件圣武天皇留下的皇家宝物“兰奢待”（一种高级香木）。之前，第8代将军足利义政曾经向天皇请求割取兰奢待的一片赏赐给自己。如今信长也向天皇提出了同样的要求（以向其他大名显示自己和天皇的亲密），天皇答应了信长的请求，并昭告天下。全日本的大名纷纷发来祝贺的信函，就连远在奥州的伊达家也包括在内。
1574年7月，在伊势国东南岸熊野滩名叫“鸟羽之砦”的织田军水军基地建成（以前海贼的据点）。大将九鬼嘉隆集结了战斗关船1100艘，大型战船20艘，向信长复命。“终于是时候了！”信长一声令下，集结了3万大军再次开向长岛——这个让他十分头疼的地方。