1582年6月12日，羽柴军和明智军在圆明寺川隔河相对，山崎地区由于连日的阴雨，形成了大片的沼地。大军能通过的地方只有天王山和沼地之间的空地。本来人数占优势的羽柴军，无法展开有效的攻势，只跟明智军有一些小的摩擦。黑田官兵卫建议与羽柴秀长一起占领天王山。秀吉提醒道：“光秀的部队以前就以擅长使用铁炮闻名，天王寺山又易守难攻，此去千万要小心啊。”“大人放心，我夜观天象，明日必有大雨。铁炮在雨天无法发挥应有的战力。”“千万小心。”“是。”
果如官兵卫所言，6月13日下了一天的大雨，直到下午4点，雨势才缓缓变小。在山崎的明智军先锋伊势贞兴、斋藤利三率先发起进攻，杀向了中川清秀和高山右近队。两人不敌连退数里，直到羽柴秀吉本队的堀秀政率兵增援，才维持住战线。分兵袭击天王山的黑田官兵卫、羽柴秀长以及神子田正治也与天王上守将松田政近和并河易家展开了战斗。由于上午的大雨，许多铁炮和火药都沾满了水渍，让明智军铁炮的杀伤力大大下降，羽柴军占据优势。整个战场呈现了一进一退的态势。
改变战局的关键，是羽柴军的池田恒兴、元助父子和加藤光泰三人。三人沿淀川北上，悄悄的渡过了圆明寺川奇袭了明智军的津田信春队。津田队被三面包围，瞬间混乱，士兵慌乱逃跑。见池田军渡河成功，丹羽长秀和织田信孝也紧跟开始渡河，大有从右翼直取光秀本阵的意思。中川、高山两队见明智军右侧大乱，趁势反杀了回来。明智军最后全军动摇，导致总崩。伊势贞兴派人给光秀传话，“我自舍命殿后，请您快跑！”之后杀入乱军之中战死。明智军主力斋藤利三队最后也无力回天，只能率军逃跑。和黑田官兵卫交战的松田政近也是死战到底，最后寡不敌众。明智光秀率领余部逃往腾龙寺城，羽柴军由于前线的高山、中川两队伤亡惨重也没能马上展开追击。
明智军士气大大受损，由于縢龙寺城不大，无法收容大军，士兵们相继逃走，最后只剩下700余人。明智光秀舍弃士兵，仅带贴身侍卫4，5人，向坂本城逃去。在行至小栗栖村树林时，被专门靠袭击逃跑武士为生的农民用竹枪刺死，享年54岁。日本成语“三日天下”讲述的就是明智光秀，比喻短命的政权。其实从信长死亡到光秀死亡已经过了13天。6月14日，羽柴方的堀秀政队率先展开追击，追到縢龙寺城与明智秀满展开激战，杀死敌兵300余人。明智秀满败逃回坂本城，在献出明智家的家宝后，将明智光秀的妻子杀害，并与沟尾茂朝、明智光忠自杀。同时，中川清秀、高山右近二人向丹波龟山城进军，光秀之子明智光庆自杀。至此，明智家基本全灭。6月16日，进入京都的羽柴秀吉对南、北近江的领主发出招降的书信，逃往长滨城、佐和山城的阿闭贞征父子、山崎片家望风而降。6月17日，明智军第一猛将斋藤利三在坚田被捕，被押送到六条河原施以磔刑。之后，羽柴秀吉向其他没能赶上讨伐明智光秀的织田家众将发去信函，约定于6月27日，在尾张国清州城召开会议商议织田家的继承人。
再说被困在关东的泷川一益。6月16日北条氏直向仓贺野方面进军。泷川一益先下手为强，于6月18日连续攻占了北条氏邦支配下的川井城和金洼城，并在金洼平原设好埋伏打得北条氏邦和北条氏直抱头鼠窜。6月19日，北条氏直率2万兵卷土重来，在神流川附近与泷川一益交锋，但没过多久又被泷川一益的3000人马打得连退数里。北条氏政见状，下令北条氏规率领1万人马从背后包围泷川军。泷川一益见本来约定前来支援北条高广迟迟没有出兵，便知大势已去，放声喊道：“生死有命，富贵在天，大家跟我冲啊！”最后，泷川一益只剩30余骑，但终于突破了北条氏规的包围，而北条方已战死300多人。之后，泷川一益逃往厩桥城，在经过城下的长昌寺时，祭奠了在神流川一战死亡的将士。20日，一益退至箕轮城，设宴与上州的领主们告别，并释放了作为人质的北条高广的次男。酒席上，一益亲自打鼓助兴，并感谢上州众人对自己的支持。最后，一益将自己珍藏的宝刀、金银和茶具等送给大家，以示友情，并在深夜离城而去。
6月21日，泷川一益来到松枝城见到了女婿津田秀政，两人合兵一处总计2000人一同向西退去。之后，来到由手下道家正荣把守的小诸城。为了顺利通过木曾义昌把守的木曾谷，泷川一益将之前收纳的人质都送给了木曾义昌，其中包括依田康国和真田昌幸的母亲等人。木曾义昌大喜，答应一益可平安通过。6月27日，泷川一益留下命令给道家正荣，将小诸城托付给投降德川家康的依田信藩，之后启程往美浓国行进。
6月28日深夜，经过一天急行的泷川一益，终于赶到了尾张国清州城，但还是没能赶上重要的“清州会议”，同时也因为被北条军打败，没有获得任何领地与赏赐。泷川一益一进城就首先来拜访笔头家老柴田胜家，“一益，你终于回来了，没事吧！”柴田胜家急忙迎出门外。“托柴田大人的福，总算是平安回来了。会议怎么样？信孝大人继位了没？”柴田摇了摇头，苦叹了一声：“唉，你要早回来一步，岂容那个猴子张狂啊。继位的是一个只有2岁的小孩。”“啊！？”……
原来在6月27日举行的清州会议上，羽柴秀吉以讨伐明智光秀的功劳占尽了主动，并早已与丹羽长秀、池田恒兴交好。柴田胜家孤立无援，又处于被动，只能在领地方面多争取了一些。首先在会上，柴田胜家指出应立信长三子织田信孝为继承人，而羽柴秀吉则找来了织田信忠的儿子，只有2岁的三法师（之后的织田秀信）。丹羽和池田表示，由于织田信孝曾经作过神户氏的养子，所以三法师从血统的正统性上胜出，但由于三法师年幼，信孝作为辅导人。柴田胜家只能默认。在织田领土的再分配问题上，织田信雄继承了尾张国，织田信孝继承了美浓国，信长四子织田秀胜成为羽柴秀吉的养子改名羽柴秀胜继承了丹波国。柴田胜家除了原有的越前国外，还获得了长滨城和北近江国的3郡。丹羽长秀除了原有的若狭国外，还获得了近江国2郡。池田恒兴获得了摄津国的3郡。三法师获得近江国坂田郡的领土，并常驻安土城。羽柴秀吉除原有领土外，获得了山城国之地。
清州会议后，织田家分成了支持织田信雄、织田信孝、三法师的三大势力。而在清州会议丢尽了面子的柴田胜家，也正在酝酿如何向羽柴秀吉报仇。