前田利家看似两不相帮的撤军，其实对羽柴军的胜利起了决定性的作用，导致柴田军溃退。之后，利家在越前的府中城暂驻，这是柴田胜家逃向北庄城的必经之路。然而，利家并没有拿着柴田的人头去向秀吉领赏，相反的还提供给柴田军帮助。“义父大人，利家对不起您，临阵撤退，使您战败。”“唉，义父岂不知你和那猴子的关系，我尊重你的选择。但是我跟他实在是处不到一块儿。”“您有何打算，如果有什么需要帮助的，尽管吩咐。”“败军之将还能有什么要求，给我一碗泡饭吧，好几天都没有怎么吃东西了。”“阿松，准备泡饭。”利家亲自吩咐妻子下厨。柴田胜家狼吞虎咽的吃了起来，两人看着这位历经沧桑，又再次战败的老人，心中不由得一阵酸楚。“饱了饱了，阿松的泡饭真是美味啊。利家，我回去北庄城后，秀吉必然来攻，你可以争当先锋。义父没有什么能留给你的，就把讨伐我的首功让给你吧。”“义父大人，我怎能做这种大逆不道之事。”“我已经老了，之后的时代是你们年轻人的天下。我情愿把越前托付给你，也不会交给那猴子。”“孩儿明白了。”“好了，我们出发了。”
4月22日，秀吉大军杀至府中城，派堀秀政为使者劝降了前田利家。4月23日，前田利家按柴田的吩咐作为羽柴军的先锋包围了北庄城。24日，柴田胜家带领200余人退守天守阁，准备切腹自尽。据说其采用的是最正式的十字切腹法，是最传统的切腹方法。最后，包括夫人阿市在内，共有80人一同殉死。阿市是由于之前的丈夫浅井长政死于羽柴秀吉之手，所以一直痛恨他，才答应嫁给了比自己大25岁的柴田胜家。虽然是政治婚姻，但老夫少妻，胜家对阿市关怀备至礼敬有佳，对其三个女儿也是无微不至视如掌上明珠。胜家本想将阿市和孩子们托付给前田利家交予秀吉，但是阿市下定决心陪胜家一起死。阿市的辞世句为“人生苦短如夏夜，杜鹃声声催泪别。”享年36岁。胜家的辞世句为“夏梦无常一世名，杜鹃凄鸣上云霄。”享年61岁。阿市的长女茶茶，已经14岁了，看着燃燃大火中的北庄城天守阁，又回想起了当年小谷城的情景。暗下决心，一定要为母亲和两任父亲报仇，杀死羽柴秀吉。
逃亡中的佐久间盛政，被黑田官兵卫手下擒获，后于京都六条河原斩首示众。美浓国的织田信孝，由于失去了柴田胜家这一后盾，只能向自己的哥哥织田信雄投降，但没想到被哥哥要求切腹，于4月29日自尽。再说孤军作战的泷川一益，继续奋战守城，但见已无人响应也于7月开城投降。秀吉本想杀死一益，但一益不光交出了全部领地还剃发出家，而且献上了朝山日乘的名画，这才保全性命。之后得到丹羽长秀的庇护，在越前蛰居。被柴田胜家安排在越中国防御上杉景胜的佐佐成政剃发出家，并交出了女儿为人质向秀吉投降。
织田信雄通过此战获得了尾张国、北伊势、伊贺等新的领地，但其还不满足。想像哥哥信孝一样进入安土城，成为三法师的辅佐人。可刚到安土城没多久就被羽柴秀吉下令轰了出去。织田信雄大怒，原以为秀吉讨伐织田信孝、柴田胜家、泷川一益是为了帮自己继承信长的家业，但没想到秀吉其实是自己想夺权。1584年新年，秀吉下令向织田家的遗臣们报捷，并要求众人来送上贺礼，其中就包括织田信雄。信雄大怒，不仅把使者乱棍打出，更决心准备与秀吉一战。之后，信雄通过姐姐德姬，联系上了德川家康。
由于本寺之变的缘故，之前被分封在武田领地的织田家武将全部撤走。导致甲斐、信浓、上野三国一时之间处于没有领主的状态。德川、北条、上杉趁势为争取三国之地展开了战斗，史称“天正壬午之乱”。直到1582年10月，由织田信雄出面调停，三家才结束争斗，北条氏直迎取了家康的女儿督姬结为同盟。最后甲斐、信浓由德川家掌管，上野由北条家掌管。夹在中间的真田幸昌，先臣从于上杉，中间又降服于北条，最后又转投德川。但德川、北条两家议和，德川家康下令让真田把沼田城交还北条，遭到拒绝，两家关系由此恶化，真田遂又复投上杉。此时，德川家康不仅有了甲斐、信浓、骏河、远江、三河5国之地，更有了北条氏作为后盾。作为织田信长长久以来的盟友，德川家康有足够的实力跟羽柴秀吉一战。
1584年3月6日，织田信雄杀死了手下亲秀吉派劝自己不要出兵的三名家老津川义冬、冈田重孝、浅井长时。秀吉大怒，终于下定决心对信雄出兵。与此同时，织田信雄还号召纪伊国的杂贺党、根来党以及四国的长宗我不元亲和北陆的佐佐成政加入自己的阵营，形成对羽柴家的包围网。针对织田信雄的伊势兵力，羽柴秀吉相继说服了关盛信、九鬼嘉隆、织田信包等有实力的武将加入自己阵营。同时，还派遣堀秀政和蒲生氏乡向伊势进军。针对织田信雄尾张的兵力，秀吉许诺给织田老臣池田恒兴尾张、三河两国的领地，让其作为先锋出击。池田恒兴虽然没参加贱岳之战，但凭借其在山崎合战中的表现和织田家的地位，已经获得了13万石的领地，并成为美浓大垣城的城主。3月13日，恒兴攻取了织田信雄尾张的犬山城。之后，堀秀政和蒲生氏乡也攻取了伊势的峰城。秀吉方先下手为强取得了优势。然而，织田、德川联军的反击速度也十分迅速。
3月13日德川家康进入清州城，得知犬山城陷落后，于3月15日向小牧山城进军。同日，兼山城的森长可接到命令，率军出城准备接应池田恒兴。但是情报被德川方的伊贺忍者截获，德川家大将松平家忠、酒井忠次、奥平信昌于羽黑地区设伏。3月17清晨，正在行军的森长可队，遭到酒井忠次5000人部队的奇袭，不敌大败，死亡300余人。3月18日，德川军占领小牧山城，开始在周围修筑堡垒和工事准备抵抗秀吉的大军。3月21日，秀吉率领3万人马从大坂出发，27日到达犬山城。看到织田、德川联军的大营，军师黑田官兵卫不禁感叹道：“德川大人名不虚传，此营攻守兼备，想要速胜很难。”羽柴军也抓紧修筑堡垒和工事，除了骂阵和小摩擦外，双方都没有率先出手。战况进入了胶着状态。
3月22日，纪伊国的杂贺党得知秀吉已向尾张进军，于23日分兵两路向大坂方向进军。一路攻击蜂屋頼隆防守的岸和田城，一路攻击松井友闲管理的堺港。由于正在准备修建新的大坂城，一路之上完全没有任何阻挡。留守的蜂须贺家政（蜂须贺胜政之子）、生驹亲正、黑田长政（黑田官兵卫之子）一面率军奋战，一面向秀吉告急。4月4日，池田恒兴来到秀吉帐中称已想到破敌之策。“秀吉大人，再这样耗下去可不是办法。纪伊国的杂贺党已经攻向大坂，如果四国的长宗我部元亲再出兵，则我后方危矣。德川与北条已经结盟，其无后顾之忧啊。”“我也正在为此事忧虑。”“德川与我在此地相持不下，三河必然空虚，如我军分兵偷袭三河，并放火示威，则德川军必定大乱，一战可定。”“不可，太危险了。若被敌人知道并于半路设伏，分队有全灭的可能。”“我受大人厚恩，甘愿冒险。”“你先退下，容我再思之吧。”4月5日，不愿放弃的池田恒兴和森长可一起又来到了秀吉的大帐请命，森长可更是放出话来要一雪前耻。秀吉最后还是答应了分兵偷袭三河的作战计划。