作为丰臣秀吉军师的黑田官兵卫晚年非常不幸。一是秀吉怀疑其有夺取天下的野心将其疏远，二是遭到石田三成的排挤。1598年丰臣秀吉去世，隐居在家的如水中坐不住了，其已经预见到了围绕天下霸权将出现新的纷争。1598年黑田如水上洛，居住在伏见城，参见德川家康。之后的事件中，他都站在了德川家康一方。1600年6月2日，家康命令诸大名讨伐上杉景胜，如水的儿子黑田长政决心跟随德川出兵，如水则与家康秘密约定留守九州的中津城。但如水的心中又是怎样想的呢？所谓大乱出大变，作为军师绝对不会放弃这么好的机会。如水仔细分析了东、西军的实力和状况，判断最后肯定是老谋深算的德川家康会取得胜利，并且两军要对峙百日之久……
百日、百日、百日，黑田如水反复念着，心中暗暗想到：各大名出战必然后方空虚，以我之军略，百日之内肯定能夺取九州七国之地，之后进击中国和四国地区。再与得胜的一方决战，则可问鼎天下。石田三成和德川家康，一个是嫉贤妒能的小人，一个是窃取天下的盗贼，我为何不成就自己的天下！黑田如水下定决心后，命人时刻关注石田三成的动向，同时广集钱粮。得知石田三成起兵后，黑田如水立刻打开中津城的金库，召集兵马，瞬间集结9000人的部队。9月9日，大友家后裔大友义统，在西军毛利家的支援下，准备在丰后国复辟，包围了东军细川忠兴领内的杵筑城。细川忠兴随德川出征，守将松井康之急忙向同属东军的黑田如水和肥后的加藤清正求援。
9月10日夜，大友军吉弘统幸率领100人马从二之丸开始偷袭，但遭到了松井康之伏兵的迎击，大败而回。黑田军于9月13日击败了从安岐城前来阻截的熊谷直盛，来到了杵筑城附近的石垣原布阵。这时，松井康之得知援军已至，领兵杀出城来，在实相寺山布阵。大友军2000人，被黑田、松井联军1万人夹在了当中。两军展开激战，吉弘统幸使用诱敌深入的战术打败了黑田家猛将母里友信率领的先锋。但随着黑田本队的到来，再加上松井康之的夹击，大友军渐渐不敌。吉弘统幸向主君大友义统告别后，率领30余骑冲向黑田军，最后被黑田家臣井上之房打败，自尽。统幸一死，大友军群龙无首瞬间崩坏，大友义统最终投降。之后，黑田军名声大振，势如破竹，周边城池望风而降。大友义统被送到了大坂后被判在常陆国禁闭，1605年去世。从中川家出奔投靠大友的田原绍忍等人谢罪后，被黑田军招降，命令其归还中川家，但要担任攻打西军太田一吉的臼杵城的先锋。10月3日中川军与太田军在佐贺关展开激战，田原绍忍等大友旧臣相继战死，中川军死伤430余人，太田军退回臼杵城。太田一吉在得知关原西军战败后，弃城而逃，中川家占领城池。
黑田如水于9月19日得知了关原之战家康胜利的消息后，犹如晴天霹雳，一天、一天、一天，黑田如水反复念着。决定天下霸权的决战只用了一天。本想趁机觊觎天下的黑田如水就好像万丈高楼一脚蹬空、扬子江心断揽崩舟，陷入了绝望的深渊。而更加讽刺的是，在关原之战起到关键作用的正是自己的儿子黑田长政，如果不是长政策反小早川秀秋，胜负还很难预料。梦醒后的黑田如水做出了更疯狂的决定，他不仅没有收兵撤退，而是和加藤清正一起通过藤堂高虎向德川家康提交了可以得到自军攻下的西军领土的任命书。黑田军疯狂地攻城掠地，臼杵城、小仓城、日隈城、角牟礼城……速度远远超过了加藤清正。10月14日，黑田军5000人马攻向了隶属西军的小早川秀包居城久留米城。突然接到了锅岛直茂、胜茂父子率3万2千人前来增援的消息。原来锅岛胜茂一直帮助西军作战，但老谋深算的锅岛直茂早就看出德川家康会赢，先在尾张购入军粮提供给德川军，之后又写信给儿子让其在决战开始前率兵脱离战线退回九州。之后父子两人为了对德川家表示出恭顺的态度，决定起兵帮助在九州的东军作战。10月14日夜间，久留米城开城投降，10月16日柳川城支城被攻陷，大军包围了立花宗茂的居城柳川城。之后，攻陷了小西行长居城宇土城的加藤清正也来助战。刚从关原返回九州的立花宗茂难敌黑田、锅岛、加藤联军，选择投降。
就像黑田如水开始计划的，从9月9日出兵以来，不到2个月，九州岛的西军势力就只剩下岛津家了。进入11月后，如水率领立花宗茂、锅岛直茂、加藤清正总计4万的九州联合军开始向岛津家进攻。11月12日，大军行进到肥后国水俣地区的时候，黑田如水接到了家康已与岛津义久议和，下令停战撤兵的命令。黑田如水扬天长叹：“唉，只能到这里了么？”，就这样54岁的名军师结束了自己夺取天下的野望，撤兵返回中津城。
相对于狮子奋迅一般的黑田如水，加藤清正显得低调的多了。只攻下了小西行长的宇土城和八代城。8月12日，清正收到了家康关于可以得到自军攻下的西军领土的许可。于9月19日包围了小西行长的居城宇土城，由于小西行长不在，留守的是行长的三弟小西行景和家臣内藤如安。小西行景自知不是加藤清正的对手，急忙向萨摩国请求岛津家的援助。岛津义久命岛津忠长和新纳忠元出兵肥后，与加藤清正作战。10月17日，清正家臣吉村左近攻取了小西方的八代城。10月20日，宇土城破，小西行景自杀，内藤如安逃跑，岛津援军撤回。虽然没有手刃小西行长，不过清正也算出了一口气。
10月初从关原撤回柳川城的立花宗茂，遭到了黑田、加藤、锅岛联军的围攻。10月20日，立花宗茂率军在柳川城北部与锅岛军交战，以新田镇实为首的众多家臣战死，名将小野镇幸重伤。立花宗茂只能托人向德川家康示好，在家康的调停下10月25日与加藤清正讲和。柳川城交给了加藤清正的家臣加藤正次。之后，立花宗茂跟随黑田如水攻打岛津，由于在归路上跟岛津义弘成为了好友，所以担任起了和平交涉的使者。11月家康下达了停止攻击岛津家的命令，九州再次迎来了和平。九州的其他大名、相良赖房、秋月元种、伊东佑兵基本维持现状，没有大的动作。
关东方面，与三成交好的佐竹义宣原来准备在后方偷袭德川家居城江户城。但是其父亲佐竹义重、继承了芦名家的弟弟芦名盛重以及重臣佐竹义久都主张应该归属东军，对佐竹义宣的主张强烈反对。对于已经隐居了的父亲佐竹义重的意见，义宣还是十分重视的。最后只能断绝和三成的关系，派遣手下武将跟随德川秀忠从中山道进军。其中包括多贺谷重经、山川朝信、相马义胤、岩城贞隆等人。
伊势伊贺方面，被西军围攻的安浓津城陷落，城主富田信高降服出家。松坂城的古田重胜利用讲和争取了时间，坚持到了最后。当初准备中立的桑名城氏家行广、行继兄弟，迫于压力从属于西军，后来攻打福岛正赖（正则弟弟）的长岛城，但在听闻东军在美浓集结后，撤兵发往美浓方向了。攻取安浓津城后，西军3万人马攻打伊贺上野城，留守的城主筒井玄藩不战而逃，跑去了高野山，新庄直赖进驻。正在参加讨伐上杉行动的筒井定次得知消息后，禀明家康，迅速率军返回伊贺想夺回上野城。之后筒井定次与新庄直赖在上野城展开激战，新庄不敌降服，从上野城撤退。筒井定次夺回上野城后，马上率军赶往关原，与石田三成的部队交战。
就这样，围绕日本新一轮霸权的全国性战斗结束了。以德川家康为首的东军获得了胜利，那么石田三成、毛利辉元等西军将领的命运将会如何呢？德川家康又将如何对待丰臣秀吉的儿子丰臣秀赖呢？