5 由县升格婺源州

元至元十三年（1276），徽州（翌年改为徽州路）入元，属江淮行省（至元二十一年属江浙行省，二十四年改属江浙行省江东建康道），婺源县仍隶属徽州，定为下县。元贞元年（1295），婺源县升为婺源州（下州）。元至正十七年（1357）三月，朱元璋部攻克徽州，七月改徽州路为兴安府。元至正二十四年复改兴安府为徽州府，属江浙行省。元至正二十六年，徽州府直属中书省，婺源州均随隶属之。

元朝时，朝廷为加强统治，对“南人”控制极严。当时，婺源虽民生凋敝，各业萧条，但仍有采矿炼铁、淘沙采金之举。至元十七年（1280），县西乡的朱村、磻坑、双桥、鱼坑、大塘建有5座炼铁炉。

入元以后，由于许多士人“秉节不事元”，隐居乡里，或潜心攻读，或教授村族子弟，当地的文化教育有了进一步的发展。婺源历史上影响较大的几所书院、义学等，均兴建于这一时期。例如心远书院，元初由乡贤俞皋建于汪口村；紫阳书院，至元二十四年（1287）由奉直大夫汪元圭（婺源回岭人）建于蚺城，并置有学田389.35亩；明经书院，至大三年（1310）由龙泉县主簿胡淀建于考水村，为屋105间，置有学田360亩；桂岩书院，元中叶由弃官归里的镇抚戴彦亨建于岩前村；石丘书院，元中叶由里人胡默建于考水村；遗安义学，至正七年（1347）由里人程本中建于盘山村，置有学田300亩；中山书塾，至正八年（1348）由里人祝寿朋建于中平村，置有学田200亩；阆山书院，至正中（1341～1368）由枢密院判汪同（婺源浯村人）建于阆山。

元代，婺源的理学家、教育家、文学家、医学家等众多。例如：胡一桂，精通经史诸子百家之学，著有《周易启蒙翼传》 《易附录纂注》 《十七史纂古今通要》，并被《四库全书》收录；胡炳文，潜心钻研朱熹理学并精研诸子百家、阴阳医卜、星历术数，曾任信州道一书院山长，被尊为一代名儒，其著作《周易本义通释》《四书通》《纯正蒙求》《云峰集》亦被收入《四库全书》；汪泽民，曾任平江路推官、兖州知州等，为官清廉，晚年召为国子司业，参与撰修“辽、金、宋”三史，卒谥“文节”；王国瑞，为太医院太医，精针灸，其医著《扁鹊神应针灸玉龙经》（收入《四库全书》），对后世针灸学之子午流注法、灵龟八法等产生过较大影响，在明代被高丽综合性医书《乡药集成方》和《医方类聚》所引用。

元贞元年（1295），蚺城成为婺源州治后，城池由原设两门改为按方位开启四门，东门“迎恩”，南门“望越”，西门“临江”，北门“来苏”，立木栅为之。另值得一提的是，元统二年（1334），婺源知州干文传以颜渊、孟轲在故宅立庙之先例，请于朝廷并得旨核准，在城南明道坊前街以朱韦斋（朱熹父朱松）故居为基，始立“婺源徽国文公庙”，次年庙成。