基于理论发展的需要，结合生态学整体论和还原论的争论现状，本书重点从本体论、认识论和方法论三个层面对后者进行考察。这涉及“什么被还原”及“如何还原”等问题。不仅指涉到“理论还原”“术语还原”等，也指涉到对生态学“尺度与层次”、“复杂因果网络”等相关主题的考察。