正当前线士兵庆祝胜利攻下防御系统的时候，防御系统的残骸中升起来一个高6米，直径3米的金属圆柱体。
三名士兵走向圆柱体，正当士兵们靠近圆柱体时，圆柱体开始旋转，几十道光圈从圆柱体内飞出，三名士兵纷纷被击倒。汤姆向士兵们大吼道：“快找掩体。”
圆柱体内越来越多的光圈向士兵们飞去，人类的军队哀嚎四起，汤姆向重武器士兵说道：“快向圆柱体射击。”在汤姆的组织下士兵们开始向圆柱体发射导弹。圆柱体被打的粉碎，汤姆向士兵们说道：“这就是化核人，他们放弃了抵抗，我们要赢了。”士兵们开始高声欢呼。
就在这时突然从圆柱体的残骸中爬山了一个巨大的机械虫子。虫子有500长，全身由钛合金组成，有一张直径300米的口腔，士兵们被眼前的巨大机械虫子叹为观止。机械虫子开始张开大口，汤姆感到脚底的重力消失了，汤姆和几个士兵一起飞向那张大口。
汤姆立刻召唤机甲战士，机甲战士向汤姆他们飞奔而来，机甲战士纵身一跃把汤姆他们抱在怀里，机械虫子似乎不高兴了，它迅速蠕动缠绕到机甲战士的全身。汤姆和士兵们一起向地面跳去，周围的其他士兵开始向机械虫子射击，机械虫子依旧缠绕在机甲战士身上，机甲战士渐渐被挤成一团，一声轰鸣过后机甲战士自爆了。
士兵68说道：“我们现在该怎么办？”汤姆向士兵们说道：“你们先去吸引它的注意，我去尝试将它控制。”说完汤姆便向机械虫子冲去，机械虫子似乎看透了汤姆的想法，它不管周围的士兵如何，机械虫子也向汤姆冲去。
汤姆全身开始虚幻起来，机械虫子竟然惊人的穿入了汤姆的虚幻身体，汤姆抓住机械虫子的外壳爬到它的头顶上，机械虫子突然抖动全身，汤姆便掉下来了。汤姆向士兵们大吼道：“向机械虫子的口中射击，快点。”士兵们纷纷开始向机械虫子的口中射击，机械虫子闭合了大口，开始在墙壁上飞快蠕动。
汤姆拿起几块地上的碎片，用超能力把碎片变成10把电锁炮（电锁炮可以让人或机器人在原地麻痹一段时间)，汤姆递给周围的士兵说道：“等到机械虫子开口时向它口中射击，听明白了吗？”拿到电锁炮的士兵们纷纷点头。
机械虫子似乎鼓起勇气再次向士兵们冲去，它张开了大口，三名士兵被吸飞到了空中。轰轰～～电锁炮发出轰鸣声，机械虫子口腔里瞬间电流涌现，汤姆再次向机械虫子的头顶冲去。机械虫子的口中开始喷出毒液，几名士兵射中化为了泡影。
最终汤姆来到那机械虫子的头顶，汤姆双手冒出黑烟然后拍在机械虫子的头顶上，机械虫子开始挣扎了起来，汤姆大吼道：“你是我的，服从与我。”而机械虫子却向汤姆说道：“我不服，如果你能打败我我会加入你的。”汤姆再次被机械虫子摔下来。汤姆顿时感到吃惊，自从成为创造宇宙者以来，这种抵抗汤姆道是第一次体会。
汤姆从地上站起来向机械虫子说道：“你难道是我创造宇宙者的产物吗？。”机械虫子说道：“先打败我，我再说。”机械虫子突然开始变形，它变成了一个300米高的机械巨人，狭窄的空间瞬间也跟着变大了起来，刚好可以让巨人自由的活动。汤姆向士兵们说道：“你们立刻后退，它现在要跟我决斗。”
士兵们纷纷后退，汤姆手握一把电锁炮来到巨人面前。汤姆向机械巨人说道：“我是你的创造者，你为什么要跟我作对。”机械巨人说道：“我的任务是守卫“种子”号，你们是入侵者。如果你能打败我，我便加入你的队伍。”说完机械巨人的右手伸出一把长100米的光剑，左手生成了一个护盾。
机械巨人举起光剑向汤姆的头上砍去，汤姆瞬间位移，地板上被机械巨人砍出来了大坑。机械巨人笑道：“什么时候黑暗精灵开始害怕攻击了，哈哈哈。”机械巨人向地板上面跺脚，一股EMP冲击波将汤姆震飞。汤姆身上的仪器瞬间关机，连电锁炮也成了废铁。机械巨人再次向汤姆砍去，汤姆再次被震飞，机械巨人伸出手抓住汤姆，汤姆开始挣扎起来。
机械巨人向汤姆说道：“你可是黑暗精灵，用你的技能呀！”汤姆虚幻起来，汤姆从机械巨人的手中窜出，落在地上。机械巨人说道：“我看你是假的黑暗精灵吧！哈哈哈。”
汤姆双眼冒起黑烟，全身燃烧起紫火来，然后无数的紫火从汤姆体内飞出，落在地上后，瞬间十几个和机械巨人长的一样的机械巨人拔地而起，汤姆的机械巨人挥舞光剑向其冲去。
机械巨人笑道：“这才是你的本事？你比上一任黑暗精灵差太多太多了。”机械巨人跳了起来，手中的光剑一挥，汤姆的机械巨人的头纷纷落地，机械头落在地上发出巨大的声响，在场士兵无不被眼前的一幕震撼，但是汤姆却不见了。机械巨人在地上巡视一圈也没发现，机械巨人自言自语道：“难道他已经魂飞魄散了。”
突然机械巨人陷入地板之中，机械巨人如融化了的雪糕一样融入到了“种子”号内。汤姆现身了向机械巨人说道：“你输了，还不加入我们。”机械巨人说道：“我一直都是你的一份子，“种子”号也是。”汤姆问道：“我还有上一任？”机械巨人说道：“是的，不过他被归零人追杀了，最终体内的能量用完了，化为了一团黑雾。”汤姆把机械巨人变回了原型，汤姆说道：“那你能帮我占领“种子”号吗？”机械巨人开始变回机械虫子，然后机器虫子说道：“我不能，但是有个化核人可以。跟我来吧。”汤姆示意士兵们一起和机械虫子向化核人居民区前进。
此时此刻“种子”号的三分之一已经被人类占领，化核人士兵还在抵抗。地球上两军还在交战，化核人的士气渐渐低沉下来。
机械虫子示意士兵们躲进它的体内，然后机械虫子便带着人类士兵明目张胆的来到了化核人的居民区。化核人似乎都对机械虫子特别的尊敬，但人类士兵个个紧张起来，生怕被化核人发现。很快他们便被机械虫子带到了化核人的监狱，机械虫子向汤姆说道：“这里面关押了化核人真正的大王，他的名字叫容量。乌兹人用易容术变成了他的样子，然后乌兹人将他关进无人看管的监狱，要不是我天天给他能量，恐怕早就饿死了。”
汤姆向机械虫子说道：“你为什么不向化核人民说呢？”机械虫子说道：“他们听不懂我在说什么，我只会说黑暗精灵语，所以只有你能听懂。”汤姆又问道：“我听说我们黑暗精灵一共有八个，那七人都有什么超能力？”机械虫子说道：“我也不知道，你的上一任也没告诉我。不过那个叫容量的化核人会知道一些事情。”汤姆又问道：“归零人为什么要抓住我们黑暗精灵？”机械虫子说道：“好像是关于时间分子的事，具体是什么情况我也不懂。”