GLP-1类似物不良反应：胃肠道反应是其最常见的不良反应，多为轻、中度，包括恶心、呕吐、便秘、腹泻等，因此，首次使用这类药物时，应该采取低剂量开始、逐渐增加剂量的用药方式。GLP-1类似物的降血糖作用是葡萄糖依赖性的，即当血糖浓度低于4～5毫摩尔/升时，GLP-1就不会再发挥作用。因此这类药低血糖发生风险较低。

DPP-4抑制剂的不良反应：主要为胃肠道症状，其他不良反应报道较少，有可能诱发感染、过敏反应、头痛等。

由于此类药物上市较晚，仍需进一步观察研究。