因果关系分为事实因果关系和法律因果关系，法医学鉴定意见给出的是医学上事实的因果关系(直接因果关系、间接因果关系等)，委托方综合其他事实(如病历篡改等)及医学事实给出的因果关系是法律因果关系。

在医疗损害侵权鉴定中，往往存在多因一果情况。原因为多个过错行为，结果为受害人的损害后果。因而存在需要明确每个过错行为作用力大小的情况，在司法鉴定实践中，多以原因力或参与度的形式表述。

在诉讼过程中，对鉴定程序进行审核是确保鉴定意见能够采信的前提。审核内容主要包括：鉴定机构是否具有相应的鉴定资质，鉴定人员是否有相应的鉴定资格；申请鉴定过程是否符合法律规定，鉴定意见是否存在明显瑕疵。

司法鉴定意见作为证据之一，必须经过法庭公开质证后才能被作为法庭证据使用，鉴定意见的最后采信权在法庭。当事人对医疗损害司法鉴定意见不服申请重新鉴定的，人民法院应当依据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二十七条的规定，审查决定是否予以准许重新鉴定。

出庭作证是指司法鉴定人依据人民法院的出庭通知，鉴定机构至少一名鉴定专家出庭接受当事人及法官质询，在法庭上就司法鉴定有关事项进行说明并接受质询的活动。主要的法律依据为：《司法鉴定程序通则》第四十三条规定，“经人民法院依法通知，司法鉴定人应当出庭作证，回答与鉴定事项有关的问题。”鉴定人出庭作证是司法鉴定人的义务。《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定》第十一条的规定，“在诉讼中，当事人对鉴定意见有异议的，经人民法院依法通知，鉴定人应当出庭作证”。按照现代诉讼理念，双方当事人(包括控辩双方)的诉讼地位是平等的，因此鉴定人应与其他诉讼参与人一样出庭作证并接受双方当事人、律师以及法官、检察官的询问。其作用一方面通过对鉴定人进行询问，帮助法官解决专门性问题；另一方面也可以使当事人明白鉴定意见的形成过程，从而使诉讼双方对鉴定意见产生信任感。鉴定人出庭接受诉讼双方对其所作医疗损害司法鉴定意见的质证是实现司法公正，确保医疗损害司法鉴定意见准确的有效措施。而且，司法鉴定意见必须经过当庭询问、质证并查实后，才能作为定案的根据。

在鉴定实践中，鉴定人确因特殊原因无法出庭的，经人民法院准许，可以书面答复当事人的质询。鉴定人无正当理由拒不出庭的，而且拒绝书面答复的，或者结合质询，答复仍不能排除对医疗损害司法鉴定意见的合理怀疑的，人民法院对医疗损害司法鉴定意见应当不予采信。对医疗损害司法鉴定意见，当事人可以申请具有专门知识的人员(专家辅助人)进行辅助质证，包括对鉴定专家进行询问等。