虽然胃酸/胃蛋白酶是导致食管黏膜损伤的主要攻击因子，但部分患者食管24小时pH监测发现食管炎的程度与酸反流量无明确关系，抑制胃酸治疗对某些患者食管黏膜的修复无效，胃酸缺乏的患者同样可以发生食管炎。Martinez等也证明在有症状的GERD患者中仅有45.1%的患者存在pH异常。因此，除了胃酸还有其他重要因素参与了食管炎的发生，其中十二指肠胃食管反流作用尤其明显。胃大部切除、食管小肠吻合或其他导致过度十二指肠胃反流时，十二指肠胃反流可因胃容积增加而致胃食管反流的危险性增加，大量研究表明胆汁可增加食管黏膜对H ⁺的通透性，胆汁中卵磷脂被胰液中的卵磷脂A转变为溶血卵磷脂，可损伤食管黏膜引起食管炎，十二指肠内容物可导致食管黏膜的糜烂、溃疡和上皮高度增生、柱状上皮化生，肠液中的蛋白水解酶、脂肪酶和淀粉酶等也有破坏消化黏膜的作用，同时含胆汁和胰酶的反流物对食管黏膜亦有损伤作用。需要注意的是，当反流物pH为酸性时，此时因非结合胆盐不溶解，胰酶不能活化，H ⁺为主要的攻击因子；当pH为碱性时，非结合胆盐和胰酶则成为主要的攻击因子。