幽门螺杆菌（Hp）感染在GERD的病理生理学方面所起的作用一直是学术界争论的焦点，Hp感染是否与GERD有关尚存在争议，一些研究资料提示Hp感染可能具有保护作用。理由有：①GERD患者Hp感染率和CagA检出率均低；②消化性溃疡及胃炎患者根除Hp后，GERD的发病率高于未根除者。但是也有学者认为根除Hp并不增加GERD的发病率，GERD患者和健康志愿者Hp的感染率无显著性差异。因此认为对食管起保护作用的是胃炎而不是Hp，因为GERD患者胃炎的发生率低且轻。

Hp影响GERD的可能机制为：Hp的尿素酶分解尿素产生氨，氨中和胃酸，胃内pH升高，胃蛋白酶原激活减少，反流物对食管损伤作用减弱。且胃窦部Hp感染可使血清促胃液素增高，促胃液素具有升高LES压力的作用。但另一些研究则认为Hp感染与GERD无关。

总体来看，来自东方人群的研究多数认为根除Hp加重GERD的症状，西方的研究则多认为根除Hp对GERD症状无影响。有学者推测，其差别的原因在于：西方人群的Hp感染性胃炎多位于胃窦部位，胃酸分泌无减少，因此根除Hp不影响胃酸的分泌量；东方人群的Hp性胃炎多位于胃体泌酸区，常合并胃酸分泌减少，根除Hp可导致胃酸分泌增多，加重GERD症状。我国近年的大样本人群研究表明，根除Hp不加重中国人的GERD症状。