GERD是一种多因素相关的疾病，主要病理生理机制包括抗反流功能减弱和反流物对食管黏膜的损伤，参与引起或增加反流的因素包括：①胃食管交界处功能与结构障碍，如下食管括约肌（lower esophageal sphincter，LES）压力下降、TLESR（transient lower esophageal sphincter relaxation，TLESR）、滑动性食管裂孔疝、食管胃连接部位的扩张性增加等。近年来关于TLESR的研究不断深入，对于其诊断标准进一步细化，有利于临床对GERD患者发病原因的评估。此外胃食管交界处抗反流屏障的检测如扩张性能等随着其检测技术Endoflip（endoscopic functional luminal image probe）的研发成为可能。②食管清除功能障碍和上皮防御功能减弱，如食管酸清除时间延长、上皮间隙增宽等。食管超微结构的破坏目前被用来作为NERD患者诊断的客观标准，有学者认为食管上皮细胞间隙增宽导致其中化学感受器感应反流物的刺激，从而引起中枢和周围的反射，产生食管症状。但是其超微结构改变的具体机制仍不明确。③肥胖和饮食等生活相关因素削弱食管抗反流功能。攻击因素则以胃酸、胆汁等主要反流物质刺激食管，诱发免疫反应使食管黏膜产生不同程度的炎症反应，上皮细胞增殖异常，影响食管的感知运动功能、诱发症状。此外，近端反流、气体反流、纵行肌收缩、周边和中枢敏感化等多个机制也参与GERD症状的产生。