1.原发感染结核分枝杆菌初次感染而在肺内发生的病变，称为原发性肺结核，多发生于儿童，现也常发生于先前无结核分枝杆菌感染结核菌素阴性的成人。原发感染的主要特点为发生急性渗出性炎症并快速向相邻组织和区域淋巴结扩散以及干酪坏死，结核菌素试验阳性。原发灶好发于肺上叶下部和下叶上部。原发灶、淋巴管炎和肿大的肺门淋巴结合称为原发综合征。感染后3～6周，机体产生特异性细胞免疫，同时也出现超敏反应。病灶中结核分枝杆菌细胞壁磷脂一方面刺激巨噬细胞转化为上皮样细胞，后者可相互融合或经核分裂形成多核巨细胞（即朗罕巨细胞），另一方面抑制蛋白酶对组织的溶解，使病灶组织溶解不完全，产生干酪样坏死。坏死灶周围包着上皮样细胞、淋巴细胞、巨噬细胞和成纤维细胞形成结核结节（即结核肉芽肿）。结核结节是结核的典型病理特征。原发感染90%以上可经纤维化和钙化自愈。但原发灶内常仍有一定量的结核分枝杆菌长期潜伏，成为潜伏感染。

2.原发后感染多为原发感染的再活化（reactivation），也可由外界的结核分枝杆菌再次侵入引起外源性再感染（re-infection），或在原发感染基础上再感染新结核分枝杆菌发生重叠感染（super-infection）。原发后感染多发生于成年人，病灶以肺部为多见，也发生于肺外组织。再活化由原发病灶中潜伏的结核分枝杆菌引起。在人体抵抗力下降时，残存的结核分枝杆菌再度大量繁殖而发病。最多发生于肺内通气最好的顶部。由于原发感染后机体已建立了对结核分枝杆菌的特异性免疫应答的能力，因此病灶多局限，一般不累及邻近淋巴结。呈慢性组织损害，易发生结核结节、干酪样坏死和纤维化。

当结核分枝杆菌进入血液循环引起肺外播散时，可致肺外结核病，如脑、肾、骨、关节、生殖系统等结核。在极少数原发感染患儿或免疫力极度低下的个体（如艾滋病人）中，严重时可形成全身粟粒性结核。痰菌被咽入消化道也可引起肠结核、结核性腹膜炎等。

近年来常发现病灶中见有形态不典型的抗酸菌却未见典型结核结节，称之为“无反应性结核”。这是由于结核分枝杆菌L型缺少细胞壁脂质成分，不能刺激结节形成，而仅有淋巴结肿大和干酪样坏死。单从病理变化判断，常被误认为慢性淋巴结炎。结核分枝杆菌L型在临床标本中已经占有相当比例，对此应予注意。