腧穴的作用，古今文献论述颇多，概括起来不外输注气血、反映病证、协助诊断和防治疾病四个方面。

经络能够运行气血，协调阴阳，而腧穴是作为脏腑经络气血转输出入的特殊部位，其功能与脏腑经络有着不可分割的关系。人体脏腑以及皮肉筋骨、四肢百骸所以能维持其正常的功能，都需要气血的滋养滋润。而气血的输注输布，主要是通过经络系统而实现的，经脉和络脉都是气血输注的径路。经络与腧穴本是一体，分之可二，合之为一，腧穴同样具有经络输注气血的功能。《素问·气穴论》说：“肉之大会为谷，肉之小会为溪，肉分之间，溪谷之会，以行营卫，以会大气。”高士宗《素问直解》指出：“溪谷之会，内外相通，内通经脉，以行营卫，外通皮毛，以会大气，大气宗气也。”《灵枢·九针十二原》说得更加明白。“所言节者，神气之所游行出入也，非皮肉筋骨也。”《灵枢·平人绝谷》说：“神者，水谷之精气也。”《灵枢·营卫生会》又说：“营卫者，精气也，血者，神气也。”由此可见，营卫气血是水谷精微所化生，它又是转化为神气的物质基础；同时说明腧穴是气血通行出入的部位，并非指一般的皮肉筋骨。因此，人体气血的虚实盈亏，必将通过经络反映到腧穴，这就是所谓腧穴“通营卫”“溢奇邪”的作用。所以《备急千金要方》说：“凡孔穴在身，皆是脏腑荣卫血脉流通，表里往来，各有所主”。

经络腧穴与脏腑息息相关。腧穴与机体的内脏、器官有着密切的联系，在疾病的情况下，相应的腧穴范围出现压痛、酸楚、结节、肿胀、瘀血、丘疹、虚陷等现象。疾病的发生必取决于邪正的盛衰，邪盛则可以导致气血失调，气血失调可以通过经络的功能直接反映于与之有关的“脉气所发”的部位。《灵枢·邪客》说：“肺心有邪，其气留于两肘；肝有邪，其气留于两腋；脾有邪，其气留于两髀；肾有邪，其气留于两腘。”《素问·风论》说：“风中五脏六腑之俞，亦为脏腑之风，各入其门户，所中则为偏风。风气循风府而上，则为脑风。”风寒湿邪，可由穴位处乘虚而入，深入脏腑而致病。张介宾在《类经》注：“凡病邪久留不移者，必于四肢八溪之间有所结聚，故当于节之会处索而刺之。”结聚，指气血凝滞、脉络不通，或由此而形成的硬结等。这就是《素问·气穴论》所以说的“溢奇邪”。但这种情况的出现并不限定于四肢，临床上更多见于躯干。它既可以反映局部的软组织疾患，如经筋病变；也可以反映脏腑疾患，如躯干部的背俞穴和募穴，是反映脏腑病痛的重要腧穴。当然，四肢部的腧穴也同样可以反映脏腑病证，如原穴与五脏病、下合穴与六腑病等。对于腧穴的这种作用，近年有不少新的发现，如呼吸系统病证多在中府、肺俞、孔最处出现反应；肝胆系统的病证多在肝俞、胆俞、胆囊穴处出现压痛等。

人是一个有机的整体，人体各个组织、器官的功能是彼此协调统一的。腧穴作为人体的一个特殊部位，通过经络与机体各部紧密联系，因此某一个组织、器官发生疾病时，也可以通过经脉在其相关腧穴上出现异常反应。这种反应的出现对疾病的诊断具有重要意义。《灵枢·官能》说：“察其所痛，左右上下，知其寒温，何经所在。”就是利用“荥输异处”诊察疾病。在这方面，中医学积累了丰富的经验，且近年又有较快的发展。望、闻、问、切是中医诊病的主要方法，其中望诊、切诊更是离不开经络腧穴。望诊包括诊察络脉色泽，近代多用于耳廓视诊。脉诊中的切寸口、切人迎、切三部九候、切肾间动气等无不以腧穴作为依据。《灵枢·背腧》记载了背俞穴的位置与取法。切其所异，可以作为定向诊治脏腑疾患的重要参考。募穴也具有相同的作用，如《圣惠方》利用募穴的压痛及局部变异诊断脏腑“痈”“疽”之患。除上述内容外，四肢部腧穴对部分疾病的诊断也具有重要意义。如阑尾穴出现压痛表明有患阑尾炎的可能，胆囊穴的压痛则有患胆囊炎或胆结石的可能。以上这些内容都应结合临床征象综合考虑，才能完整了解病情，做出合理判断。近年，应用光、声、电、磁等物理学方法，对腧穴的某些变异还可以用仪器进行检测，如经络穴位测定仪、生命信息诊断仪等。总之，检查有关经络腧穴部位的病理反应，测定腧穴的电位、电阻和导电量的变化，有助于病位和虚实状态的诊断。另一方面，腧穴协助诊断还体现在可以协同现代医疗仪器对某些疾病进行鉴别诊断。如采用针刺足三里的方法，在X线下对胃窦部变形、蠕动消失的患者进行观察，如胃窦部变形部分重新出现蠕动，而且轮廓、宽度发生改变者，说明胃壁柔软，正常收缩扩张功能存在，一般为良性的炎症；如在同样条件下，胃壁无收缩、扩张功能，说明胃壁增厚僵硬，是癌细胞沿胃壁生长的结果。

腧穴不仅是气血输注、邪气所客的处所，同时又是针灸防治疾病的部位。运用各种治疗性刺激作用于腧穴，可以预防和治疗疾病。《素问·五脏生成》在解释腧穴的特点时说：“此皆卫气之所留止，邪气之所客也，针石缘而去之。”指出腧穴不仅是气血输注的部位，而且是邪气所客的处所，也是针灸用以补虚泻实的部位。针灸预防疾病，主要就是提高机体的抗病能力。《备急千金要方》说：“凡入吴蜀地游官（宦），体上常须三两处灸之，勿令疮暂差，则瘴疠温疟毒气不能着人也。”这是关于用艾灸腧穴预防时疫传染的早期记载。《扁鹊心书》推崇灸法，有不少关于艾灸腧穴健身防病的论述。如“灸气海、丹田、关元，各三百壮，固其脾肾。夫脾为五脏之母，肾为一身之根。”充分体现了扶正固本、祛邪却病的学术思想。近年，利用针刺足三里能提高机体免疫功能的特点，用来预防感冒；针刺合谷穴预防痄腮；经常按摩中脘、建里，可以帮助消化；按摩眼区周边腧穴，可以恢复眼肌疲劳、防止近视等，都是应用腧穴预防疾病的具体体现。

通过腧穴以治疗疾病，早见于帛书《五十二病方》。《内经》记述疾病治疗大多也是采用这种方法。以后历代医家在实践中积累了丰富的经验，成为中医治法中的主要手段，实践证明，临床各科都有大量适于刺激腧穴治疗的病证，包括许多功能性疾病、传染性疾病和某些器质性疾病。特别是对各种痛证、感觉障碍和各种功能失调的病证，尤其适合刺激腧穴进行治疗。1980年，世界卫生组织提出43种疾病，建议各国采用针灸治疗，这是国际上对针灸腧穴防治疾病的具有重要意义的推广运用。

腧穴防治疾病的机理，在于接受适当的刺激后，可以调整经络气血，达到扶正祛邪的目的。腧穴是经络传导感应、调整虚实的部位；经络亦是腧穴治疗的基础。人的卫气是抵抗外邪侵袭的屏障，如果卫气不足，邪气就会乘虚而入，发生病变；病时所出现的各种反应，也是卫气与邪气抗争的表现。所以临床常常据此而循经取穴，按经论治。针灸推拿等治疗疾病，就是通过腧穴来调气，补虚泻实扶正祛邪。