阴阳五行、脏腑经络，都是中医基础理论的重要内容。它贯穿于中医学的各个方面，腧穴也不例外，兹分述如下：

阴阳五行学说是中医基础理论的重要部分，用来说明人体的组织结构、生理功能、疾病的发生发展规律，并指导临床诊断和治疗。针灸学也同样以阴阳五行学说为基础理论。经脉分阴阳，其所统腧穴，亦各随其经而分阴阳两类。穴既分阴阳，又各以其浅层属阳、深层属阴。《难经·七十难》有“春夏各致一阴，秋冬各致一阳”的刺法。在治法上，《灵枢·根结》说：“用针之要，在于知调阴与阳。”调和阴阳就是通过经穴的分经、深浅并运用适当的刺法来达到的。

腧穴分阴、阳，在五输穴中表现得最为清楚。据《黄帝内经》和《难经》所载：阴经和阳经的井、荥、输、经、合五输穴都有不同的五行属性。按五行的生克关系区分“母穴”和“子穴”，并创用母子补泻法。

《灵枢·海论》说：“夫十二经脉者，内属于腑脏，外络于肢节。”说明人体的五脏六腑和十二经脉之间有着密切的联系。大量的临床观察充分证明，脏腑疾患能使某些相应经穴出现异常反应。刺激这些异常反应点或相关腧穴，对相应脏腑的功能活动具有相对特异的调整作用。这种经穴-脏腑相关理论，在《内经》中已有充分表述。《灵枢·九针十二原》说：“五脏有疾，当取之十二原”。“五脏有疾也，应出十二原，十二原各有所出，明知其原，睹其应，而知五脏之害矣。”

腧穴与经络的关系，《千金翼方》说：“凡孔穴者，是经络所行往来处，引气远入抽病也。”说明腧穴从属于经络，通过经络系统与人体各部发生联系，使用针、灸等方法刺激腧穴，可以“引气远入”，治疗有关经络与脏腑的病证。《针灸问对》说：“经络不可不知，孔穴不可不识。不知经络，无以知气血往来；不知孔穴，无以知邪气所在。知而用，用而得，病乃可安。”充分说明腧穴与经络的关系。《素问·调经论》说：“五脏之道，皆出于经隧。”指出经络本身又隶属于脏腑。这样脏腑-经络-腧穴三者之间，内外相应，形成一体，不可分割。因此，《灵枢·本输》特别强调：“凡刺之道，必通十二经络之所终始，络脉之所别处，五输之所留，六腑之所与合，四时之所出入，五脏之所溜处……”说的就是经络、脏腑与腧穴之间的密切关系。

腧穴除与阴阳五行、脏腑经络的关系外，还与人体的气血运行、天时气候有着紧密的联系。《灵枢·本脏》说“经脉者，所以行血气而营阴阳，濡筋骨，利关节者也。”说明经络在沟通机体内外的同时，还具有运行气血、输布周身、濡养各部组织器官的作用。《素问·气穴论》称腧穴的作用是“以溢奇邪，以通荣卫”。表明腧穴在人体正常时能通行营卫，异常时能反映病痛，在接受针灸等刺激时则能通调气血，祛邪扶正，治疗疾病。此外，中医学认为人与自然界存在着一种相应关系，以人为主体。说明人生活于天地之间，其生理、病理的变化与自然界息息相关。这种观点在腧穴学中有一定的意义，特别表现在腧穴应用方面。人的气血活动且受自然界气候变化的影响，如《素问·八正神明论》说：“是故天温日明，则人血淖液，而卫气浮，故血易泻，气易行；天寒日阴，则人血凝泣，而卫气沉……是以因天时而调血气也。是以天寒无刺，天温无疑，月生无泻，月满无补，月廓空无治，是谓得时而调之。”充分表明自然界的气候变化对人体气血运行产生的影响，因而针灸治疗也应随其变化而变化。