健康促进学校工作在全市推广需要政府支持，提供强大的行政领导能力。卫生和教育两系统的相关部门打破部门间的壁垒，紧紧围绕工作进行磨合，携手形成合力最大化。卫生系统提供技术支持，教育系统帮助组织协调学校参与，系统间切实做到统筹安排，分工合作。

2001年2月，北京市成立北京市健康促进学校领导小组，由北京市政府副秘书长担任荣誉主任，原北京市卫生局局长担任主任，市教委副主任和市卫生局副局长担任副主任，成员包括原北京市卫生局疾病控制与卫生监督处处长、市教委学校后勤处处长和市健教所所长。

2001年2月，北京市成立北京市健康促进学校领导小组办公室，由市教委学校后勤处处长担任办公室主任，由原北京市卫生局疾病控制与卫生监督处处长担任办公室副主任，成员包括市教委学校后勤处、原北京市卫生局疾病控制与卫生监督处和市健教所的成员。北京市健康促进学校领导小组办公室设在市健康教育所，指定专人负责。

北京市各区县仿照市级健康促进学校领导小组和领导小组办公室的构架，构建了区级健康促进学校领导小组和领导小组办公室。区县健康促进学校领导小组办公室设在行政或业务部门，如区县卫生计生委、区县教委、区县疾病预防控制中心、区县中小学卫生保健所（站）等。

各学校成立了健康促进学校领导小组机构，由各学校负责人牵头，涵盖校办、总务、教学、体育、卫生、德育等多部门，包括行政工作人员、教师、学生及社区代表。

市、区县和学校的健康促进学校领导机构，形成了自上而下由市级、区级和学校三级组成的健康促进学校管理体系。

在三级管理体系中，各级健康促进学校领导小组承担着该项工作的组织协调及宏观管理的职能，而健康促进学校领导小组办公室则负责该项工作实际管理与技术指导（图6）。

北京市健康促进学校领导小组办公室建立北京市健康促进学校评审专家库，评审专家来自健康教育与健康促进、学校卫生、常见病、传染病等多专业领域。评审库的专家最初以国家级和市级单位的相关领域专家、健康促进学校项目阶段的区县专家为主，随着健康促进学校工作的深入开展，北京市在各区县逐渐培养出一批健康促进学校工作骨干力量，充实了评审专家的队伍。