健康促进学校工作考核标准分为区级考核标准和学校考核标准两种。北京市健康促进学校领导小组办公室负责对全市健康促进学校工作进行评估验收。

健康促进学校评估周期随着工作规模进行调整。2007年以后调整为每两年进行一次全市评估验收。

对区县工作的考核，主要通过听取区县健康促进学校领导小组主管领导工作汇报、查阅区县资料、访谈等形式进行。此外，通过对申报健康促进学校评审的中小学进行随机抽验评估，对学校工作进行质控，同时了解区县工作质量。

对学校工作的考核，主要通过查阅资料、现场检测、访谈和问卷调查等形式完成。

市健康促进学校领导小组办公室参考学校评估结果，依据区县考核标准，对区县工作进行整体考核。

学校评估工作分为学校自评、区县评估和市级评估三步骤进行。

依据学校考核标准，学校准备相关资料档案，进行自评。自评合格后，学校健康促进学校领导小组办公室向辖区健康促进学校领导小组办公室提出区级验收申请。

区县健康促进学校领导小组办公室收到学校健康促进学校评审申报申请，组织区级评审专家组，依据学校考核标准对学校工作进行评审。评估合格后，由区县健康促进学校领导小组办公室向市健康促进学校领导小组办公室申请市级评估。

市健康促进学校领导小组办公室对区县工作进行评估时，对申报健康促进学校评审的中小学校进行全部评估或随机抽验。