云秀在桓道芝家里刚住了半天，司马休之就来了。他脸色十分难看，让桓道芝出去。桓道芝怕他盛怒之下，对云秀不利，本不想走，云秀说：“没事，你去吧。我也有话跟王爷说。”
等桓道芝走了，休之却也不说什么，坐下来生闷气。
云秀说：“你都知道了？”
“这种事还瞒得住？岂止我知道，皇宫、官场，人人都知道了！”休之一拍桌子，“琅琊王也是糊涂了，怎么能让消息传出去！”
“不怪他们，是我派人散布的。”
休之不敢相信地看着她，“你？你疯了吗！”
“王爷息怒，我只是不想再落到刘裕手中，又没有别的办法自保，所以才出此下策。”
休之这才知道，她已经知道刘裕对他提的条件，却不知是谁走漏了风声。他叹了口气，“我没想把你给他，有我护着你，你何必这样做？”
“我知道你对我好。可是，舍弃我，得到丞相之位，这样多好！难道你还要跟他打一仗吗？王爷，你宅心仁厚，有德行有才干，把豫州和北荆州治理得富庶安宁，你应该做丞相。”
休之深吸一口气，让自己冷静下来，“你忘了，我跟你说过，府门以外是我的事，我会解决，你只要在家里安安静静地待着，陪着我就好。你现在用这种方式，是败坏了他的名声，可也把我拖下水，你想想看，我的女人被人调戏，别人会如何议论我！”
云秀笑了，“你不要我就行了呀。只要你做了丞相，我又不用落入他的手中，我就高兴。现在你知道，我为什么不要名分了吧。”
“你……”
“王爷，你知道吗？我喜欢你，就是喜欢你宅心仁厚，不像王恭桓玄之流，为了自己的权位，可以不顾天下安危。你这样的人，才应该做丞相。如果我是男人，一定会追随你建功立业。可惜……”
休之已经不生气了，“别说了，云秀，跟我回府吧。”
云秀摇摇头，“出了这样的事，我不能再陪伴你了。”
“我不怪你，你不要这样想。我刚才生气，也是因为你受了委屈，我一时情急罢了。”
“我知道。我知道。可是王爷，发生这件事，我们缘分已尽了。你现在舍不得我，可是以后你想起来，还是会怪我。我宁可你忘了我，也不想你怪我。”云秀笑着笑着，忍不住就哭了。
休之一把把她抱在怀里，“云秀，你别这样。我真的不在乎，我知道你这样做，是为了我。你放心，这不是什么大事。以我和刘裕这样的身份，这些风花雪月根本都不算什么，很快人们就忘了。”
“好了。王爷，你是要做丞相的人，不要让人说你英雄气短，儿女情长。以后没有我，还会有别人来陪伴你的。”
云秀想从他怀中挣脱出来，休之紧抱着她不放手，“我不会让你走的。我可以对天发誓，绝不会因为这件事责怪你。”
无论云秀怎么说，休之都不肯放手，还是坚持把她带回王府，像以前一样宠爱她。云秀虽然始终担心他终有一天会嫌弃此事，但是也实在是舍不得他。不知道这样恩爱的日子能过多久，那就过一天算一天吧。
刘裕因为这件风流事，多少有些颜面扫地，还被琅琊王拿住了把柄。琅琊王劝他不要争丞相之位，许给他三公之职。刘裕又自忖现在兵少，势力不足以与司马休之抗衡，便勉强同意，只是要求做太尉，掌管天下军事。司马休之考虑到天下州郡各自有兵，太尉名义上是掌握天下军权，可刘裕能指挥得动的，还是那些北府军旧部，就算他做了太尉也不过是虚职，便也同意了。
两人谈妥，很快，朝廷下旨，加封司马休之为丞相，开府置吏，在朝辅政，加封刘裕为太尉。司马休之便放了刘道规、檀道济回去。刘裕上书请求还镇京口，又提拔在自己府中任司马一职的庾悦为建威将军、江州刺史，仍将江州掌握在手中，其余部将刘敬宣、孟怀玉、刘道规、檀道济等人各有升迁。朝廷都准奏，刘裕便率领诸葛长民等北府军残部，扶着孟昶的灵柩，启程回了京口。
云秀听说刘裕走了，松了口气，觉得这一关总算是过去了，可是想起见不到福儿了，又觉得伤心。
刘裕回到京口，马上竖旗招兵，训练新军，又大力置办舟船战具。当年十二月，卢循、徐道覆又兴兵作乱，刘裕上书请令征讨。这次，他有了强大的水军，做了周密的部署，在江州大破徐道覆，后又派人追斩之，卢循逃回广州老巢，却发现刘裕部将孙季高已经等候多时，卢循再败，又南逃交州，最终被交州刺史杜慧度所杀，首级送往建康。
至此，长达数年、几乎横扫东晋全境的天师道之乱终于平息。
朝廷对刘裕大加封赏，在他现有官职的基础上，又加封他为中书监、扬州牧，赏赐仪仗、黄钺。受黄钺是军人的最高荣誉，只有专主征伐的重臣，才可以得到。
刘裕上奏朝廷，为北府军在这些年南北征战的阵亡者请求封赏。在平燕之战、平定天师道之乱历次战役中为国捐躯的死难者，都获得朝廷旌表，英灵遗骨由各部主帅亲自迎回，送回故乡，以告慰他们在天之灵。
刘裕回顾天师道之乱的始末，所谓贼寇，大部分是被豪强兼并了土地，走投无路的百姓，他们没有生存下去的希望，才铤而走险，酿成如此大祸。现在大乱之后，豪强仍是兼并土地，百姓继续流离失所，许多地方十室九空，长此以往，很快会有无数个孙恩、卢循揭竿而起。刘裕痛定思痛，奏请朝廷轻徭薄赋、限制豪强，并重新丈量天下州郡土地，用那些无主荒地，招募流民，将豪强强占的山川湖泽全部收归国有，允许百姓上山打柴、下河湖捕鱼，以贴补生计，不必再向豪强缴纳昂贵的费用。
这一封上书送到朝廷，引起群臣激烈反对。他们都是世家大族，他们的利益会因此受损，便成群结队向丞相告状。休之的谋士们也都强烈反对，他们从权斗的角度分析，认为休之应该全力压制刘裕，若如果同意这封奏疏，是在助长刘裕的气焰。
休之却认为刘裕的陈奏是对的，国家想长治久安，应该如此，最终顶住压力，请皇帝下诏准奏。
然而，休之的努力，也只能到此为止。虽然朝廷恩准了刘裕的建议，同意实行丈量土地、安抚百姓的新政，但是掌握地方实权的郡守、刺史几乎全是世族出身，他们不会拿起刀砍向自己。朝中大臣、名士清流则认为休之支持刘裕，背叛了他们，也把矛头对准他，不断地发议论，说他独断专行，不顾祖宗礼法。
皇上偶尔感叹一句，政事全由休之处置，国家祭祀之事由他来完成。这句话被有心人拿来大加歪曲，说皇帝不满休之专权，将休之说成是曹操、桓玄一样的人物。有些愣头青蹬鼻子上脸，上书弹劾休之。
休之虽然生气，可他毕竟不是曹操、桓玄，不能因言杀人，只能置之不理，实在气不过，才罢了几个人的官，但那些人以名士自居，丝毫不怕，反而把被革职一事当成自己的资历，标榜自己志向高洁，不愿向权贵折腰。
外戚和宗室的人也对休之不满，章武王司马秀造反，虽被休之迅速扑杀，但这件事引起了人们对西晋早年八王之乱的恐慌，又向休之施压，让他放弃新政。
还有人扬言，休之推行新政、不容贤士，就是想沽名钓誉，将来必然要篡位，自己做皇帝。
休之是宗室，本来就身份敏感，无法承受这样的指责，不能再继续推行新政，最终不了了之。
只有北府军掌握的几个州郡，因为刘裕强力推行，新政最终实行了下去，其他地方的百姓纷纷投奔刘裕，刘裕都派人妥善安置。
休之后来与云秀说起此事，对新政无法实施，扼腕痛恨，深为遗憾，对刘裕大加赞赏，“原来我以为他就是一介武夫，没想到，还有如此魄力。实在难得。”
云秀便说起刘裕管理流民营的一些事，休之听了连连点头，感慨道：“当时我是晋陵太守，他只是一个市井之徒，如今他与我并驾齐驱，平起平坐，此人的确是英才天纵。我遇到这样的对手，真是三生有幸。”
云秀一惊，问道：“这些年，你们两个不是相安无事了吗？”
休之笑道，“一山不能容二虎。就算我想跟他和睦，只怕他也不愿与我并存。有时候啊，我真想把这个丞相让给他，让他试试！”
云秀感觉到他这番话背后的无奈与疲惫。休之入朝辅政，并没有人们想象的那么风光，而是实实在在地挑起了天下重任。水旱灾异、民生军情、北方强敌、州郡叛乱，乃至官场规制、宫中用度，每天无数奏折像雪片一样飞往建康，堆积在休之的书桌上，得一件件整理明白，条分缕析，将处理意见一并上奏皇帝，再下诏处置。
虽然有吏员辅佐，休之还是每天天不亮就起来，一直忙到深夜，不是去觐见皇帝，就是与大臣们议事，最可气的是刘裕虽远在京口，可他在朝中的权势和影响力不亚于休之，他的人又多有实权，对休之处处掣肘。若是以前，休之便想起兵与他打一仗去，可现在为了天下太平，他只能费劲心机，千方百计地软硬兼施、软磨硬泡，说服刘裕不要与他为敌。