桓玄篡逆的消息传到流民营，刘裕便率部起义。当时已经天晚，京口城门已经关了。刘裕假托游猎，率几百部众趁夜出营。
等次日天明，城门一开，何无忌、刘敬宣先带领猛士二十人，乔装打扮成朝廷使者模样，一马当先，沿途大喊“诏书到”，直入刺史府中。
桓修以为真的来了诏命，慌忙带官吏来迎接。
桓修问：“诏书何在？”一看是何无忌、刘敬宣，大惊：“怎么是你们？”
刘敬宣道：“听说你重金悬赏我的人头，特来领赏！”说罢便一刀劈死了他。
官吏们都震惊了。
何无忌对诸官吏说：“桓玄篡逆，建武将军奉密诏讨贼，有附逆者，立斩无赦！”
官吏们都说不敢，跪倒磕头求饶。
京口城里略有些职务的都被何无忌关押，其余掾史们听到风声，都吓得赶紧逃命去了。百姓们不知出了何事，也都吓得拖家带口地往城外逃命。
刘裕率众随后进城，出榜安民，又安抚了官员们，命他们各司其职，有敢谋逆的，立刻处死。官吏们都奉命而去，不敢有二心。刘裕又见桓修已死，想起他平日坦荡，对自己也还好，看着他的尸体，也十分哀痛，哭了一场，命人厚葬，随后便擦干眼泪，坐镇刺史府，等广陵的消息。
广陵离京口不远，孟昶、刘道规已得到刘裕指令，便劝桓弘出去游猎，天不亮就开了城门，刘毅带兵便长驱直入，攻入桓弘府中，桓弘也是刚起，正在喝粥，见刘毅来了，还让他也来吃饭，不等话说完，也被一刀杀死。
刘毅砍下桓弘的人头，提在手里，传给桓弘部将看了。部将都是荆州兵，素日知道刘毅勇猛，都无不惊恐，跪倒请降。
刘裕等人一日之间便占据了京口、广陵等重镇，几乎无人敢反抗。
只有桓修手下一个叫刁弘的司马正带兵在外，听闻城中事变，率领本部人马三千人围攻而来。刘裕城中兵少，众将惊惧。
刘敬宣道：“刘将军，不如咱们弃城走吧。”
刘裕不同意，登上城门，了无惧色，对刁弘大喊，“刁弘！本将军受皇上密诏，与豫州、江州、益州同日起兵勤王，诛除逆党。现在桓玄已被枭首于建康，桓修桓弘已被斩首。桓家大势已去，足下难道不是大晋臣子？还想附逆不成？”
刁弘见他义正辞严，理直气壮，也听说了江州、益州起兵的事，便相信他说的都是真的，又知道他勇猛善战，自己不是对手，便想率兵退走。
刘毅平定广陵率众回来，正遇上刁弘撤兵，刘裕在城头大喊，让他诛杀刁弘，刘毅便手起刀落，一个回合就砍下他的人头。
刘裕将桓修桓弘部将都集中起来，与他们杀白马立誓，只要忠心护国，讨贼除逆，都既往不咎。
北府军众人推举刘裕为盟主，檄告京师，并传檄天下。刘裕假托圣旨，大封诸将，封刘毅为辅国将军、何无忌为广武将军、孟昶为镇北将军主簿、魏咏之为兖州刺史主簿、刘道规为宁远将军、刘籓为龙骧将军、檀凭之为振威将军，还将一些荆州将士也加以封赏。众将拜服。
只有刘毅不满，“你不是答应封我做冠军将军？怎么改了辅国将军？”
刘裕笑道，“冠军将军，留着皇上封你。”
刘毅才算勉强同意，但他仍是不满刘裕做了盟主，决心要立些功劳，便不由分说，将荆州兵都收入麾下，带兵先出发去了建康。
刘裕也不争，留孟昶守京口、广陵，总揽后勤之事，命檀凭之为先锋，率军先行。百姓们听说刘裕起义讨贼，都来参军，又聚集了数千人。
刘裕便带部众启程。桓玄已知道刘裕起兵，惊慌失措，连派数员大将前来阻击。刘裕行军半个月，在江乘遇到桓玄部将吴甫之，此人骁勇善战，却被刘裕当场斩杀。荆州兵见主帅已死，纷纷溃逃，才知道刘裕英雄盖世，确实名不虚传，都传说他是天魔星降世，不敢与之抗衡。
随后进兵至罗落桥，皇甫敷率数千人逆战，刘裕与振威将军檀凭之各领一队人马，两面夹击，檀凭之不幸战死，部众溃散，刘裕仍率众力战，愈战愈勇，最终擒杀皇甫敷。
此战惨胜，起义军因檀凭之战死，都有些恻然。
刘裕安抚大家说，“凭之为国捐躯，是咱们北府军的英雄！诸位，前面不远就是建康，我们一鼓作气，一举拿下！”
众将都拱手听命，但是眉宇间都有隐忧。除了何无忌、刘敬宣是坚定主战，其余人都曾有大小官职，手下都带过兵，还从没像现在这样，手里没有一兵一卒，需要自己去拼杀，何况前途难料，谁知道下一个死的会不会是自己，想到这些，他们不免有些踌躇。
刘裕明白他们的心思，便说道，“大家先休息片刻，我跟你们说一件往事。那年，我、无忌还有凭之带兵出去，有一个相面的人看到我们，说我和无忌都是大贵之相，而且很快就要飞黄腾达，但是就是不肯说凭之如何，凭之怎么问，那先生都不说，只说没有什么。当时我和无忌还奇怪，我们既然都是同僚，命理也都差不多才对，怎么我们都能富贵，只有凭之无贵相呢？今天才知道，原来是……”
刘敬宣帮腔道，“原来是说凭之要战死沙场，这先生的话，不就应验了吗？那先生说刘将军和表兄当飞黄腾达，自然也是真的。我们此战，一定会成功！”
何无忌素来不会撒谎，可也明白此时不能说破，便含混说道，“是是是，一定成功。”
众将互相看看，兴致来了，“可不知道我们有没有贵相。”
刘裕故意地把众人都看一圈，“我给你们都相过了，都是大富大贵之相。还愣着干什么？还不走！”
众将大笑，仍是斗志昂扬。义军为了快速行军，不带辎重，轻骑突进，先后又于东陵口、舟山等地接连杀败桓玄部将。刘裕每战皆身先士卒，诸将并力死战，无不以一当百。舟山一战，刘裕命人先在山上插满旌旗，桓玄部将卞范之、庾祎之等人见了，以为漫山遍野都是义军，先自怕了。天又刮起了东北风，刘裕命人纵火，霎时烈焰张天，把山谷中的桓军逃亡不迭，自相踩踏，焚成齑粉。
当时义军喊杀声震天动地，桓军号哭之声也响彻云霄，就连建康都能听到这里的喊声，城中从桓玄起到各级官员、百姓都不知发生何事，市井谣言四起，都说是桓玄骄奢淫逸，祸国殃民，上天看不下去了，派天魔星降世，要屠戮他们这些不法恶徒。民间已有人私自做了天魔星的神牌神像，日日烧香磕头，祈求平安，还有些人暗搓搓地写了仇家的名字，在天魔星神像前烧了，请天魔星替他报仇。
刘裕行军途中不住地打喷嚏，对众将笑道，“肯定是桓玄那厮在咒我。”众将都笑。舟山一战大胜，义军乘胜追击，进逼建康。
快到城下，才发现司马休之失信，并未出兵策应。众将望着建康，城高墙厚，护城河深不见底，周围大江奔流，是易守难攻之地，大家担心桓玄会死守建康，做困兽之斗，问刘裕怎么办。
刘裕拔出宝剑，指着建康，“扫灭国贼，为大将军报仇，就是今日！”
众将便都豁出命去，跟他杀向建康。
哪知，想象中的恶战并未发生。城门令王元德得到刘裕的命令，与来送信的周安穆一早便开了城门，丹阳尹参军童厚之控制了府兵，全都策应刘裕。
刘裕进城，才知道，原来桓玄听到舟山惨败的消息，深自惊骇，已带了亲戚六眷，并劫持晋安帝、琅琊王退走江陵，只留下一些来不及逃走的朝廷官员、富贵人家瑟瑟发抖。
刘裕提剑站在朝堂，看着四周空荡荡的，笑了：“这桓玄，跑得倒挺快。”
刘敬宣等人问他怎么办。
刘裕说：“撞景阳钟，大家去官员府上挨家挨户地找，正午之前把在建康的官员都给我召集到到宣阳门外。不来的，给我绑来！”刘敬宣等答应一声，就去撞钟，他们哪里知道，这钟是皇帝才能下令撞的。
何无忌说：“刘兄，景阳钟是皇帝才能下令敲响的。”
刘裕冷笑，“皇帝都被劫走了，他想敲也敲不了。”
童厚之是丹阳尹的参军，熟知建康情形，带人去到每个官员家里都搜了一遍，半驱半赶地把所有官员都抓了来。
城中武将们都是桓玄亲信，不是去了前线阻挡刘裕已被杀死，就是跟着桓玄逃走了，剩下的都是文官。大家们虽早已接到刘裕檄文，知道来的是这些北府军旧部，可不知道这帮军汉是只杀桓玄报仇，还是要屠戮建康，烧杀抢掠，都不敢去，可是刀架在脖子上了，只得哭天抹泪地跟家人生离死别，来到宣阳门外。
官员们看到门外立着一个简易的高台，摆着香案贡品，不知道是什么意思，然后一群全副武装的军人们，把官员们围在中间，不让他们逃跑乱动。王谧是司徒，位在三公，官职最高，又与刘裕有交情，官员们都推举他出面，去跟刘裕解释。
王谧只得答应，但是他心里也很忐忑。刘裕举着义旗，提兵而来，要诛杀叛臣桓玄，而当日桓玄登基，王谧有感于他知遇之恩，特地从晋安帝手里把传国玉玺抢过来，献给桓玄。他这样的罪过，是必然要被清算的。不知道刘裕还能不能念在师生一场，放他一马。
到了正午时分，刘裕全身盔甲，在何无忌、刘敬宣等人陪同下，登上高台，先把官员扫视了一圈，看到王谧，却没有像以前一样给他行礼，称他为老师。王谧觉得脸上有些挂不住，心里更是不安。
只听刘裕说：“诸位大人，桓玄篡位，祸乱朝政，残害忠良，天怒人怨，我北府军保家卫国，效忠朝廷，不能坐视不理。诸公深受国恩，想必也不能附逆吧。”
百官都点头称是，“我们也是被胁迫的。可恨我等都是文官，手无缚鸡之力，自接到刘将军檄文，我等日夜悬望，只盼您提三尺宝剑，率数万之众，扫灭国贼，平定天下。今日果如我等所愿，我等愿听将军之命，任将军驱使！”
百官们文采斐然，把刘裕等人一顿奉承，说得他们跟天降救星似的。
刘裕听得头大，挥挥手，让他们都别说了。他登上高台，祭告上天，然后当众把桓玄父亲桓温的牌位烧了，将新做的晋朝历代皇帝的牌位，一一请出，率领百官和北府军浩浩荡荡，送入太庙供奉。
百官们见刘裕等不知朝廷礼仪，便自觉自动上来帮忙，钦天监的去算入太庙的吉时，尚书王嘏掌诏命，见刘裕祭天太过简略，当场帮他写了一篇祭天祷文，交给史官让他记录在史书上，其余掌礼仪的、掌祭祀的都各司其职，帮衬着刘裕风光无比地办完此事。