刘裕从太庙出来，百官已把官爵和名号给他想好了，让他持节、都督扬徐兖豫青冀幽并八州诸军事，做领军将军、领扬州刺史。
这是原先桓玄的位置，连王恭、刘牢之也没有当过这么大的官。尤其是扬州刺史，因建康地处扬州丹阳郡建康县，扬州就是京畿，这里的刺史一般都是太子或皇帝担任。
刘裕推辞不受，“我等兴兵为国，不为权位，如今桓玄在逃，天子蒙尘，还是先把天子迎回来再说吧。”
刘裕虽然不受那官职，可是却把大权揽了过来。他让王谧录尚书事兵领扬州刺史，自己坐镇建康，命辅国将军何无忌、振武将军刘道规等诸将继续追击桓玄，命尚书王嘏率百官随军，等救出皇帝，就奉御驾回京。王谧投桃报李，率百官推举刘裕做了领军将军、徐州刺史，都督天下军事。
战报不断从前方传来，何无忌、刘道规大破桓玄之子桓韶和大将郭钤，进据历阳，桓玄退回荆郢，又大兴水军，造楼船、器械，率军两万人，挟天子乘船东下，又在峥嵘洲遇到义军将领刘殷，一战大败。桓玄弃了部众，只带一些亲随，挟持天子又回到江陵，被刺客杀害。桓玄子侄逃入益州，被益州刺史毛璩所杀。桓玄党羽南郡太守王腾之、荆州别驾王康产等继续劫持皇帝和琅琊王逃入南郡，党羽殷仲文觉得桓玄将败，便果断地抢出太后、皇后，送回建康，来投刘裕。
殷仲文以文学才艺被世人所知，刘裕对他也较为礼遇。殷仲文大喜，便说愿为刘将军制礼作乐。刘裕哪知道，人家要给他制礼作乐，是劝他自立为帝的意思，以为就是编些曲子，便说：“我不好音乐，不必麻烦了。”
殷仲文不便挑明，只好顺着刘裕的理解，继续说道：“将军戎马倥偬，无暇留心音乐，若您一旦听上几回绝妙的曲子，就再放不下了。”
刘裕很瞧不上他那浮华样子，说：“就是因为这玩意动人心弦，一听就放不下，所以我才不听。”
殷仲文自讨没趣，讪讪告退。出来后，殷仲文与一些好友议论起此事，大家听了，都暗自嘲笑刘裕是个粗人，没文化。尚书左仆射王愉和其子荆州刺史王绥等人，出身大族，同情桓玄，又自以为是海内名士，瞧不起刘裕市井出身，当着众人对他呼呼喝喝，十分无礼。
刘裕大怒，痛骂他们无功于国，倒有空聒噪，将他们都杀了。
百官震惊，再无人敢对刘裕不敬。
王愉是王谧的本家，王谧想王愉虽然对刘裕不敬，但是罪不至死，然而刘裕干净利落地处死了他，丝毫不担心人们会指责他诛杀名士，剪除异己。王谧才发现他这个学生如此狠辣，不禁胆寒，联想到自己，在桓玄继位大典上，是他从晋安帝手里夺下传国玉玺献给桓玄，害怕刘裕会杀他，便连夜出逃。刘裕发现后，念在师生一场，派人把他请了回来，答应将来向朝廷求情恕他无罪，不过当王谧要登门道谢，他却避而不见。王谧惭愧，但起码知道自己不会被杀，多少还算有些安慰。
刘裕仍是关心前线战况。听说桓玄战死，何无忌等人便以为大事已定，就地休整了几天，哪知桓玄余党仍在江陵盘踞。刘裕急命义军进兵，务必将桓玄余党赶尽杀绝。于是何无忌、刘道规等又回军江陵，在灵溪与桓振大战，被桓军设计杀败，退还寻阳，恰逢桓党内斗，刘道规进兵偃月垒，与刘毅会于江津，一战扫灭桓振，余党桓谦出逃至蜀地，义军平定江陵，迎皇帝回到建康。
前线每打一个胜仗，刘裕就升一次官，每打一次败仗，刘裕就自降一等。等皇帝回京，又下诏封刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事，使持节、徐青二州刺史如故。刘裕坚决推辞，皇帝又封他“录尚书事”，他仍是不受，还请求回京口。皇帝又派遣德高望重的大臣来劝他，刘裕仍坚决推辞不受。
从皇帝到百官，都夸他高风亮节。
平定了桓玄之乱，何无忌为镇南将军、江州刺史、安成郡公，刘道规为荆州刺史、华容县公，刘敬宣为辅国将军、襄城太守、武冈县男，魏顺之等人俱有封赏，都受任各地郡守，北府军旧将几乎占据所有要职。刘裕作为盟主，更是受封为豫章郡公、骠骑将军，徐州刺史，开府置吏，都督天下军事，威望如日中天。
刘毅本来率军先出发，却不图建康，而是想去桓玄老家荆州立威，后来听说刘裕夺了建康，当了大官，便又后悔，痛骂刘裕骗他，他为了跟刘裕争权，便迅速回师江陵，终于和刘道规、何无忌合兵，大败桓玄余党，迎回皇帝，平分了这功劳。刘毅觉得自己出力也多，为何只得了做了个青州刺史、南平郡公，青州实际上在北方，被胡人所占，他这个青州刺史实际上有官无权，对此十分不满。在朝廷举办的庆功宴上，见王谧等人吹捧刘裕，就讽刺王谧道：“王先生是海内名士，听说当日桓玄篡逆，是您从皇上手上夺下了传国玉玺交给桓玄，今日皇上拨乱反正，王先生还有脸在这里鼓噪！”
一句话说得王谧面红耳赤，见刘裕和堂上众臣都不帮他说句好话，便无地自容，告辞走了。
刘裕不想闹得太僵，就来给刘毅敬酒，好缓和关系。刘毅态度仍十分轻慢，故意说自己平叛中受伤未愈，不能喝酒。刘裕便让北府军诸将都解了外衣，露出身上的伤痕，他一道道指给皇帝和大臣们看，一边指一边介绍说这是某战中如何负伤。众人看了，没有不唏嘘感叹的。
刘毅看刘裕如此做作，便冷笑说，“诸将皆有血性，若你我生在楚汉之时，或许也可以跟刘邦项羽争一争天下吧。”
刘裕道：“我们打仗，是为了天下太平，不是为了争权夺利。”
刘毅越发气愤，越发不平，从朝会上下来，便带自己兵将连夜出城，千里疾行，抢占了荆州。
北府军众将都要讨伐刘毅，尤其是刘道规刚被封为荆州刺史，荆州就被刘毅抢走了，更是气愤无比。这时建康城中又起了流言，说刘裕有不臣之心。刘裕听到，便制止诸将，把自己的徐州刺史让给刘道规，让他在朝廷留任。然后刘裕向朝廷请辞，要回京口镇守。
朝廷仍是不许，刘裕去意已决，便命人整理行装，命诸将各去州郡就任。
临行之际，王谧病重，打发人来，想让刘裕去见他一面。刘裕就去了，一看王谧果然躺在病榻上，昏沉沉的，动也动不了，床边只有一个年轻人伺候。
刘裕看王谧这惨状不忍心了，走过来握住他的手，“司徒大人，你好些了吗？”
王谧睁开眼睛，看着他笑了笑，气若游丝地说，“还是叫我先生吧。”
“先生。”
王谧让那年轻人扶他坐起来，对刘裕说，“德舆啊，先生我是读书人，自以为高风亮节，如今看来，是只有小节，而无大德。德舆你秉心忠正，又知进退，绝非桓玄王恭之流，有你执掌天下，乃是万民之幸，我要替百姓们谢谢你。”
“先生言重了，刘裕当不起。”
“晋室国祚已移，天命不永。你大可取而代之。若你登基为帝，要记住，一是轻徭薄赋，与民休息。二是，别忘了北方，北方，是我们华夏汉民的老家呀！”
“先生慎言，刘裕对朝廷忠心耿耿，绝无二心。”
王谧剧烈咳嗽，使劲摇头，“弃小节，成大义，君子之行也！我已时日无多，不能帮你什么。这是我侄儿王弘，他敦厚诚敏，有经国之才，我已命他效忠于你，我琅琊王氏会全力支持你。”那年轻人就是王弘，已经跪倒在地上，向刘裕行跪拜大礼。
刘裕让他起来。
王谧笑道，“我这一生无功于国，最得意的，就是有你这样一个学生。虽然我也没教你什么，但是，希望你将来对百姓好些，亲贤臣，远小人，做一个明主。”
这话刘裕不能回答，只能向他行礼。“刘裕若能入朝辅政，一定如先生所言。”
王谧点头，含笑而逝。
刘裕跪下行弟子礼，哭了一场，送别老师。
给王谧办了丧事，刘裕便要回京口。王弘也整理了行囊，要跟他去。
刘裕见王弘年纪轻轻，便说道：“我刚杀了你本家叔父王愉，虽然王先生和你不记仇，但其他的世家大族可是记恨上我了。还有司马休之和桓党、天师道余孽都恨不得取我性命，连刘毅也对我不满。现在城中又有流言说我有不臣之心，我今日下野，也不知道结局如何。你还是别跟着我了，免得受连累。”
王弘笑道，“主公匡扶社稷，功在千秋，王愉对主公不敬，死有余辜。司马休之志大才疏，桓党和天师道都是您手下败将，不足为虑。现在主公以退为进，将有大志，正是用人之际，在下年纪轻，个子小，吃得也不多，就算不能随将军上阵杀敌，起码也能动动笔墨，写两篇檄文。我这么合适的人，您上哪儿找？”
刘裕大笑，“行，你小子，跟我对脾气。跟我走！”
豫州刺史府内。
司马休之怒不可遏，把一份诏书扔到地上，“岂有此理！”
他的部下也都都义愤填膺。
诸葛长民说，“刘裕一个市井之徒，不过机缘巧合，骤得大位，竟然敢拿乔充大，敢对主公行起封赏来了！”
“就是，他自己做了豫章郡公、骠骑将军、徐州刺史，还开府置属官，竟委派主公去做荆州刺史！他不过是主公一手提拔的人，还敢凌驾于主公之上！”
韩延之却道：“主公息怒，依属下看，这封诏书请主公移镇荆州没有什么不好，这是朝廷奖赏主公在淝水逼退伪秦的功劳啊！”
司马休之仍怒气冲冲，“依你之言，本将军还要上表谢谢他刘裕了？”
韩延之道：“主公上表也是谢朝廷、谢皇上，与他刘裕什么相干？主公细想，荆州民殷国富，北据汉、沔，利尽南海，东连吴会，西通巴蜀，此乃用武之国，是兵家必争之地。若主公据有荆州，西边的宁州，南边的广州，两州刺史皆不是主公对手，到时候，您占据半壁江山，进可挥军建康，退可划江而治，这是不败之地呀。”
休之冷静下来，仔细地计算得失。
诸葛长民说：“韩参军未免想的太好了。刘裕哪有那么好心？只是刘毅占了荆州，他想借主公的刀去杀人罢了。”
韩延之道，“就算刘裕借刀杀人，得了荆州，对主公只有好处，没有坏处。”
休之一边思索，一边点头，“韩参军言之有理。给朝廷上表，我接受任命。不但要去荆州，还得快，得趁刘毅立足未稳，便夺下来。传令，左中两军立即整兵，诸将随行，我们克日出发。长民、韩参军带右军，留守豫州。”
诸葛长民道：“将军，右军只两万人恐怕不够啊……”
休之道：“我夺了荆州就派兵回来，无论谁来挑战，你们坚守不出便是，想来豫州也不至于失守。”
诸将领命告退，各去准备。
韩延之没走，又进言道：“主公，还有一事。”
“何事？”
“如今刘裕权位日盛，主公志在天下，应与他化敌为友。”
休之一听便知他说的是云秀的事，踌躇起来。
韩延之劝道：“朝廷把荆州送给主公，是刘裕对您示好，主公何不投桃报李，把家眷还给他？”
休之说：“哼。你别以为他给我荆州是什么好心？这个人与我，迟早要一决胜负，既然如此，我索性得罪到底。我现在十万大军，他的北府军散在各地，空有名位而已，我还怕他不成？”
韩延之道：“主公，北府军散在各地，是因为诸将已占据朝廷要职和天下险要之地，这天下有一半已攥在了刘裕的手上。而且，他一到京口便可树旗招兵。您如今要争荆州，更得后顾无忧才是，戚夫人本来就是他的，不如送他个人情，与他讲和，咱们好全力去争荆州……”
“不要再说了，我不会用心爱之人去求和的。”休之不耐烦地打断了他。