黄巢失去同、华二州，非常愤怒，遂亲率数万精兵驻于梁田。当时王重荣驻军华阴，杨复光驻军渭北，互为掎角之势，合力攻打黄巢。齐军大败，大将赵璋被擒，黄巢身中流矢逃走。王重荣部下伤亡亦众，见黄巢势力仍大，遂与杨复光商议对策道：“今贼势不减，我寡不敌众，却当如何？”杨复光说道：“我闻陛下宣诏，雁门节度使李克用已发大兵，未知因何至今不至？君侯可使人往西迎之，便知端地。”王重荣然诺，即发使持书而去。使节一路北行，至于太原，闻说是雁门节府行营于此，便请进见大帅李克用，呈上主帅书信。李克用接书看了，知道时机已至，便与北起军使陈景思商议妥当，共起步骑兵一万七千，前往京师长安。书说简短，于路行来，至于仲冬十一月，前军探马来报，大军已至河中渭滨。李克用即令安营下寨，以度残冬。三军厉兵秣马欢度元旦新年，转眼便至来年正月，是为唐僖宗中和三年，李克用传令出兵河中，屯兵于乾坑，先派人前至王重荣营中，约会攻打长安。
李克用率兵进至沙苑，先轻松击败黄揆。逃兵还至长安，黄巢军诸将皆大为惊恐，相互传说道：“鸦儿军至矣，我等奈何！”一时军心大乱。二月，沙陀兵向前推进，再次告捷，在石堤谷击败齐军将领黄邺。李克用复令乘胜大进，三月初至于良田坡，所部精锐鸦儿军此时大出风头，一场激战，先是大败赵璋、尚让十数万大军，横尸遍野，流血三十余里；又在零口再挫黄巢援军，进军渭桥。此时在远处早就袖手旁观之各镇勤王之师看出便宜，于是齐头并进开往长安，聚于渭河北岸。黄巢见前方节节败退，城内粮食也将吃光，便阴为遁计，发兵三万搤守蓝田道，为撤离长安做好准备。四月，唐诸镇兵从四面八方会集京师，李克用与河中、忠武镇将率先出战。黄巢率大军于渭桥迎战，一日三战，连战失利，其他诸道兵也乘机发起攻击，齐军终至大败。四月十四日，李克用率先乘胜追击，从光泰门进城，与齐军激战于望春宫升阳殿。黄巢军只得复又败退出城，向南逃到蓝田。
此时齐军尚有十五万之众，黄巢扬言东奔徐州，却经蓝田关进入商山。在撤退之中，黄巢命大将孟楷断后，复以辎重珍货遗弃于路，于是官军争先拾取财物，不再追击，故黄巢得脱。长安沦陷三年之后，终被唐军收复，李克用沙陀兵军功居首。唐僖宗闻报大喜若狂，急命使节至长安传诏，任命李克用为检校司空、同中书门下平章事、河东节度使，时年仅二十八岁。又封其父李国昌为雁门以北行营节度使，可惜李国昌难受此报，受封未及半载便即去世。十一月，李克用回军，派其弟李克修攻打昭义节度使孟方立，顺手夺下泽、潞二州。孟方立败走山东，以邢、洺、磁三州军队另组昭义军。此乃后话，于此表过不提。
按下李克用，再表朱温。中和三年三月，李克用与各路勤王师大战渭桥之时，朝廷下诏，升任朱温为汴州刺史、宣武军节度使，承诺待收复京城后使其赴任。于是朱温大奋其勇武，加紧与各路唐军围攻长安。四月城陷，黄巢率军退出长安，由蓝田关向南攻入蔡州，唐蔡州节度使秦宗权投降。黄巢于是进围陈州，朱温则以率军追击为名顺势进入汴州，提前就任刺史及节度史之职，从此便以汴州宣武军作为大本营，招募勇士以壮实力。
复说黄巢率十余万大军撤离长安，兵至陈州。却遭遇陈州刺史赵犨顽强抵抗，大小数百战，始终未能攻拔其城。正在烦恼之际，忽接长安败军来报，大将孟楷在蓝田完成断后重任，率余部挺进河南途中，至于项城，中了赵犨埋伏，不幸牺牲遇难。黄巢闻知孟楷遇害大怒，望天大哭终日，遂率余部屯于溵水，对陈州掘堑五重，百道攻之，誓为孟楷报仇。为攻破陈州，黄巢命在城北立宫室百司，以为持久之计。说话的！便在黄巢围攻陈州时，唐廷亦在不断调动军队，以加强围剿齐军。汴州刺史朱全忠加东面招讨使，感化军节度使时溥为东面兵马都统，各路平叛镇军皆向陈州步步逼近，力压而至。至当年十二月，陈州向邻道求救，于是忠武镇周岌与时溥、朱全忠等皆率兵前来救援，齐军不觉中已陷重围。当时中原赤地千里，为应付全军粮食，黄巢命以人肉为粮糗，造数百巨锤，同时开工，以为供应军粮人肉作坊。于是陈州之地无论男女老幼，悉数被齐兵纳入巨舂，称之为“捣磨寨”，皆充作军粮，日食两千余人。黄巢自围陈州近三百日，啖食民众数十万人，在人类史上，绝无仅有。
中和四年正月，周岌等诸路救兵均被义军打败，只得同向河东节度使李克用求救。二月，李克用率兵五万前来增援，会同许、汴、徐、兖等州军马向陈州进发，自河中南渡，先击败太康尚让军，又击败西华黄邺军。黄巢只得从陈州撤军，退至陈州北故阳里。五月连日大雨，平地水深三尺，黄巢军营为水所漂，遂奔向汴州。自中牟北汴河王满渡口渡河时，李克用乘势袭击，义军大败，死伤万余人。黄巢手下李谠、葛从周、杨能、霍存、张归霸、张归厚、张归弁等投降汴州刺史朱温，剩余残部向东北逃亡，又遇李克用于封丘狙击。时遭大雨，黄巢集散兵近千人奔兖州，转战山东。李克用粮尽不追，引军复还。尚让率万余人投降武宁节度使时溥，别将李谠等人投降朱全忠。时溥派李师悦率兵万人，随尚让紧追黄巢至瑕丘。黄巢部众殆尽，走至泰山狼虎谷襄王村，拔剑自杀，其弟黄邺、黄揆亦各自尽。外甥林言持黄巢等人首级欲向时溥献功，在路上却遇到沙陀博野军，复杀林言，将林言及黄巢等人首级一并献于时溥。黄巢从子黄皓率残部流窜，号“浪荡军”，自此游荡江湖，已成流寇。
对于黄巢平生结果，正史记载如此，其后史家亦以此为信。但若依据北宋邵博《河南邵氏闻见后录》所载，则大有考究必要。其书中记曰：“唐史中和四年六月，时溥以黄巢首上行在者，伪也。东西两都父老相传，黄巢实不死，其为尚让所急，陷泰山狼虎谷，乃自髡为僧，得脱，往投河南尹张全义，故巢党也，各不敢识，但作南禅寺以言之。”宋初著作郎陶谷《五代乱离记》也记载到：“黄巢遁免，后祝发为浮屠，有诗云‘三十年前草上飞，铁衣著尽著僧衣。天津桥上无人问，独倚危栏看落晖。’便是明证。”此二人所记，并非空穴来风，信笔而言也。因黄巢自幼善诗，但只遗留三首，其二皆为菊花为题，唯此第三首却说“三十年、著僧衣、天津桥、看落晖”之语，则若非晚年为僧，实不可解也。
且说李克用追黄巢逃军至冤句，粮尽而还，回兵路过汴州，在封禅寺休军整顿。汴州刺史朱全忠闻说李克用至境，急率阖城文武远迎近接，并在源驿隆重设宴，为李克用接风洗尘。李克用因轻视朱全忠出身低微，又兼酒醉，是以言语不逊，朱全忠曲意逢迎，部下诸将却冲冲大怒，皆怀不忿。是夜宾主尽欢，酒席散后，李克大醉，拥被而眠。朱温出驿打个暗号，手下诸将暗中埋伏士兵四出，放火烧房，欲害死李克用。李克用仆从郭景铢是夜并未喝酒，伺候主帅睡下不久，见驿外火光连天，知道中计，乃急熄灭蜡烛，再三摇晃主公，李克用只是不醒。郭景铢无计奈何，只得将李克用架起，藏在床下；复急找到盥洗盆中清水，泼醒李克用，告知朱温阴谋相害。此时李克用头脑昏沉，欲醒还醉，不由仰天叹道：“某大业未就，奈何死于朱老三之手耶！”欲要拔剑冲出，却见四面火发，烟焰迷障，又兼酒醉深沉，只是挣扎不起。正是恰如当年赤壁战，又如火烧上方谷，走投无路。天可怜见！忽听空中一声炸雷，几道闪电，空中忽降大雨，竟把那满室大火顷刻浇灭。李克用亦被雨水淋醒，乃翻身爬起，在郭景铢搀扶下逃出馆驿，寻到坐骑兵器，会合随从部将薛铁山、贺回鹘等，借着闪电光亮，从尉氏门用绳索坠城逃出，回到封禅寺兵营，当夜离开汴州。朱全忠闻说天雨扑灭大火，走了李克用，不由顿足捶胸，后悔不迭。自此朱李二人结为死仇，按下不表。
是年七月，李克用回兵雁门，来到太原，便写奏表入京，将此事上告唐僖宗，请求出兵汴州平灭朱全忠，并遣弟李克修领兵一万，驻扎河中待命。唐僖宗此时岂敢再燃战火？急忙劝和平息此事，并因击破黄巢之功，敕封李克用为陇西郡王。黄巢在狼虎谷自杀，唐末农民起义至此结束。王仙芝与黄巢之乱前后历时九年，危害较安史之乱有过之而无不及，以致白骨千里，天下人口减半，已非旧日盛唐景象。叛乱平定之后，朝廷叙论军功，宣武节度使朱温、河东节度使李克用、凤翔节度使李茂贞功劳最大，各自封国建都，建衙开府，成为三大藩镇，权势之重天下无以伦比，便为唐王朝灭亡埋下伏笔，自不必多言。
中和五年三月，唐僖宗自成都启驾回到长安，终得复还故都。僖宗回銮之后，因仍受制于田令孜，凡事不得自主，便时常叹息，与左右相对流泪，恨不当初，后悔不迭。书中暗表，唐僖宗逃到成都之时，便已醒悟天下大乱，皆因田令孜误国，便如当年杨国忠引发安史之乱一般。奈何田令孜势力已成，且又到了其兄弟西川节度使陈敬瑄地盘，愈发无可奈何。僖宗一到成都，田令孜便暗令兄长陈敬瑄逼迫天子，使诏命晋升己为左金吾卫上将军，兼判四卫事，并封为晋国公。因见唐僖宗闷闷不乐，田令孜复多方开导，并令仆从每日高呼万岁，又说郑畋、王铎、程宗楚、李铤、陈敬瑄等并力剿贼，定能早日收复长安。田令孜经常赏赐给长安从驾诸军，但不赏蜀军，厚此薄彼，引起蜀军不满。西川黄头军使郭琪直性不隐，于是趁朝廷宴请有功将领，宦官敬酒之机向皇帝及晋国公上寿，并向田令孜进言道：“赖朝廷恩典，我益州诸将俸禄丰赡，常思报答圣恩。然而蜀军与长安诸军同样宿卫朝廷，而蜀军赏赐独少，便生怨望之气，恐引兵变也。诚望军容大人能使土客待遇相等，使蜀军上下平气，共保天子陛下。”田令孜闻言不悦道：“将军有何功劳于朝廷，则敢发此不平之论？”
郭琪听其言语不善，便知已大祸临头。但依仗军人耿直之性，愈加激发一腔不平热血，遂昂然不惧，将身立起，照实说道：“末将生在山东，征戍边鄙，曾与党项十七战，与契丹十数仗，金创满身。征伐吐谷浑时受伤，肠子流出，用线缝好后继又参战。纯以屡战微功，博此功名在身，并无谄媚，亦不曾贿赂中宦大人而已。”田令孜杀心已起，却不动气色，令随从换杯，复给郭将军酌酒。郭琪知道田令孜是要毒死自己，只得拜谢饮尽，当即借酒力不胜为由，急告辞而出，快马回归本帐。因年轻时曾遇山中隐医，曾习得解毒之方，待回到军营，立即杀一侍婢，吮其鲜血解毒，乃吐出几升黑汁得免其难。郭琪由此怒火万丈，遂率其部队叛乱，焚烧军营，掳掠店肆村镇，并攻打行宫，索讨仇人。田令孜保护唐僖宗到东城避乱，命其兄陈敬瑄出兵，这才平息叛乱。郭琪失其部众，只引十数名亲军逃亡，进入山中遂成盗贼。正是：冲冠一怒非关贫，只因当权甚不公！欲知后事如何，且听下回分解。