咸丰帝在接连发下的办团练谕旨中，一再申明其原则，即不能取代正规军：“着各该抚分饬所属，各就地方情形妥筹办理，并出示剀切晓谕，或筑寨浚濠，联村为堡；或严守险隘，密拿奸宄。无事则各安生业，有事则互卫身家。一切经费均归绅耆掌管，不假吏胥之手。所有团练壮丁，亦不得远行征调。”[29]
注定一开始，“湘军”就是一支很尴尬的部队，不属于体制内，湘军士兵都没有编制，只有八旗、绿营兵才是有编制的，朝廷也不给钱，你曾国藩有本事弄到钱就行，也不问来路，国家正常的税收、地方政府的收入、民间绅士百姓的捐赠，都可以，属于后娘养的孩子，生与死政府都不管。朝廷也理解，打仗没钱不行，国库没钱，不管白猫黑猫，筹到钱就是好猫。
曾国藩唯一可以执行的权力，就是向皇帝“专折奏事”。这个权力其实本身就有，清朝三品以上的官员就可以直接向皇帝报告。
曾国藩深知这些，但他做了很多努力，其一就是改造团练，迫使中央政府正式承认湘军的存在。他担任团练大臣后的第一个报告就委婉地谈了自己的想法。
第一份奏折，他写得很含蓄，第一层讲了自己遵照皇帝谕旨，前往长沙办团练，是“勉竭愚忠，稍分君父之忧”。第二层讲团练虽然好，但今昔不同，因为嘉庆年间是官府发饷，现在需要乡绅自己出钱，弄不好会走向反面。第三层讲长沙现今兵力空虚，必须练兵才能缓急可恃。最后则抛出自己的练兵计划，他说：
自军兴以来二年有余，时日不为不久，糜饷不为不多，调集大兵不为不众，而往往见贼逃溃，未闻有与之鏖战一场者；往往从后尾追，未闻有与之拦头一战者；其所用兵器，皆以大炮、鸟枪远远轰击，未闻有短兵相接以枪靶与之交锋者。其故何哉？皆由所用之兵未经训练，无胆无艺，故所向退怯也。今欲改弦更张，总宜以练兵为务。臣拟现在训练章程，宜参访前明戚继光、近人傅鼐成法，但求其精，不求其多；但求有济，不求速效。诚能实力操练，于土匪足资剿捕，即于省城防守，亦不无裨益。臣与抚臣熟商，意见相同。
这个练兵计划竟然获得通过。后来，曾国藩给朱孙诒的信中说：“去冬之出，奉命以团练为名，近来不谈此二字，每告人曰乡村宜团不宜练，城厢宜练不宜团。如此立说，明知有日就解散之弊，然解散之弊尚少，若一意操切行之，则新进生事者持札四出，讹索逼勒，无所不至，功无尺寸而弊重邱山。”[30]
曾国藩一开始就不想办团练，他要办的是一支召之能战、战之能胜的正规军队。但问题是朝廷有严旨，如何突破这个规矩？曾国藩是颇费了心思的，这一点都被一般研究者所忽视。
他有意地区分了团和练，实际上是改造团练，团练本是保甲法，但曾国藩却拆开二字，团是保甲之法，练是简兵请师。又说，乡村宜团，城厢宜练。他不说团练无用，而是说乡民不愿意“练”，既然乡民不愿意“练”，那我在城里“练”，就与过去的团练不一样了。为了减少阻力，他有意用了一个模糊的概念，我湘军是大团。北京一看，大团嘛，不就是比团练大一点嘛，随你去了。被北京首肯，默许，这一点很了不起。其他各省的团练都是老做法，曾国藩的湘军却是全新的、大张旗鼓的，因而编制人数上就不受限制。只要供得起，尽管招。薛福成后来总结说：“文正以团练始，不以团练终，且幸其改图之速，所以能成殄寇之奇功，扩勇营之规制也。”[31]
为了获得北京的重视，突破不许远行征调的限制，曾国藩一边训练湘军，一边提出数省协防的方略，就是让湘鄂赣皖这些发生太平之变的省份联成一气，不能有地方主义，哪里需要就支援哪里，将湘军由单纯地保卫湖南的使命扩大到抗击整个太平军。比如江忠源在安徽巡抚任上遇到麻烦，向曾国藩请求支援，曾国藩就派罗泽南率湘军前往；江西出现告急，曾国藩也派王錱率另一支部队前往。慢慢地，曾国藩就提出出省东征的理念，主动承担起平定太平之变的使命。北京当然巴不得呀，无论是在哪个省，湘军都比较引人注目。
其次是争名分，曾国藩一开始就没有把湘军看作是地方部队或民间武装，无论是对中央政府的报告，还是给官场同事的信，都把自己称作官军，更对湘军士兵灌输官军的概念。大家都以为，这支军队和清朝正规军队是一样的，地位平等。这有很大好处，一是其他官员都不把湘军当作民间武装看待，湘军到哪里去，都是名正言顺的；二是曾国藩也经常向北京报告，指定要哪个省给多少钱，哪个省提供什么武器，武器到了，有了资本，我才付账甚至还要拖欠。三是鼓舞了湘军士兵的士气，让士兵都以为是有编制的。
再次是勤报告。曾国藩每每谋划之前，都会向北京报告，将敌情、自己的部署、派遣的将领等都说得清清楚楚，他并不是征求朝廷的意见或批准，而是告诉朝廷我打算这么做了，而且报告到达北京之时，仗说不定已经打起来了。打完一仗后，又要向北京报告战绩。这样的勤报告，在众多团练大臣中，只有曾国藩做得最好。特别是刚开始，他的报告还要联合湖南巡抚或其他大臣署名。本来北京并没有对这支队伍抱什么希望，可曾国藩做得一本正经、一丝不苟，就让北京不得不开始重视起来，关注着湖南，关注着湘军，关注着曾国藩，无形中，湖南、湘军、曾国藩的地位就高了起来。
北京一看，这个人办事这么认真，忠诚可嘉，也有些战功。曾国藩在北京那边办起事来，就要顺利得多，有时一段时间没有呈上报告，北京还催问情况。相比之下，其他那些团练大臣的胜败、生死在大局方面就显得不那么重要了。因此，湘军还没有正式投入现场作战时，北京就多次要求曾国藩出省征战，一会儿援鄂、一会儿援赣、一会儿援皖，湘军成了救火队。
面对朝廷多次不现实的旨意，曾国藩借故一一委婉回绝了。真实原因只有一个，那就是湘军还没有准备好，还不具备这个实力。绝不打浪仗，不打险仗，是曾国藩的一条核心军事原则。一方面，他要替湘军士兵着想，拿一支没有训练好的队伍去和强敌拼战，那是拿将士们的生命开玩笑，“驱不教之士，执蛊脆之器”，曾国藩并不想用他人的血肉染红自己的顶戴；另一方面，士兵作战器械的训练都没有完成好，就仓促上阵，这样的队伍是注定会失败的，而一旦失败，只会贻笑大方，也是拿自己的前途开玩笑。“剑戟不利不可以断割，毛羽不丰不可以高飞。”[32]但是，既有出省征战的使命在前，一次两次拒绝，朝廷可以理解，再三拒绝，皇帝就要震怒了。曾国藩一面坚持自己的原则，一面委婉、耐心地向皇帝解释，同时做出准备马上出征的姿态。为了说服皇帝，他曾经每天都向北京递上一个报告，又向官场上的师友诉说苦衷，争取他们的支持，请他们上书左右斡旋，终于平息了皇帝的怒火，也免除了湘军组建之初的无妄之灾。
曾国藩不等不靠，以积极主动的态度，逐渐为湘军争得了应有的地位和名分。等到打了胜仗，曾国藩就理所当然地为将士们向北京索要赏赐。北京不给都不好意思，有时还要求曾国藩开列赏单，封赏有功人员。这样一来，湘军将士付出了鲜血、生命和劳苦，又能得到相应的回报，极大地鼓舞和激励了他们出生入死的勇气。曾国藩指挥起湘军来，既有了名正言顺的旨意，又很容易获得将士的支持。