眼部冠状病毒检测与诊断手段众多，包括细胞学检查、免疫学检查、分子生物学检查等。

涂片细胞学检查是一种有创的检测方式。在裂隙灯生物显微镜下刮取眼部组织（角膜或结膜的组织细胞），继而通过涂片及染色方法，在光镜下对细胞内病毒包涵体、合体细胞、单核-巨噬细胞、淋巴细胞及中性粒细胞等进行观察，有助于对冠状病毒感染的诊断。此外也可涂片后直接进行电镜检测。

以眼表组织为例，其大致的取材步骤包括：

1%丙美卡因滴眼液1～2滴，进行表面麻醉。

在裂隙灯生物显微镜或手术显微镜下用15号圆形手术刀片刮取病变边缘或组织表面（如角膜溃疡、结膜滤泡、乳头、结膜伪膜等）。

取材完成后，将组织均匀涂布于洁净载玻片上，尽可能形成单层或薄层细胞。

免疫学检查的核心原理，是检测冠状病毒的抗原或抗体，也可检测病毒的代谢产物。依其原理可主要分为三种：免疫荧光法、免疫化学法、血清学检查。

1. 免疫荧光法为病毒辅助诊断的主要方法之一，此种方法主要的优势在于分离培养非急性期病毒。

2. 免疫化学法的原理是利用特异性酶标记病毒的抗原或抗体，无需荧光染料，因此也称为酶联免疫法。

3. 血清学检测包括：中和试验、补体结合试验、血清抑制实验、乳胶凝集试验、化学发光测定等。此种方法可在一定程度辅助判断冠状病毒感染的可能性，但有一定局限性。

分子生物学检查是以聚合酶链反应（PCR）为核心原理的检测方法。其方法相对灵敏，对于提高冠状病毒检出率，明确病因有重要作用。此外，也可对病毒拷贝数进行半定量或定量检测，用于病原体的快速诊断。

由于眼部标本的样本量小，采集时应尽可能地多采集一些标本（眼表及眼内标本均需要），且应在发病早期或急性期采集标本，从而提高检出率（因拷贝数较高）。在进行眼表组织病毒检测标本的采集时，可同时采集泪液，提高潜在的病毒核酸含量。标本应采用冷链转运，在2～8℃下短期保存，-80℃下长期保存。

较为常用的PCR方法包括：RT-PCR、实时定量PCR、多重PCR等。

RT-PCR主要用于检测RNA病毒，基本原理与普通PCR类似。此种方法需要在第一轮循环时进行逆转录cDNA的合成。实时定量PCR分为染料法或探针法，例如SYBR Green或TaqMan探针。实时定量PCR的主要优势在于可监测扩增进度，并通过标准曲线判断初始的拷贝数。多重PCR是多重病毒感染、病毒及其他病原体混合感染时的主要检测方法。通过合理有效的多对引物设计，采用多重PCR可以提高混合感染的实验室诊断效率。