与组蛋白乙酰化的检测类似，用于组蛋白甲基化检测的方法也是以ChIP技术为核心（nChIP是适宜的选择），结合各种PCR技术和芯片技术，以及运用质谱分析技术。传统的Western blot等也有一定价值。在具体实施时，除需使用针对甲基化组蛋白的特异性抗体外，其他操作与前述类似，这里不再累述。