有了明教的援助，朱元璋的兵力迅速壮大，不断扭转之前兵力不足的劣势，成为名副其实的一方军阀。
朱元璋在统一南方的过程中，面临着陈友谅和张士诚这两大强敌。
陈友谅占据长江上游，兵强马壮，野心勃勃。张士诚则占据江浙一带，富庶之地，实力不容小觑。
朱元璋深知，若要统一南方，必先击败这两大强敌。
他采用了先弱后强的策略，先攻打张士诚。张士诚的部队军纪涣散，部下多以争夺官位、钱财为己任。每当有战事发生，他们辄称疾，邀官爵田宅然后起。
相比之下，朱元璋的部队军纪严明，赏罚分明。在攻打婺州时，朱元璋的亲随黄某掠夺民财，朱元璋将其斩首。
朱元璋率领部队对张士诚展开了猛烈的攻击。他先攻占了张士诚的外围据点，逐步缩小包围圈。
张士诚的部队在朱元璋的攻击下节节败退，最终被朱元璋围困在平江城中。
经过长时间的围攻，平江城被攻破，张士诚被俘。击败张士诚后，朱元璋将矛头对准了陈友谅。
陈友谅的部队实力强大，尤其是水军，雄兵巨船，犹如天兵。朱元璋在与陈友谅的战斗中，采取了灵活多变的战术。
在龙湾之战中，朱元璋利用陈友谅的狂妄自大和急躁冒进，设下了埋伏。陈友谅率领大军进攻应天，朱元璋先派一部分部队在应天城外进行抵抗，然后假装败退，引诱陈友谅的大军进入龙湾地区。
在龙湾地区，朱元璋早已布置好了伏兵，等陈友谅的大军进入包围圈后，伏兵四起，对陈友谅的大军进行了猛烈的攻击。陈友谅的大军在朱元璋的攻击下损失惨重，被迫撤退。
经过多次战斗，朱元璋最终在鄱阳湖之战中彻底击败了陈友谅。鄱阳湖之战是中国历史上著名的水战之一，双方投入了大量的兵力和战船。在战斗中，朱元璋利用火攻，烧毁了陈友谅的大量战船，陈友谅也在战斗中被乱箭射死。
击败陈友谅和张士诚后，朱元璋统一了南方中原地区，成为了南方最强大的势力。
统一南方后，朱元璋开始筹备北伐，推翻元朝统治。
十年后，也就是在元至正二十七年（1367年），朱元璋命中书右丞相徐达为征虏大将军、平章常遇春为副将军，率军 25万北进中原。
北伐中，朱元璋发布告北方官民的文告，提出“驱逐胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民”的纲领，以此来感召北方人民起来反元。
北伐军采取了稳扎稳打的战略，先攻取山东，撤其屏蔽；旋师河南，断其羽翼；拔潼关而守之，据其户槛。
在攻取山东的过程中，北伐军进展顺利，仅用四个多月的时间就攻下了山东。山东的攻克，使元廷失去了左臂，在战略上为北伐造成了更为有利的军事态势。
随后，北伐军进攻河南。在河南，北伐军遇到了元军主力阿鲁温。双方在洛水大战，歼敌 5万，元梁王阿鲁温降，河南平。五月，冯国胜、康茂才等率军攻克了陕州（今河南陕县）、潼关，阻断了关陇地区李思齐武装集团与元朝的联系。
攻占河南和潼关后，北伐军对元朝大都形成了弧形包围圈。1368年 5月，朱元璋亲自誓师汴梁，议取元大都。7月，徐达占领大都周围，元顺帝弃城而逃。8月 2日，明军占领大都。元朝的统治被推翻后，朱元璋继续派兵追击元朝残余势力。
1369年 6月，常遇春李文忠领 8万步兵，1万骑兵继续进攻上都。连克锦州、大兴州等等，直逼上都，元顺帝逃跑，俘虏元朝丞相脱火赤。
朱元璋北上伐元，历时 17年统一全国。他的北伐成功，不仅推翻了元朝的统治，还恢复了中华大地的统一和稳定。
为感激明教在江山一统方面的大力援助，朱元璋把国号定为大明，意为江山一片光明，江山永固。力邀张无忌为大明国师，共享太平，张无忌志不在此，婉言谢绝！