成吉思汗所制定的《大札撒》中，对所有宗教都予以保护，并不允许各宗教之间的恶性竞争。所以无论是大蒙古国时期还是之后的元朝，历任可汗和皇帝都会与当时著名的宗教人物有良性互动，成吉思汗与道教真人丘处机留下了“一言止杀”的佳话。到窝阔台汗时，与蒙古皇室互动的最著名宗教人物是藏传佛教高僧萨迦班智达。
“萨迦班智达”并不是名字，而是一个尊号，萨迦是藏传佛教的一个教派，班智达意即“学富十明学的大学者”，合起来便是“萨迦派的大学者”。要说清这个尊号的由来，则要从吐蕃帝国的崩溃说起。
吐蕃帝国是公元618年在青藏高原建立的帝国，帝王称号是“赞普”。其鼎盛之时，不但雄霸青藏高原，而且占据河西走廊，与唐朝和阿拉伯帝国争雄于中亚，甚至曾攻陷过唐都长安。
到第十任赞普掌国之时，吐蕃帝国陷入深刻危机。这位赞普名叫墀达摩吾东赞，于838年即位。他雄心勃勃，即位后很有些作为，但在841年，因感到国内佛教势力太大，影响赞普权力，他便进行了极为残酷的灭佛运动。而佛教传入吐蕃近两百年，早已根深叶茂，无论贵族还是平民都虔诚信仰。墀达摩吾东赞的作为造成了帝国内部的分裂和动乱，他自己也在灭佛一年后被佛教僧人暗杀。
因墀达摩吾东赞的灭佛举动，后世将之称为朗达玛，亦即“妖魔附身之人”。他死后，他的两个儿子纳德斡松与赤德云丹彼此为敌，各据一方，互相争权攻伐。
双方的混战被称为“乌约之战”，长达二十三年之久，战火绵延，民不聊生。而在人祸发生的同时，天灾也接连不断，地震、旱灾、虫灾此起彼伏，百姓不堪其苦，终于揭竿而起，使得吐蕃帝国的政权彻底崩溃。
平民和奴隶大起义将吐蕃帝国原有的行政建制全部摧毁，但起义军也未能建立统一政权。所以在起义的高潮过后，便形成了千百家豪族星罗棋布的局势。原王室在遭到起义军的毁灭性打击后，残余者四处逃遁，建立起许多政权。青藏高原遂进入长达四百年的割据时期。
在这个时期，藏区各地“各自为政，不相统属”。赤德云丹家族占据拉萨一带，形成“拉萨王系”，后移至山南桑耶寺。纳德斡松的后代则分别在阿里和后藏建立政权，形成“阿里王系”“亚泽王系”和山南的“雅隆觉阿王系”，以及在青海湟水流域建立青唐政权的“唃厮啰王系”。
帝国崩溃，被打压的佛教从而再次获得复兴和弘传，各地封建主都借助佛教以安定地方。藏地佛教进入“后弘期”，并与本土宗教苯教相结合，形成了真正意义上的藏传佛教。同时，由于藏区的四分五裂，佛教在其传播过程中又形成众多教派，如宁玛、噶当、噶举、萨迦等。随着这些教派的形成和发展，佛法再度逐渐成为当时的主流文化和民众的心理依靠，藏族社会也随之暂趋于相对稳定和安宁。
其中，萨迦派创始于1073年，因该教派主寺萨迦寺所在地呈灰白色，故得名萨迦（藏语意为白土）。又由于该教派寺院围墙涂有象征文殊、观音和金刚手菩萨“三怙主”的红、白、蓝三色花条，故俗称为“花教”。
萨迦派历史上有著名的“萨迦五祖”，其中，萨迦四祖贡噶坚赞，便是著名的萨迦班智达。
朗达玛灭佛时，藏地佛教遭到毁灭性打击，佛教信徒为了传承法脉，不得不娶妻生子，在家族中秘传。因此，“后弘期”的藏传佛教各派基本上都是家族传承。萨迦派也不例外，其教主传承在昆氏家族，而贡噶坚赞便是萨迦派第一祖贡噶宁布大师的最小儿子柏钦沃波的长子，原名班丹顿珠。
班丹顿珠于1182年出生，自幼便在父亲柏钦沃波、伯父札巴坚赞座前学习，受密宗诸灌顶教导口诀，闻习若干医典要诀，并受居士戒，取法名贡噶坚赞。22岁那年（1204），又拜当时入藏的克什米尔佛学大师释迦室利为师，受比丘戒，正式成为一名僧人。
贡噶坚赞极为聪慧又修行刻苦，不但精通佛学，还在工艺学、星象学、声律学、医学、修辞学、诗歌等方面均有极深造诣。因此，在他六十岁时，不仅获得“班智达”这一大学者称号，而且成为第一位享誉整个藏族地区的“班智达”，无论是各地封建主，还是其他教派僧人，都对他礼敬有加，尊称他为“萨迦班智达”。
就在萨迦班智达的威望如日中天之时，他人生中最大的挑战来临了：蒙古大军兵临西藏。
1229年，窝阔台继蒙古大汗位后，集中精力攻灭金朝，遂将西夏故地及甘青部分藏族地区封赐给他的第二子阔端。阔端遂率部驻守河西走廊的要地凉州（今甘肃武威）一带，管理今甘肃、青海、宁夏、内蒙古西部、新疆东南部、陕西等广大地区。
阔端受命统治西夏故地和指挥西路进攻南宋，这使他对南下的通道环境十分在意，因为如果要攻取四川，便需要巩固对甘青藏区的统治以保障南下大军的侧翼，而要巩固甘青，则需要彻底控制西藏。于是，约在1239年，阔端派部将多达那波带领一支蒙古军，从甘青藏区出发，前往西藏。
多达那波率军入藏，在蒙古史籍中都没有记载，可见军队规模不大。阔端派遣这支部队的目的，并非是要他们武力攻取西藏，而是在武力威慑之下，寻找足以代表西藏的人物，促使西藏臣服于大蒙古国。
蒙古军经藏北草原从当雄沿着乌鲁龙曲河到达旁多后，将打击目标锁定在了杰拉康寺。
杰拉康寺属于噶当派寺庙，位于今拉萨市林周县西部的春堆乡虎头山水库的西边，杰拉康西南有路可通堆龙德庆县（今拉萨堆龙德庆区）的玛乡再到楚布寺，南面越过郭拉山口就到拉萨北面的夺底沟，东北有路通达隆寺和热振寺，东面有路直通墨竹工卡，是一个重要的交通路口。打击这里，可以有效地震慑周边各势力。
开战前，多达那波派出一支偏师去攻打热振寺，因为这座寺庙也属于噶当派，可以阻止其支援杰拉康寺。
蒙古军到来之时，杰拉康寺的住持刚刚去世，新的住持没有推举出来，因此正是寺院人心纷乱的时候。饶是如此，寺中僧兵仍进行了顽强抵抗。可数百年来，西藏各地虽有小规模武装冲突，都是类似于械斗一般，既不激烈也不正规，这与大军团作战相差不可以道里计。面对此时所向无敌的蒙古军，僧兵可说毫无胜算。仅一天战斗便结束了，热振寺、杰拉康寺被焚毁，抵抗的五百余僧人战死。
一战就使得两座名寺毁灭，五百僧人死难，这破坏程度远超出了西藏的僧团和地方势力之间的互斗，也展现了蒙古军可怕的战斗力。这对西藏各教派的僧俗造成了巨大的心理震撼。
多达那波在战斗胜利后，控制各处要隘，拆除堡寨，并设立驿站供应物资。同时着手修复杰拉康的佛殿，以此向西藏僧俗表示怀柔。多达那波也通过侦查，了解了西藏各地重要人物的信息，写信给阔端，指出：“在边地西藏，僧伽以噶当派最大，最讲脸面的是达隆的法主，最有声望的是止贡派的京俄，最精通教法的是萨迦班智达，从他们当中迎请哪一位，请颁明令。”
阔端接到信后，结合自己之前得到的情报，认为应该请一位在宗教上地位很高，而在世俗权力上并不很大的人物商讨西藏的归附最为有利，于是回信道：“今世间的力量和威望没有能超过成吉思汗的，对来世有益的是教法，这最为紧要，因此应迎请萨迦班智达。”并让使者携带自己的信函并“白银五大升，镶缀有六千二百粒珍珠之珍珠袈裟，硫黄色锦缎长坎肩、靴子，整幅花绸二匹，整幅彩缎二匹，五色锦缎二十匹”，前往迎请萨迦班智达。
萨迦班智达此时已年过花甲，但在接到阔端的信函后，还是决定前往。临行前，有人问他：“你究竟有何神通本领？请不要隐瞒说真心话。此外，你前往蒙古地方有何好处？”萨迦班智达答道：“我对佛法无限敬信感戴，对经典之义略有所知，心生现观续部然而不大。我为何前往蒙古供施处？若不去的话，军队即来。若军队来此，就会给雪域西藏带来灾难。为饶益众生和牲畜，只好暂时前去，无他裨益。总之，为饶益众生，敢于牺牲自己的生命。”（《萨迦世系史》）
1244年，六十二岁的萨迦班智达带着两个侄子，年仅十岁的八思巴和年仅六岁的恰那多杰起身前往凉州。
萨迦班智达一行走了近三年时间才到达凉州，这倒不仅是因为路途遥远艰险，而是萨迦班智达沿途拜访各地高僧大德和地方实力派，与他们倾心交谈，商讨西藏归附的细节，以达成共识。待他到达凉州时，已经基本上可以说代表西藏的各派势力了。
1246年八月，萨迦班智达一行抵达凉州。恰逢阔端去蒙古本土参加贵由继位蒙古大汗的庆典，他们又在凉州暂且等候了一段时间。1247年，阔端返回凉州，即与萨迦班智达会面，两人正式开启了著名的“凉州会谈”。
阔端对萨迦班智达的到来十分高兴，在他看来，萨迦班智达是“以头来归顺，他人以脚来归顺，汝系因我召请而来，他人则是因恐惧而来，此情吾岂能不知”，这为会谈定下很好的基调。
经过反复磋商，双方终于达成一致意见，西藏正式归附大蒙古国，有上缴贡品、维护驿站、服徭役兵役等义务，而大蒙古国则保护佛教，维持各僧俗势力原有的权利。萨迦班智达因为用自己的医学知识治愈了阔端的病痛，使得阔端对他十分信服，礼敬有加。在萨迦班智达刚见到阔端时，他的宫廷中最受尊重的是也里可温（基督教）教士和蒙古萨满，佛教僧侣只能坐在他们的下首。而萨迦班智达改变了这一格局，佛教遂居于基督教和萨满教之上。阔端还在凉州为萨迦班智达专门修建了一座寺院作为驻锡地，这座名为幻化寺的寺院遗址在今甘肃武威的白塔村。
萨迦班智达与阔端的“凉州会谈”不仅使西藏走出了从吐蕃帝国崩溃后封闭的状态，从此进入亚洲大格局之中，而且是藏传佛教大举东传的开始。虽然萨迦班智达于1251年便病逝于凉州，没能将教法进一步东传，但他的侄子，被称为萨迦第五祖的八思巴接过他的衣钵，使藏传佛教发扬光大。
日后，八思巴成为元世祖忽必烈的上师，受封“大宝法王”，使得萨迦派成为元朝宫廷信仰。从八思巴开始，历代萨迦法王都是元朝国师，并掌管天下佛教，前后有十四代之多。而在元朝之后，明清两代藏传佛教都在内地有着广泛影响，与汉地的汉传佛教相互交流，使得藏传佛教不再仅仅是西藏地区藏民族本身的信仰，而成了众多民族更广大地域的共同信仰。