一、罢三公，任丞相
建安十三年（208）的前五个月就这样过去了。尽管曹操很想来一场速决战，但总有这样或那样的事羁绊他，让他不能尽快站到决斗的舞台上。直到五月底，大军终于行动了，浩浩荡荡，从邺城出发一路南下，目标是刘表所在的襄阳。历史上，由中原向南方发起进攻一般有三条路线：东路，由徐州南下合肥，进逼长江；中路，由洛阳南下襄阳，进逼长江；西路，由长安南下汉中，攻取成都，进而顺江东进。曹操取的是中路，邺城、襄阳刚好是一条直线，而中间会路过许县、宛县等要地。大军一路南下，进展顺利，因为宛县以北全是曹操的控制区，到达许县附近时是六月上旬。
在这段行军的路上，曹操仍然日夜忙碌着。他完成了另一件大事：改革朝廷官制，罢三公、设丞相，并自任丞相。按照东汉的官制，皇帝之下设三公，分别是司空、司徒和太尉，他们的作用相当于丞相、宰相。《春秋公羊传》指出：“天子三公者何？天子之相也。天子之相则何以三？自陕而东者，周公主之；自陕而西者，召公主之；一相处乎内。”这里说的是东周时期三公设置的原因及构成：陕东的周公，陕西的召公，王庭的国相。之后三公的内容不断发生变化：秦朝以丞相、太尉、御史大夫为三公；西汉以丞相、大司马、御史大夫为三公；东汉则以太尉、司徒、司空为三公。
太尉始设于秦朝，嬴政称帝后改设三公九卿，最高官职即丞相和太尉，分别为辅政及治军领兵。但秦朝并没有人担任过太尉，这个职务形同虚设，原因在于秦朝实行中央集权制，军、政、经都集中于皇帝一身。西汉时，中央和地方各级官吏的名称基本沿用了秦朝制度，但也进行了微调。在皇帝之下设立了三套平行的官僚体系，分别是丞相率领的外朝官、大将军率领的内朝官，以及处理皇帝与皇族私人事务的宫廷官，其中外朝官由丞相和太尉分掌，下面再设九卿、列卿等。东汉时期，太尉掌管军事，名义上是最高武职，除了评定全国武官的功绩高下以为升降依据外，还是皇帝的军事顾问。不过，为了制衡，汉朝军队由各位将军、校尉统领，太尉不直接指挥军队。“司徒”一词在文献资料中最早见于《尚书·尧典》，当时舜在部落联盟议事会中设九官，其中一个就是司徒，负责教化人民。到西周时，司徒称“司土”，负责管理籍田、山林田泽等国有土地及在这些土地上进行的农、林、牧、副等经济部门。西周末年，春秋时期，与土地相关的职责专归司空，司徒专管民事。东汉的三公中也有司徒的存在，也是以丞相的身份出现，负责主管教化，等于重操旧业。司空在甲骨文中作“司工”或“嗣工”，主要职责是管理土木建筑工程。春秋时期，周王室与鲁、郑、陈等国设有司空，负责测量土地的远近，辨别土地的好坏，以便授予民众耕种，并确定赋税的征收数额。西汉初年，并无司空一职，汉成帝时将御史大夫更名为大司空，东汉初年改为司空，执掌土木建设和水利工程。
宰相是中国古代对辅佐君主并掌握国家最高权力的官员的一种俗称，但不是具体的官名。商朝时伊尹为相，周朝时周公为太宰，他们都是辅佐君王并掌握国家最高权力的官员，太宰与相合称为宰相。宰相辅助皇帝管理一切军国大事，即“掌丞天子，助理万机”，平时负责管理军政大事或其他要务，逢有机要事情，皇帝召集公卿、二千石、博士共同在御前商议，以避免专断，一般政务则由宰相决定即可施行。皇帝有事，常向宰相咨询。在中国历史上，宰相可以是一个人，也可以是一群人。汉朝的三公相当于由“一群人”组成的宰相，但汉朝也设过丞相，相当于由“一个人”担任的宰相。汉朝的丞相设于西汉初年，后来为避免丞相职权过重，将其一分为三。
在此之前，汉献帝麾下的三公并不满员，只有司空曹操、司徒赵温二人，没有太尉。曹操将汉献帝刚接到许县时，曾打算让袁绍担任太尉一职，自己担任大将军。大将军不属于三公，是最高军职，地位在三公之上，袁绍大为不满，上了一份言辞颇为激烈的奏疏。那时，曹操实力远不如袁绍，为息事宁人，曹操赶紧将大将军一职让给了袁绍，自己担任司空。此后，曹操便以司空府掌控朝局。《后汉书·汉献帝纪》称：“曹操自为司空，行车骑将军事，百官总己以听。”“总己”，总揽大权之意。同时期担任过司徒或太尉的只有赵温一人，杨彪在迁都许县前后担任过太尉，但很快因罪下狱。不仅三公如此，许县朝廷的九卿也不满员，此时的朝廷仅是一个摆设而已，真正的权力由曹操的司空府掌握。
赵温此人名气不怎么大，资格却很老，担任三公已长达十五年。赵温年轻时也是一个有血性的人，曾担任过京兆丞一职，看到天下大乱，不禁慨叹：“大丈夫当雄飞，安能雌伏！”于是去职。汉献帝迁往长安时，赵温担任朝廷侍中，一心维护汉室。董卓旧部李傕挟持天子，赵温写信予以怒斥，李傕大怒，要杀赵温。李傕有个从弟，名叫李应，曾是赵温的属下，苦苦求情，才保住赵温一命。赵温在许县担任司徒一职，曾辟郭嘉为掾，但郭嘉很快被曹操发现，转去司空府任职。
赵温本年已经七十二岁，对曹操构不成任何威胁。就在本年年初，赵温被免了职。《后汉书·赵典传》记载：“建安十三年，以辟司空曹操子丕为掾，操怒，奏温辟臣子弟，选举不实，免官。”赵温征辟曹丕为掾，这件事看起来没有事先跟曹操商议，曹操很生气，以“选举不实”为由将赵温免职。“选举”乃推举之意，赵温作为司徒，可以自行聘用司徒府里的属官，这种制度直到隋朝才废除。不过，这件事有些蹊跷，曹丕一直负责留守邺城，怎么可能远赴几百里的许县去司徒府担任一名属吏？赵温这样做意图如何？推测起来，这可能是赵温的“自污”之举，故意惹怒曹操，让曹操将自己免职。大概赵温已经看出曹操欲改革三公制度，与其被曹操找个理由治罪后再把自己革职，不如以一个相对较轻的过失让曹操将自己免职。无论如何，赵温征辟的是曹操的儿子，曹操如果小题大做将其治重罪，总是交代不过去的。荀悦、袁宏所撰《两汉纪》甚至认为，曹操设丞相的提议正是由赵温所首倡。《两汉纪·汉献帝纪》记载：“十三年春正月癸未，司徒赵温请置丞相。”如此，赵温征辟曹丕之举就是与曹操之间的默契，曹操也顺势而为，免了赵温。赵温于本年病逝于家中，得以善终。现在，三公只剩下曹操一人，当曹操将三公改为丞相时，曹操也自然成为丞相的唯一人选。
建安十三年（208）六月，汉献帝刘协命太常卿徐璆拿着天子的符节去曹操那里，拜其为丞相。按时间推算，此时曹操已不在邺城，而在南下途中。曹操对这项任命做了礼节性推辞，甚至要把丞相让给徐璆。《献帝起居注》记载：“公为丞相，以位让璆焉。”徐璆再傻、再官迷心窍也断然不敢答应这种事情，予以坚决拒绝。于是，曹操正式就任丞相，同时任命郗虑为御史大夫。西汉的三公除丞相外，还有御史大夫和太尉，曹操此次恢复丞相制，没有恢复太尉，只恢复了丞相和御史大夫。有人认为御史大夫很重要，相当于副丞相，曹操把如此令人瞩目的职务给了资历稍浅的郗虑，确实让人大感意外。郗虑进入朝廷的时间较晚，他是汉末大学者郑玄的学生。郑玄在当时的文化界具有无可匹敌的地位，他的学生崔琰、国渊、王基等人在社会上都享有很高的知名度，他们加入曹操阵营后都受到了重用。
郗虑从小受教于郑玄，建安初年来到许县，在曹操的推荐下直接做了朝廷的侍中，后又以侍中身份兼任九卿之一的光禄勋。汉献帝似乎不太喜欢郗虑，曾当着郗虑的面问少府孔融：“鸿豫何所优长？”郗虑字鸿豫，这是问郗虑有什么优点。孔融平时很看不上郗虑，不顾当事人就在跟前，顺口说：“可与适道，未可与权。”意思是，可以打发他到路边站岗，但不能让他掌权。这是赤裸裸地羞辱对方，郗虑十分恼怒，当即用孔融当年主政北海国时政治疏失、人民流散之失加以回击。自此，二人结下了仇恨。
曹操担任司空，已是事实上的丞相，甚至是事实上的天子，他为何急于废三公呢？尤其是在一场重要的大战役即将打响的时候，曹操为何急于完成这件事情呢？一方面，对这件事，曹操大约筹划已久，曹操虽重实轻名，但也不能不考虑“名不正，言不顺”之议，细究起来，司空的主要职责是掌“四方水土功课”，主要体现在经济和工程建设方面，以此管理百官和地方，还要掌握军权，多有不顺之处；另一方面，曹操目前的司空府尽管已经很庞大了，在府内任职的多为当时最杰出的人才，但司空府编制有限，尤其在军事方面没有任何编制，曹操固然可以便宜从事，但总不如理顺了好。丞相之职设置于西汉初年，萧何、曹参、陈平、王陵等人担任过。按制度，丞相府内下设十三曹，相当于十三个局或处，编制为三百八十二人，分别是：
西曹，负责丞相府内的吏员任用；
东曹，负责天下二千石官员的升降，包括军中的武将在内，二千石相当于部长级，在地方上就是郡太守一级，在军队里相当于将军，这个处的权力极大；
户曹，负责祭祀、农桑；
奏曹，负责管理政府的一切章奏，相当于唐代的枢密院，明代的通政司；
词曹，负责民事法律诉讼；
法曹，负责交通以及邮驿等；
尉曹，负责运输，类似于清代的漕运总督；
贼曹，负责侦办盗贼；
决曹，负责刑事审判；
兵曹，负责兵役；
金曹，负责管理货币、盐铁；
仓曹，负责管理国家粮库；
黄曹，相当于丞相府总务处。
从这些内设部门可以看出，丞相府实际上就是一个小“内阁”，人事、行政、经济、交通、司法、外交、军事无所不管。正因为它的编制和权力太庞大，所以汉武帝重视尚书台，把权力从丞相手中逐步收到自己身边的一群秘书手里，以削弱丞相的权力。
曹操担任丞相后，立即着手推动丞相府的各项建设，选调各类人员。原司空府的人员全部转到丞相府来，还根据丞相府内设机构增加的需要选调了一些新人。对从司空府转入丞相府工作的人来说，工作性质可能变化并不太大，收入却可以因此增加不少。举例而言，司空府掾一级的官吏，品秩是三百石到四百石，月俸是三十斛到四十斛；副长官叫作掾属，品秩是二百石，月俸二十多斛。转到丞相府后，掾的品秩升为四百石到六百石，月俸提高到四十五斛到七十斛；掾属的品秩虽然仍为二百石，但月俸可以提高到三十斛以上。
丞相府各曹中，西曹、东曹两个部门管人事，负责典选从地方到军队的高级官员，地位最为重要。曹操把冀州别驾崔琰调来任西曹掾，司空府东曹掾毛玠继续任丞相府东曹掾，由他俩负责十分重要的人事工作。西曹与东曹都管人事，但分工有所不同，一个负责丞相府内的人事管理，一个负责全天下的人事管理，崔琰、毛玠干得都很出色。丞相府其他十一个曹，先后担任过掾和掾属的还有司马懿、高柔、刘晔、傅干、杨修、王观、杨俊、徐邈、辛毗、温恢、薛夏、王凌等人。除此之外，丞相府里还有两个职务在地位和作用方面高于一般的掾——一个是主簿，类似于办公室主任；另一个是长史，职责与主簿差不多，地位比主簿还要高些，类似于丞相府里的秘书长。曹操任丞相后，首任主簿是司马懿的大哥司马朗，司马懿后来也担任过这个职务。担任过丞相府长史的有杜袭、徐奕、辛毗、王必、杨修等人。与西汉初年丞相府不同的是，曹操的丞相府里还有一些特殊机构和人员，主要与军事有关，是曹操治下的各类军事参谋人员，包括：
军祭酒：相当于参谋长，董昭、王朗、王粲、杜袭、刘放、孙资等人先后担任过；
军师：相当于高级参谋，荀攸、钟繇、华歆、凉茂、毛玠、成公英等人先后担任过；
军谋掾：低于军祭酒，相当于参谋处长，徐邈、田豫、牵招、高堂隆、贾洪、薛夏、隗禧、韩宣、令狐劭等人先后担任过；
丞相军事：相当于参谋，何夔、贾诩、华歆、王朗、裴潜、刘放、孙资、邢颙、陈群、张范、张承、仲长统、陈群、卫臻等人先后担任过。
上面这些人组成了曹操的“总参谋部”，服务于曹操的军事行动。可以说，丞相府吸纳了当时最优秀的一批人才，他们在曹操身边工作，实际上承担着管理整个曹操控制区的任务。曹操喜欢把一些优秀人才先安排在自己身边工作，之后下派到地方上任州刺史、郡太守、县令或屯田官等，丞相府也是一个高级人才的培训基地。一时间，天下俊才都以能来到丞相府工作为荣。
二、“奉”与“挟”
曹操路过许县时，有没有进城拜见汉献帝刘协？史书没有这方面的记载，但推测起来是没有的。原因有两点：一是如果有的话，涉及皇帝和丞相，史书通常会记载一下；二是多年前曹操已经下过决心，今后不再朝见汉献帝。
汉献帝刘协比曹操小二十六岁，差了不止一代，他们因特殊的机缘走在一起，并彼此纠结。对曹操来说，汉献帝是让他在政治上得分最多也失分最多的人——说得分最多，是曹操迎请汉献帝后形成了“奉天子以令不臣”的格局，与其他群雄相比政治上更为主动，同时有大批人才冲着朝廷和汉献帝而投奔了他，曹操集团因此快速壮大；说失分最多，是有人认为曹操不是“奉天子”而是“挟天子”，把天子当成傀儡，说他篡权夺权、大逆不道，曹操因此受到诟病。
汉献帝对曹操也越来越不满，曾不止一次试图通过突然袭击的方式除掉他。建安五年（200），汉献帝令董贵人的父亲车骑将军董承设法诛杀曹操，董承先后联络了左将军刘备、长水校尉种辑、将军吴子兰和王子服等人，准备起事。结果事情败露，董承等人被诛杀，已有身孕的董贵人也被绞杀。建安十九年（214），汉献帝的伏皇后畏惧和厌恶曹操，写信给父亲伏完，尽数曹操残暴不仁之事，希望伏完效仿董承铲除权臣。《后汉书·伏皇后传》记载，伏完还未行动，事情便败露，曹操要挟汉献帝废黜伏皇后，派御史大夫郗虑、尚书令华歆带兵包围皇宫搜捕，在一处夹墙内把伏皇后拖出，伏皇后披头散发地向汉献帝哭救。汉献帝无奈地说：“我亦不知命在何时！”上面两次事件，前一件史书明确记载是由汉献帝亲自发起，《三国志·先主传》称刘备曾“辞受帝衣带中密诏，当诛曹公”；后一件虽没有明确汉献帝是否为发起人，但伏皇后作为一个女人敢直接向曹操下手，没有汉献帝的支持或默许是不可能的。
换个人，汉献帝至少得死两回，即使是皇帝也不例外。杀了他，曹操可以在刘氏宗亲里随便再找个人当傀儡，也没有什么大不了的，但曹操忍了。曹操自己不想当皇帝，汉献帝就是他最好的招牌，与其费事再找一个人来再做招牌，并承受天下人的攻击，不如继续把这面招牌打起来。因此，尽管汉献帝一再主动挑战，曹操也没动过废他或杀他的念头。
但汉献帝的想法不一样，他对曹操的仇恨十分强烈，这主要来自曹操对皇权的侵夺。在汉献帝看来，自己刚来许县时才十五岁，还不到天子亲政的年龄，曹操可以执掌大权。而他二十岁以后，曹操就应该按制度或惯例把权力交出来，曹操却丝毫没有这方面的表示。《后汉书·伏皇后传》记载，一次，汉献帝当面质问曹操：“君若能相辅，则厚；不尔，幸垂恩相舍。”你如果能辅佐我，就是你的高德厚恩；如果不能，就开开恩，把我舍弃吧！这让曹操大为震惊，深感恐惧，赶紧退出。显然，曹操没料到汉献帝会做出如此激烈的表示，这是要摊牌的意思。也许汉献帝只是一时意气，说完也就爽快了，曹操听了却不得不多想想。
这件事发生的时间比较早，至少应早于董承事件和伏完事件。因为一直到那时，汉献帝如果横下心来非除掉曹操不可的话，他其实是有机会的，不用暗地里四处联络。再说，这样做也很危险，还会产生很多麻烦。曹操虽然不能把权力真正还给汉献帝，但一开始还是把汉献帝当回事儿的，所以经常进宫汇报事情。汉献帝也曾有过自己的武装，最重要的就是董承所部。董承是凉州军阀出身，跟贾诩一样，都曾是董卓女婿牛辅的手下，后护卫汉献帝东归，因功被拜为卫将军。建安四年（199），汉献帝趁曹操在外征战之机突然拜董承为车骑将军，把曹操原来代理的车骑将军职务免了。董承虽然抓不住太大的兵权，但他有胆识，汉献帝身边的人多是他的部下。曹操显然忽略了这一点，并差一点儿酿成大祸。
汉朝制度中有“五大不在边”的说法，大将军、三公等权力太大，归为“五大”之列，他们一般不能再带兵出征，如果非要出征不可，行前天子要亲自诏见，届时“令虎贲执刃挟之”，以试其心。汉献帝完全可以先稳住曹操，让他失去戒心，再利用这样的诏见机会，正大光明地把戟刃架在曹操的脖子上，之后武士手中的戟“咔嚓”往下一划，曹操就会身首异处。这不是空想，而是完全有可能。汉献帝若想除掉曹操，这就是机会。不过，这样的机会很宝贵，有且只有一次，一旦被曹操察觉就无法得手了。
建安二年（197）年年初，曹操兵发南阳征张绣，大军从许县出发，人马准备好之后，曹操到宫里向汉献帝辞行。曹操进了宫，按照礼制，作为司空兼代理车骑将军，曹操朝见天子应遵循以下礼仪：快见到天子时，要脱掉鞋子，解除佩带的武器，一路小跑着去见天子，天子身边会站着一个司仪官，在一旁高喊：“费亭侯、司空、行车骑将军曹操，参见皇上！”曹操听到后，要跪下来高声说：“吾皇万岁，万万岁！”这一次，曹操刚把鞋子脱掉，突然过来两个持戟的武士，手里操持的铁戟不是道具，而是真家伙。二话不说，“咔嚓”一下，武士就把戟架在了曹操的脖子上。曹操没有防备，当时就愣住了。两位武士就这样叉着曹操往前走，曹操没有选择，只好跟着，来到汉献帝面前，跪下来跟汉献帝说话。说了些什么曹操一定记不得了，那一刻他的大脑里估计全是空白。从汉献帝跟前出来后，曹操脊背上的汗都湿透了。
这其实就是与“五大不在边”有关的那套制度，是一套规范的宫廷礼仪，并不是汉献帝的发明，意图是试试你心里是否有鬼，能经受住考验的是忠臣，有异心的就得掂量掂量。曹操大概不知道这套礼仪，或者没想到汉献帝会跟他来真的，因此这一惊实在非同小可。如果汉献帝向曹操下手，这就是一个绝佳机会。想一想，汉灵帝时的权臣何进是怎么死的？再往前想一想，外戚窦武、梁冀又是怎么死的？别看你权倾天下，一个小小的细节被疏忽就能让你灰飞烟灭。晋人郭颁在《魏晋世语》中记载：
旧制，三公领兵入见，皆交戟叉颈而前。初，公将讨张绣，入觐天子，时始复此制。公自此不复朝见。
有人认为这是曹操多疑，或是找个借口而小题大做，故意不再上朝。其实，站在曹操的角度看，这难道是小事吗？如果汉献帝真有杀他的想法，这一次不是最好的机会吗？一代枭雄曹操在那一刻被吓出了一身冷汗。《后汉书·伏皇后传》也记载了这件事，称“操出，顾左右，汗流浃背”。这是实战，不是游戏，也许曹操可以把汉献帝周围的武士全部换成自己人，但即便如此也未必能做到绝对安全，万一有几个人被暗中收买，或者有几个愤慨于“权臣欺压弱主”的人，后果都将不堪设想。
总之，自建安二年（197）后，曹操再也没有见过汉献帝。对他们二人而言，这件事加速了感情的冷漠和隔阂，由于不能直接见面、直接沟通，误会和猜忌自然增加。三年后，曹操与袁绍在官渡完成决战，形势稳定了下来，汉献帝的心却难以平静。汉献帝虽然很年轻，可从小所见的都是“大场面”，他只有几岁时便得到过董卓的赏识，面对山河破碎、皇纲难于一统的局面，他自然渴望重新掌握本属于刘家的权力。
汉献帝先是被董卓挟持到长安，之后又从长安逃出来，一路上疲于奔命，大臣被杀、随从失散，最后被一群“白波贼”裹挟到一个叫大阳的小地方，十分狼狈。走投无路之际，汉献帝急需有人来救驾，他给很多人写了诏书，比如刘表、刘璋，甚至吕布，均无果——吕布想来但来不了，刘表等人则装聋作哑。当时袁绍离他最近，但袁绍一向对汉献帝心存顾虑，派人去看了看，回来讨论一番，认为出手相救弊大于利，就没了下文。袁绍手下的淳于琼、郭图都认为：“所谓秦失其鹿，先得者王。若迎天子以自近，动辄表闻，从之则权轻，违之则拒命，非计之善者也。”现在，天子已没什么权威了，把他弄来，如果按规矩办事，平时就得早请示晚汇报，这么做还怎么干事？不这么做，那挨骂是肯定的了。因此，汉献帝在他们眼里不是可居的“奇货”，纯粹是个麻烦和包袱。
最后，只有曹操来了，还是不请自来，汉献帝这才有了着落。按照当时的情况，如果曹操不及时赶来，最有可能的结果是汉献帝和他的小朝廷只能四处流浪，吃饭就是个大问题，遇到好心的实力派就接济一下，遇到不把朝廷当回事儿的或者有野心的，难免有生死之忧。没有曹操，汉献帝和他的朝廷只能自生自灭。汉献帝一死，有称王称帝野心的人就会纷纷跳出来，中国将提前陷入大分裂的局面。曹操在《让县自明本志令》中说“设使国家无有孤，不知当几人称帝，几人称王”，这绝不是自夸，是当时真实的写照。
关于汉献帝与曹操的关系，有一句话叫作“挟天子以令诸侯”。其实，这不是曹操提出来的。迎接汉献帝的建议，最早出自毛玠。《三国志·毛玠传》记载了他的原话：“夫兵义者胜，守位以财，宜奉天子以令不臣，修耕植，畜军资，如此则霸王之业可成也。”这里说的是“奉天子以令不臣”。“挟天子以令诸侯”是袁绍手下的沮授提出来的。《三国志·袁绍传》记载：“沮授说绍曰：‘……且今州城粗定，兵强士附，西迎大驾，即宫邺都，挟天子而令诸侯，畜士马以讨不庭，谁能御之？’”“挟天子”与“奉天子”，或许在某些方面是一样的，但立场、态度和境界完全不同。
在对待汉献帝这一问题上，曹操一直是克制与理性的。曹操的悲剧在于，他救了汉献帝，汉献帝却要他交出权力。周王事殷，殷商恐怕也提不出这样的要求吧？况且，即使曹操想让，他的手下也不会答应；即使曹操的手下都愿意，那让出权力的曹操及其家族，安全谁来保障？韩馥让冀州给袁绍，结果难得善终，就是例子。所以，无论是谁在曹操的位置上，都不可能在权力这个问题上做到让汉献帝及其支持者满意，袁绍做不到，刘表做不到，即使换上在人们印象中最同情和支持汉室的“皇叔”刘备，也做不到。《论语》称颂周武王的功德：“三分天下有其二，以服事殷，周之德可谓至德也已矣。”意思是，周武王已经掌控了天下的三分之二，但仍然在殷商面前称臣，忠心侍奉，这是最大的德行。曹操生前也基本占有了三分之二的天下，他也尊奉汉室，得到的却不同于周武王式的称颂而是骂名，这很奇怪。
对汉献帝真正有感情的是那些长期受儒学、礼教教育和影响的人，或者本人和家族几代为汉臣，世受汉室之恩，他们之中还要剔除袁术那样的机会主义者和袁绍那样对汉献帝始终持有偏见的人，从当时各阵营的情况看，曹操手下这样的人最多。曹操手下有不少服膺儒教的人，虽然不能帮汉献帝夺回权力，至少也能像孔融、荀悦那样陪汉献帝聊聊文学和经学。
三、名士之死
曹操没有在南下征途中进许县朝见汉献帝，但朝廷的事务随时都在他的掌控之中。将汉献帝迁到许县后，曹操即任命荀彧为尚书令，此职品秩不高，但负责处理朝廷日常事务，相当于朝廷的秘书长，荀彧自此离开曹操，负责留守许县。此次路过许县，曹操自然要召见荀彧，如同之前每逢大事都要问计于荀彧一样，曹操就南征荆州之事也向荀彧征求意见。《三国志·荀彧传》记载：
太祖将伐刘表，问彧策安出，彧曰：“今华夏已平，南土知困矣。可显出宛、叶而间行轻进，以掩其不意。”太祖遂行。会表病死，太祖直趋宛、叶如彧计。
由此可知，荀彧赞同此时发动南征，并提出了自己的进兵策略：大张旗鼓地从宛县、叶县出兵，但这只是制造声势，以吸引荆州方面的注意力，而将精兵由小路轻装急进，突然出现在敌人面前，以出其不意。曹操采纳了荀彧的计策，之后迅速出击，达到了预期效果。
在许县，曹操近年来还培养了一名比荀彧更可靠的助手，他就是郗虑。担任丞相后，曹操任命郗虑为御史大夫，地位高于荀彧。此举可以看作是曹操在许县配备的“双保险”，也可以看出曹操对荀彧并不放心。从以后事情的发展看，后一种可能性更大。有了郗虑，曹操对汉献帝的一举一动掌握得更加精细准确。
曹操得知，近年来跟汉献帝最能谈得来的有两个人：一个是荀悦，他是荀彧的堂兄，担任侍中，是个书呆子，跟天子所谈的话题主要集中在经学和本朝历史上，曾经受汉献帝之命续写本朝史书《汉纪》；另一个是孔融，担任少府，这个人让曹操越来越感到厌恶，他跟汉献帝很谈得来，但他们谈的不都是学术话题。路过许县，曹操自然要把郗虑秘密招来问问情况，郗虑受到过孔融的嘲讽，正想报复一番，于是说了孔融不少坏话。曹操让郗虑把孔融的罪状整理出来。郗虑不愧是郑玄的高足，很快就把材料整理好了，记载在《后汉书·孔融传》中：
少府孔融，昔在北海，见王室不静，而招合徒众，欲规不轨，云“我大圣之后，而见灭于宋，有天下者，何必卯金刀”。及与孙权使语，谤讪朝廷。又融为九列，不遵朝仪，秃巾微行，唐突宫掖。又前与白衣祢衡跌荡放言，云“父之于子，当有何亲？论其本意，实为情欲发耳。子之于母，亦复奚为？譬如寄物灿缻中，出则离矣”。既而与衡更相赞扬。衡谓融曰：“仲尼不死。”融答曰：“颜回复生。”大逆不道，宜极重诛。
在这里，郗虑列出了孔融的四条罪状。第一条说孔融过去在北海国看到汉献帝遭难，就招募徒众，意欲不轨，他曾经说自己是圣人之后，即使君临天下也没有什么不可以的。他曾说“何必卯金刀。”“卯金刀”合在一起是“劉”字。这段话的意思是，孔融那时就有造反的意思。第二条是说后来孔融与孙权的使者暗中来往，对朝廷进行诽谤。第三条是说孔融身为朝廷九卿，却不遵照朝廷礼仪，经常戴个秃巾，穿着很随便的衣服在宫廷里走来走去。第四条是说孔融跟狂士祢衡在一块儿胡说八道，说什么父之于子，有什么亲情可言？只不过是情欲的产物而已。子之于母也是一样，就像一件东西放在筐子里，拿出来以后就没有关系了。孔融还跟祢衡互相吹捧，祢衡说孔融是“仲尼不死”，孔融吹祢衡为“颜回复生”，而祢衡是曹操反感的人，已于十年前被曹操借刘表父子之手杀了。
上面四条罪状其实都很勉强。第一条估计没有多少人会相信，孔融没有那么大的抱负，他连北海国相都当不好，哪敢谋反？这一条也已无从查证，推断起来恐怕是子虚乌有。第二条是个说不清楚的问题，从官渡之战后到赤壁之战前，孙权一直表面上臣服于朝廷，经常派使者到许县来，孔融倒是有很多机会跟孙权的使者接触，但有没有通敌，不能靠推测，得靠证据说话。第三条说的情况或许有，孔融有大名士的做派，别人穿朝服、正装，他穿得随便些，这是有可能的，但这属于小问题，批评教育即可，用不着大做文章。第四条可大可小，孔融跟祢衡的关系尽人皆知，曹操不喜欢祢衡，但曹操并没有公开治祢衡的罪，孔融跟他交往在法律上是没有问题的。至于二人喜欢互相标榜，似乎也不关别人的事。
然而，汉魏时代重伦理、重小节，有些小事情也可以上升到律法层面。比如最后一条，既可以批评教育、下不为例，也可以因此治罪，判个三年、五年，甚至八年、十年。不幸的是，如果最后一条无限上纲上线，也可判处死刑。朝廷的律法就是这样，遇到模糊的东西就有模糊的处理办法，司法的量裁区间非常大。也就是说，孔融如果犯了上面所列的部分错误，处理起来既可以轻轻拿起又轻轻放下，让他以后注意；也可以直接杀了他，让他连改正的机会都没有。在郗虑看来，孔融的上述种种罪状实在罪大恶极，建议判处重刑，“宜极重诛”，立即诛杀。这个建议正合曹操的心意，予以同意。
不过，孔融毕竟是朝廷重臣，更是孔子的后人，在当时极具声名，如果不审就杀，难免引起舆论反弹。在曹操的默许下，郗虑先将奏章上达汉献帝，之后开始就孔融所犯罪行进行审理。无论是汉献帝，还是主持朝廷日常事务的荀彧，从情感上都不愿意看到悲剧发生，但他们无法扭转曹操的决定，而有郗虑这个御史大夫在朝中，审理也会快速进行。两个月后，即建安十三年（208）八月，曹操那时已到达荆州，孔子的第二十世孙、朝廷九卿之一的孔融因郗虑的告发而下狱被杀，死时五十六岁。一同被杀的还有孔融的妻子和儿女。
孔融有两个孩子，儿子九岁，女儿七岁。《后汉书·孔融传》记载，孔融被杀的消息传来，他们正在下棋，听说父亲被害的消息，这两个孩子表现出成人都少有的镇静，他们继续下棋，好像没有发生过什么一样。别人急了，说你们的父亲被杀了，还不赶快跑？这两个孩子说了一句很有名的话：“安有巢毁而卵不破乎？”这句话就是“覆巢之下，安有完卵”这一典故的由来。二人是在别人家下的棋，那家人有肉汤，哥哥想喝，妹妹说：“今日之祸，岂得久活，何赖知肉味乎？”意思是有今日之祸，还能再活多久，知道肉的味道还有意义吗？临死前，妹妹对哥哥说：“若死者有知，得见父母，岂非至愿？”如果死后有知，我们就能马上见到父母了，这岂不是我们所愿？兄妹二人从容就刑。《后汉书·孔融传》认为，曹操本不想把事情做绝，想免这两个孩子一死。不过，曹操后来听人报告说这两个孩子在家中突遭大难的情况下如何镇定自如，又说出了“安有巢毁而卵不破乎”这样的话，曹操觉得太可怕了，最终还是把他们杀了。
孔融被判的不仅是死刑，而且是在市场上人多的地方公开处斩，之后“弃市”，也就是将尸体展览，不许收尸，不许悼念。《三国志·王修传》记载，这时有个人跑过来，抱着孔融的尸体大哭，一边哭，一边说：“文举，卿舍我死，我当复与谁语者？”文举是孔融的表字，这个人说，你舍我而去，我活着还有什么意思？他便是孔融的好朋友脂习，此时任太医令。脂习与孔融素来关系很好，看孔融越来越跟曹操对着干，曾劝他收敛些，但孔融不听，终于被杀。曹操听到消息，大怒，命人把脂习关了起来，但过了两天怒气就消了。曹操觉得脂习很讲义气，说明他很正直，曹操一向欣赏这样的人，于是原谅了他。不过，罢了他的官，让他迁到许县东土桥一带居住，算是惩罚。脂习后来还见过曹操，曹操称他为慷慨之士，并询问他的生活情况。当得知脂习生活困难时，曹操吩咐手下人给他安排新的住所，还进行了赏赐。
在汉末三国历史上，孔融是一个名气很大的人物，他是鲁国人，孔子的后人，父亲名叫孔宙，当过泰山郡都尉。孔融小时候就有与众不同的天赋。“孔融让梨”的故事家喻户晓。这个故事最早见于《世说新语》所引《融别传》中：“融四岁，与兄食梨，辄引小者。人问其故。答曰‘小儿，法当取小者’。”头顶“孔子后人”的光环，加上让梨的美谈，让孔融成了那个时代的少年楷模。不过，让孔融更为扬名的还是他与著名党人李膺的一段交往，那时他只有十岁。《后汉书·孔融传》记载，孔融随父亲来到京师，想拜会李膺，可李膺素来简重自居，不随便见客。孔融到了门口对里面的人说：“我，李君通家子孙也。”李膺于是见了这位有“通家之好”的孩子，问他：“高明父祖，尝与仆周旋乎？”孔融说：“然。先君孔子与君先人李老君，同德比义而相师友，则融与君累世通家也。”孔融说，你的先祖是老子李耳，我的先祖是孔子，他们二人亦师亦友，咱们不是“通家之好”吗？这个机智的回答让在场的人无比称赞。
孔融后来被司徒府和司空府征辟，又改任虎贲中郎将。董卓秉政，欲行废立之事，孔融反对，董卓因为孔融名气太大没有杀他，改任他为议郎。北海国黄巾军闹得很厉害，董卓想为难一下孔融，就授意三公府一起推举他为北海国相。《后汉书·孔融传》记载，孔融到了北海国，“收合士民，起兵讲武”，开始干得还不错，他还“置城邑，立学校，表显儒术”，大力发展文化事业。但是，黄巾军势头很猛，孔融说到底只是个文士，他没有能力镇压黄巾军，被迫退到都昌，被黄巾军管亥部所围，情急之下派手下太史慈到邻近的平原国向平原相刘备求救，才得以脱险。《后汉书·孔融传》说孔融“负有高气”而“才疏意广”。这是个委婉的说法，说直白些就是他眼高手低、能力有限。他最后被袁绍的儿子袁谭攻击，战斗自春至夏，每天“流矢雨集，戈矛内接”。就在这危急时刻，孔融仍然“隐几读书，谈笑自若”。但这阻挡不了袁军的进攻，城破之后，孔融丢下妻子儿女逃走。
孔融走投无路之际，曹操把献帝接到许县，因为孔融素有名气，就征他为将作大匠，后来升任少府，成为九卿之一。一开始，孔融与曹操还能合作，孔融也积极参与了许多朝政。但很快，孔融发现曹操无比专权，天子不过一个名分而已，孔融很反感，开始跟曹操唱对台戏。《后汉书·孔融传》记载，曹操曾颁布过禁酒令，目的是节约有限的粮食，保证战争所需。孔融给曹操写信非要争论一番，从尧舜到先贤，到他的祖上孔子，再到刘邦、樊哙、袁盎，引了一大堆古人，其中不乏有名的酒徒，说明饮酒的必要性和重要性，纯粹是搅局。孔融是大名士，曹操还不能不回答，曹操耐着性子给孔先生回了封信，阐明禁酒的现实意义。哪知孔融不让理，一连给曹操回了好几封信，语气越来越不友好，“频书争之，多侮慢之辞”。
曹操与袁绍相争于官渡，孔融不出来帮忙也就算了，还说风凉话，大谈和平主义，劝曹操不要兴兵。曹操想恢复古代的九州制，孔融马上对着干，提出要恢复古制就一块儿恢复。比如古制中的王畿之制，以天子为中心，千里之内应由天子直接管理，不能封给别人，导致九州制泡汤，曹操的不满可想而知。最让曹操不能容忍的是，孔融搞人身攻击。《后汉书·孔融传》记载，建安九年（204），曹操攻下邺城，十八岁的曹丕看上了二十三岁的甄宓，把她娶回家。孔融听说后给曹操写来一封信，却不是贺喜的。孔融在信里阴阳怪气地说了一句莫名其妙的话：
武王伐纣，以妲己赐周公。
这句话的意思是，周武王伐纣后，把纣王的爱姬妲己赐给了周公。并没有哪部史书记载过这件事，连饱读诗书的曹操也一头雾水。后来见到孔融，曹操当面请教其出处。孔融回答说：“以今度之，想当然耳。”根据现在的情况，顺嘴编的。曹操听了十分生气。周公是武王的弟弟，妲己是殷纣王的爱妾，武王并没有把妲己赐给周公，故而曹操翻遍史书也找不出来这是什么典故。孔融现编典故，并把曹操比作武王，将曹丕比作周公，将甄宓比作妲己。武王跟周公是兄弟，曹操跟曹丕却是父子，这里面似乎隐含着曲曲折折的暧昧之意，似乎暗示着甄宓原是曹操所爱，后来给了儿子，在这件事上曹操和曹丕父子不像父子、兄弟不是兄弟。而妲己更不是什么好女人，早已恶名远扬，用她来比甄宓，这种话也只有孔融敢说。
一向温良恭俭让的孔融为何变得如此具有攻击性呢？这或许不是孔融脾气变差了，而是他的无奈。孔融是孔子的后人，维护正统是他的本能，也是他自认的担当。但面对“皇纲失统”的现实，他也无可奈何。孔融不会主动攀附曹操，但也不甘于苟且，他活得很累。随着曹操权势的一步步巩固和上升，孔融的痛苦和无奈也在不断加剧，他对曹操种种的不敬行为只能解释为一种故意，他是在激怒曹操，希望曹操把自己杀了，从而结束自己心里的痛苦，也彻底成全他孔子后人的名声。
对付孔融这种不怕死的人，如果一言不合就挥刀，那么除了真的成就了对方外，将无一益处，曹操没有那么笨，他的办法是忍和退。一开始，众人在心里可能会替孔融暗暗叫声好，但慢慢大家也就习惯了。等大家有了“审美疲劳”，曹操就找人随便编了几条孔融的罪状，也都不是什么大问题，就把他杀了。结果并没有引起太多的舆论反弹，当年因杀边让而引发的叛乱事情也没有发生。只能说，孔融的悲剧不是个人的悲剧，也不是性格的原因，而是时代的悲剧，应归之于个人在大时代中的历史宿命。
四、一个伐木工的选择
路过许县时，曹操还看到了一个人。这是一个曹操特别想见到的人，看到他后，曹操感到很满意，心中的一块石头也落了地。这个人就是马腾。
马腾的祖籍在关中，汉桓帝时举家去了凉州。马腾的父亲曾在天水郡兰干县任县尉，后被免官，就滞留在了陇右。他家贫无妻，娶了一名羌族的女人，生下马腾。由于身上有一半羌人血统，因此马腾长得与普通汉人明显不同。《典略》记载了马腾的长相：“长八尺余，身体洪大，面鼻雄异。”汉代的八尺接近现在的一点九米。在人们的印象中，马腾是董卓一类的人物，粗俗、野蛮。但这都错了，马腾其实很厚道，明事理，颇受大家尊敬。《典略》记载，马腾年轻时家境不好，没有固定职业，“常从彰山中斫材木，负贩诣城市，以自供给”，也就是说，他经常到附近的彰山中做伐木工，靠这个谋生。
汉末凉州多战事，凉州刺史耿鄙招兵，马腾觉得当兵比当伐木工轻松，而且有出人头地的可能，就跑去当了兵。马腾作战勇敢，职务不断提升，当上了耿鄙的军司马，又升为偏将军，成为朝廷的高级将领。后来，耿鄙被手下杀死，马腾联合韩遂，与一个名叫王国的人合兵，共同推举王国为主帅，公开与朝廷对抗。再后来，王国被朝廷军队击败，马腾、韩遂等废掉王国，劫持凉州名士阎忠为主帅。但不久，阎忠生病去世，马腾、韩遂等开始相互争权，势力有所衰弱，这才让西北地区的另一位割据军阀董卓趁势崛起。
汉灵帝中平六年（189），董卓率兵前往洛阳，为壮大声势，曾拉拢马腾、韩遂一起带兵前往，但马腾、韩遂持观望态度。汉献帝初平三年（192），董卓被刺杀，马腾、韩遂立即率兵到长安，试图控制朝廷。掌握着朝廷的董卓旧部李傕、郭汜等为安抚他们，以汉献帝的名义拜韩遂为镇西将军，让他率兵回金城；拜马腾为征西将军，让他屯兵在关中的郿县。汉献帝兴平元年（194），马腾和韩遂曾发动过一次向长安的进攻，但失败了，二人逃回凉州。不久，李傕、郭汜等人又以汉献帝的名义赦免了韩遂和马腾，改任马腾为安狄将军，改任韩遂为安羌将军。为相互借力，韩遂和马腾结为异姓兄弟，表面上关系十分亲近，但私下里有不少矛盾，双方的部下经常闹出摩擦。
官渡之战前，关中地区形势较为混乱，这里被一些大大小小的军阀占据，无论是袁绍，还是曹操，都无法控制这一地区。曹操派尚书仆射钟繇以司隶校尉的身份前往长安，试图加强对关中地区的控制。袁绍则任命外甥高幹为并州刺史，在河东郡太守郭援及南匈奴人的支持下，也努力向关中地区渗透。郭援与关中地区的各路割据势力频繁往来，使袁绍与曹操在关中地区的争夺十分激烈。
钟繇坐镇关中后积极争取各派势力的支持，取得不少成绩。但马腾和韩遂十分强大，得不到他们的真心支持，关中的事情仍然不好办。钟繇分别给马腾和韩遂写了信，陈述利害，要求他们站在朝廷一边。马腾接受劝说，派遣时年二十岁的儿子马超率精兵一万人马支援钟繇，韩遂也派兵参战，统一由马超指挥。马超从小生活在军中，年轻时就有“健勇”之称，经常参加战斗，十分嚣悍勇猛。马超曾与一个叫阎行的将领交战，阎行袭击马超，但他的矛反被马超折断。得到马腾和韩遂这两支凉州劲旅的支持，钟繇实力大增。钟繇让人先不声张，以诱使郭援率军轻进。郭援不知道对手的力量已经发生重大变化，仍然不把钟繇放在眼里，快速向平阳推进。平阳的外围是汾水，郭援抵达后下令渡河。刚渡到一半，钟繇和马超的联军立即发起攻击。袁军大败，作战中，马超的脚中箭受伤，但他没有退缩，用布裹住受伤的脚继续率军作战。马超手下的部将庞德亲自斩杀了郭援，钟繇乘胜追击，大破南匈奴人。因为这一战立下的功劳，马腾被曹操以汉献帝的名义拜为前将军，封为槐里侯。曹操想让马超去当徐州刺史，任命已经下达，但马超不想离开队伍，曹操以汉献帝的名义改任马超为谏议大夫。
马腾父子驻守在槐里一带，他们在这里扩充实力，根基越来越深，这让曹操心里不踏实。此次南下荆州，为保证关中不出乱子，曹操以朝廷的名义征召马腾到许县任职，让他把军权交给马超。曹操此举是想试探马腾的态度，如果马腾没有异心，就会来朝廷任职；如果他有其他想法，也得表明立场。诏书下达，马腾十分犹豫，但还是答应了。其中的原因有两种说法：一种说法是马腾又跟韩遂闹起了矛盾，他想回避一下；另一种说法是马腾觉得自己年龄大了，想找个地方养老。但这些原因估计都不是最重要的，曹操让他的儿子马超继续统率本部人马才是关键。
此时负责关中地区事务的仍是司隶校尉钟繇，他担心马腾变卦，就让人通知周围各县储备粮食物资，以备不测，同时发动在关中地区的高级官员都去送行。马腾没有办法，只得入朝。马腾到许县后被朝廷任命为卫尉，虽然是九卿一级的高官，但有名无实。马腾有三个儿子，马超是长子，下面还有两个弟弟，分别是马休和马铁，人们熟知的马岱并不是马腾的儿子，而是侄子。朝廷征召马腾的同时征马休为奉车都尉，征马铁为骑都尉，但也都有名无实。不仅如此，马腾、马休和马铁在许县任职，而他们的家眷却被送到了邺城，一家老小成了曹操手中的人质。如此一来，曹操解除了南征最大的后顾之忧，不怕马超在关中闹事了。
五、益州来使
不仅关中的事让曹操放下了心，益州方面也让曹操感到安心。在曹操南下途中，益州牧刘璋专程派人来“致敬”。益州是东汉十三个州之一，范围很大，既包括今四川、重庆大部，也包括陕南、云南、贵州的大部分地区，刘璋的益州牧是从他父亲刘焉手中继承来的。
刘焉是汉室宗亲，先祖是汉景帝刘启的第五个儿子鲁恭王刘余。东汉末年，刘汉王朝气数已尽，但宗室中也有一些精英分子，比如刘表、刘岱、刘馥、刘晔等人，刘焉也算一个。他出身高贵，好学上进，在刘氏宗亲中属于头脑还算清醒的人。刘焉年轻时被拜为郎中，步入仕途，后担任洛阳县令、冀州刺史、南阳郡太守等职，以后又回到朝廷，先后任宗正和太常。太常作为九卿之一，管理祭祀社稷、宗庙、朝会、丧葬等礼仪活动，在朝廷举办的大祭中充当主祭人皇帝的助手，平时的事情并不多。太常还负责博士及博士弟子的考核荐举，博士是太学的老师。除了一年偶尔参加几次祭祀活动外，刘焉平时喜欢跟太学里的博士们在一起。如果是天平盛世，没有大事发生，一切按部就班，刘焉很可能终身只是一名学者型官员。
但此时天下已乱，一切不可能再按部就班了。刘焉在太学期间与一个名叫董扶的人关系密切，受到他的很多影响。董扶是益州刺史部广汉郡绵竹县人，是一位奇才，对星象学很有研究。星象学与天文学都是研究天空的，二者的区别在目的上。天文学是研究距离、光度、重量、速度、运动等方面的科学；星象学是以精神分析和心理学为基础，借用了天文学、心理学、行为科学的某些方法，却从不谈论任何严肃科学的话题。不过，在古代，星象学比天文学更吃香，后者甚至沦落到需披着前者的外衣才能活动的地步。这是因为星象学以宣称能预知未来而吸引了很多人，包括帝王。占星的方法很复杂，也很神秘，只有极少数人才能够掌握。董扶不仅掌握这门学问，而且在当时有不小的知名度，有人把他推荐给了大将军何进。在何进的关照下，董扶当上了与九卿同级的侍中。
刘焉经常与董扶聊些时事方面的问题，董扶觉得刘焉是一个有雄才大略的人，又出自皇族，前途不可限量，于是有意靠拢。董扶劝刘焉找机会独立发展，当时各地农民起义事件不断，此起彼伏，在平乱过程中，原有行政机制的弊端不断显现。农民起义多是流动作战，而郡太守、县令等地方官员手中的权力有限，没有人去协调和组织，故而造成起义军经常在各州郡间纵横驰骋无法阻挡的局面。郡以上虽设有刺史，但刺史品秩较低，其职权仅限于监察、纠举范围，严格说来既无兵权也无行政权。在与黄巾军对抗的过程中，地方官吏往往像一盘散沙，缺乏组织和统一指挥。直属于朝廷的南军和北军在一定程度上弥补了这个不足，但朝廷的军队不可能常驻地方，一旦撤走，地方又重新陷入混乱状态，州刺史、郡太守、县令被起义军杀死的事比比皆是。
董扶看到这个问题，给刘焉出了一个主意：上疏天子，建议改刺史为州牧，增强州一级行政机构的控制能力。刺史是监察官，理论上说，除监察权外不能干预地方政务。改为州牧后，成为郡太守的直接上司，负责管理本州的行政事务，成为名副其实的地方大员。刘焉用董扶的建议上疏天子，汉灵帝刘宏认为很有必要，经过讨论决定马上付诸实施。鉴于州牧一职举足轻重，必须选重臣担当，第一步先挑了几个州作为试点，待成功后再扩大推广范围。经过一番酝酿，朝廷决定首批试点的是豫州、益州、幽州等三个州，拟任人选包括太常刘焉、宗正刘虞、太仆黄琬，他们都是现任九卿。诏书下达，任命刘焉为益州牧、刘虞为幽州牧、黄琬为豫州牧，三人品秩不变，即刻到任。
刘焉之所以提出刺史改州牧的建议，确实有到下面独立发展的想法，结果出来后却让他有些失望，因为他想去的地方不是益州而是交州。基于地理原因，益州四面都与外界阻隔，朝廷的势力在那里比较薄弱。益州一向民风强悍，个个敢作敢为，还有一些地方豪强，仗着有势力，向来不服从朝廷，自己单枪匹马去那里，弄不好就是去送死。就在刘焉想打退堂鼓的时候，董扶给他打气。董扶神秘地告诉刘焉，据他观察天象，益州那边有“天子气”。刘焉一听高兴不已，决定赴益州上任。其实，董扶自己有私心，他希望刘焉去益州，因为他是益州人，人熟地熟，眼见京城洛阳越来越乱，他也想回到家乡发展。于是，刘焉赴益州上任，除了董扶，跟刘焉一起前往益州的还有赵韪、吴壹等人，时间是汉灵帝中平五年（188）。
刘焉一行从洛阳南下到达荆州，打算从荆州溯长江而上，前往益州。但到了荆州与益州交界的地方才知道，益州境内的农民起义闹得正厉害，他们这几位文官贸然前去必定是送死。原来的益州刺史名叫郤俭，此人贪婪残暴，激起了马相、赵祗等领导的农民起义，他们打着黄巾军的旗号，杀死了郤俭。后来，马相干脆自己称帝，队伍发展到十几万人。刘焉等徘徊不前，不知道该进还是该退。正在心灰意冷之际，又从益州传来消息，马相等被镇压了下去，益州基本平定了，立下这件大功的是州从事贾龙。贾龙平定益州后，听说朝廷派来的益州牧刘焉被困在州界，马上派人前来迎接，就这样刘焉顺利地来到了益州。益州刺史部的州治原来在广汉郡雒县，刘焉把州治迁往绵竹，也就是董扶的老家。
刘焉在治理地方方面有一些本事，也善于平衡各派之间的关系。当时益州大体可分为两派：一派是贾龙这样的本土人士，在镇压马相起义中立下大功；另一派是董扶、赵韪这样的外来户，根基尚浅，但都占据高位。刘焉本人也是外来户，为制衡本土势力，他大力扶植后来派力量。当时有大量涌入益州避难的人，刘焉在他们中选拔出一支队伍，称为“东州兵”，作为自己的嫡系武装。实力增强后，刘焉决定对本土派进行打压。汉献帝初平二年（191），刘焉找借口杀了本土派重要成员王咸、李权等十余人，逼得贾龙、任岐等本土派起兵反抗。但刘焉早有准备，不仅调动了“东州兵”，还引进了羌族雇佣军，很快便将贾龙、任岐杀了，本土势力受到致命打击后，刘焉在益州的地位得以巩固。刘焉又与汉中的割据势力张鲁联合，稳定了益州的北部疆界。
实力增强后，刘焉的野心也膨胀起来，他真想当一回皇帝，每当想起当年董扶说的那些话，刘焉都很兴奋。但是，刘焉不敢公开造反，因为儿子的问题让他感到头疼。刘焉有四个儿子，分别是刘范、刘诞、刘瑁和刘璋，来益州上任时身边只带着三儿子刘瑁，其他三个儿子都留在了洛阳，这是朝廷有意安排的，算是人质。朝廷当然不可能把刘焉的这几个儿子关起来或软禁在家，而是分别任命了官职，老大刘范任左中郎将，老二刘诞任治书御史，老四刘璋任奉车都尉。刘焉总想找个借口把他们弄回来。
一天，朝廷接到了密报，说刘焉在益州图谋不轨，证据是他在那里制作了只有天子才能乘坐的舆车，且多达千余辆，属大逆不道之罪。《三国志·刘二牧传》记载，密报是荆州牧刘表所上，他说刘焉在益州“有似子夏在西河疑圣人之论”，意思是说，刘焉如今就像当年子夏在西河教书时被人当作圣人孔子一样。子夏是孔子的弟子，在西河教书时由于处处效仿老师，因此被人误以为是孔子本人。这其实是一种暗示，表明刘焉想造反。朝廷此时已迁至长安，接到刘表的密报，朝廷派刘焉的四儿子刘璋回益州进行规劝。朝廷之所以选择让刘璋回去，一来因为他年龄最小；二来刘璋性格软弱、温和宽厚，不具有攻击性，即使未来要造反，对朝廷的危害也很小。
然而，刘璋回到益州后被刘焉扣住，不让他再回长安。刘焉的身边虽然已有刘瑁，但刘瑁有“狂疾”，是精神方面的疾病，未来无法接班，刘焉大概也不指望三个儿子都能回到自己身边，能回来一个就已经不错了。不久，刘焉留在长安的儿子刘范、刘诞先后死于政变，对刘焉造成严重打击。紧接着，汉献帝初平二年（191）益州发生了一场莫名其妙的“天火”，将绵竹城烧得面目全非，大批百姓房屋被烧成废墟，刘焉暗地里制作的舆车也全被烧毁，刘焉不得已把治所迁到绵竹邻近的成都。刘焉是个特别迷信的人，觉得这场火来路不明，很不吉利，心情十分沉重。刘焉“既痛其子，又感祆灾”，结果一病不起，背上生出痈疽，也就是毒疮，不久便病死了。
刘焉死后，赵韪等实力派保刘璋继任。刘璋生性软弱，才能和平衡各方势力的手段均不如父亲，继位后任命赵韪为征束中郎将，所有事情都听他的。由于派系不平衡，沈弥、娄发、甘宁等带兵将领起事反对刘璋，被赵韪打败。叛军纷纷退往荆州，之前荆州牧刘表曾上疏告发刘焉有僭越行为，益州与荆州关系更为紧张。为防备刘表，刘璋让赵韪驻兵在朐䏰。赵韪早年追随刘焉来到益州，很得百姓和将士的欢心，大家看到刘璋性情柔软，缺乏谋略，“东州兵”又侵害百姓，刘璋无力制止，所以很多人把希望寄托在了赵韪身上。
赵韪手握军权，刘璋让他防备刘表，赵韪却秘密与刘表手下官员联络，通过贿赂收买的方式与荆州官员们建立起关系，同时又秘密联合益州本地大族。建安五年（200），赵韪聚众起兵，益州多地响应，幸得“东州军”拼死一战，叛军才被打败。赵韪逃到江洲，不久后被部下庞乐、李异反攻，战败被杀。赵韪死后，另一位实力人物庞羲崛起。庞羲和赵韪都算是刘焉的“托孤重臣”，刘璋继位后担任巴西郡太守，为拉拢庞羲，刘璋让自己的儿子刘循娶庞羲的女儿为妻，双方结成儿女亲家。但庞羲骄功自重，私下里扩充人马，也想起兵反叛。虽然有父亲创立的基业，但刘璋在益州一直处于风雨飘摇的状态，他没有能力结束这种状况，只能勉强维持，所以诸葛亮在隆中对策中说他是益州“暗弱”的主人。
听说曹操率大军南下征讨荆州，刘璋判断刘表根本不是曹操的对手，于是派中郎将阴溥前往荆州前线“致敬于曹公”。曹操很高兴，以汉献帝的名义任命刘璋为振威将军，任命刘璋的三哥刘瑁为平寇将军。阴溥回去复命，刘璋也很高兴，觉得曹操很重视他。为示回报，刘璋又派张肃率三百名“叟兵”携带一批军事物资送往荆州。“叟兵”是征召叟人编成的军队，叟人是一个古老民族，又称“搜”，在汉朝至六朝时居住于今四川西南部、云南、贵州部分地区，支系繁多。刘璋送三百名“叟兵”给曹操是动了一番脑筋的，送的太多容易引起曹操猜忌，反正只是个象征意义，表明自己的政治立场而已，所以只派出三百名。
曹操当然乐意接纳，为此次南征，曹操发动各少数民族部落派兵参加，包括南匈奴人、乌桓人，甚至鲜卑人，现在又多了一支“叟兵”，更像一支联合部队，给对手制造的心理压力更大了。曹操把“叟兵”留下，以朝廷的名义任命张肃为益州刺史部广汉郡太守。如此一来，曹操对益州方面也不用再担心了，那里虽然还不是自己的控制区，但名义上服从朝廷，至少算自己的盟友，不指望他们出多大的力，只要不帮对手的忙就行。
六、辽东的异动
关中和益州的问题都妥善解决了，荆州以西的方向尽可放心了。曹操很清楚马腾、马超、韩遂、刘璋这些人不会真心服从自己，暂时的屈服不过是权宜之计，但有这一点也就够了，只要他们不在自己南征期间生事，就达到目的了。曹操打算解决完刘表和孙权，再回过头来一一解决他们。
就在曹操略感松了一口气的时候，辽东方面却出现了异动。东汉最北边的州是幽州，其下有一个辽东郡，大体范围在辽东半岛一带，目前由辽东郡太守公孙康控制。公孙康的父亲名叫公孙度，是辽东郡襄平县人，曾在朝廷尚书台任职，后出任幽州刺史，在黄巾起义前后被免职。公孙度跟董卓手下著名将领徐荣是同乡，董卓控制朝廷后，为与反董势力对抗，先后派了不少人下去担任州刺史和郡太守。在徐荣的推荐下，董卓任命公孙度担任辽东郡太守。
东汉曾颁布“三互法”，地方长官任职需回避本籍，有姻亲关系的官员也必须互相回避对方的原籍，甚至“两州人士亦不得对相监临”。也就是说，如果甲郡人任乙郡太守，那乙郡人就不得再任甲郡的太守，这样做主要是为了克服“州郡相党，人情比周”的弊端。“三互法”执行了一段时间，后来逐渐不那么严格了。一般认为，公孙度回原籍任郡太守是“三互法”彻底沦为形式的标志。
辽东郡的治所就在公孙度的老家襄平县，虽然是在家门口当官，但开局并不顺利，一些人对公孙度并不太服气。《三国志·公孙度传》的解释是：“度起玄菟小吏，为辽东郡所轻。”公孙度出身贫寒，曾任小吏，过去大家都知根知底，不少人觉得公孙度这家人过得并不怎么样，在家乡都待不下去，后来虽然交了好运，儿子也不过是郡里的一名小吏，没想到摇身一变，却成了辽东郡权力最大的人，有人心理上接受不了，所以不服。襄平县令公孙昭就是最不服气公孙度的人之一，为羞辱公孙度，他专门召公孙度的儿子公孙康为伍长。按古代军制，“五人为伍，伍设伍长”，伍长是军队中级别最低的官职，手下只有五个人，打仗时须冲锋在前，在冷兵器时代无疑是最危险的岗位。
公孙度于是将矛头对准公孙昭。他找了个碴儿，将公孙昭抓了起来，在集市上公开审判并处刑，一顿板子下去，把公孙昭活活打死了。这还不够，公孙度对当地的不法豪强及黑恶势力大开杀戒。《三国志·公孙度传》记载，公孙度又将矛头直指田韶等本地豪强，“夷灭百余家”。汉代虽然出了很多酷吏，但论残忍程度，公孙度恐怕要排在前列了。全郡上下无比震撼、恐惧，没有人再敢跟他叫板了。
经过一番整顿，公孙度完全掌控了辽东郡，之后大量招兵买马，辽东郡的实力不断增强。此时的天子已成傀儡，辽东郡远离中原，也不在群雄争夺的范围内，这为公孙度独立发展提供了外部条件。有了实力，公孙度出兵讨伐相邻玄菟郡的乌桓人，还讨伐了高句丽人，势力不断扩展，辽东郡属幽州刺史部，当时的幽州牧刘虞实际上管不了公孙度，任由其肆意扩张。公孙度只是一名郡太守，地盘增加后不满足于此，于是在控制区内搞起自治，不断设置新的郡县，自行任命郡太守和县令。公孙度把原辽东郡分为辽西郡和中辽郡，加上原来的辽东属国、玄菟郡、乐浪郡，实际控制的地区几乎相当于一个州。公孙度觉得再当郡太守已没有什么意思，干脆创设了一个新的州，名叫平州刺史部，自任平州牧，同时自称辽东侯。公孙度还派人越过渤海，到达山东半岛，占领了那里的一部分地区，也设置一个新的州，叫作营州刺史部，任命了营州刺史。不过，史书一般不承认所谓的“平州刺史部”“营州刺史部”，认为它们都是“伪州”，东汉末年公认的州仍然只有十三个。
到了汉献帝初平元年（190），公孙度在辽东的势力已具备很大的规模，个人的野心也越来越膨胀。中原一带战乱日益严重，看不到停止的迹象，公孙度对亲信说汉朝皇室将要覆灭，到了与各位商量王位的时候了。公孙度想称王，手下的人自然心领神会。公孙度很快接到报告，说襄平县有一个叫延里的地方，祭祀社神处突然从地里“长出”一块大石头，有一丈多高，下面还有三块小石头做足，大家觉得很神奇。有人从几个方面解释了这件事：这块石头的形状与汉朝皇帝的皇冠相似，象征皇权；石头出现在延里，与公孙度父亲的名字相同；又出现在祭祀土地神的地方，表明可以拥有天下的土地；大石头下面有三个足，意味着应该得到三公的辅佐。这些东拉西扯的解释，竟然让公孙度非常高兴，认为可以称王了。
公孙度于是追封已故的父亲公孙延为建义侯，为祖先建立庙宇，在襄平城南设坛，在郊外祭祀天地，又亲耕所谓“藉田”，一切制度都照汉朝天子设置。公孙度还“乘鸾路，九旒，旄头羽骑”，出行时坐着皇帝才能乘坐的銮驾，帽子上悬垂着皇帝才能拥有的九条玉串，以头戴旄帽的骑兵作为自己的“羽林军”。虽然没有公开称帝，但公孙度已不满足于做一名“无冕之王”，他要做“有冕之王”。
曹操“奉天子”后，为维护朝廷权威，对各地敢于称王称帝的人一律大加讨伐，对远在辽东的公孙度却没有好办法，只能睁一只眼闭一只眼。到了建安九年（204），曹操仍未完全统一北方，对公孙度只能拉拢，曹操以汉献帝的名义拜公孙度为武威将军，封永宁乡侯，公孙度却不稀罕。公孙度已自称州牧，自然不在意一个小小的将军。而他自封的辽东侯从品级上说也远高于一个乡侯，公孙度公开说自己要在辽东称王，还要永宁干什么？公孙度把曹操派人送来的印绶扔在武器库里，懒得多看一眼。不过，公孙度也不敢把曹操彻底激怒，对外表示愿意接受朝廷任命，也不再提平州和营州，但实际控制区不变。公孙度接受曹操任命不久就死了，他有两个儿子，分别是公孙康和公孙恭。长子公孙康继承了公孙度的权位，朝廷重新任命公孙康为辽东郡太守，实际控制着公孙度留下的地盘。公孙康接任后，朝廷仍然管不了辽东，公孙康仍旧“恃远不服”。
公孙康也遇到过危机和挑战。就在建安十二年（207），曹操北征乌桓取得胜利，袁绍的儿子袁尚和袁熙逃往辽东，投奔公孙康。公孙氏与袁氏父子之前并没有什么交往，公孙康只想自保。当时，袁尚和袁熙是带着数千人马来的，这让公孙康感到不安。公孙康决定把袁氏兄弟除掉，解除心腹之患，同时卖给曹操一个人情。公孙康设宴招待袁氏兄弟，预先在马厩里埋伏下精兵，只等他们一到就动手。正如公孙康担心的那样，袁尚和袁熙也正在密谋要对付公孙康，并且也选择在这次宴会上动手。袁尚和袁熙做了布置，但他们刚进来就被公孙康埋伏的人绑了，公孙康下令把他们扔到院子里，之后斩首，将他们的首级献给了曹操。为表彰公孙康，同时继续稳住他，曹操以汉献帝的名义拜公孙康为左将军，封襄平侯，军职和爵位都高于之前的公孙度，同时仍命公孙康兼任辽东郡太守。
听说曹操率主力南征荆州，公孙康觉得是个机会，应该利用一下。公孙康召集手下人讨论，看看有没有趁机攻击中原的可能。没想到，公孙康手下多是好战分子，在没有仔细评估自身实力的情况下，纷纷叫嚷要趁机给曹操背后来一刀，端了曹操的大本营邺城。《三国志·涼茂传》记载，在一片群情激昂声中，只有一个人面带冷笑，表现得十分不屑。公孙康问此人是怎么想的，这个人不慌不忙地说：
比者海内大乱，社稷将倾，将军拥十万之众，安坐而观成败，夫为人臣者，固若是邪！曹公忧国家之危败，愍百姓之苦毒，率义兵为天下诛残贼，功高而德广，可谓无二矣。以海内初定，民始安集，故未责将军之罪耳！而将军乃欲称兵西向，则存亡之效，不崇朝而決。将军其勉之！
这个人说，近年来海内大乱，国家将要倾覆，将军您拥有十万人之多的兵力，安坐家中，观看各方成功与失败，作为君主的臣下，本来不就应该这样做吗？曹公忧虑国家的危机败亡，怜悯百姓的疾苦危难，率领正义之师为天下人诛杀凶残的民贼，功劳巨大，德行广被，可以说是独一无二的了。因为国内刚刚平定，百姓初步安顿下来，所以没有责罚将军的罪过罢了，而将军您却想要兴兵向西进攻，那么生存与灭亡就在一念之间，将军您好自为之吧！一番话掷地有声，众人“皆震动”，半天没有人吱声。过了一会儿，公孙康悻悻地说：“涼君言是也。”他便放弃了从背后偷袭邺城的打算。
说话的人就是涼茂，他原来是曹操身边的司空掾，不久前曹操派涼茂以侍御史身份兼任泰山郡太守，后来又改任乐浪郡太守，这一举措可以理解成为顺利南征而扫清外围不稳定因素的一部分，不过相比于关中和益州，辽东的问题更复杂。乐浪郡位于今朝鲜半岛，是公孙康的实际控制区，涼茂要去乐浪郡就得路过辽东，公孙康把涼茂扣下，不让他上任。公孙康用各种办法做涼茂的工作，想让他主动臣服自己，但涼茂始终不为所屈。曹操虽然知道这些情况，但拿公孙康没有办法。曹操的本意是派涼茂到公孙康的地盘上“掺沙子”，发现公孙康护得很严，无从下手，后来便找了个机会把涼茂调回来，让他担任魏郡太守。