东晋元兴元年（402年），刘义之十岁，正式成了一个官二代，他爹刘裕因功加封建武将军、下邳太守。
就在这一年，朝堂之上的政治斗争愈发激烈。
今年正月，掌握朝堂权力的司马元显，升骠骑大将军、征讨大都督，都督十八州诸军事，加侍中、黄钺、班剑二十人，并下诏讨伐桓玄，命刘牢之为前锋都督。
其实，地方方镇势力与掌握朝堂的司马道子、司马元显父子之间的矛盾由来已久。
在晋安帝隆安元年（397年）时，尚书仆射王国宝、建威将军王绪倚仗当权的会稽王司马道子而参与朝政。
青兖二州刺史王恭一直厌恶王国宝弄权，常直言斥责，但这也招致司马道子怨惮、忿恨他。于是，王恭不再忍受，而是联结殷仲堪起兵讨伐王国宝。
把持朝政的司马道子，畏惧王恭，为求了事，便将罪责推向王国宝。并命谯王司马尚之收捕王国宝到廷尉，后赐死王国宝并处死王绪，又遣使道歉，王恭这才撤还京口。
发生在晋安帝隆安元年（397年）的这场政治风波的本质，其实就是掌握朝堂权力的会稽王司马道子，意图削弱地方方镇势力，从而引起了地方势力联合起来，举兵反抗。
把持朝政的会稽王司马道子，经历了王恭、殷仲堪举兵后，对二人十分忌惮。于是，他的心腹司马尚之，向他建议，培植自己的势力作外藩，以此来屏卫。
司马道子觉得很有道理，于是在隆安二年（398年），命王愉为江州刺史，并割本属庾楷的豫州四郡让王愉都督。
此举触怒了庾楷，于是派儿子庾鸿劝说王恭讨伐司马尚之兄弟。王恭听从并联结桓玄与殷仲堪，而二人则推王恭为盟主，刻日同取建康。
当时殷仲堪写信给王恭，藏在箭干中并由庾楷代送，但送到时用来写信的斜绢变形，不能看出是谁人的字迹。因为殷仲堪在上一年举兵时，没有实质派兵支持，王恭以为是庾楷假作殷仲堪书信，决心先行起兵。
刘牢之试图谏止，但王恭不听，又上表以讨伐王愉及司马尚之兄弟为名起兵。会稽王司马道子之子司马元显主战，司马道子于是以司马元显为征讨都督，率领诸军抵抗王恭。
王恭自恃才能和家族地位，又在上一年成功逼迫司马道子杀了王国宝，因此变得十分趾高气扬，对待大将刘牢之，如同部曲般，这也令刘牢之十分愤恨。
司马元显看穿这点，命庐江太守高素策反刘牢之，并许以事成后以王恭位号授予刘牢之。
当时王恭参军何澹之将此情报告诉王恭，但王恭因何、刘二人有仇隙没有相信，而是选择设酒宴款待刘牢之，当众拜其为兄，并将手下精兵都交给他。
而刘牢之到竹里后，直接杀死帐下督颜延并投降朝廷，命儿子刘敬宣和东莞太守高雅之进攻王恭。
当时王恭出城打算阅兵，结果被刘敬宣截击，部众溃败，想要返回城内时，又发现城门已被高雅之关上，唯有骑马逃奔曲阿，后因被人告发而被捕，于同年处斩。
上一年，会稽王司马道子意图削弱方镇势力失败后，今年打算缓缓图之。想要培养自己的心腹势力以此来和他们对抗，结果引起地方方镇势力再次反弹。
这次，司马道子没有选择让步，而是以儿子司马元显为征讨都督，负责平叛。
东晋朝堂与地方方镇之间的互相拉扯，本质上就是当权者没有足够力量，压服拥有私人部曲的方镇势力。
这也是为何，门阀政治在东晋王朝如此强大的原因。
政治上，通过九品中正制的选官制度，权力被世家大族所掌握。军事上，方镇割据，拥有私人部曲。经济上，地方豪强占有大量土地、人口，自给自足。
而随着皇权的不断势微，以及孙恩两次叛乱，对地方豪强的严重冲击，使整个东晋王朝愈发动荡不安。
在这种情况下，强大军事力量的重要性愈发凸显出来。朝堂权力的争夺，从原先的政治斗争，逐渐演变成现在的武装冲突。
换言之，现在东晋朝廷的权力争夺，从原先谁掌握政治话语权，谁就掌握了权力，到如今的，谁拥有了强大军事力量，谁就能攥取更多的权力。
民间起义对于地方豪强的冲击，权力斗争演变成军事冲突，在历史车轮滚滚前进的浪潮中，北府兵将领，纷纷登上历史舞台。
前几年王恭起兵所带来的风波，刚刚平息下去没多久。掌握朝堂权力的司马元显与桓玄之间的矛盾，彻底爆发了。
元兴元年（402年），司马元显下令讨伐桓玄。
这时桓玄已经封锁了长江漕运，造成东土饥乏。不过他认为孙恩之乱还未平定，司马元显应当无力讨伐，便一直在荆州等待时机，蓄势待发。
可当桓玄收到司马元显要讨伐他的消息，却又害怕了，打算坚守江陵。
不过卞范之劝谏道：“以君的威名和军力，应当出兵东下，令敌人土崩瓦解，不能坚守不出，示弱于人。”
于是桓玄留桓伟守江陵，亲自率兵东下。
起初他还有些担心，手下士兵不会听从他的，然而过了寻阳仍未见朝廷军队，桓玄变得十分高兴，士气亦上升，于是移檄上奏司马元显之罪。
桓玄到姑孰时，派遣冯该击败了豫州刺史司马尚之，并夺取了历阳（今安徽省和县）。
这时司马元显畏惧桓玄兵锋，登上船后，却不敢出兵。而刘牢之担忧击败桓玄后，司马元显会容不下他，于是带领北府军向桓玄投降。
桓玄很快逼近建康，并击败司马元显。
入京后，他称诏解严，并以自己总掌国事，受命侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，领徐州刺史，加假黄钺、羽葆鼓吹、班剑二十人。
掌握朝堂权力后，桓玄历数会稽王司马道子及其子司马元显的罪恶，流放司马道子到安成郡，数月后派人杀死司马道子，又杀司马元显、庾楷、司马尚之和司马道子的太傅府中属吏。
短短几月时间，风云变化。
司马道子、司马元显父子，从权倾朝野，到沦为阶下之囚，最后更是性命难保。
而在这场斗争中，倒戈投降的刘牢之以及他所率领的北府军，深受桓玄忌惮。
在前几年，王恭依靠刘牢之和北府军，威逼司马道子父子，却无人能奈何他。可是等到刘牢之投降司马道子父子后，王恭瞬间沦为了阶下囚，被斩首示众。而刘牢之反叛司马道子投降桓玄后，司马道子父子掌握的权力迅速被桓玄取代。
总揽朝堂大权的桓玄，对于这种情况，比谁都忧虑。
刘牢之屡次改换门庭，焉知下一个背叛的不是他桓玄。
同样，北府军内，也是汹涌暗流，人心浮动。统军大将，屡次倒戈，将领士卒，离心离德。
危机不知不觉间，悄然而至。
掌握了朝堂权力的桓玄，开始着手对付刘牢之以及北府军，于是任命刘牢之为征东将军、会稽太守，将其调离京口。
刘牢之和心腹长叹道：“才刚刚开始而已，便削夺我的兵权，不久以后，大祸将会降临了！”
这个时候，桓玄住在丞相府，刘敬宣建议先下手为强，袭击桓玄。
但刘牢之犹豫不决，最后决定移兵驻扎班渎，打算向北投靠他的女婿广陵相高雅之，占据长江以北广大地区来对抗桓玄。
于是他召集众将领商议决策，参军刘袭说：“这世间不能做的事，莫过于反叛，而将军早年反王恭，不久以前反司马元显，如今又打算反桓玄。一个人一生当中三次反叛，怎能够立足于天地之间呢！”说罢，起身扬长而去。
北府军将领对此也早就不满，纷纷离开。
而刘敬宣在此之前返回京口转移家室，逾期未还。刘牢之以为他被刘袭杀害，变得心灰意冷起来，遂上吊而死。不久，刘敬宣返回，发现父亲上吊而亡，来不及悲伤，便急忙投奔高雅之去了。
就这样，战功赫赫，令人忌惮的北府军逐渐分崩离析。