光启二年（886年）春天，秦宗权部更加猖狂。当时李唐皇室势力微弱，许多道和州的军队不听皇室的指挥，所以秦宗权得以横行为害，接连攻陷汝、洛、怀、孟、唐、邓、许、郑等州，方圆几千里，几乎断绝了人烟，只有宋、亳、滑、颍等州仅能闭关自守而已。
朱温多次出兵与他们交战，但是有时胜利有时失败，百姓惶恐朱温战败，使他们遭到掠杀。
三月一日，唐帝颁布诏令封朱温为沛郡王。滑州义成军节度使安师儒因部下叛乱而被推翻，牙将张骁自任为滑州留后。朱温于是遣朱珍、李唐宾征讨，随即攻取下滑州，任命胡真为滑州留后。
同月，僖宗御驾移到兴元府。
光启二年（886年）三月，僖宗到了兴元后，命王建遥领壁州刺史，开创了将帅遥领州镇的先河。
随着僖宗再次流亡，田令孜成为众矢之的，他因担心僖宗加罪，要求担任西川监军，前往成都依附任西川节度使的同母弟弟陈敬瑄，并推荐枢密使杨复恭担任观军容使。
杨复恭上台后就排斥田令孜的党羽，王建因为是田令孜的养子，被外放为利州刺史。
光启二年（886年），董昌命钱镠进攻越州，表示自己占据浙东后会将杭州授于钱镠。钱镠遂率军出平水，开山路五百里，直趋曹娥埭，收降浙东将领鲍君福。他屡破浙东军，进屯丰山，而后攻破越州。刘汉宏败走台州，被台州刺史杜雄生擒献于钱镠，最终被斩于会稽。董昌占据浙东，遂自称“知浙东军府事”，移镇越州，将杭州让于钱镠。
光启二年（886年），福建观察使陈岩任命王潮为泉州刺史。王潮接任后，兄弟三人同心协力，积极整顿队伍。王审知更能与士兵同甘共苦，“凡部伍劳逸，王（审知）皆陌视，士未食，不亲匙筋；士未饮，不近杯水”。由于审知平易近人，关心士卒，所以在军中享有很高的威信。正是在他的“三令五申”和身教之下，这支本来十分涣散的队伍，才变得“弯弧而兔伏窘惊，举刃而冰消瓦解”。王氏兄弟还特别注意搞好军民关系，一方面，“招怀离散”不遗余力；另一方面，“均赋缮兵”力求公允。并严明纪律，“杀杀为止”，所过州县，“秋毫无犯”。因此王审知兄弟进入福建不久，便得到福建广大人民的拥戴。
此后王审知兄弟率领军队开往沙县，在途中有泉州人张延鲁等走到军前挽留他们，希望能留下来为福建人民除害。王审知对王潮说：“春秋所以伐罪吊民，今阖府之来，其可违乎？宜询而抚之。”可以看出王审知意识到了安定民众对于巩固政权的重要性。于是王潮把队伍开到泉州去。经过一年的苦战，终于在光启二年（886年）八月攻下泉州城，诛杀了泉州刺史廖彦若。这时，福建观察使陈岩不得不承认既成事实，上疏请求唐廷委任王潮为泉州刺史。
十二月，僖宗颁布诏令加封朱温为检校太傅，改封为吴兴郡王，食邑三千户。
887年（光启三年），秦宗权派其弟秦宗衡与孙儒、刘建峰等人攻打淮南，同杨行密争夺扬州。不久，孙儒与秦宗衡发生内讧，将其杀死，自率兵夺取高邮，驱逐杨行密。
光启三年（887年）春二月一日，朱温按照诏命以朱珍为淄州刺史，派他到东道招募兵士。十天之内，应募的有一万多人。
四月八日，回到汴州，朱温高兴地说：“我的大事可以成了。”
这时，蔡州秦宗权的部将张日至屯扎在北郊，秦贤屯扎在版桥，各自都有几十万人，树起的栅栏相连二十里，军势非常强盛。
朱温对诸位将领说：“他们正在养精蓄锐以等待时机，一定会来进攻我们。况且秦宗权估计我们兵力少，又不知道朱珍已经来到，以为我们害怕，只能坚守阵地而已。不如出其不意，先发制人。”
于是亲自领兵进攻秦贤的营寨，将士们奋勇争先，秦贤果然没有防备，接连攻克四座营寨，杀死一万多人，当时人们都以为有天神在暗中相助。
二十七日，秦宗权将领卢瑭带领一万多人在圃田北面的万胜戍沿汴水两岸扎营，跨河面建起桥梁，以控制河运道路。朱温挑选精兵锐卒去袭击他。这时正好下起了大雾，朱温部队到达卢军营垒的时候才被发现，于是闯入卢军军营掩杀，卢军投水而死的人非常多，卢瑭投河自尽。秦宗权在河南的诸多部队接连战败，不敢再贸然进击。
五月三日，朱温从酸枣门出兵，从清晨到中午，与秦宗权军短兵相接，大败秦宗权，追杀二十多里，死尸堆积。秦宗权对这次的失败感到羞耻难当，因此更加暴虐，于是从郑州亲自带领几位将领突袭，径直奔入张晊军营中。
五月八日，朱温在兖、郓、滑州的军队都赶来增援，在汴水岸边摆开阵势，大军武器精良，十分雄壮，旌旗蔽日，非常壮观。秦宗权看到朱温大军的军容，不敢出军营一步。
第二天，朱温指挥各路军队，一齐进攻秦宗权军营，从清晨四时到下午四时，杀敌两万多人。到夜晚收兵，获得数不清的牛马、辎重物品、武器铠甲和俘虏。当夜秦宗权、张日至偷偷逃走，天快亮时追捕他们，追到阳武桥便回来了。秦宗权在与朱温的几次交战中，都以失败告终。因为自己的兵力是朱温的数倍，却屡屡败给朱温，心中愤怒不已。败退至郑州时，屠杀城内的百姓，掠夺城内的房屋，许久才离开。接着又把兵力分散在陕、洛、孟、怀、许、汝等州，占据在那里。因为手下的士卒恐惧朱温，以至于朱温率军队到达时，守城的人都弃城逃走。
光启三年（887年），董昌被正式任命为越州观察使，钱镠则为左卫大将军、杭州刺史。不久，浙江西道、淮南道先后发生兵变。镇海节度使周宝被部属刘浩、薛朗驱逐，逃到常州，治下的苏州也被六合镇将徐约攻取。淮南节度使高骈则被部将毕师铎囚禁。钱镠命成及、杜棱攻破常州，将周宝接到杭州，但周宝不久便因病而死。杜棱又攻取润州，逐走刘浩，俘获薛朗。
光启三年（887年），山南西道节度使杨守亮对王建十分忌惮，屡次召他前往兴元，王建都没有听从。后来，王建在龙州司仓周庠的建议下，招募八千士兵，顺嘉陵江袭击阆州，并驱逐阆州刺史杨茂实，自称阆州防御使。王建在阆州招兵买马，扩张势力，并在牙将张虔裕、部将綦母谏的劝说下，网罗人才，善待百姓，坚守尊奉唐室的大义名分。
王建与东川节度使顾彦朗曾同在神策军中，关系很好，陈敬瑄对此非常忌惮，害怕他们二人图谋西川，并问计于田令孜。
田令孜道：“王建是我的儿子，我只要写一封信，就能把他叫来。”陈敬瑄大喜，派人拿着田令孜的书信去召王建前来。
王建得信后，非常高兴，到梓州面见顾彦朗，道：“父亲召我前去，我也想到成都去见陈公，向他求取一个藩镇的位置。”并将家眷托付给顾彦朗，自率精兵二千西去成都。谁知王建刚刚行到鹿头关，陈敬瑄在幕僚李乂的劝说下又后悔了，命王建返回阆州，并加强城池防御。王建大怒，攻破鹿头关，败汉州刺史张顼于绵竹，夺取汉州。
王建又进军学射山，击败西川偏将句惟立，一举攻取德阳。陈敬瑄遣使责问王建。
王建道：“父亲召我前来，半路又命我回去，顾公一定会怀疑我，我已经没办法了。”表示自己已经没有退路了。
不久，顾彦朗任命弟弟顾彦晖为汉州刺史，出兵帮助王建，围攻成都。顾彦晖围攻成都三日，见无法破城，便返回汉州。
不久，唐昭宗即位，命左谏议大夫李洵为两川宣谕和协使，下诏令顾彦朗罢兵停战。顾彦朗则要求朝廷另派大臣镇守蜀地，并为王建求取节度使的官职。
文德元年（888年）三月三日，昭宗即位。
文德元年（888年），王建进攻彭州，并大掠西川十二州。唐昭宗任命宰相韦昭度为西川节度使，同时将西川的邛州、蜀州、黎州、雅州划为永平军，治邛州，任命王建为永平军节度使。
陈敬瑄不肯奉诏，唐昭宗便派韦昭度与顾彦朗出兵讨伐，又任命王建为招讨牙内都指挥使。
文德元年（888年），钱镠处死薛朗，以祭奠周宝，而后命从弟钱銶击破徐约，被唐昭宗任命为杭州防御使。与此同时，庐州刺史杨行密也起兵攻入淮南道，在淮南、浙西一带与孙儒、钱镠进行混战。经过数年混战，杨行密终于杀死孙儒，占据了淮南道，还夺取了浙江西道的润州、常州。苏州则被钱镠占据。此外，钱镠还收编了孙儒部分残部，组建武勇都，提高了属下军队的战斗力。
龙纪元年（889年）二月，秦宗权的部下申丛变节，打断秦宗权的双腿将其囚禁，遣使向朱温报告。朱温当天接受诏令任申丛为淮西留后官。不久，申丛又被部将郭璠杀害。
同月，郭璠押解秦宗权前来献给朱温，朱温派人用囚车将秦宗权解押到长安。到达长安后，唐昭宗前往延喜楼接受俘虏，立即在一棵独柳树下面将秦宗权斩首，蔡州平定。
昭宗诏令增加太朱温邑实封一百户，赐给庄园和住宅各一处。
三月，又加封朱温为检校太尉、兼任中书令，进封为东平王，以奖赏平定蔡州的功劳。
朱温在抵御秦宗权时，郓州朱瑄、兖州朱瑾都领兵来救援。到秦宗权被击败，朱温因为朱瑄、朱瑾与自己同姓，又对自己出过力，都送给厚礼让他们回去。朱瑄、朱瑾因为朱温的军士们勇敢强悍，偷偷地在曹州和濮州的边界上悬赏重金布帛来招诱他们，军士们为了财货之利而离开的人很多，朱温立即传送檄文去谴责他们，朱瑄的回话很无礼，朱温与他们的矛盾便因此产生了。
龙纪元年（889年），唐朝廷册封杨行密为宣州观察使。杨行密派田頵、安仁义、李神福等进攻浙西地区的苏、常、润州。
龙纪元年（889年），王建大破眉州刺史山行章于新繁，虏获万余人，伏尸四十里，又击败屯守彭州的威戎节度使杨晟和山行章的五万援军。陈敬瑄再次发兵七万增援山行章，两军相持百余日。王建再败山行章于广都，山行章请降。