轮回眼是传说中六道仙人的眼睛，人们常常将轮回眼视为传说，但在某一天，宇智波一族中诞生一名持有六道轮回眼的婴儿，他的名字便是宇智波云熙。
云熙在7岁时就在忍者学校拥有了上忍的级别，更是拥有者血继限界，因此在村里他被遭到排斥，一方是因为宇智波种族的歧视，另一个则是六道轮回眼和六道仙人转世。
在这时，四代目火影波风水门听说到了此事，决定亲自拜访一下云熙，此事的云熙在小树林练习忍术，火遁·豪火球的威力比其他宇智波还要强大，此外配合分身学会了灼遁和沸遁。
“你就是村民口中常常提到的宇智波云熙吧。”宇智波云熙听到动静，向后看去，发现来着是四代目火影波风水门。
云熙的眼神中闪过一丝警惕，但很快被冷漠取代。他知道，作为宇智波一族的成员，他必须时刻保持警惕，尤其是在面对村子里的高层时。他点了点头，回答道：“是的，火影大人，我就是宇智波云熙。”
波风水门微笑着，他的眼神中没有一丝的种族歧视或是恐惧，只有对年轻忍者的欣赏和期待。“我听说了你的事情，云熙，你的天赋非常惊人，我想，你不应该被埋没在这些无谓的恐惧和偏见中。”
云熙的眼中闪过一丝惊讶，他没想到火影大人会这样看待他。“但是，火影大人，我的轮回眼……”
波风水门打断了他的话，坚定地说：“云熙，轮回眼是强大的力量，但力量本身并不可怕，可怕的是使用这股力量做邪恶的事件的人。我相信你，相信你能够正确地使用这份力量。”
云熙的心中涌起了一股复杂的情绪，他习惯了被排斥和冷漠对待，波风水门的话让他感到意外。他深深鞠了一躬，表示感谢：“火影大人，我明白了。我会努力不辜负你的希望。”
两个月后，云熙将飞雷神之术和螺旋丸练到极其强大，但再一次夜晚训练的时候，九尾突然出现在木叶，木叶村的村民们仓皇而逃，暗部和三代火影前去救村民，等他赶到时九尾已经失控，云熙立即意识到这是飞雷神之术将九尾转移，随后向火影岩的山上跑去。
云熙利用波风水门身上带有自己的特制苦无，来到波风水门所在的地方，映入眼帘的是波风水门和玖辛奈腹部贯穿，此时波风水门用最后一口气对云熙说道：“宇智波云熙，我对你下达最后的委托，帮我和玖辛奈…在暗中…照顾好鸣人……”
此时的云熙看着当前的场景，精神面临崩溃，他的眼睛突然变红，出现了一勾玉，也在这时云熙他觉醒出宇智波一族的写轮眼。
云熙在漩涡鸣人身上留下飞雷神印记，随后用飞雷神离开了此处，九尾之乱事件之后，云熙每天都闷闷不乐，就连止水也不知道该如何是好，就在这时止水带着云熙前去寻找鼬一起特训。
此时在篝火边，鼬和止水还在谈话，此时止水和鼬听到了金属的碰撞声，前去查看发现是受伤的暗部，两人前去站在暗部前面，此时在黑影中出现三个暗部的面具。
止水震惊到追兵居然是暗部，鼬不解的问道这也是演习，而止水让鼬先忘记演习的事。
“为什么同为木叶忍者要自相残杀！”止水质问道。
“请你当做什么都没看见就此离开，行吗？”猫脸面具的女暗部回答道。
“既然要杀死同伴，我不能连理由都不问就走。”止水回应道。
此时一名暗部说道：“这话有理，我们在追杀村子的叛徒。”
止水回应：“有什么证据能证明这人是叛徒。”
此时一人拿出镰刀说道：“真麻烦，一起杀了吧。”
女暗部开口道：“并不是说这人就是叛徒，但他手里的卷轴可以证明谁是叛徒；只要交出卷轴，我们就立即离开。”
此时在止水背后的暗部开口道：“你们得到情报，有打算做什么？”
另一名暗部回答道：“还用问吗？村子的敌人自然要被天诛，我们会依照黑暗的准则维护木叶的秩序。”
“你们没有制裁的权利！这封密信必须交给火影大人，火影大人会做出公正的判决。”
“公正判决？太天真了！背叛村子只有死路一条！”
“背叛的一方也有苦衷！火影大人的意向，是公正地彻查实情！”
此时鼬开始思考，这件事牵连整个村子，一个叛徒和村子，两者的分量差距太大。此时一个苦无刺向暗部，但暗部变化成水分身。
“趁我们一不留神，替换了分身啊。”
“没问题，我的线里放了毒，他跑不远。”
止水说道：“为了达成目的一言不发地动手，真不愧是暗部，不，团藏大人的根吗；在黑暗中支撑和平的无名者，我觉得才称得上忍者。”
“那么你的想法和我们一样。”
“不，不一样；用武器迫人就范，凭借暴力维持的秩序，根本不能算和平！”说完止水开启三勾玉写轮眼。
鼬刚想开口，止水便让他退下，但鼬站在止水身边，坚定地说道：“我宇智波鼬，愿和止水并肩战斗。”
根和止水与鼬打在一片，好在止水用瞬身之术，鼬利用写轮眼的能力结束了战斗，此时另一处的根想要前去攻击对方，却感应到身后放一个奇特的查克拉。
“在做偷袭之前可是要观察地形啊。”云熙使用螺旋丸将隐藏的暗部攻击出来。
“看样子只有你们几个了。”最壮汉的根带着两名同伴离开，离开前说道：“我们会随时在黑暗中看着你们，宇智波止水，宇智波鼬。”三人在回去的路上，云熙率先感应到三代目火影召唤他，用飞雷神离开了。
此时猿飞日斩在火影办公室等候多时，云熙前来后将事情告诉了他，他梦到世界之外已经感应到了木叶村，并且他们已经准备向木叶发起攻击，猿飞日斩向云熙下达S级任务终章之书，是个长期任务，离开火影办公室后，他将分身来到鸣人家附近，真身来到自己家，两人同时召唤乌鸦，并在上面留下自己的一勾玉写轮眼，离开木叶。