有观察家认为，周恩来对林彪之死会幸灾乐祸，其实他深感不安。他一向以个人感情上的强大自制力闻名，可是在林彪坠机后不久，当他向副总理纪登奎说明国家面临的困难局面时，不禁潸然泪下，必须停顿片刻以控制个人的感情。他一边说一边哽咽。据说周恩来一生只哭过3次，一次是因为他迟迟才听到父亲去世的消息，一次是因为叶挺的牺牲，他们在1920年代就是革命战友，还有一次就是林彪之死。周恩来对林彪之死的这种情绪反应，可能有若干原因。他知道，林彪虽然是个著名的激进派，但他务实、重秩序，周恩来很容易与他共事。此外，周恩来在毛泽东手下鞠躬尽瘁几十年，如今国家在经历了“大跃进”和“文革”破坏后，再次面临大动荡，这让他忧心忡忡。他深知每迈出一步都是艰巨的任务。29有人认为周恩来也是在为自己落泪。除了依靠周恩来以外，毛泽东也把叶剑英叫回来整顿军队。叶是一位老资格的军事领导人，德高望重，没有个人野心。毛还悄悄地开始允许另一些“文革”初期被打倒的人重新回来工作。在林彪坠机后他休养的两个月里，毛不止一次承认，很多老干部受了太多的苦。在对这个错误做出解释时，他说那是因为他错误地听信了林彪的谗言。30林彪坠机两个月后的1971年11月14日，有更多迹象表明毛泽东的想法正在发生变化。这一天，他接见了一个座谈会成员，其中包括当时已在着手重建军队领导班子的叶剑英元帅。毛摆出一副对“文革”中受迫害的高层给予鼓励的姿态，指着叶剑英对座谈会成员说：“你们不要再讲他‘二月逆流’了（指1967年2月一些老帅和副总理试图抵制‘文革’）。”31他又说，那次逆流是林彪操纵的，不要再用“二月逆流”这个说法了。毛泽东想以此尽量撇清他同批判1967年“二月逆流”的参与者的干系。他还做出为谭震林、陈再道等在1967年挨过批的老干部平反的指示。
1972年1月10日陈毅元帅的追悼会为毛泽东提供了一个难得的机会，使他能够与“文革”期间挨过批的一批老干部和解。离追悼会开始只有几个小时，他才说他也要参加。这是自林彪4个月前坠机后他的第一次公开露面。陈毅是邓小平在淮海战役中的同事，中共掌权初期上海的第一任市长，后又担任外交部长，是最受群众爱戴的领导人之一。几年后上海黄浦江畔为他竖起了一座塑像，便反映了民众对他的崇敬。然而他在“文革”期间却受到了残酷批斗。尽管他最终在军队医院得到治疗，但为时已晚，他由于缺少及时医治而病故。此外，在他弥留之际，很多军队干部前去看望他，他们很清楚是“文革”导致了他的死亡。
在追悼会上，毛泽东向陈毅三鞠躬，表达他对陈毅的敬重。他说：“陈毅同志是个好人，是个好同志。？？要是林彪的阴谋搞成了，是要把我们这些老人都搞掉的。”毛泽东用这些话说明迫害陈毅的是他过去“最亲密的战友”林彪。毛泽东在数九寒天身穿睡衣，披着一件外套，显而易见的带病之躯拖着颤抖的双腿。他虚弱的身体和言辞打动了参加追悼会的人。为了跟“文革”的受害者和解，他以这样的状态前来向一个受人爱戴的同志表达歉意和尊重，还有比这更好的方式吗？
所有的高级干部都不指望毛泽东会承认自己的错误，但毛对老同志的态度有了转变，这种转变对他们有好处。毛把政治看得高于经济，但他从未放弃改善国民经济的愿望。再说，尽管他具有从感情上操控中国人民的非凡能力，但他仍然需要精明能干的中共领导人。甚至在“文革“期间被毛泽东留用的干部也承认，为了国家的稳定和发展，需要那些”文革“前任职的干部的强有力领导。毛泽东在1972年已经打算让有经验的老干部回来工作，让1960年代末林彪主政时被派到地方任职的军队干部——他们大多数都无所作为——回到军营。不久之后的1972年3月，周恩来交给中组部一份有400多名需要恢复工作的老干部名单，毛泽东很快就批准了，让他们回来。32在1975年和1978年，这些老干部在帮助邓小平恢复安定团结的工作中将发挥关键作用。
周恩来在1972年5月查出患了膀胱癌，但从这时直到1973年年初，他依然从事着繁重的工作。33在林彪坠机后的混乱时期，周恩来利用他与另一些干部之间独一无二的密切关系，使国家避免陷入更严重的动乱。在罹患癌症的早期，周恩来殚精竭虑，继续想办法让不同背景的人一起工作。在需要个人高超的协调手腕才能应对的形势下，无人能够取得周恩来那样的成就。
在一些重大的任命和敏感问题上，周恩来继续争取毛泽东的同意，他尽量做出能够得到毛泽东支持的决定。而毛泽东的让步，以及他承认需要进行整顿，也使周恩来得以更有力地去解决更大范围的问题。他致力于处理好老干部之间的关系，恢复经济秩序，阻止激进派在农村中的极端做法，扩大与西方的外交接触。他甚至能够让著名物理学家、北京大学校长周培源提出推动理论研究的规划。34周恩来这些拨乱反正的努力预示了邓小平在1975年推行的范围更大的整顿。因此，毛泽东在1973年年底批周恩来预示了他在1976年初的批邓也就不足为奇。跟善于抓大放小的邓小平不同，对细节有着惊人把握能力的周恩来是大事小事一起抓。毛泽东一给他活动空间，他便运用自己过人的记忆力，对很多”文革“中受到迫害的人表达了特别的关照。受迫害者及其家属都万分感激周恩来救了他们的命，减轻了他们的痛苦。周也对邓小平及其家属给予了相同的关照。1972年12月，周恩来觉得会得到毛泽东的同意，便敦促汪东兴加快给邓小平安排工作的进程。
周恩来在”文革“期间使出浑身解数，痛苦地执行着毛的指示，同时也尽力保护他觉得自己能够保护的人。在充满感情纠葛的环境中，他是平衡这些相互冲突的利益的大师。大概无人能比周恩来更懂得揣摩毛泽东不明言的心思。有些人盛赞周恩来融政治技巧、对党和国家的忠诚、一贯的沉着老练、翩翩风度以及为受迫害者提供诚恳帮助于一身。很多了解形势的人认为，周恩来在缓和毛泽东的极端做法上已经尽了最大努力。但是并非人人都把周恩来视为英雄，一些没有得到周恩来帮助的受害者家属对他是有意见的。
无论人们对周恩来和”文革“有何看法，有一点是清楚的，在处理当时毛泽东议事日程上的一件大事——打开中美关系的大门——上，没有任何人具备周恩来那样的高超技巧。1971年7月9日，即林彪坠机两个月以前，周恩来第一次会见了美国国务卿基辛格。10月20日至26日，坠机事件发生一个月后，基辛格再次来到北京，为次年2月的尼克松访华做准备。基辛格后来写道，他认为周恩来是他遇到过的两三个最令人难忘的人之一。据基辛格的助手约翰·霍尔德里奇（John Holdridge）描述，基辛格在与周恩来见面之前的心情，就像期待着参加由两个世界顶级大师进行的冠军争夺赛一样。35毛泽东和周恩来，尼克松和基辛格中美之间有过两百年的贸易交往，在第二次世界大战中做了4年盟友，后来是20年的冷战对手，两国在1969年开始考虑恢复邦交。1969年发生中苏边境冲突后，毛泽东担心受苏联入侵的危险，自朝鲜战争以来第一次决定扩大与西方的交往，并指派周恩来进行谈判。尼克松正在设法解决越战问题并寻找对抗苏联的长期合作对象，便指派基辛格与周恩来谈判与中国修好。基辛格1971年从巴基斯坦飞往北京为尼克松访问打前站的戏剧性之旅，以及1972年2月尼克松的访华都是激动人心的事件，它们为邓小平时代美中交往的迅速发展搭建了舞台。
1966年至1969年的中苏关系恶化，以及由此导致的1969年的珍宝岛事件，都与邓小平无关。但是他在1961年至1963年曾率领一班人马写下反驳莫斯科的9封著名公开信；他还在1963年亲赴莫斯科，发表了中方最后一次重要讲话，使中苏交恶达到顶点。中国重启中美交往也与邓小平无关，当时他还在江西，虽然他在1973年底陪同周恩来参加过谈判。邓小平的贡献还有待于来日。
缓慢的复出：1972年1月-1973年4月
直到1973年2月，即林彪死亡16个月以后，毛泽东仍没有让邓小平回京。他曾在1966年严厉批邓，所以他不能指望别人会很快接受邓小平，况且他尚未决定如何使用邓小平。邓小平曾因”走资本主义道路“受到猛批，毛泽东要向人们解释为何请他回来，这并非易事。毛采取的策略是，他说邓小平这位十分受人尊敬的总书记”受到了林彪的迫害“。在1972年1月的陈毅追悼会上，他就曾对陈毅的家人说，邓小平跟刘少奇不同，他的问题不那么严重。周恩来示意陈毅的家人把毛对邓小平的评价让更多的人知道。36毛的话也传到了邓小平的耳朵里，这是说明毛泽东读过他在1971年9月的信的第一个迹象。随后又出现了更多的迹象。江西省革命委员会1972年4月初通知邓小平，根据他给毛泽东的信中提出的请求，同意他的小儿子邓质方进入江西工学院读书，小女儿邓榕则获准去了江西医学院。37受到这些积极信号的鼓舞，邓小平在1972年4月26日又给汪东兴写信说，由于他的两个孩子已去上学，能否让他雇一个人帮他和卓琳一起照顾邓朴方。他在信中最后说：“至于我自己，我仍然静候主席的指示，使我能再做几年工作。”38邓小平没有收到直接的答复，但是一个月之内他和卓琳的工资便都恢复到了原来的水平。39邓榕后来说，这些表明邓小平的政治处境有所改善的信号让一家人大为振奋。从邓家人如此期盼积极的信号可知，尽管毛泽东疾病缠身，被林彪事件搞得心烦意乱，但他仍然左右着手下人的命运。实际上，陈云已经在1972年4月22日获准从江西回京，但是毛泽东让邓小平在江西又待了将近一年。
1972年8月3日，在数月没有得到毛泽东或汪东兴的答复后，邓小平再次致信毛泽东，试图打消他估计毛仍然对他抱有的疑虑。他首先说，他已经听过向他所在工厂的全体工人传达的有关林彪和陈伯达罪行的文件。邓小平承认，他不同意林彪只讲“老三篇”、把毛泽东思想简单化的做法；还有更多的毛主席著作应当得到运用。邓小平又说，林彪和陈伯达欲置他于死地而后快，他感谢主席在“文革”期间保护了他。
邓小平在信中强调说，他认可在1968年6、7月的自我检讨中所说的所有内容。他再次检讨了1931年自己在广西离开红七军的错误，另外还承认自己在担任党的总书记期间工作也有缺点，有时候不征求毛主席的意见。他在1960-1961年没有消除自己的资本主义思想。他没有有效贯彻毛主席关于抓好在内地建立关系到国防的“三线工业”的工作的决定。他也没有在作报告前及时地向主席请示。邓小平承认，“文革”揭露他的错误是完全应该的。他在信中还试图打消毛泽东在一个关键问题上的担忧：他说自己绝不会对“文化大革命”进行翻案（“再次肯定我对中央的保证，永不翻案”）。
他表示，他要回到主席的无产阶级革命路线上来。40邓小平信中所言显然也正是毛泽东想听到的话。1972年8月14日，收到邓小平的信没过几天，毛泽东就向周恩来总理做出书面指示，让他安排邓小平返京。毛泽东再次说，邓小平的问题不同于刘少奇，他没有历史问题，他没有投降过敌人。此外，邓小平协助刘伯承同志打仗是得力的，还为党和国家做过其他一些好事。41周恩来在收到毛批示的当天就把它转发给了中央委员会。42可是由于毛的妻子江青百般阻挠不让邓小平回来，事情一时没了下文。431972年9月，邓小平觉得可以得到更大的自由，便请求走访包括瑞金在内的江西苏维埃老区，并且得到了批准。这是他3年来第一次走出家门。他花了8天时间外出访问，得到省部级领导人规格的接待。次年2月邓小平还被允许用半天时间探望从1952年起就给自己担任机要秘书的王瑞林，王当时在江西进贤县“五七干校”劳动。后来邓小平返京时，王瑞林也被允许回到了原来的岗位。1972年12月18日，周恩来请汪东兴和纪登奎落实8月份毛泽东让邓小平出来工作的指示。他们在12月27日请示了毛之后答复说，邓小平可以回京。44一个月后，即1973年1月，江西省委书记白栋材给邓小平带来了这个好消息。2月20日工厂的工人来跟邓小平道别后，邓小平与家人乘汽车前往鹰潭，在那儿登上了返京的列车。45离开江西时，邓小平说：“我还可以干20年。”46确实，一直到19年又8个月以后，邓小平才在党的十四大上退出政治舞台。