袁世凯的考虑是要段祺瑞借机掌控住北方局势，而从清廷的角度来说，直接调段祺瑞去湖北或许对清军取胜更为有利，因为段祺瑞多年带兵，在北洋军中拥有较高威信，同时让清江部队去湖北作战，还可以节省许多时间。
早在荫昌准备督师南下时，就曾有人这样提议了，但载沣对段祺瑞抱有敌意，没有采纳。现在既然已抓住载沣的软肋，袁世凯就不管对方愿不愿意，干脆利落地发去了电奏：“请饬署江北提督段祺瑞，酌带得力将弁，毋庸多带队伍，克日由海道北上，径赴鄂境。”
10月23日，段祺瑞接到第一道谕令，谕令内容几乎照搬了袁世凯的电谕。自这一天起，在短短四天之内，段祺瑞竟然接到了朝廷所发的三道谕令，他的职务也被明确为第二军总统。
所谓救急如救火，在已经对局势失去掌控能力的情况下，载沣被迫接受了袁世凯所提出的全部条件。27日，清廷召回荫昌，另行任命袁世凯为钦差大臣，节制出征的所有海陆各军。
“时不至不可强生，事不究不可强成”，袁世凯和北洋系终于等来了他们渴望许久的时机。
小诸葛
编配给段祺瑞第二军的部队，有的驻扎于济南，有的先前被派往滦州参加秋操。接到改编命令后，各部才开始向目的地信阳集结。当段祺瑞到达信阳时，这些部队仅有一小部分到达，大部分尚在行军途中。
信阳城位于河南南部，毗邻湖北，正是袁世凯所说的“进可取武汉，退可左右京师”的军事重地。不过段祺瑞刚到时，信阳正处于一片混乱之中，前有残兵不断退却下来，后有部队等着组编，大家各自为政，你不服我，我不服你，哄抢物资和寻衅滋事的事件更是比比皆是。
有一天傍晚，段祺瑞在城内办完公，骑着马返回司令部驻地。途中有人前来报告，说车站刚到的一批士兵为了争抢物资，不但动手打架，而且还开了枪。
段祺瑞立即带着卫队把出事现场包围起来，将肇事士兵和带兵的管带全部抓了起来。盛怒之下，他拿起马鞭对着士兵们就是一顿猛抽，最后连鞭子上都沾了血，那名管带也被重责四十军棍，打到躺在地上不能动弹。
等气消得差不多了，段祺瑞便把肇事士兵交给幕僚徐树铮处理，但是他没有想到的是，徐树铮随后的处理方式竟然让他也有瞠目结舌之感。
徐树铮绰号“小诸葛”，段祺瑞的家人背后则都称他为小徐。段祺瑞幕僚众多，但要论对段所起的影响和作用，谁都超不过这个小徐，也可以说段大半生的功业都离不开“小诸葛”的倾力襄助。
徐树铮与段祺瑞一不沾亲，二不带故，甚至连同乡都算不上。他是安徽萧县人，在私塾读书时就表现出过人的才智，据说十三岁便考中了秀才，而且还是秀才中成绩最好的廪生。按照规定，廪生可以食廪，也就是享受由国家按月发给粮食的待遇。
其后因为父亲去世，徐家倒了顶梁柱，境况便开始恶化起来。十八岁时，徐树铮因为穷得实在念不起书，不得不背井离乡，到济南去投奔内兄，想找一份工作借以糊口。
可是他的内兄也没有什么关系和门路。徐树铮在济南住了一段日子，情急生智，当下便草拟了一份国家大计条陈，准备呈送时任山东巡抚的袁世凯，希望能够得到袁的赏识。
自古至今，一个普通平民要给封疆大吏写信，渠道都不会那么通畅。小徐是个有心人，他探知候补道齐彦儒是袁世凯的亲戚，如果上呈袁世凯的文件封面能署上个齐彦儒的名字，各级办事人员就不敢拖延或积压。
让齐彦儒署个名，相对而言要容易得多。这种方式很灵，袁世凯果真很快就看到了徐树铮的条陈。条陈内容是当时社会上最流行的富国强兵之类，不过徐的观点和康梁变法维新那一套又有所区别，它更接近于张之洞提倡的“中学为体，西学为用”。
道理总是那么一点道理，徐树铮的文章也没有什么特别独到的见解，不过作为一篇政论文已经属于上乘之作，起码“言之有故，持之成理”。
袁世凯虽是武人，但也有一定的旧学功底，至少能分出文章之高下优劣。当时一般的维新文章都喜欢堆砌一些新名词，读起来佶屈聱牙。徐文则不是如此，它全部采用了桐城派的古文笔法，行文抑扬顿挫，脉络分明。这说明作者具备相当的社会洞察力和古文功底，不然不可能将这些时事理论融会贯通，而且还能用桐城派的文笔表达出来。
袁世凯一边看一边点头赞许，随后便安排自己的幕僚朱忠琪接见徐树铮。朱忠琪和徐树铮谈过话后，同样对徐树铮赞赏不已，他对袁世凯说：“这个青年人是萧县的一个秀才，食了廪（廪生），平素关心时事。他对我侃侃而谈，所谈都颇能洞中时弊，似乎中西学都有根柢，是个值得提拔的人才。”
说罢，朱忠琪还将徐树铮带来的几本诗词文章交给袁世凯。袁世凯随手接过，翻阅了其中的几首诗词，感到徐树铮确实颇有才华，于是就命朱忠琪把他留在衙门里，等待机会再行安插。
就这样，徐树铮仅仅因为一个条陈就受知于袁世凯，成为其入幕之宾，并从此开始了他传奇般的幕僚生涯。
非池中物也
徐树铮住进山东巡抚衙门后，袁世凯并没有派给他什么固定差使，他每天做的，就是和其余幕僚们一起上下古今，高谈阔论。
袁府原有的幕僚多数是学究出身，熟练掌握奏疏的一般公文程式，但对于大下大事却茫然不知。徐树铮所说的那些东西，他们更是闻所未闻，时间一长，便都佩服他学问渊博、才气纵横。
联想到左宗棠、李鸿章等人原来也都是看似狂妄、夸夸其谈的书生，之后却由作幕而一步步飞黄腾达起来，有人就摇头晃脑地议论道：“又铮（徐树铮的字）非池中物也！”
某天，时任炮兵统领的段祺瑞来到巡抚衙门和幕僚们闲谈。有人就提到了徐树铮，说这个年轻人才文俱佳，将来必定是有用之才。
言者无意，听者有心。这时段祺瑞奉袁世凯之命要办一个随营学堂，杂事很多，身边缺一个办笔墨的人。他就抱着姑且一试的态度对那位夸赞徐树铮的幕僚说：“徐某人既然是个人才，你可以叫他来见见我。”
徐树铮知道后果然来求见段祺瑞。虽然他在与段祺瑞谈话时彬彬有礼，但态度不卑不亢，纵论起天下大事，更是旁若无人。
段祺瑞急需的是一个文案，光会讲还不行，他曾耳闻徐树铮向袁世凯上条陈一事，于是就问徐树铮：“你曾经上书抚台（即袁世凯）吗？”
徐树铮答是。段祺瑞听了，便微笑着请徐树铮坐下，随即取出几封待回复信件，让徐树铮当场拟稿。这对徐树铮来说并非难事，他没花多长时间就将几封回信一一拟就，然后呈交段祺瑞阅览。段祺瑞一看很合乎心意，由此对徐树铮颇为欣赏，爱才之心也油然而生。
徐树铮原是袁府幕僚，把他要过来自然还得通过袁世凯。段祺瑞跟袁世凯一讲，袁世凯正好尚无适当的机会安插徐树铮，当即就答应了段祺瑞的请求。
段祺瑞派徐树铮在书记处担任司书，月薪银十二两，待遇不可谓不优厚。段祺瑞平时待他也相当客气，因此段祺瑞的家人及其部下当面都尊称徐树铮为徐师爷。
自徐树铮投入段幕，段祺瑞天天听他议论国内外形势，每次徐树铮都讲得头头是道。至于处理事务方面，往往段祺瑞还没有想好具体计划，徐树铮已经替他考虑得非常周密：上策如何，中策如何，下策如何，且每一条建言都有条有理，要言不烦，让段祺瑞感到很是满意，“实获我心”。
有徐树铮在身边，段祺瑞犹如多了一个备忘录，可以省去许多记忆的工夫——徐树铮聪明过人，尤其记忆力非常人可比，可以说是过目不忘，什么规章制度、公文条例，看得既快，记得又熟，只要段祺瑞问他，总是对答如流。有人不信，找出资料来一对，结果发现居然一字不差。
让段祺瑞满意的还不止这些。那个年代，一般当师爷的都是咬文嚼字，自命不凡，以至于隔着老远就能闻到一股冲天的酸气。徐树铮虽是秀才出身，却并没有这些酸腐气和臭架子，为人相当朴实勤恳。
段祺瑞以军人出道，平时最重练兵，每天早晨都会亲自带着士兵出操。出操是个苦差事，连有些官兵都抱着最好不去的心理。徐树铮是个师爷，本来是不必出操的，但他天天都早早起床，跟士兵们一块儿练操。这更增加了段祺瑞对他的好感，认为徐树铮不仅能说能写，还能干，诚为书生中不可多得的人才，这个幕僚看来是找对了。
不久，袁世凯升署直隶总督兼北洋大臣，开始训练新军。段祺瑞也随之来到保定，奉命办理武备速成学堂。武备速成学堂是保定军校的前身，学校的不少毕业生后来都成了北洋系的高级将领，它对拓展段祺瑞事业版图的意义不言而喻。就在这次办校过程中，徐树铮帮了段祺瑞大忙，从招生时的命题、监考、阅卷等各项事务，到学堂的规划，无不倾力其中。
北洋六镇成立后，段祺瑞出任陆军第三镇统制官，同时提升徐树铮为镇部一等书记官。本来段祺瑞还想找机会继续大力提拔徐树铮，但这位师爷却已经有了另外的想法。
此时日俄战争爆发，日本继在甲午战争中击败中国后，又进而挑战俄国，显示着这个新近崛起的岛国，已逐渐成为东亚乃至国际政治舞台上不容小觑的重要角色。
徐树铮与一般书生和师爷的不同之处就是忧国忧民，并且时时关心和了解着国际国内大势的走向。他认为中国现在虽然衰弱了，受到列强甚至日本的欺侮，但一旦强盛起来，仍旧可以征服各国，而目前必须做的，首先就是向日本学习，争取早日赶上日本。
徐树铮不但自己想去日本留学，还准备送妻子去，但让他发愁的是，去日本就要向段祺瑞辞行。大家都知道段祺瑞对他颇为信任倚重，了解他真实用意的，免不了会劝他不该就此放弃在段幕的大好前景，不了解的就会指责他是见异思迁、忘恩负义。
另外一个难题是经费。去日本留学需要一笔不小的开支，而徐树铮除了领取固定月薪，并没有其他收入来源，他的积蓄用来维持日常生活尚可，但远不足以支付留学费用。
徐树铮决定先送妻子东渡扶桑，而且就像当初给袁世凯上条陈一样，他又想到了剑走偏锋。
谁也喝不过中国人
第六镇统制官吴凤岭有一天接到徐树铮写去的一封信。信中说段祺瑞在合肥老家的家人要置地产，尚缺数百元，欲先向吴凤岭挪借，数月后即还。
吴凤岭和徐树铮是同乡，与段祺瑞交情也不错，接信后当即给徐树铮寄了五百元。
稍后，直隶藩台邀请段祺瑞、吴凤岭赴宴。段、吴二人聊天时，吴凤岭向段祺瑞问起购买土地的事，段祺瑞却丈二和尚摸不着头脑，说哪有这回事啊？
段祺瑞祖籍江西，生于安徽六安，后随家迁居合肥，等他出了名，人们便称他为“段合肥”。“段合肥”自幼在军营中长大，且青少年时期即只身离开合肥，久居外地，在合肥无片瓦寸地，他自己也从无广置田产的念头。
听吴凤岭道完事情原委，段祺瑞只好如实相告：“购地我当不知，借款更无所闻。这样吧，等我回去问了树铮再说。”
段祺瑞回来后找徐树铮当面询问。徐树铮倒也不隐瞒，说明他想把妻子送到东京留学，迫于手头拮据，所以临时就编了这么一个理由，以向吴凤岭挪借，本来想在攒够薪水后归还，不料却让段祺瑞提前知道了。
徐树铮借款这件事本不算大，但编的理由实在让段祺瑞有些恼火，为此他狠狠地训斥了徐树铮一番。徐树铮自知理亏，被训得面红耳赤，俯首无言。
不过通过这件事，段祺瑞终于明白了徐树铮的个人打算，即暂时不愿做官，而希望到日本去学习军事。他认为这是件好事，应予以成全，于是就对徐树铮说：“你如果真想去东京留学，我代你办官费。”
能够官费留学，也就意味着省去了原来所有的麻烦，徐树铮既高兴又感激，哪有不愿意之理？
就这样，徐树铮以官费派出的名义前往日本。到日本后，他也很给段祺瑞争气，先是考入东京振武学校，接着又考进了日本士官学校，在日本前后住了三年。
徐树铮在日本留学的时候，日本已经在日俄战争中获胜，这使他进一步体会到向日本学习的重要性。至于怎样向日本学习，他的认识是除了掌握其军事、学术外，还应熟悉日本的文化。
徐树铮在军校课堂上十分用功，但是每逢假日便到处游览，而且把其中的很多时间都消耗在娼寮酒馆里。跟他的很多中国同学不同，他玩乐不是目的，目的是接触当地的风俗、人情、语言。
徐树铮天资聪颖，时间不长就学会了说一口漂亮的日语，而且能运用自如，为同学们所远远不及。当时的中国人已经被日本人瞧不起，如果光听说话，那些艺伎、酌妇们是不容易认出徐树铮是中国人的，但他不仅不隐瞒自己的中国人身份，还以此为傲。
每逢喝到酒酣耳热，徐树铮就会大声嚷道：“酒，是我们中国大禹造的。在中国历史上，出现过有名的酒仙——刘伶。中国的大诗人陶渊明、李太白都是能喝酒的。太白斗酒诗百篇，能喝酒才能赋诗。魏武帝横槊赋诗，曾道‘对酒当歌’呢！”
嚷完之后，他又继续向这些让他自豪的中国酒仙致敬，然后举杯痛饮。徐树铮会唱昆剧，喝得高兴了，有时还会旁若无人地咿咿唔唔地哼上一段。
他这种狂气豪情，不仅令陪酒的日本女人失色，也常常让他的同学们为之侧目。有一天，徐树铮和同学宋子扬等人在一家料理店喝酒，店里有个艺伎很能喝，据说是海量。徐树铮听了说：“酒，是中国发明的。说起喝酒，谁也喝不过中国人！”