大骨节病主要分布在我国从东北到西南的一个狭长地带范围内，涉及黑龙江、吉林、辽宁、河北、北京、山东、河南、内蒙古、山西、陕西、甘肃、四川、青海、西藏等地；其东北部略向两侧扩展，延长波及西伯利亚和朝鲜北部少数地区。世界其他地方没有大骨节病。

我国西北黄土高原的大骨节病病区，以沟壑地带发病较重；东北病区，地形多为浅山区与丘陵地，其中以河谷甸子、山间谷地等低洼潮湿地段发病最重。但是，发病与地形的关系是相对的，在个别地方平原亦发病，如松嫩平原、松辽平原皆有很重的病村。病区皆属大陆性气候，暑期短，霜期长，昼夜温差较大，处于东南沿海温暖、潮湿季风区与西北干旱、寒冷内陆的交界部位。

病区与病区、病区与非病区相邻或相间，在一个行政区划内并不是所有的地方都发病，即在一大片病村屯中可出现一个或几个不发病的“健康岛”，在一大片不发病的村屯中可出现一个或几个“病岛”，形成此发彼不发的灶状或镶嵌分布；或者许多患病村屯断断续续连成片，或沿山麓、沟谷连接成带状分布。

大骨节病区或非病区都是可变的，某些非病区可以变成病区，某些老病区可以再次病例多发，也可以不再发生新病例，由病区变为非病区；在某地某村屯一旦发生大骨节病，它可以在很短时间内不再发生大骨节病新病例，也可以在数年至数十年内不同程度断续或连续地发生新病人，而邻近的非病区又可以始终保持为非病区。