在过去10年，越来越多的学者开始研究失眠的自然病程转归。在随访研究中发现，接近一半的成年人呈持续失眠状态，失眠的病程呈波动性。部分失眠患者在某一段时间里失眠症状是缓解的；存在失眠病史的人群，失眠的新发病率比没有失眠病史的人群要高。目前仅有为数不多的几项流行病学调查采用多次随访的形式来研究失眠的波动性病程，将来需要更大的样本量来重复验证这些研究结果。

此外，失眠的病程转归还包括其他方面的后果，比如精神障碍、躯体障碍及死亡等。最近的研究显示，失眠障碍和重性抑郁障碍的关系并非仅存在单一的从属关系。2011年的一项荟萃分析中发现，一方面，失眠症状可导致原本无抑郁症状者罹患重性抑郁障碍的风险增加2倍；另一方面，原本存在的焦虑和抑郁症状也可预测1年后失眠症状的严重程度。近来，越来越多的研究发现失眠是许多慢性疾病的独立危险因素，如失眠伴有客观短睡眠时间显著增加一系列不良后果发生的风险，包括高血压、糖尿病、认知功能损害、抑郁，甚至死亡等。