据移位DNA的转位机制，移位DNA分为两类：第一类为逆转位子（Retro-Transposition），采用复制和粘贴（copy and paste）方式，分两步完成DNA移位。第一步是复制，先将DNA翻译成RNA，其产生的RNA在反转录酶的作用下，再反转录为DNA。第二步，这复制的DNA被粘贴（paste）到基因组新的位置中，需要转移酶（transposase）的参与才能完成。RNA介导了这类逆转位子的活动。据DNA序列特点归纳为三种：①长末端重复序列（long terminal repeats，LTRs），可编码反转录酶，与反转录病毒相似。②LINEs（the long interspersed element-1），全长为6～7kb，可编码反转录酶，但没有长末端重复序列，由Ⅱ型RNA转录酶转录。LINE-1构成15%～30% 的人或其他哺乳动物基因组的成分。③SINEs（short INterspersed elements），全长大约为300碱基对，由Ⅲ型RNA转录酶转录，但不编码反转录酶。反转录病毒被认为是移位DNA的一种。逆转位子占移位DNA的97%以上，是一类主要的移位DNA形式。第二类为DNA转位子，没有RNA的介入，以剪接和粘贴（cut and paste）的方式，直接将某些DNA序列剪除，在多种转移酶的作用下粘贴到新的位点，完成DNA移位。此类称为DNA转位子，亦称为简单转位子（simple transposition）或插入序列（insertion transposition，LS）等。一些DNA转位子无位点特异性，可以结合到DNA的任何位置；一些DNA转位子有位点特异性，与特异的DNA序列接合。在目标序列上，DNA剪接是交错排列剪接，形成单链DNA 5′和3′末端的突出，然后在DNA聚合酶参与下，连接到新的DNA目标位点，完成DNA的移位过程。在细胞分裂周期的S期，这些移位DNA可被复制，从而导致基因的复制。移位DNA中，DNA转位子占少于2%的份额。

上述两类转位子的共同特点是它们都有自主性和非自主性的特征。自主性特征是转位子可自主移动，不必借助同原序列DNA片段就可移动，即转位的受体与供体间无序列关联；而非自主性则是转位子需要另外的转位子，在其协助下完成。

原核生物与真核生物都有转位子。原核生物中的转位子存在于染色体DNA上，可自主复制和转位相关的基本单位，转位子一般两端有20～40bp反向重复序列，而且有编码转移酶基因，复合转位子除有转移酶基因外还有1个至数个基因。