随着DNA甲基化研究的不断深入，各类检测方法不断涌现。这些方法针对不同研究目的，运用不同的处理方法，几乎涵盖了从基因到基因组各个层次水平的研究。根据研究水平，可将这些方法归为三大类，即基因组甲基化水平（methylation content）分析、基因特异性DNA甲基化分析以及全基因组DNA甲基化的测定。其中基因组甲基化水平分析能检测出目的序列中所有CpG位点的甲基化状况，但并不能对甲基化位点进行定位，目前使用较少。下面主要介绍基因特异性DNA甲基化分析与全基因组DNA甲基化的测定。