虽然忽必烈成为大汗时，大蒙古国已经分裂，而且终其一生分裂出去的汗国也有三个始终不承认他的大汗地位，但毕竟在名义上，他是大蒙古国的第五任大汗。
而且忽必烈还有另外一个身份——元朝的开国皇帝元世祖。这个身份不再是名义上的，而是货真价实。正如勒内·格鲁塞在《草原帝国》中所说：“从蒙古人的观点来看，他在原则上（如果不是在现实中）始终如一地维护了成吉思汗帝国精神上的统一……当忽必烈在亚洲的其他地区成为成吉思汗的继承人时，在中国，他企图成为19个王朝的忠实延续者。其他的任何一位天子都没有像他那样严肃地扮演着自己的角色。”
身兼可汗与皇帝，既是草原之主，又是中原之君，这种身兼二职的情形在忽必烈之前不乏先例，比如唐朝，比如辽朝，但要身兼此二职是有时间差的。唐太宗李世民是先成为皇帝，之后成为天可汗。辽太宗耶律德光是先成为契丹可汗，入主中原之后才登基称皇帝。而忽必烈是在一开始，便既是可汗又是皇帝了。
可以说，他在准备争夺大汗宝座的同时，也已经开始准备做皇帝了。
这个准备，便是设立“金莲川幕府”。
在受命管理漠南汉地前，忽必烈就已经在四处寻访人才，加入自己的幕府。前文所说的姚枢、张德辉、刘秉忠便是他着意招徕的幕僚。而到蒙哥称汗、忽必烈出镇漠南汉地后，他既是大汗的弟弟，又是出镇的宗王，权力巨大，有充分的资源招募更多人才为己所用。无论是忽必烈本人还是身边的谋臣们，都开始加大积蓄力量的力度，尤其是对于人才的储备，更是四方延揽，不遗余力。很快，在藩邸旧臣的基础上，大批汉人文士聚集在了金莲川。
被忽必烈招入金莲川幕府的人士，可以考证的有六十余人。除了先前所说的刘秉忠、张德辉、姚枢外，又有赵璧、王鹗、张文谦、窦默、许国桢、郝经、许衡、商挺、刘肃、宋子贞、王恂、李昶、徐世隆、李德辉、张易、马亨、赵良弼、赵炳、张惠、李冶、杨焕等。再加上一直充任忽必烈王府宿卫的廉希宪、董文用、董文忠、贺仁杰、阿里海牙、谢仲温、姚天福、高天锡、谒只里、昔班、阔阔等，形成了文武兼备的人才库。
其中，姚枢、刘秉忠、张德辉、张文谦不但学识广博，而且足智多谋，是忽必烈的智囊；廉希宪、阿里海牙有勇有谋，是出征战场的将才；赵璧、郝经、马亨善于理财，帮助忽必烈掌管钱袋子；王鹗、徐世隆文采飞扬，作文倚马可待，是忽必烈倚重的笔杆子。有他们在身边，忽必烈想不成就一番大事业也是很困难的。这些人日后在大元朝廷中“布列台阁，分任岳牧”，成为大蒙古国向大元皇朝过渡时期的主要政治班底。
依靠这些人才，忽必烈开始着手治理久被战祸荼毒的中原地区，他派杨惟中、高挺、史天泽、廉希宪分别管理邢州（今河北邢台）、河南、陕西等地，“如邢州、河南、陕西皆不治甚者，为置安抚、经略、宣抚三司。其法：选人以居职，颁俸以养廉，去污滥以清政，劝农桑以富民。不及三年，号称大治”。
1256年，忽必烈命刘秉忠在金莲川相地形、建城郭，营造自己的固定大本营。刘秉忠选址于滦水之阳、龙岗之阳，认为两者合为重阳，是为最吉祥之地。这座城市便是日后的开平——上都城。当然，在这里筑城，并非仅是为吉祥，更是因为此处北连朔漠，南控江淮，是经营天下的根本所在。
如果把“金莲川幕府”看作忽必烈可以完全掌控的人才库，那么上述的众人确实可以囊括了。其实，“金莲川幕府”还有着一批看似不为忽必烈所掌控，实际上已经成为他政治、军事班底的人物，这些人便是汉地世侯。
所谓“世侯”，是指汉人地方实力派。在蒙古不停地打击金朝之时，因为金军的节节败退，尤其是迁都汴梁之后，中央朝廷逐渐失去了对各地的控制。一些地方上的豪门大户或者地方官员，便以“保卫桑梓”为名组织私军，割据一方。
成吉思汗时代，命智将木华黎为太师国王专门经略中原。木华黎是成吉思汗麾下“四杰”之一，不仅勇猛善战，而且“沉毅多智略”。他深知纯粹的军事手段是无法征服中原的，必须任用汉地豪杰，才能真正建立统治。于是，他对各地私兵将领和豪族首领释放友好的信息，对之采用招降手段，规定凡是纳土归降者，便任命为原地的地方长官，授予行省、领省、都元帅、副元帅之类的高官，后又授予万户长、千户长、百户长之类的蒙古官职，并且可以世袭。
各地土豪大多都是识时务的“俊杰”，除了少部分有着忠义之心外，基本上都接受了这种招降。于是，西京刘黑马、真定史天泽、顺天张柔、东平严实、济南张荣、益都李全、大名王珍、中山邸顺、河东李守贤、太原郝和尚、巩昌汪世显等人都接受了招降，成为大蒙古国的新贵。
这些人无不是统兵数万、辖地千里、专制一方的“土皇帝”，因为其爵位可以“父死子继，兄终弟及”，这些人便被称为“世侯”。
按照法律，这些世侯都要效忠于蒙古大汗，在封地收取的税款也要有相当部分上缴汗廷，军队也要随时听从大汗调遣。而忽必烈向蒙哥汗要了便宜治理中原的敕旨后，也就有了便宜和世㻋侯们交往，将之纳入自己麾下的机会。
这些世侯虽然在蒙古人治下享受荣华，但毕竟还是汉人，忽必烈这个对汉法、儒生极为感兴趣的蒙古王爷对他们来说无疑会亲近很多。何况，县官不如现管，忽必烈是直接和他们打交道的皇亲，并且是掌管漠南汉地的最高长官，是不能怠慢的。于是，世侯们与忽必烈的关系逐渐紧密，他们是忠于汗廷还是忠于忽必烈，界限越来越模糊了。
而当忽必烈以汉法治汉开始全面实行之后，各地世侯更是成为其在各地施政的主力。到最后，他们已经和忽必烈形成了利益共同体，忽必烈的荣辱直接关系到他们的前途命运。
这一点，从蒙哥汗对忽必烈的打击——“阿兰答儿钩考”事件中可以看出端倪。
钩考，又称作理算，意思是财务审计，是中央政府对地方财政进行清理、核算的一种方式。这是避免地方截留钱谷，私设“小金库”。阿兰答儿是当时大蒙古国都城哈剌和林的副守，是蒙哥汗的心腹重臣。阿兰答儿对忽必烈治理的汉地进行财务审计，便是“阿兰答儿钩考”。
忽必烈的种种作为虽然较为隐秘，但大力延揽人才，笼络宗王重臣，乃至将汉地世侯收归己用的种种作为还是留下了太多的把柄。
于是，许多大臣和宗王都弹劾忽必烈，各种罪名归纳起来主要有两个：其一，“中土诸侯民庶翕然归心”；其二，“王府诸臣多擅权为奸利事”。有人告发，自然要调查，这两条罪名都是可以上升到“谋反”重罪的。以这样的罪名调查，就要做好诛杀弟弟的准备。蒙哥汗虽然“刚明雄毅”，却并非冷酷无情，他还不想彻底割舍骨肉亲情。于是，他以经济问题入手，对忽必烈治理的地区进行整顿，在1257年，开始了“阿兰答儿钩考”。
阿兰答儿其人在《元史》中被记载为性格苛刻横暴，擅作威福。这当然是因为忽必烈吃过他的亏，官方记载绝对不会有什么好评价。从整个钩考过程来说，阿兰答儿确实是残暴专横，对忽必烈的势力进行极力打击。不过，从蒙哥汗利益来说，阿兰答儿又可说是“铁面无私”，他不但严格执行了蒙哥汗的命令，还有所发挥，设置了专门的“钩考局”，列出一百四十二条条例，对于所有征商事宜不分巨细一律严查。
一时间，关中、中原一带与忽必烈关系密切的官员都被整肃了个遍。经姚枢、赵秉忠等人劝谏而成立的宣抚司、经略司、从宜府、行部等衙署全被取消。赵璧、马亨等官员被作为重点钩考对象，赵璧被多方罗织罪名，虽因其向来善待下属，无人告讦而作罢，但仍被处以罚款。赵璧两袖清风，拿不出钱来，所幸忽必烈代他偿还才得以免罪。
掌管税收却从不上交汗廷的马亨就没那么幸运了，他被逮捕押解至燕京关押。临行前，忽必烈为马亨送行，难过地说：“你走了，我怎么帮你脱罪呢？”可阿兰答儿有汗命在手，忽必烈只能眼睁睁看着自己的忠臣被抓走。马亨在狱中饱受摧残，但坚不招供，阿兰答儿碍于忽必烈的面子最后也不得不将之释放。
至于世侯中与忽必烈走得近的史天泽、刘黑马也都被褫夺了行政官职，只因为是“勋旧”而没有被过分追究。史天泽主动提出“经略使司我实主治，是非功罪，皆当问我”，希望能保护一些下属官员，可惜却起不了什么作用。在阿兰答儿严厉的钩考之下，中下级官员被折磨致死者有二十余人，免职、罚款者不计其数。
面对如此局面，忽必烈的愤懑可想而知，但从钩考一开始，他的军政权力便被剥夺，他没有任何力量做出反抗，只能生闷气。姚枢见状，连忙进谏：“大汗既是王爷的君主，又是兄长，千万不要与他计较置气，不然会有更大祸患。王爷还是主动去觐见大汗，解释一切，消除大汗对您的疑心，才能长久安全。”忽必烈认为有道理，于是忍下怒气，主动前去觐见蒙哥汗。
是年十二月，经过多次请求，蒙哥汗终于同意召见忽必烈，兄弟二人在可迭烈孙之地相见。俗话说人怕见面，树怕扒皮，没有见到弟弟时，蒙哥汗自然可以下手狠一些，待到一见面，同母所生的亲情便不能不顾了。没等忽必烈做出解释，蒙哥汗便主动下令停止了钩考，对一些被关押的官员只是杖责一顿完事，安抚了一肚子牢骚的弟弟。
钩考虽然对忽必烈打击巨大，也使他暂时失去了权力，但无论是麾下的幕僚还是汉地世侯，都与他有了更深层次的患难之情。在日后，当忽必烈起而争位之时，他们都对之忠心耿耿，竭尽全力为其南征北战。
这恐怕是蒙哥汗及弹劾忽必烈的宗王们始料未及的了。